基因组所开发出编码蛋白质DNA序列并行比对工具ParaAT
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员，带领其团队成功开发出“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”。该研究成果发表在Biochemical and Biophysical Research Communications杂志。 同源序列比对是生物信息学最普遍使用的分析方法之一，其中，编码蛋白质DNA序列比对最为常见，对比较基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有重要的基础意义。为获取相应的比对结果，通常采用的方法是将蛋白序列的比对结果“回译”（back-translate）成DNA比对序列，这样的比对结果比直接进行DNA序列比对更可靠、准确。为此，科学家提出了多个不同的工具，采用的策略都是先进行蛋白质序列比对，然后将比对结果回译成DNA比对。然而，这些工具每次只能处理一组同源数据，无法实......阅读全文
基因组重排的定义
基因组重排将重组的对象从单个基因扩展到整个基因组,可以在更为广泛的范围内对菌种的目的性状进行优化组合。
什么是基因组作图？
中文名称基因组作图英文名称genome mapping;genomic mapping定 义确定界标或基因在构成基因组的各条染色体上的位置，以及染色体上各个界标或基因之间的相对距离，绘制遗传连锁图或物理图。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
表观基因组的概念
中文名称表观基因组英文名称epigenome定 义全基因组的甲基化图谱。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
基因组DNA的定义
中文名称基因组DNA英文名称genomic DNA定 义组成生物基因组的所有DNA。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
功能基因组的定义
表达一定功能的全部基因所组成的DNA序列，包括编码基因和调控基因。
双义基因组定义
中文名称双义基因组英文名称ambisense genome定 义双链DNA病毒中正义链和反义链同时含有可读框,其间被A-U富集区所分隔的一种基因组结构。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)
Nature：基因组的“气味”
问问你身边的十个人，他们是如何寻找自己的伴侣的，也许你会得到十份不同的答案。不过也许他们都错了，一项最新的研究指出，嗅觉系统具有超乎想象的敏感性，能精确鉴别遗传上的相关性，这表明这种能力能为同类识别，伴侣选择，以及其它社会相互联系类型提供必要的信息。 许多方面的动物行为都需要了解
基因组重排的原理
1998年Maxygen公司的Stemmer等人提出了一种新的分子育种方法——全基因组重排技术,这种技术是分子定向进化在全基因组水平上的延伸,它将重组的对象从单个基因扩展到整个基因组-,因此可以在更为广泛的范围内对菌种的目的性状进行优化组合。基因组重排技术主要在传统诱变的基础上与原生质体融合相结合进
基因组DNA的提取
基因组DNA的提取概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分
Nature：水母基因组之谜
太平洋侧腕水母的基因组中缺少很多常见基因。 栉水母基因序列草图的发表揭示了一种与众不同的神经系统。 栉水母（comb jelly）——或栉水母门动物（ctenophore）——看起来就像微小的迪斯科球，它们利用特殊的纤毛推动自己在海洋中游动，并且用粘性触手来捕获更微小的猎物。圣奥古斯丁佛罗里达大
基因组DNA的提取
第一节 概 述DNA的提取通常用于构建文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用DNA较长的特性，可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中，可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部，
基因组大小如何确定？
基因组大小是一个拷贝的单倍体基因组中DNA碱基对的总数。基因组大小与原核生物和低等真核生物的形态复杂性呈正相关。然而，在软体动物和上述所有其它高等真核生物之后，这种相关性已不再存在 ，主要是因为重复DNA的缘故。
镶嵌基因组的定义
中文名称镶嵌基因组英文名称mosaic genome定 义由不同生物基因组的DNA序列经过重新组合而形成的一套杂合的生物体基因。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
基因组作图的定义
中文名称基因组作图英文名称genome mapping;genomic mapping定 义确定界标或基因在构成基因组的各条染色体上的位置，以及染色体上各个界标或基因之间的相对距离，绘制遗传连锁图或物理图。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
揭秘基因组“暗物质”
