昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件
近日，中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合，相关的软件和网站服务发布在http://lab.malab.cn/soft/HPtree/上，软件可以安装在亚马逊（Amazon Cloud）等云计算平台。其技术报告发表在BMC System Biology上。 进化树，也称生物系统发育树或生命树。这一概念最早发源于19世纪中叶的古生物学研究，达尔文在《物种起源》中勾画了最早的进化树之一。对进化树广泛研究和构建则始于20世纪90年代，特别是在最近20年间，基因测序技术以及分子进化研究使得构建进化树成为进化生物学研究不可或缺的技术。达尔文进化论核心思想之一是地球上生命“同根”，即......阅读全文
大多数转移性结直肠癌在可以确诊前就已经发生转移！
斯坦福大学医学院(Stanford University School of Medicine)的研究人员对近3000名患者进行了一项研究，研究结果于近日在《Nature Genetics》杂志上，该研究显示，多达80%的移性结直肠癌在原始肿瘤超过罂粟籽大小之前可能已经扩散到身体的远端。 鉴别
文化教育能影响遗传的致命暴力水平
数千年来，人类杀害同类的残忍一直是关注和争论的话题，其起源更是学界探究的对象。英国《自然》杂志上周发表的一项人类学新研究认为，致命的人际暴力其实是人类在演化过程中继承下来的。 在生物学中，进化树用来表示物种之间的进化关系，生物分类学家和进化论者根据各类生物间亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分
惊人发现：生命起源于热液环境
现代科学的一个最大奥秘就是：生命是如何开始的？大多数科学家认为，所有的生命形式，都是从一个共同的原始祖先微生物进化而来的，但细节却是模糊的。什么样的基因形成了这种生命体，它居住哪里？近期，发表在《Nature Microbiology》的一项新研究，揭示了这个早期的有机体以及它进化的环境。 对
需要让有机体生物学家解释新的生命树
迅速积累的动物基因的分子序列数据正在推翻一些关于主要的动物群如何进化的标准的动物学叙述。即将发表在《生物科学》8月号上的一篇重要的综述说，这种混乱意味着生物学家应该采纳一些指导方针从而确保他们的进化情境与新的信息保持一致——而惊人数量的情境与新的信息不一致。这篇综述如今以网络先行版的方式提供。
我国学者利用32种樟科植物的叶绿体基因组确定山胡椒属
樟科山胡椒属树种经济用途广泛。山胡椒属多数种类的种子富含脂肪，可供制皂及工业油用，如油料植物山胡椒（Lindera glauca）；不少种类富含芳香油，可制香料及药用，如中草药三桠乌药（Lindera obtusiloba）；一些种类的木材有香气，可供家具及文体用品等用，如缅甸著名木材黄金樟的树
关于糖基转移酶的内容介绍
糖基转移酶在生物体内催化活化的糖连接到不同的受体分子，如蛋白、核酸、寡糖、脂和小分子上，糖基化的产物具有很多生物学功能。在不同的Gtfs家族中存在一类与抗生素生物合成相关的Gtfs，它的功能是在抗生素生物合成的后期使其糖基化，通过糖的位置、类型和数量的改变对抗生素的活性进行调节。 随着对抗生素
《PLoS综合》：发现伤寒病致病菌进化方式
哈尔滨医科大学基因组中心采用比较基因组学方法研究完成 伤寒病致病菌的研究在学术界近百年未有定论。哈尔滨医科大学基因组中心采用比较基因组学方法进行研究，最终证实伤寒病致病细菌是由不同病原体在分别获得有关遗传性状后，各自发展成致伤寒病的特殊病原体，而非由同一祖先进化而来。有关专家认为，这一结论
Nat－Immunol：免疫细胞中竟然也有“密探”007
近日，一篇发表在国际杂志Nature Immunology上的研究论文中，来自澳大利亚沃尔特与伊丽莎-霍尔研究所等处(Walter and Eliza Hall Institute)的科学家通过研究揭示了免疫细胞“密探007”被制造的过程，或为阐明免疫系统如何保护机体抵御疾病提供一定的帮助。
Cell子刊：基因治疗将如虎添翼
免疫系统是保护机体的重要机制，但有时这一机制也会带来一些麻烦，比如排斥输血、器官移植等治疗手段。正因如此，使用病毒载体的基因治疗也需要绕过宿主的免疫应答。 腺相关病毒（AAV）是一种比较安全的病毒载体，已经用于多种基因疗法并且进入了临床试验，涉及失明、血友病、心脏病、肌营养不良等疾病。问题在于
