新方法:超低细胞数表观基因组研究

日本九州大学和东京理工学院的科学家们研发了一种使用非常少量的细胞,范围从100到1000的细胞,来分析DNA-蛋白质相互作用的新技术。他们的方法可以捕获前所未有的细胞内表观遗传组信息,该技术奖促进生物标记的发现并为精准医学开辟新道路。 这项被称为染色质整合标记测序(Chromatin Integration Labeling sequencing ,ChIL-seq)的技术将为科学家们研究稀有细胞类型和其他供不应求的细胞样本开辟机会。ChIL-seq只需要一小部分细胞材料。在评价ChIL-seq性能的一系列实验中,研究人员仅使用了100至1000个细胞便成功证实了组蛋白修饰和DNA相关结合因子的检测。 过去十年,染色质免疫沉淀测序(chromatin immunoprecipitation sequencing ,ChIP-seq)已经成为分析表观遗传数据和鉴定DNA相关蛋白重要结合位点的主要技术。然而,ChIP-seq......阅读全文

只需100个细胞的表观基因组分析

  近年来,表观遗传学已经成为了干细胞分化、炎症、癌症等多个领域的研究热点,但它在临床上的潜力还未得到充分挖掘。表观基因组分析可以帮助医生根据患者的自身状态调整治疗方案,最终实现个性化医疗。问题在于,表观基因组分析需要的细胞量很大。举例来说,检测全基因组的蛋白-DNA互作和染色质修饰大约需要一千万细

新方法:超低细胞数表观基因组研究

  日本九州大学和东京理工学院的科学家们研发了一种使用非常少量的细胞,范围从100到1000的细胞,来分析DNA-蛋白质相互作用的新技术。他们的方法可以捕获前所未有的细胞内表观遗传组信息,该技术奖促进生物标记的发现并为精准医学开辟新道路。  这项被称为染色质整合标记测序(Chromatin Inte

表观基因组的概念

中文名称表观基因组英文名称epigenome定  义全基因组的甲基化图谱。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)

成年干细胞的表观控制

  Linheng Li及同事完成的一项新的研究工作研究的是,造血干细胞中H19“差异化甲基化区域” (H19-DMR) 的删除所产生的效应。DMR已知控制印记基因H19 和 Igf2从H19–Igf2 位点的表达,将H19 的表达限制于母方等位基因,将Igf2的表达限制于父方等位基因。作

Autoimmunity:能研究细胞表观基因组学特性的新型工具

  如今研究人员都知道,表观基因组在控制DNA表达上扮演着关键角色,而且表观基因组的一系列改变与多种健康问题直接相关,比如癌症、自身免疫性障碍等多种疾病,但目前科学家们关于表观基因组并不是知道地很多,甚至也并没有工具去研究表观基因组。 图片来源:CC0 Public Domain   刊登

Nature子刊:表观遗传学修饰调控染色体数

  众所周知,染色体数的异常往往与癌症发展有关。日前瑞典卡罗琳斯卡医学院的科学家们发现,一个微小的表观遗传学改变,在染色体的正确分离中起到了至关重要的作用。这项研究于二月十六日提前发表在Nature Structural and Molecular Biology杂志的网站上。   在正常情况

细胞计数板怎么数细胞

实验原理:当待测细胞悬液中细胞均匀分布时,通过测定一定体积悬液中的细胞的数目,即可换算出每毫升细胞悬液中细胞的细胞数目。具体操作:1. 将计数板及盖片擦拭干净,并将盖片盖在计数板。2. 将细胞悬液吸出少许,滴加在盖片边缘,使悬液充满盖片和计数板之间,静置3min,注意盖片下不要有气泡,也不能让悬液流

不容忽视的表观基因组

  肥胖有可能不仅写在基因之中,也写在基因之上。迄今为止最大型的一项探讨人类表观基因组(epigenome)的研究发现,某些表观遗传标记与身体质量指数(body mass index,BMI)相关。   科学家们报告称在2500多人的血液和脂肪细胞发现与新陈代谢相关的一个基因发生了化学改变。这

