分子物种定界可使用贝叶斯模型选择方法和参数估计方法
物种定界是分类学最基本的问题，基于贝叶斯模型选择方法的BPP软件是最为广泛使用的分子物种定界软件。一些对贝叶斯物种定界的模拟研究认为BPP软件检测到的是群体分化而非物种分化，并且当分析多基因数据时，该软件倾向于过度定界，即过度划分物种。 近日，中国科学院数学与系统科学研究院科研人员在分子物种定界方面取得新进展，其成果发表在生物系统学杂志Systematic Biology上。该项工作与加州大学戴维斯分校、西雅图大学合作完成，数学院博士朱天琪和海外科学家杨子恒分别是第一作者和通讯作者。 数学院科研团队的研究指出，在延迟物种分化模型（protracted speciation model,PSM）中，物种分化和群体分化之间的差异并不会影响到基因树和数据的产生，所以依赖这样的数据进行分析是无法区分物种分化和群体分化的。同时，他们指出，由于延迟物种分化模型假设物种分化瞬时完成，这与自然界大多数的成种过程相悖，因而是不合理的进化模......阅读全文
分子物种定界可使用贝叶斯模型选择方法和参数估计方法
物种定界是分类学最基本的问题，基于贝叶斯模型选择方法的BPP软件是最为广泛使用的分子物种定界软件。一些对贝叶斯物种定界的模拟研究认为BPP软件检测到的是群体分化而非物种分化，并且当分析多基因数据时，该软件倾向于过度定界，即过度划分物种。 近日，中国科学院数学与系统科学研究院科研人员在分子物种定
数学院等在贝叶斯模型选择渐进行为研究中取得进展
近日，中国科学院数学与系统科学研究院和英国伦敦大学科研人员合作的关于贝叶斯模型选择的渐进行为的研究成果，在线发表在PNAS上。研究表明，贝叶斯模型选择的病态渐进行为是使用贝叶斯方法进行物种进化树估计得到不合理结果的可能原因。 模型选择与假设检验是统计学中比较棘手的问题。经典统计与贝叶斯统计的处
一种基于贝叶斯频率估计算法的窄带有源噪声控制系统
窄带有源噪声控制是一种通过发出与初始噪声幅度相同、相位相反的声波从而有效降低低频窄带噪声的控制手段。窄带有源噪声控制算法需要预先获得初始噪声的频率信息，包括频率个数及各个频率值。 传统的基于自适应陷波器（adaptive notch filter，ANF）的频率估计方法需要人为设置频率个数，且
研究揭示贝叶斯全证据定年对物种采样偏差具有稳健性
随着基因组数据的涌现以及形态学数据的积累，综合利用分子序列和形态性状进行整合的数据分析逐渐成为演化生物学尤其是系统学研究的热点。与单独依赖化石信息或分子数据相比，整合多方面的数据能够得到更可靠的统计推断结果，对探讨诸多演化生物学问题具有基础重要性。由于模型的复杂性，合理运用整合分析并在模型和方法
利用贝叶斯方法推断中生代鸟类分化时间和特征演化速率
近日，《英国皇家学会开放科学》（Royal Society Open Science）在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所张驰和王敏的研究工作。该研究利用贝叶斯末端定年法（Bayesian tip dating）推断了中生代主要鸟类支系的系统发育关系、分化时间及特征的演化速率，并包含这些
欧洲山毛榉枝条光合过程中碳同位素测量的贝叶斯模拟...
