远紫外CD预测二级结构存在的问题
随着基因工程与蛋白质工程的发展,人们迫切需要了解蛋白质的结构。CD 已经成为研究溶液中蛋白质二级结构的强有力工具,得到了越来越广泛的应用,然而远紫外CD 光谱预测蛋白质二级结构仍然存在一些不足之处。膜蛋白是近年来分子生物学研究的热点。膜蛋白是一类具有晶体类似结构的镶嵌于细胞膜上的蛋白,到目前为止,仅有为数不多的膜蛋白结构得到确认。研究表明,膜蛋白紫外电子光谱跃迁受到周围环境介电常数的影响,其原因可能是由于溶剂影响了电子由基态跃迁到激发态(n →π3,π→π3 ) 的跃迁能量。不同于溶液环境中的蛋白质,膜蛋白镶嵌于疏水的脂质环境之中,因此,膜蛋白紫外CD 光谱可能跟溶液状态下的CD 信号有所区别。Wallace 等研究表明[36 ] ,以现有的未包括膜蛋白的参考蛋白体系,采用SELCON3、CONTIN 及CDSTR 等拟合运算程序预测具有富含α2螺旋及β2折叠的膜蛋白,其结果与溶液状态的蛋白CD 光谱有差别,特别在190nm 后......阅读全文
远紫外CD-预测二级结构存在的问题
随着基因工程与蛋白质工程的发展,人们迫切需要了解蛋白质的结构。CD 已经成为研究溶液中蛋白质二级结构的强有力工具,得到了越来越广泛的应用,然而远紫外CD 光谱预测蛋白质二级结构仍然存在一些不足之处。膜蛋白是近年来分子生物学研究的热点。膜蛋白是一类具有晶体类似结构的镶嵌于细胞膜上的蛋白,到目前为止,仅
远紫外CD-预测蛋白质二级结构的方法
利用圆二色光谱仪获得蛋白质CD 主要的工作包括:溶剂体系的选择,蛋白质溶液样品的制备[14 ] ,圆二色光谱仪实验参数的选择与调整等。对此,Kelly 等[15 ] 已经作了较为全面的综述。正确的蛋白质CD 图谱是预测蛋白质结构的基础与关键。在正确获得蛋白质CD 后,主要的工作是如何从CD 图谱
远紫外CD分析蛋白质二级结构
一、 远紫外CD分析蛋白质二级结构 远紫外CD分析蛋白质二级结构的方法,主要是运用计算机采用一定的拟合算法对CD数据进行加工处理,进而解析蛋白质二级结构。远紫外区CD光谱主要反映肽键的圆二色性。在蛋白质或多肽的规则二级结构中,肽键是高度有规律排列的,其排列的方向性决定了肽键能级跃迁的分裂情况。单一
二级结构预测的
中文名称二级结构预测英文名称secondary structure prediction定 义预测大分子(核酸、蛋白质)可能具有的二级结构。现在已有多种计算机软件可以进行这类预测,如nnPREDICT、ZPRED Server等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
蛋白质二级结构预测-综合各种分析方法预测
综合各种分析方法预测在实际进行蛋白质二级结构预测时,往往会综合应用各种分析方法和相关数据。综合方法不仅包括各种预测方法的综合,而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分类预测结果等信息的综合。实际应用中最常见的综合方法是同时使用多个软件进行预测,通过分析各个软件的特点以及各个软件预测结果,最
ChouFasman预测方法预测蛋白质二级结构
Chou-Fasman方法是一种基于单个氨基酸残基统计的经验参数方法,由Chou和Fasman在20世纪70年代提出来。通过统计分析,获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子,进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。每种氨基酸残基出现在各种二级结构中倾向或者频率是不同的,例如Glu主要出
CD测蛋白质二级结构的基本原理
1. CD测蛋白质二级结构的基本原理 蛋白质是由氨基酸通过肽链组成的具有特定结构的生物大分子。蛋白质中氨基酸残基的排列次序是蛋白质的一级结构,而肽链中局部肽段骨架形成的构象称为二级结构,二级结构是靠台联股价中的烫机上的氧原子和亚胺基上的氢之间的氢键来维系的,根据肽链的旋转方向与氢键之间
蛋白质二级结构预测-基于氨基酸疏水性的预测方法
这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法,或称为立体化学方法。在蛋白质中,氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大,因此在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质,如疏水性、极性、侧链基团的大小等,根据氨基酸残基各方面的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。“疏水性”是氨基酸的一
