CRISPR新成果:针对长链非编码RNA的完全敲除高通量筛选

之前的方法在效率、质量(假阳性、假阴性)上各有欠缺:比如CRISPRi的方法只能实现基因表达抑制而不是完全敲除,CRISPRa的方法只能上调基因表达,无法对基因不可或缺的作用实施筛选评估。大片段删除的策略由于步骤的繁琐,也限制了其在更大规模上得到应用。 作为强大的基因编辑工具,CRISPR/Cas9系统能够在蛋白编码基因的外显子区域产生移码突变而彻底破坏蛋白表达及功能,这一特性被广泛应用于基因的大规模功能性筛选研究。人类基因组中除了蛋白编码基因,绝大多数区域为非编码序列。其中长链非编码RNA(lncRNA)已有上万个位点被注释,但是它们绝大多数功能未知,一些已知功能的lncRNA与癌症等很多疾病的发生发展密切相关。 来自北京大学生命科学学院的研究人员发表了题为“Genome-wide screening for functional long noncoding RNAs in human cells by Cas9 t......阅读全文

关于高通量筛选的实验方法介绍

  高通量筛选的实验方法分子水平和细胞水平的实验方法(或称筛选模型)是实现药物高通量筛选的技术基础。由于药物高通量筛选要求同时处理大量样品,实验体系必须微量化,而这些微量化的实验方法应根据新的科研成果来建立。第四军医大学周四元研究认为,药物高通量筛选模型的实验方法,根据其生物学特点,可分为以下几类:

高通量筛选的FLIPR荧光检测法介绍

  近年来,光学测定技术在美、英两国研究人员在高通量筛选检测中,努力进行了光学测定方法的研究,建立了大量的非同位素标记测定法,如用分光光度检测法筛选蛋白酪氨酸激酶抑制剂、组织纤溶酶原激活剂等,均获得成功。  放射性检测技术美国学者GanieSM在高通量药物筛选研究中,应用放射性测定法,特别是亲和闪烁

随机RNA文库的SELEX筛选实验

实验方法原理 SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的存在,可以形成发夹、假结、凸环、G-四聚体等多种空间结 构,它

随机RNA文库的SELEX筛选实验

随机RNA文库的SELEX筛选实验可用于:(1)体外诊断;(2)体内治疗等。实验方法原理SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的

随机RNA文库的SELEX筛选实验

            实验方法原理 SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的存在,可以形

新型整合酶抑制剂高通量筛选方法

随着HIV-1病毒耐药性的不断升级,抗艾滋病药物的研发远远滞后,抗HIV-1药物新靶点的发现和创新药物的研发已成为燃眉之急。HIV-1整合酶催化病毒cDNA与宿主细胞基因组的整合,是HIV病毒复制周期中必需的关键酶。人体内无整合酶功能类似物。因此,整合酶是抗艾滋病药物研发的理想靶点。近年来,北京工业

-高通量miRNA药物精准筛选的新方法

  高通量的药物筛选是具有挑战性的。信息化处理的基因网络过程能够对应这个挑战。它能将多个药物候选的潜在目标整合,处理成信息化的可读数据,同时报告特异性和非特异性的效果。在2月16日的Nature Communication中报告了基于细胞检验miRNA药物靶点的这样的基因网络。  该研究采取细胞内遗

关于高通量筛选的AlphaScreen检测法分析介绍

  高通量筛选的AlphaScreen assay应用广泛且拥有众多优点,更优化药物筛检试验的效果。其操作硬体之限制,导致这实验方法虽然已研发数年,大多数研究人员并未知晓或广泛应用它。  化学生物学研究项目的研究重点是在我们的平台上执行的筛选与蛋白质相互作用的高通量检测。为了这个目的,我们采用Alp