PacBio－SMRT测序技术揭示第七次霍乱大流行致病菌的来源
霍乱是一种由霍乱弧菌引起的可怕疾病。在人类历史上，自1817年以来，全球曾发生过七次可怕的霍乱大流行。而离我们最近的第七次霍乱大流行起始于1961至今，发源地是印度尼西亚，由此逐渐散布到了全世界。到目前为止，第七次霍乱大流行已经感染的人数大概在每年300-500万人左右。2010年海地地震后，霍
通过突变特征分析发现新冠病毒的起源与自然过程相符
目前，与新冠病毒基因组序列最相似是从菊头蝠分离得到的RaTG13，其与新冠病毒的进化分歧大约发生在50年前。此后，直到疫情暴发前，新冠病毒已经积累了500多个突变。 中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组提出一种新的溯源策略——通过鉴定新冠病毒这500多个突变的频谱特征推测新冠病毒的历史
树懒基因组中发现“化石”病毒
二趾树懒(Choloepus hoffmanni，如上图)的基因组中隐藏着一个“化石”病毒。 据美国《科学》杂志在线新闻报道，就像恐龙在焦油中留下的脚印一样，逆转录酶病毒会将其DNA中的一些片段插入到一种动物的基因组中。研究人员在树懒的基因组中发现了泡沫病毒的古老片段。研究人
古脊椎所发现三叠纪大型肉食性基干新鳍鱼类
10月20日，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员徐光辉在云南罗平发现疣齿鱼科鱼类，命名为云南暴鱼。它体长34厘米，是2.44亿年前（中三叠世安尼期）罗平生物群中已知较大的肉食性基干新鳍鱼类，在食物网中占据较高的位置。云南暴鱼的发现和研究更新人们对罗平生物群的食物网结构和三叠纪生物复苏的认识
人类的造血细胞为什么长在骨髓里？
人类和其他哺乳动物的造血干细胞位于骨骼之中，而鱼类的造血干细胞位于肾脏。20世纪70年代末，生物学家首次发现了血液发育的特定部位——“造血干细胞龛”。此后，科学家们想知道为什么不同生物的造血部位如此不同。 40年后的今天，他们终于发现了一条有价值的线索：哺乳动物进化出干细胞龛的目的是保护造血干
研究证实动物神经系统经历若干次独立进化
研究证实动物神经系统经历若干次独立进化 对全世界最隐蔽的一些海洋生物开展的研究显示，正如此前认为的那样，中枢神经系统经历了若干次的独立进化，而不是一次。 被讨论的无脊椎动物属于散布在动物进化树上的各个家族，并且在中枢神经索结构上表现出多样性。这些生物还激活了涉及其他得到充分研究的动物神经系统
Nature：“天字0号”艾滋病病毒是错判
——当年保存血液样品的全基因组测序结果，为我们展现了艾滋病病毒在美国最初传播的清晰画面 生物通报道：在上世纪80年代，当时艾滋病在美国的同志群内快速传播，死亡患者中有个无人不知、恶名远播的天字0号病人“Patient Zero”。他名字叫Gaeten Dugas，是一名来自加拿大魁北克的机舱服
《科学》：苔藓基因组有望揭开陆生植物进化之谜
一个国际科学家小组近日通过分析苔藓基因组发现，苔藓基因的丰富性超乎想象，并且具有许多独特的变异。根据苔藓在植物进化树上的独特位置，这一发现将有助于揭示植物从水生到陆生的过程。相关论文12月13日在线发表于《科学》（Science）杂志上。 图片说明：通过测序苔藓基因组，科学家有望弄清植物由水生到陆
体细胞突变对胚胎发育的分化过程进行新的探究和定义
胚胎发育过程中人体造血系统发育在以前主要是通过显微镜观察来确定的。 近日，来自英国韦尔科姆基金会桑格学院研究所的Ana Cvejic研究组与Peter J. Campbell研究组合作在Nature杂志上发表题为Lineage tracing of human development thro
2019ncov的基因组为？
冠状病毒主要引起呼吸道和胃肠道感染，并且在遗传学上被分为四个主要的病毒属：甲型冠状病毒（Alphacoronavirus）、乙型冠状病毒（Betacoronavirus）、丙型冠状病毒（Gammacoronavirus）和丁型冠状病毒（Deltacoronavirus）。前两个属主要感染哺乳动物
最新研究：物种进化得越好－合作能力越强