注射泵的结构和存在的问题
微量注射泵的结构 注射泵是生命科学研究中常见的用于长时间进行均匀微量注射的仪器,在实验中合理使用微量注射泵可以大大减轻工作人员的劳动强度,同时精确地控制各种试剂的使用量。 存在的问题 国内外的微量注射泵普遍存在精度不够和成本较高的难点,不同厂商使用的容器互不兼容,导致只能使用同一厂商的注射
蛋白质二级结构预测-最邻近方法-NearestNeighboringmethods
早期,由于数据的缺乏,预测方法多基于单条序列。随着序列和结构数据的增加,人们的研究转向同源序列分析,充分利用隐藏在同源序列中的结构信息,使得结构预测的准确率得到了较大的提高。同源分析的基础是序列比较,通过序列比较发现相似的序列,根据相似序列具有相似结构的原理,将相似序列(或者序列片段)所对应的二级结
蛋白质二级结构预测(protein-secondary-structure-prediction)
蛋白质二级结构的预测开始于20世纪60年代中期。二级结构预测的方法大体分为三代,第一代是基于单个氨基酸残基统计分析,从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向,以此作为二级结构预测的依据。第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析,使用大量的数据作为统计基础,统计的对象不再是单个氨基酸残基,而
蛋白质二级结构(protein-secondary-structure)预测软件
蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已
圆二色是研究溶液中蛋白质构象
圆二色是研究溶液中蛋白质构象的一种快速、简单、较准确的方法,远紫外CD 数据能快速地计算出溶液中蛋白质的二级结构;近紫外CD 光谱可灵敏地反映出芳香氨基酸残基、二硫键的微环境变化,蕴含着丰富的蛋白质三级结构信息。随着现代分析仪器的飞速发展,高压液相色谱、停流技术、电化学及荧光等附加装置与CD 光谱仪
蛋白质二级结构预测-人工神经网络方法
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起,科学家们也将神经网络用于生物信息学,其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的,他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发,将
近紫外CD分析蛋白质三级结构
近紫外CD分析蛋白质三级结构 蛋白质中芳香氨基酸残基,如色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)、苯丙氨酸(Phe)及二硫键处于不对称微环境时,在近紫外区250~320nm,表现出CD信号[8]。另外芳香氨基酸残基在远紫外光谱区也有CD信号;二硫键的变化信息反映在整个近紫外CD谱上。实际的近紫外CD光
关于紫外线杀菌器存在的问题分析
紫外线消毒法不能提供剩余的消毒能力,当处理水离开反应器之后,一些被紫外线杀伤的微生物在光复活机制下会修复损伤的DNA分子,使细菌再生。因此,要进一步研究光复活的原理和条件,确定避免光复活发生的最小紫外线照射强度、时间或剂量。 石英套管外壁的清洗工作是运行和维修的关键。当污水流经紫外线消毒器时,
蛋白质的圆二色性
一、 蛋白质的圆二色性蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的具有特定结构的生物大分子。蛋白质一般有一级结构、二级结构、超二级结构、结构域、三级结构和四级结构几个结构层次[4-6] 。在蛋白质或多肽中,主要的光活性基团是肽链骨架中的肽键、芳香氨基酸残基及二硫桥键。当平面圆偏振光通过这些光活性的生色基团时,
蛋白质近紫外CD-表征三级结构信息
蛋白质近紫外CD 表征三级结构信息 蛋白质中芳香氨基酸残基,如色氨酸(Trp) 、酪氨酸(Tyr) 、苯丙氨酸(Phe) 及二硫键处于不对称微环境时,在近紫外区250~320nm ,表现出CD 信号[37 ] 。研究表明:色氨酸在290 及305nm 处有精细的特征CD 峰;酪氨酸在275nm
淋塔结构介绍及存在的问题和不足