多产学者Nature高通量技术解析RNA功能

  来自斯坦福大学医学院,霍德华休斯医学院等处的研究人员研发出了一种具有某种配体亲和性,能识别RNA结构和序列作用的整体策略,这种技术的全称为RNA分子互作机械诱导捕获技术,是一种微流体系统平台,能对程序性RNA文库进行整体分析,以及功能解读。   文章的通讯作者之

膜片钳创新药物研究与高通量筛选

  在离子通道高通量筛选中主要是进行样品量大、筛选速度占优势、信息量要求不太高的初级筛选。最近几年,分别形成了以膜片钳和荧光探针为基础的两大主流技术市场。将电生理研究信息量大、灵敏度高等特点与自动化、微量化技术相结合,产生了自动化膜片钳等一些新技术。

刘小乐教授:CRISPR高通量筛选的新算法

  高通量的CRISPR筛选,已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日,华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授,在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz

关于高通量筛选系统的技术指标介绍

  高通量筛选系统是一种用于生物学领域的分析仪器,于2010年9月21日启用。  一、高通量筛选系统的技术指标:  1、配备高端品牌的5X(或4X)、10X和20X等至少4组镜头;  2、多组自动滤光片套件:10位激发光滤光片,10组二色相滤镜及发射光滤光片等自动滤光片套件,可进行6个荧光通道的同时

荧光偏振法进行高通量-PLpro-抑制剂筛选

COVID-19 的全球传播是对公共卫生的严重威胁,有效的治疗方法仍然非常有限。因此,新型抗病毒药物的发现是抗击新冠肺炎最为迫切和紧要的任务。在 COVID-19 的致病病原体 SARS-CoV-2 的生命周期中,木瓜样蛋白酶 (PLpro) 在新病毒颗粒的成熟和释放中起作用,并能抑制 Ⅰ 型干扰素

刘小乐教授:CRISPR高通量筛选的新算法

  高通量的CRISPR筛选,已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日,华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授,在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz

高通量细胞筛选库模拟病人检测抗癌药物

  记者从中科院了解到,近期中科院强磁场科学中心已建成目前世界上规模最大的基于癌症激酶靶点的高通量细胞筛选库,填补了国内新药创制领域此类检测体系的空白,将为抗肿瘤新药研发提供有力支撑。  中科院强磁场科学中心刘青松药物学团队以小鼠细胞为原始模板,采用基因工程的手段,针对目前临床常见的癌症相关激酶靶点

天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验

实验方法原理 细胞中,蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽,多聚腺苷酸化,剪切,核外运,翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段,RNA 结合蛋白可以通过与 mRNA 的相互作用调控基因的表达。实验材料 mRNA寡核苷酸试剂、

天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验

            实验方法原理 细胞中,蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽,多聚腺苷酸化,剪切,核外运,翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段,RNA 结合蛋白可以通过与 m

天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验

细胞中,蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽,多聚腺苷酸化,剪切,核外运,翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段,RNA 结合蛋白可以通过与 mRNA 的相互作用调控基因的表达。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞

基于高通量Peggy-Sue系统建立高效药物筛选平台

  高通量生物医药筛选高精尖仪器应用交流会,在兰州留学人员创业园成功召开,ProteinSimple苏倩博士报告了:“基于高通量Peggy Sue系统建立高效药物筛选平台”。报告内容包括:Peggy Sue基于分子量和等电点分离的技术原理;Peggy Sue的独特优势;Peggy Sue应用于高效新

基于高通量Peggy-Sue系统建立高效药物筛选平台

高通量生物医药筛选高精尖仪器应用交流会,在兰州留学人员创业园成功召开,ProteinSimple苏倩博士报告了:“基于高通量Peggy Sue系统建立高效药物筛选平台”。报告内容包括:Peggy Sue基于分子量和等电点分离的技术原理;Peggy Sue的独特优势;Peggy Sue应用于高

高通量筛选技术揭示AAV衣壳蛋白是如何演化的?