记者17日从中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心获悉，该中心的王佐仁研究组的最新研究发现：进化程度越高的物种，合作能力越强。相关研究论文《哺乳动物合作行为的演化及其神经表征》于北京时间16日23时在线发表于Cell Reports(《细胞报告》)期刊。 合作行为在自然界中非常普遍，它对动物的
从进化生物学的角度看“小红帽”
大约200年前，格林兄弟第一次发表了小红帽（Little Red Riding Hood）的故事。如今，这个故事已经家喻户晓，世界各地的孩子几乎都听过。即使在格林兄弟发表童话集之前，欧洲、亚洲和非洲也流传了许多类似的故事。那么，这些故事究竟从何而来？ 民俗学者通常利用“历史-地理”的方法来研究
最新研究：物种进化得越好－合作能力越强
记者17日从中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心获悉，该中心的王佐仁研究组的最新研究发现：进化程度越高的物种，合作能力越强。相关研究论文《哺乳动物合作行为的演化及其神经表征》于北京时间16日23时在线发表于Cell Reports(《细胞报告》)期刊。 合作行为在自然界中非常普遍，它对动物的
古脊椎所揭示罗平强壮鱼关键头骨特征
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员徐光辉以2.44亿年前罗平强壮鱼为代表综合研究全骨鱼类的早期演化取得新进展，研究成果于6月24日在美国学术期刊PeerJ 上发表。在这篇长达33页的论文中（另有38页的附件文档），徐光辉详细描述了罗平强壮鱼的骨骼形态，揭示了全骨鱼类一些具有重要进化意义的头
我国学者揭示新型冠状病毒2019nCoV的基因组组成和差异
世界卫生组织（WHO）将一种新型冠状病毒命名为“2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）”。它是最近于2019年12月初在中国湖北省武汉市开始的肺炎疫情的罪魁祸首。这次疫情与一家大型的海鲜和动物市场有关，目前正在开展调查以确定这种病毒感染的来源。迄今为止，中国已经确诊了成千上万例人类感染病例
使用SPEX组织研磨仪鉴定在抗击新冠中表现突出的中药...
使用SPEX组织研磨仪鉴定在抗击新冠中表现突出的中药材银柴胡 25日零时起，湖北省除武汉市以外地区解除离鄂通道管控，国内“抗疫”成果显著。本以为国内的疫情得到有效控制，我们就可以松一口气了，但国外患者数不断创新高。截至3月24日，全球已突破40万例，海外新增较前日增长15.18%，国外疫情
Science惊人发现：肠道菌早于人类出现之前
根据《Science》杂志发表的一项新研究表明，我们肠道内的细菌已经传递了几百万年——在我们人类之前，从而表明，进化在人们肠道微生物的组成中起着较以前更大的作用。 研究人员所研究的细菌指导着我们肠道的早期发展，训练我们的免疫系统对抗病原体，甚至可能影响我们的情绪和行为。 这项研究包括一个国际
深藏黑暗1100万年，洞穴鱼类何时开始失去眼睛？
身形细小的盲眼洞穴鱼栖息于美国东部各处的地下水域。在一项新研究中，耶鲁大学研究人员揭示了这些独特穴居生物的进化奥秘，并开创了一种测定其栖息地下生态系统年代的特殊方法。通过对所有已知盲眼洞穴鱼物种的基因组分析，研究人员发现不同物种独立定居洞穴系统，并在适应黑暗洞穴环境时演化出相似特征，包括眼睛和色素的
鲶鱼毒齿只为自保
鱼长毒牙已经很奇怪，但更奇怪的是一种长着毒牙的鱼类——毒齿鲶鱼会用它攻击捕食者保护自己。 一项新研究表明，与其他有毒鱼类叮咬后造成的痛苦不同，毒齿鲶鱼的毒液在小鼠体内测试时并不会造成痛苦。相反，这种鲶鱼的毒液会导致被袭击者的血压在很短时间内迅速下降近40%，在野外这会导致潜在的捕食者（如石斑鱼
链霉菌(放线菌)超声破碎条件是什么
放线菌属于原核生物系统进化树上的(G+C)摩尔百分含量(mol%)高的革兰氏阳性菌分枝类群,它虽然具有原核生物特有的分子生物学特性,但在其不同类群中,细胞壁的化学组分变化很大。 在做大肠杆菌超声时,采用的是400W,破碎5s停5s的方法,效果不错,但是用在链霉菌上,由于细胞壁组成差异一般没什么效果。
中国地区熊蜂属系统发育获揭示
近日，中国农业科学院蜜蜂研究所传粉蜂生物学与授粉应用团队利用多基因联合对我国熊蜂属的系统发育进行了研究，揭示了中国地区26种熊蜂种的系统发育，为我国熊蜂属的分类奠定分子基础，同时也为熊蜂多样性和保护策略提供依据。相关研究成果在线发表在Zookeys上。 团队从青藏高原和中国北方不同地区采集了26