MethodsfortheDetectionofDAminoAcidOxidase1
AbstractFour methods (an enzyme activity assay, western blotting, RT-PCR, and northern hybridization) to detect the enzyme D-amino-acid oxidase are described.IntroductionD-Amino-acid oxidase catalyzes oxidative deamination of D-amino acids (stereoisomers of naturally occurring L-amino acids) to the corresponding 2-oxo acids, producing ammonia and hydrogen peroxide in the course of the reaction (1). This enzyme is pre......阅读全文
鞠熀先教授荣获2022年度测量科学进展讲座奖
2022 年度测量科学进展讲座奖 (Advances in Measurement Science Lectureship Award) 获奖人名单现已公布。来自南京大学的鞠熀先教授与University of Virginia的Jill Venton教授、洛桑联邦理工学院(EPFL)的Thom
Nature－Methods：针对LncRNAs的新型精准基因测序技术
现在有一种新的基因测序技术-“捕获测序'（CaptureSeq），能使我们以更高的分辨率去探索人类基因组。它优于现有的基因测序技术，能精确捕捉测量许多具体的活性基因样品（即使基因的表达时间仅按分钟水平计算）。这个技术对癌症研究具有革命性的影响。在实际应用中，可用于包括许血液肿瘤的诊断。这篇文章由
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
Nature－Methods：测量细胞力的最新方法
就像很小的建筑工人一样，细胞在3D空间中“构建”胚胎组织和器官。这是一项复杂的任务，需要细胞之间进行不断的沟通，协调它们的动作，产生形成复杂组织形态的机械力。 长期以来，生物学家一直在研究，这些结构形成时细胞和它们的行为之间的联系，但是直到现在，还没有发现细胞产生用来形成这些结构的力。目前
Nature－Methods：大规模定点突变的新方法
定点突变是序列-功能研究中不可或缺的工具。然而，传统的方法能力有限。华盛顿大学的研究人员开发出一种新方法，能够以大规模并行的方式开展单个氨基酸的定点突变。这项成果于1月5日发表在《Nature Methods》杂志上。 目前的定点突变方法能力有限，每次只能靶定几个碱基，且操作繁琐，成本高昂。为
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
遗传学大牛Nature－Methods发布CRISPR重要成果
CRISPR-Cas9系统使得研究人员能够编辑许多生物体和细胞类型的DNA序列。然而，科学家们也日益认识到可以利用它来激活基因的表达。为此，他们构建出了大量可激活Cas9蛋白的合成基因来研究基因功能或在潜在的治疗方法中弥补不充足的基因表达。 哈佛大学Wyss生物启发工程研究所核心教员、系统生物
Nature－Methods：高分辨率的测序技术
悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出，CaptureSeq（Capture Sequencing）能够大大提高基因组分析的分辨率，为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。 CaptureSeq结合了基因捕获技术和
华人学者Nature－Methods发表超强测序分析工具
拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用，但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具，CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异，而且已经免费对全世界的研究者们
Nature－Methods：高质量的组蛋白PTM抗体
美国芝加哥大学的研究人员开发出质量稳定的重组抗体，能特异识别组蛋白H3的三甲基赖氨酸残基，适合各种表观遗传学应用。这一成果于近日发表在《Nature Methods》在线版上。 组蛋白的翻译后修饰(PTM)在表观遗传调控中发挥重要作用。组蛋白PTM的抗体是表观遗传学研究(如染色质免疫沉
Staining－Methods－for－cell－death－Z.－Xia－10/2/95
The simplest way: trypan blue. Dead cells stain blueNon-fixed cells: FDA(fluorescein diacetate)-green, alive cells; P.I. (propidium iodide)-red, dead
Nature－Methods：全面检测CRISPR脱靶效应的新策略
CRISPR/Cas9基因组编辑目前正应用得如火如荼，但若要转化到临床应用，准确检测脱靶效应则是必不可少的。近日，麻省总医院的研究人员开发出一种新策略，能够鉴定全基因组范围的CRISPR/Cas9脱靶突变。 之前，在全基因组范围鉴定脱靶效应的细胞方法也时有报道，但这些方法可能错过低频率的脱靶突
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
An－Integrative－Procedure－for－Apoptosis－Identification－and－Measurement2