喷淋塔又称洗涤塔,净化塔,能够去除气体中有害成份。主要用于酸洗酸雾的吸收、脱硫、除尘。主要由塔体、填料、液体分布器、气水分离器、喷淋系统、循环水泵、循环水池、药液储存投加系统等单元组成。以酸雾洗涤塔为例一般为两层喷淋加填料层或三层喷淋加填料层。 下面我说一下他的运行方式,首先利用风机将废气从塔底
蛋白质的二级结构与超二级结构结构的组装块
一、蛋白质的二级结构 蛋白质在细胞中必须通过详细的三维结构识别成千上万种的不同分子,这就需要蛋白质分子具有结构多样性。蛋白质结构研究得出的第一个重要的基本规律是水溶性球状蛋白质分子折叠的重要驱动力,它是将疏水侧链置于分子内部,产生一个"疏水内核"和一个亲水表面。为了把侧链放到分子内部去,相应的高度
圆二色谱分析对卵清蛋白二级结构的影晌
圆二色谱分析动态超高压微射流均质对卵清蛋白二级结构的影晌圆二色光谱(简称CD)是目前应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法,是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单、较准确的方法。它可以在溶液状态下测定,较接近其生理状态。而且测定方法快速简便,对构象变化灵敏,所以它是目前研究蛋白质二级结构的主要手段
DNA的二级结构介绍
DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。两条多核苷酸链以相同的旋转绕同一个公共轴形成右手双螺旋,螺旋的直径2.0nm;两条多核苷酸链是反向平行的,一条5’-3方向,另一条3’-5’方向;两条多核苷酸链的糖-磷酸骨架位于双螺旋外侧,碱基平面位于链的内侧;相邻碱基对之间的轴向距
气候援助存在的问题
《卫报》5月16日的一篇报道,对于全球变暖影响最为严重的发展中国家人们而言,感觉有如画饼。英国想要帮助他们,但条件是能从中获得少许回报。是的,英国财政部只想以有条件贷款提供气候适应基金,必须偿还全部的本息,并由世界银行进行管理。 适应基金是当今气候变化政策中的一个大问题。显然,发展中国家受气候
基因测序存在的问题
虽然基因测序可以作为一种很好的ZL手段,但是ZG科学院北京基因组研究所教授甄二真表示,目前从应用的角度来说,科学家只确定了部分的基因位点与疾病的确切关系,也就是说真正可以用于临床诊断和指导ZL的基因检测并不多。要想真正用基因来诊病,还需要时间。 基因测序就像一把双刃剑,如果运用得不得法,它也有
存在的问题及建议
存在的问题及建议 我于1978年离开可可托海,2002年我回到可可托海8766选矿厂,在浮选工作台上看见久违了的偏光显微镜,我十分高兴。浮选工已换了几批,当初,是谁把偏光显微镜何时放在这里的已无人知晓了。此时已换了一台新偏光显微镜,但无人为浮选工配制折射率为1.540的浸油,浮选工不得已滴水看“油
防水混凝土存在的问题
1)、抗渗等级 ①片面强调混凝土抗压强度和抗渗等级。 ②混凝土质量欠佳,地下工程底板和墙体的混凝土不密实。 ③设计与施工是复杂的系统工程,确保基坑工程安全是首要任务,结构防水的设计与施工必须考虑、服从这个重要前提。 2)、裂缝 研究表明,钢筋混凝土裂缝宽度在0
tRNA二级结构特点
tRNA的二级结构为三叶草结构,其结构特征为: (1)tRNA的二级结构由四臂、四环组成,已配对的片断称为臂,未配对的片断称为环。 (2)叶柄是氨基酸臂,其上含有CCA-OH3’,此结构是接受氨基酸的位置。 (3)氨基酸臂对面是反密码子环,在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子,可与mRNA
CD71的结构和功能
CD71:CD71为表皮干细胞表面转铁蛋白受体。从细胞数量、形态、分布部位和所含标记保留细胞比例等多方面看,低水平表达CD71的那部分表皮细胞均符合表皮干细胞特征(由于干细胞的慢周期性可用标记保留细胞代表表皮干细胞)。
CD34的结构和功能
CD34:CD34是一种属于I型跨膜蛋白的磷酸糖蛋白,主要在造血(祖)细胞上表达。通过实验发现在培养条件下CD34+细胞比CD34-细胞具有更强的克隆能力,证实CD34+上皮细胞比CD34-上皮细胞具有更高的增殖潜能。此外证实CD34+细胞位于毛囊的隆突部,它们处于静止期或在培养条件下有巨大的克隆能
什么是DNA的二级结构?
DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。通常情况下,DNA的二级结构分两大类:一类是右手螺旋,如A-DNA和B-DNA,DNA通常是以右手螺旋形式存在的;另一类是左手螺旋,即Z-DNA。