欧洲山毛榉枝条光合过程中碳同位素测量的贝叶斯模拟方法LYDIA GENTSCH, ALBIN HAMMERLE, PATRICK STURM, JÉRÔME OGÉE, LISA WINGATE, & ROLF SIEGWOLF et al. (2014). Carbon isotope dis
npj:－层状材料设计—主动学习与贝叶斯优化
由过渡金属二硫属化合物单层垂直堆叠而成的异质结在光电和热电器件领域拥有巨大的应用潜力。发现用于特定领域的最优层状材料，需要先估算关键的材料特性，例如电子能带结构和热输运系数。然而，通过严格从头算方法搜索整个材料结构空间来筛选材料特性大大超过了目前计算资源的限制。此外，材料特性函数对其结构的依赖性
如何构建分析方法
小编在后台收到不少关于建树的问题，今天转载一篇PLoB的帖子，分享给大家，一起来看一下吧~ 方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Ma
动物所在分子系统学基础研究方面取得新进展
在现代分子系统学研究中，最大似然法和贝叶斯分析是两种文献中最为主要的构建系统发育树的两种方法。在构建系统发育树之前，研究人员一般都需要对比对后的多条基因序列进行最优进化模型选择。目前，通常使用的模型选择软件，如ModelTest等，其实包含似然比检验（LRT）、赤池信息标准（AIC
种子扦样器的选择方法和使用方法
工作人员在进行种子扦样的过程中，如果才做不规范或者是技术水平不娴熟都会导致检验结果不能正确反映出所扦种子批的真实性。因此，在使用种子扦样器进行种子扦样的过程中，一定要按照规范进行操作，注意一些事项。 由于种子品种繁多，种子扦样器的选择也是其中较为关键词的一步，一般来说，是根据不同作物的
阿贝折光仪使用方法
一. 仪器的安装。 将折光仪置于靠窗的桌子或白炽灯前。但勿使仪器置于直照的日光中，以避免液体试样迅速蒸发。用橡皮管将测量棱镜和辅助棱镜上保温夹套的进水口与 超级恒温槽串联起来，恒温温度以折光仪上的温度计读数为准. 二. 加样 松开锁钮，开启辅助棱镜，使其磨砂的斜面处于水平位置，用 滴定管加小量
阿贝折射仪使用方法
准备工作； （1）在开始测定前，必须先用标准试样校对读数。对折射棱镜的抛光面加1~2滴溴萘，再贴上标准试样的抛光面，当读数视场指示于标准试样上之值时，观察望远镜内明暗分界线是否在十字线中间，若有偏差则用螺丝刀微量旋转图七上小孔（16）内的螺钉，带动物镜偏摆，使分界线象位移至十字线中心，通过反复地观察
阿贝折射仪使用方法
阿贝折射仪的使用方法 1.准备和校正将折光仪置于光线充足的地方，与恒温水浴相连接，使折光仪棱镜的温度为20℃。然后将下棱镜（反光镜18）打开，向后扭转约180℃，把上棱镜（折射棱 镜）和校正用的标准玻璃用丙酮洗净烘干，将一滴1-溴代苯滴在标准玻璃的光滑面上，然后贴在上棱镜面上，用手指轻压标准玻璃的四
英国科学家利用贝叶斯原理诠释细胞信号网络
繁复的细胞信号网络的解析一直是困扰生物学界的一个难题，众多的传导路径往往使研究人员无从入手，给具体实验研究带来极大困扰。而英国格拉斯哥大学研究人员最近证实，通过贝叶斯统计模型，不仅能对细胞信号通路模型进行评级，遴选出最优的传导路径，还可对细胞信号网络模型进行全新的诠释。这一代表了细胞
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组
科学家提出生态位建模新方法
生态位模型（ENM）在生态学、生物地理学和进化生物学研究中发挥着越来越重要的作用，并被广泛用于帮助保护规划和管理。该领域研究中很重要的一部分是针对稀有物种。稀有物种存在观察记录偏差及地理范围局限、生境特化、种群规模小和自然史信息有限等特征。但是，由于空间采样偏差引起的模型不准确性和过拟合等问题，
物种相对多度模型
大多数物种多度的分布可由若干理论分布拟合，其中对数正态分布、几何级数分布和对数级数分布有较好的拟台合效果，在研究中应用较为广泛。几何级数分布：按照植物群落演替过程中生态位优先占领原则，群落中物种对资源的占有作如下分配：第一优势种优先占领资源的一定部分；第二优势种又占领剩余资源的一定部分。依此类推，直
比色皿的选择和使用方法
比色皿的一般常识比色皿的制造工艺有两种，一种是粘合剂粘合而成，另一种是高温熔融而成。比色皿的材料通常来源于石英、熔凝硅石和光学玻璃。玻璃比色皿对紫外线几乎全部吸收，吸光度非常大。而石英比色皿的吸光度则小得多。如何正确选择比色皿比色皿透光面是由能够透过所使用的波长范围的光的材料制成。低于350nm的光