TroubleshootingCritical Steps(1) Don’t trypsinize cells for too long when collecting them.(2) Rotation speed should be no more than 1500 rpm during ce
IPAC－2012－Call－for－paper－and－Introduction
IPAC 2012 Call for paper and Introduction The International Process Analysis & Control Congress, China 2012 (IPAC 2012) is the first event spons
流式细胞仪高级技巧（Purdue）
Introduction A. CossarizzaWorkshop SponsorsMethods in analysis of apoptosis and cell necrosis. Z. DarzynkiewiczCommon methods for measuring apopt
流式细胞仪高级技巧（Purdue）
Introduction A. CossarizzaWorkshop SponsorsMethods in analysis of apoptosis and cell necrosis. Z. Darzynkiewicz Common methods for measuring apopto
Nature－Methods：科学家成功使用AI预测癌症进化
一个来自英国和美国的联合研究团队已经开发出了一种使用人工智能预测肿瘤可能如何改变以及如何在病人体内传播的方法，相关研究成果于近日发表在《Nature Methods》上，题为“Detecting repeated cancer evolution from multi-region tumor
三篇Nature－Methods：定位基因组的调控序列
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。 近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数
Nat－Methods：高端成像技术让癌细胞无所遁形
利用高科技的成像方法，来自华盛顿大学的科学家就可以在组织深处清楚地看到早期发育中的癌细胞，这或许比之前利用荧光蛋白来观察癌细胞要更加清晰直观，相关研究发表于国际杂志Nature Methods上。 研究者Lihong Wang表示，通过遗传性地修饰胶质母细胞瘤细胞使其表达BphP1蛋白，我们就
2016年的年度技术是什么？Nature－Methods最新公布
在2016年的最后一个工作日，Nature Methods赶着发布了2017年的新刊，并在其中公布了2016年度技术，你们肯定会猜年度技术就是CRISPR系统，然并卵，对于前瞻性的每年盘点的年度技术来说，一个并不常见的名词：Epitranscriptome analysis（表观转录组学分析，生
北京大学Nature－Methods发布表观遗传重要成果
尽管几乎到处（食物、土壤、牙膏、尤其是自来水中）都存在有氟离子，其对于微生物和细胞具有很强的毒性作用。为了避免死亡，细胞必须清除掉在它们内部累积的氟离子，这一过程是通过离子通道来实现。离子通道指的是穿过细胞膜的一种蛋白质通道，其只允许特异的物质通过。 氟离子通道直到最近才被人发现，一些研究暗示
Nature－Methods：超越NGS的基因组分析新策略
来自西奈山Icahn医学院的科学家们开发了一种新方法，通过结合高通量的DNA测序及基因组作图构建出几近完整的基因组。这一方法使得研究人员能够检测复杂的基因组变异形式――由于与人类疾病有关联这些基因组变异极为重要，然而以往却难以检测到它们。这项研究发布在6月29日的《自然方法》（Nature M
华人学者Nature－Methods发布单细胞测序重要工具
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
Nat－Methods：利用光线按需定制基因组折叠
你体内的每个细胞都有你的一个紧密缠绕并装入在细胞核中的基因组拷贝。由于每个基因组拷贝实际上是相同的，不同细胞类型及其生物学功能之间的差异可归结为基因组中哪些基因发生表达，基因的表达方式和时间。 科学家越来越了解基因组折叠在这一过程中所起的作用。线性基因序列被包装到细胞核中的方式决定了哪些基因彼
Nature－Methods发布高通量细胞脂质检测新工具
脂类，是一种复杂的物质，除了主要成分脂肪酸还包括许多其他成分。在生命体中，脂质构成细胞壁，储存能量，在必要时释放能量，并在细胞信号转导中起重要作用。有关脂类的很多知识都还没有答案，用质谱测绘大量样本的高通量脂质分子结构检测方法研究还处于初级探索阶段。 越来越多证据表明，脂质成分变化在癌症、脂肪
两篇Nature－Methods发布突破性测序技术
澳大利亚基因组研究者开发了一种人工合成的“镜像”DNA序列——Sequins。这一突破性技术能帮助人们更好地进行基因组分析，有望成为将基因组测序推向临床的一大助力。 人类基因组是包含六十多亿DNA碱基的复杂序列。现在测序一个人的基因组已经比较方便了，但随之而来的基因组分析问 题依然令人头疼。为
Nature－Methods－|－朝思暮想：单细胞蛋白质组测序之梦
近期，Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics，探讨了单细胞蛋白组学的发展，提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远（Credit: S. Larochell