  在最近一项研究中,研究人员使用腺相关病毒(AAV)载体衣壳库的高通量筛选来最大程度地获得具有所需特性的AAV变异体的可能性。这些实验的结果使他们获得了一些意想不到的知识,相关结果发表在最近一期的《Human Gene Therapy》杂志上。(图片来源:www.pixabay.com)  文章作

高通量筛选平台(HTS)在抗体药物开发中的应用

细胞株开发和培养基优化是生物药物的开发的第一步,工业界一直致力于寻找一个高效快速的解决方案,我们将分两期给大家介绍一下默克提供的解决方案。这一期将分享HTS技术。HTS全称为高通量筛选(High Throughput Screen ),这里要划一下重点:1)高通量,是指通过大量不同的培养基筛选,

膜片钳对创新药物研究与高通量筛选

创新药物研究与高通量筛选在离子通道高通量筛选中主要是进行样品量大、筛选速度占优势、信息量要求不太高的初级筛选。最近几年,分别形成了以膜片钳和荧光探针为基础的两大主流技术市场。将电生理研究信息量大、灵敏度高等特点与自动化、微量化技术相结合,产生了自动化膜片钳等一些新技术。

细胞高通量药物筛选平台,必用透析胎牛血清

高通量药物筛选是当今时髦的新药研发方法。一方面,有机化学的飞速发展使得小分子的化合物库种类越来越多,另一方面,分子生物学为靶蛋白的筛选提供了荧光报告技术。同时,以细胞学为基础分子生物学方法还可用于筛选出的化合物的生物活性检测。 高通量药物筛选作为药物筛选的一个快捷途径,可在三个平台上进行应用:分别为

hERG-钾离子通道高通量安全性筛选(一)

hERG 钾离子通道高通量安全性筛选    ——IonWorks Barracuda高通量全自动膜片钳系统多次加样检测方法的优势                          特点:• 超高通量——可以满足大批量化合物筛选的需求• 每小时> 6,000数据点• 384通道同时记录• 超低的运行成

高通量筛选在基因工程菌培养的应用

高通量筛选基因工程菌(如E.coli)时,如果先从固体培养基中挑取单菌落、在含有抗生素的液体培养基中放大培养,多少也要等上4-6个小时才能够获得适合检测的菌体量。现在,IKA 帮您大大缩短工作时间——使用恒温摇床KS 4000 ic的通用夹具,您即可固定8块深孔板,而无需单独购买其它夹具。 KS 4

hERG-钾离子通道高通量安全性筛选(二)

材料和方法稳定转染人Kv11.1 通道的中国仓鼠卵巢细胞(CHO)来自ChanTest 公司(Cleveland, OH)。本实验中所使用的所有试剂和药品均来自Sigma-Aldrich(St. Louis, MO).hERG 离子通道多次加样方法的开发多次加样的方法中细胞需要进行多次的溶液交换并且

强磁场中心建成高通量药物筛选和测试技术平台

  近日,由中国科学院强磁场科学中心刘青松研究员课题组承担的中科院合肥物质科学研究院“一三五”战略规划重点支持项目——高通量药物筛选和测试技术平台一期建设初步完成,进入实用阶段。该平台是目前安徽省内少数高水平的高通量药物筛选测试技术平台,也是国内少数以组合药物筛选为主要任务的应用平台,它的建成使用将

亲和质谱技术:药物靶标配体的高通量筛选

  疾病相关的药物靶标蛋白与小分子化合物的亲和作用研究是当今开发新药分子的热点领域。亲和质谱技术(Affinity Selection Mass Spectrometry)作为一种间接筛选小分子配体的方法,已经成功应用于许多受体、酶等靶蛋白的配体的筛选,并且得到了广泛的应用。  亲和质谱分析的基本原

筛选或验证RNA修饰直接靶点,研究RNA修饰靶基因的调控...

筛选或验证RNA修饰直接靶点,研究RNA修饰靶基因的调控机制技术简介用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与R