透析袋的选择和使用方法
透析技术自Thomas Graham 于1861年发明到现在已有一百多年的历史，它已成为生物化学实验室简便，常用的分离纯化技术之一。在生物大分子的制备过程中，去除盐、少量有机溶剂、小分子杂质、样品浓缩和改变微量样品的缓冲系统等都要用到透析技术。 生物样品的透析只需使用专用的半透膜即可完
阿贝折光仪的使用方法
（1）将棱镜和打开，用擦镜纸将镜面拭洁后，在镜面上滴少量待测液体，并使其铺满整个镜面，关上棱镜。（2）调节反射镜7使入射光线达到最强，然后转动棱镜使目镜出现半明半暗，分界线位于十字线的交叉点，这时从放大镜2即可在标尺上读出液体的折射率。（3）如出现彩色光带，调节消色补偿器，使彩色光带消失，明暗界面清
阿贝折射仪的使用方法
阿贝折射仪的使用方法：1、仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求（一般选用（20.0±0.1）℃或（25.0±0.1）℃）2、加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂
阿贝折射仪的使用方法
阿贝折射仪的使用方法：1、仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求（一般选用（20.0±0.1）℃或（25.0±0.1）℃）2、加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂
阿贝折射仪的使用方法
阿贝折射仪的使用方法：1、仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求（一般选用（20.0±0.1）℃或（25.0±0.1）℃）2、加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂
阿贝折射仪的使用方法
1、仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求。2、加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂斜面处于水平位置，若棱镜表面不清洁，可滴加少量丙酮，用擦镜纸顺单一方向轻擦镜面
阿贝折射仪的使用方法
阿贝折射仪是能测定透明、半透明液体或固体的折射率和平均色散的仪器（其中以测透明液体为主），如仪器上接恒温器，则可测定温度为0℃－70℃内的折射率。 折射率和平均色散是物质的重要光学常数之一，能借以了解物质的光学性能、纯度、及色散大小等。使用方法（1）仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的
阿贝折射仪的使用方法
（1）仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求（一般选用（20.0±0.1）℃或（25.0±0.1）℃）（2）加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂斜面处于水平位置，
阿贝折射仪的使用方法
阿贝折射仪的使用方法：1、仪器安装：将阿贝折射仪安放在光亮处，但应避免阳光的直接照射，以免液体试样受热迅速蒸发。用超级恒温槽将恒温水通入棱镜夹套内，检查棱镜上温度计的读数是否符合要求（一般选用（20.0±0.1）℃或（25.0±0.1）℃）2、加样：旋开测量棱镜和辅助棱镜的闭合旋钮，使辅助棱镜的磨砂
阿贝折光仪的使用方法
使用（1）将棱镜和打开，用擦镜纸将镜面拭洁后，在镜面上滴少量待测液体，并使其铺满整个镜面，关上棱镜。（2）调节反射镜7使入射光线达到最强，然后转动棱镜使目镜出现半明半暗，分界线位于十字线的交叉点，这时从放大镜2即可在标尺上读出液体的折射率。（3）如出现彩色光带，调节消色补偿器，使彩色光带消失，明暗界
阿贝折光仪的使用方法
使用（1）将棱镜和打开，用擦镜纸将镜面拭洁后，在镜面上滴少量待测液体，并使其铺满整个镜面，关上棱镜。（2）调节反射镜7使入射光线达到最强，然后转动棱镜使目镜出现半明半暗，分界线位于十字线的交叉点，这时从放大镜2即可在标尺上读出液体的折射率。（3）如出现彩色光带，调节消色补偿器，使彩色光带消失，明暗界
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组