首次绘制小麦表观基因组图谱

  最近,英国利物浦大学的科学家们,对小麦中调节基因活性的遗传性分子变化,进行了首次全基因组范围的调查,这可能成为提高作物育种技术的一种新工具。相关研究结果发表在最新一期的《Genome Biology》。延伸阅读:权威期刊发布首个小麦单体型图谱。  表观遗传标记是一种化学标签,将自己附着在DNA上

突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术

  由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法,使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》(Nature Methods)上的实验方案,可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。  近年来单细胞测序技术发展迅速,被广泛用于研究细胞间的基因表达谱(转录组)

什么是红细胞数

  红细胞也称红血球,在常规化验英文常缩写成RBC,是血液中数量最多的一种血细胞,同时也是脊椎动物体内通过血液运送氧气的最主要的媒介,同时还具有免疫功能。成熟的红细胞是无核的,这意味着它们失去了DNA。红细胞也没有线粒体,它们通过葡萄糖合成能量。

红细胞数的概述

  红细胞数检查是从 静脉或耳垂、指尖处采取末梢血液(Hayem’s solution),用 显微镜计算每mm3的红细胞数。  红细胞数低时就判定为贫血。  正常值[男性]400万~550万个/mm3、 [女性]350万~450万个/mm3  呈现异常值时的主要疾病贫血、 多血症  红细胞数量减少时

细胞化学词汇缠绕数

缠绕数(writhe number,Wr或W)是DNA拓扑学的重要概念之一。缠绕数有些地方也称为超螺旋数。cccDNA由于扭转而不处在同一平面上,以至于在三维空间里双螺旋的长轴经常重复地自我交叉,这种交叉的次数即为缠绕数。

细胞化学词汇连环数

连环数(linking number,Lk或L)又称为连接数,是共价闭环DNA(covalently closed circular DNA,简称cccDNA)的固有拓扑特性,是指要使DNA两条链完全分开时一条链必须穿过另一条链的次数。

血细胞分析仪计数脑脊液中红细胞数、白细胞数及分类

  血细胞分析仪主要是计数血液中细胞数量的,而多数脑脊液中细胞总数不在仪器设定的范围内,计数误差较大,一般不宜使用;如果脑脊液为血性,可直接用血细胞分析仪测量,或用血细胞分析仪的稀释模式检测,但并不稀释脑脊液,而是把检测结果除以一个系数(这个系数为用稀释模式做血液细胞计数时的稀释倍数)即可,且可以对

Nature:不容忽视的表观基因组

  肥胖有可能不仅写在基因之中,也写在基因之上。迄今为止最大型的一项探讨人类表观基因组(epigenome)的研究发现,某些表观遗传标记与身体质量指数(body mass index,BMI)相关。   在上个月的《柳叶刀》(The Lancet)杂志上,科学家们报告称在2500多人的血液

Science:揭示大脑回路的表观基因组成

  表观基因组学的变化,包括DNA的化学修饰,可以作为基因组的一层额外信息。表观基因组学在学习和记忆及年龄相关的认知度方面扮演着重要的角色。新的研究发现DNA甲基化,一种特殊的表观基因组学修饰的形式。从出生到成年,DNA甲基化形式在大脑细胞中是动态变化的。从而帮助理解大脑细胞中基因组学的信息是如何控

表观基因组学研究指南(一)

  今年九月,对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份,因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在Nature,Genome Biology,Genome Research等杂志上公布了三十多份论文,还有在Science,Cell,以及the Journal of Bi

表观基因组学研究指南(三)

  今年九月,对于基因组研究者们来说是一个具有纪念意义的月份,因为美国人类基因组研究院(NHGRI)资助的ENCODE项目在 Nature,Genome Biology,Genome Research等杂志上公布了三十多份论文,还有在Science,Cell,以及the Journal

还在人工数细胞吗?试试这样数细胞,又快、又准、又省力

手动细胞计数弊端颇多,不仅耗时、费力,而且有明显的限制条件。工作中,常常会遇到「我刚刚数到哪了」之类的问题。现在,科学家们都开始青睐自动细胞计数了,因为这项功能不仅解放了人力(太棒了!),而且消除了手工处理的种种「误差」。Vi-CELL XR 全自动图像式细胞计数及活力分析系统,一切设计皆为消除细胞