记国家自然科学基金重大研究计划“基因信息传递过程中非编码RNA的调控作用机制” 在人类遗传信息传递过程中，非编码RNA不参与编码蛋白质，占全部RNA的98%，如同宇宙中神秘的“暗物质”，是生命活动调控的“幕后推手”。 2014年起，中国科学家发起重大研究计划，并于2023年底完成结束评估。 在
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
前基因组的概念
中文名称前基因组英文名称pregenome定 义某些病毒基因组DNA进入细胞核后，在宿主RNA聚合酶作用下产生的一条作为遗传信息载体的信使核糖核酸(mRNA)。可以通过逆转录形成双链的病毒基因组DNA。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），核酸与基因（二级学科）
蛋白质测序
进行蛋白质测序的方法包括： 埃德曼降解 肽质量指纹图谱 质谱分析 蛋白酶水解法 如果编码蛋白质的基因是已知的，那么目前测序和推断蛋白质序列要容易得多。通过上述方法之一确定蛋白质氨基酸序列的一部分(通常是一端)可能足以鉴定携带该基因的克隆。
蛋白质标记
Biosynthetic labeling (Sefton Lab)Biotinylation of Antibody (Contributed by Nanci Donacki)125I Labeling of Protein using ICl (ScienceXchange)Protein (
蛋白质测序
一、概念当前，所谓蛋白质测序，主要指的是蛋白质的一级结构的测定。蛋白质的一级结构(Primary structure)包括组成蛋白质的多肽链数目。很多场合多肽和蛋白质可以等同使用。多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。 蛋白质氨基酸顺序的测定是蛋白质化学研究的基础。自从1953年F.San
蛋白质纯化
蛋白质的分离纯化在生物化学研究应用中使用广泛，是一项重要的操作技术。 一个典型的真核细胞可以包含数以千计的不同蛋白质，一些含量十分丰富，一些仅含有几个拷贝。为了研究某一个蛋白质，必须首先将该蛋白质从其他蛋白质和非蛋白质分子中纯化出来。
蛋白质定量
Quantitative Determination of Peptides by Sulfhydryl (-SH) Groups New (Contributed by David Van Horn, Dept. of Chemistry, UC Berkeley Greg Bulaj, Dept
蛋白质测序
一、概念当前，所谓蛋白质测序，主要指的是蛋白质的一级结构的测定。蛋白质的一级结构(Primary structure)包括组成蛋白质的多肽链数目。很多场合多肽和蛋白质可以等同使用。多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。 蛋白质氨基酸顺序的测定是蛋白质化学研究的基础。自从1953年F.San
蛋白质纯化
是当代生物产业当中的核心技术。该技术难度、成本均高；例如一个生物药品的成本75%都花在下游蛋白质分离纯化当中。常用技术有：１、沉淀，２、电泳：蛋白质在高于或低于其等电点的溶液中是带电的，在电场中能向电场的正极或负极移动。根据支撑物不同，有薄膜电泳、凝胶电泳等。３、透析：利用透析袋把大分子蛋白质与小分
蛋白质纯化
蛋白质的分离纯化在生物化学研究应用中使用广泛，是一项重要的操作技术。 一个典型的真核细胞可以包含数以千计的不同蛋白质，一些含量十分丰富，一些仅含有几个拷贝。为了研究某一个蛋白质，必须首先将该蛋白质从其他蛋白质和非蛋白质分子中纯化出来。用于分离蛋白质的最重要特性有大小、电荷、疏水性和对其他分子的
蛋白质测序
一、概念当前，所谓蛋白质测序，主要指的是蛋白质的一级结构的测定。蛋白质的一级结构(Primary structure)包括组成蛋白质的多肽链数目。很多场合多肽和蛋白质可以等同使用。多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。 蛋白质氨基酸顺序的测定是蛋白质化学研究的基础。自从1953年F.San
蛋白质测序
Edman降解法 实验方法原理 主要有质谱法，利用蛋白质测序仪进行测序以及利用蛋白质对应DNA或mRNA进行间接测序。传统的蛋白质测序实验一般包括以下步骤：1
蛋白质染色
二维凝胶电泳(2-DE)是广为蛋白质组学科学家们应用的经典技术之一，蛋白混合物在两个维度上被分离。第一步是常规的等电聚焦，此过程中蛋白质根据其等电点被分离。接着，第二维使用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)，将蛋白质按分子量进一步分离。上述两步操作在互相垂直的两个方向上，使分离的蛋白
蛋白质亚基
在结构生物学，一个蛋白质亚基是一个单一的蛋白质分子，其组装（或“ coassembles ”）与其他蛋白质分子以形成蛋白复合物。一些天然存在的蛋白质具有相对较少的亚基，因此被描述为寡聚体，例如血红蛋白或DNA聚合酶。其他的可能由非常多的亚基组成，因此被描述为多聚体，例蛋白质亚基如微管和其他细胞骨架蛋
蛋白质电泳
蛋白质电泳（主要内容如下）One-Dimensional SDS-PAGETwo-Demensional SDS-PAGEProtein Electrophoresis in Agarose Gel Gel StainingRecipesOne-Dimensional SDS-PAGE·