如何确定转基因拷贝数

鉴定转基因植物的第一步就是要确定被转基因已经稳定的整合到了染色体上。第二步任务就是评估有多少个转基因拷贝,以及每个转基因的表达水平如何。一般经过上游表达载体的设计构建以及下游转化体系的建立、转化品系的筛选鉴定等一系列步骤后,即获得 T 0 代转基因植物。在转化过程中,外源 DNA 随机插入植物

内参基因拷贝数正常范围

基因组DNA拷贝数变化在许多人类疾病如肿瘤、遗传性疾病的发生发展中起重要作用,也是这些疾病的细胞遗传学表现。染色体显带已被运用了几十年,具有其高度的可靠性并成为染色体分析的金标准,但其分辨率低(约为5~10Mb),需要中期细胞,操作费时。

单核细胞数的概述

  与粒细胞有相同的祖细胞,成熟的单核细胞释放入血。但实际上单核细胞并未完全成熟,在血中约停留3~16天后就进入组织继续发育成为巨噬细胞(macrophages),血中和组织中的巨噬细胞构成单核吞噬细胞系统。

嗜酸性粒细胞数介绍

血中嗜酸性粒细胞也来源于多能干细胞,在细胞的前体(precursors)阶段已能与其他髓系细胞区别,体外培养可分离出嗜酸性粒细胞祖细胞(eosinophil committed cell)。血中嗜酸性粒细胞量在昼夜有明显变化,清晨较低,夜间较高。其周期变化与血中肾上腺皮质的糖皮质激素呈负相关,糖皮质

新方法可无损破译基因表观遗传密码

  美国宾夕法尼亚大学研究人员开发出一种破译DNA表观遗传密码的新方法,利用DNA脱氨酶进行基因测序。他们8日在《自然·生物技术》杂志上发表论文称,新测序方法克服了沿用数十年的亚硫酸氢盐测序法的局限,将有助于更深入理解肿瘤生成等复杂生物过程。  表观遗传指的是在基因核苷酸序列不发生改变的情况下,基因

Science新闻:表观遗传学印记让基因“窒息”

  吸烟留下的可不仅仅是衣服和手指上的烟味,现在一项新研究提出了强有力的证据指出,吸烟能够通过表观遗传学修饰影响增加癌症发病风险的基因活性。这一发现,为研究者们提供了一个评估吸烟人群癌症风险的新工具。   我们DNA上的化学修饰可以影响基因的功能,决定基因的开启和关闭,这些化学修饰被称为表观遗传学

Nature子刊:用CRISPR操控表观基因组

  杜克大学的研究人员开发出了一种新方法,可以精确地控制基因开启及激活的时间。借助这一新技术研究人员可通过化学操控包装DNA的蛋白,来开启特异的基因启动子和增强子——控制基因活性的基因组片段。  研究人员说,拥有操控表观基因组的能力将有助于他们探究特殊启动子和增强子在细胞命运或遗传病风险中所起的作用

GenomeResearch:双生子表观基因组研究

  基因决定了人生命中的方方面面,不过环境也能对基因产生强烈的影响,这种影响在人出生前就已产生,而且其造成的影响将会伴随人的一生。日前,研究人员首次展示了子宫内环境对新生儿表观遗传学图谱的影响,即我们出生时就带有的DNA化学修饰,这项研究将为人们提供宝贵的疾病风险信息。文章发表在7月16日的Geno

Nature:表观遗传与基因调控的新发现

  最近在《Nature》杂志发表的一篇研究中,瑞士Friedrich Miescher生物医学研究所(FMI)的Dirk Schübeler和他的研究小组,描述了转录因子和DNA表观遗传修饰之间的相互作用,会对基因调控有何影响。科学家发现,转录因子可以通过DNA甲基化模式的改变而间接合作:通过去除

表观遗传学开关控制基因节律性转录

  当夜晚降临,我们就会慢慢入睡,这是受昼夜节律circadian cycle影响的结果,我们的每个器官甚至基因中都存在这样的节律。   Salk研究所的科学家发现,表观遗传学修饰是使肝脏活性与昼夜节律同步的遗传学开关。这一发现能够帮助人们进一步了解高血糖、高胆固醇等健康威胁背后的机制,文章于近期