NatBiotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它将基于装配的宏基因组聚类与重复识别的精确支架结合在一起，以准确地组装复杂的微生物群落。相关研究结果发表在2019年8月的Nature Biotechnology期刊上，论文标题为“Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes”。图片来自Nature Biotechnology, 2019, doi:10.1038/s41587......阅读全文
科研人员深度挖掘人类肠道宏基因组的古菌病毒
北京时间12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在国际学术期刊《自然-通讯》（nature communications，IF=17.69）上发表了题为"Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of arch
宏基因组测序技术助力腹泻暴发调查中病原体识别
腹泻病一直是世界范围内主要流行和重要的致死性疾病之一，同时也是导致5岁以下儿童死亡和营养不良的第二大原因。不论在发达国家还是发展中国家，病原体导致的腹泻是食品安全最主要的问题、以及人群健康的重要威胁。另外，虽然人类医学条件得到了极大的提升，但因为腹泻发病率高、病原体耐药率高，使腹泻病的治疗和防控
肠道宏基因组学及代谢组学标志物或可诊断早期结直肠癌
在大多数散发性结直肠癌病例中，肿瘤的发生是一个多阶段的过程，包括基因组的改变和形态学的改变。近年来，越来越多的证据显示，人类肠道微生物组与结直肠癌的发生具有一定的关联，更多的科学研究试图从粪便中分析肠道菌群的特点，以期找到有关肠道微生物与结直肠癌的线索。今年4月，两个科学团队在Nature Me
关于开发出基于宏基因组的亚胺还原酶工具箱
生物催化尤其是酶促不对称还原胺化合成手性胺，为许多高值化合物的高效绿色合成提供了有效途径。然而，新酶发现仍是酶促不对称合成过程中具有挑战和限速的步骤。寻找更快、更简捷的新酶筛选方法，引起了越来越多的关注。 中国科学院天津工业生物技术研究所研究员朱敦明、吴洽庆带领的生物催化与绿色化工团队，与英国
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（一）
改进的人类肠道微生物组的高分子量DNA提取，纳米孔测序和宏基因组学装配Improved high-molecular-weight DNA extraction,nanopore sequencing and metagenomicassembly from the human gut microb
三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（二）
优势与局限这种DNA提取方法已被优化用于从人类粪便样本中提取高分子量(HMW)DNA，但也已在模拟微生物群落和细菌分离株上得到验证。我们希望该方案可以适用于其他样品类型，尽管可能需要对裂解前和裂解后步骤进行修改以解释特定于样品的制备和污染物清除的问题是必要的。机械裂解方法（如珠子击打）仍然是连续裂解
中山大学荒漠特殊生境微生物暗物质资源研究发NPJ
近日，中山大学教授李文均团队在荒漠特殊生境微生物暗物质资源研究方面取得重要进展。相关成果发表于npj Biofilms and Microbiomes。 论文第一作者、中山大学-嘉应学院联合基地博士后李帅表示，荒漠约占全球陆地总面积的1/3，是地球上面积最大、研究最不充分的生境之一，同
微生物检验中的两种新型“武器”大PK
16SrRNA基因测序和宏基因组测序是现在微生物检验中的两大新型武器，它们在微生物研究中共同发挥着极大的作用，都是研究微生物的重要方法。但是二者又有什么不同呢?接下来将做一个简单说明。 定义 16SrRNA基因测序：就是指从微生物样本中提取16SrRNA的基因片段，通过克隆、测序或酶
－mBio：宏基因组学揭示700年前男性骨架中的布鲁氏菌感染
华威大学的研究人员和意大利人类学家Raffaella Bianucci一起，从意大利一个中世纪村庄的废墟中找到了一个700年的人类骨架，并且从中分离出了致病性细菌——布鲁氏菌，获得了其全部基因组信息。 布鲁氏菌是能够引发人畜共患病的一种致命细菌，通常是从未经高温消毒的奶制品或者直接接触感染的动
第三条路线，我学者实现环境宏基因组功能基因发掘突破
从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线，一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆，一条是通过设计引物，从宏基因组中克隆目标基因，然后进行功能研究。近日，李小方研究员团队发展了第三条技术路线，实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线，并用于了金属硫蛋白基因的高通量挖掘。该研究以“
浙大团队绘制土壤基因组基因相关性网络－解码土壤“黑箱”
土壤微生物是元素生物地球化学循环过程及其他土壤生态过程的关键驱动因子。由于土壤结构和组成的复杂性，土壤微生物生态过程在研究中一直以来都被作为“黑箱”看待，要清楚阐明土壤生态功能是土壤生态学研究当前面临的一个重大挑战。 近日，浙江大学环境与资源学院徐建明教授团队在微生物学顶级期刊《国际微生物生态
科学家开发新的宏基因组分析工具
对环境样品（如海水、医院表面和人类肠道）直接进行微生物测序，已经阐明了我们世界中存在的大量微生物。然而，一个微生物物种可能存在遗传多样性，而在宏基因组分析中往往捕获不到这种多样性。最近在《Genome Research》发表的一项研究中，科学家们开发了一种新的工具，来检测细菌物种内的遗传差异，并
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
大规模调查揭示万余种食物相关微生物
微生物是人类食物的组成部分，可以影响人类自己的微生物群，但人们对食物中的微生物组成知之甚少。现在，科学家在一项新研究中通过对2533种不同食物样本的宏基因组测序，建立了一个“食物微生物组”数据库，为人类深入了解食物与健康之间的微妙联系提供了新视角。 研究团队分析识别出10899种与食物相关的微
Cell：大规模微生物组分析发现了数千个新物种
意大利特伦托大学等机构的研究人员通过测序人类微生物组样本中的9,000多个宏基因组，发现了超过15万个微生物基因组，其中大多数是此前未知的。这项重要成果于上周发表在《Cell》杂志上。 意大利特伦托大学等机构的研究人员通过测序人类微生物组样本中的9,000多个宏基因组，发现了超过15万个微生物
Nature子刊：猪肠道微生物基因集构建科研成果面世
2月17日，由中国科学院院士黄路生领衔的江西农业大学科研团队在国际顶级学术期刊《Nature Communications 》发表重大科研成果，提供了目前为止国际上规模最为宏大的猪肠道微生物基因集和基于宏基因组组装的基因组。该成果的面世，为猪肠道微生物组相关研究提供了重要的扩展资源。 家猪是
大规模调查揭示万余种食物相关微生物
微生物是人类食物的组成部分，可以影响人类自己的微生物群，但人们对食物中的微生物组成知之甚少。现在，科学家在一项新研究中通过对2533种不同食物样本的宏基因组测序，建立了一个“食物微生物组”数据库，为人类深入了解食物与健康之间的微妙联系提供了新视角。研究团队分析识别出10899种与食物相关的微生物，其
中国学者Nature发表突破性宏基因组研究改写病毒学教科书
中国疾病控制中心与悉尼大学合作十一月二十四日在Nature杂志上发表了一项突破性的宏基因组研究。研究人员深入无脊椎动物的病毒世界，从中发现了1445种病毒，包括不少新病毒家族。文章通讯作者是中国疾病控制中心的张永振（Yong-Zhen Zhang）研究员。 从这项研究来看，过去人们了解的只是病
BGISEQ500测序应用性能测试结果发表于GigaScience
深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所转化应用实验团队首次公开了使用BGISEQ-500对健康人群肠道样本进行深度宏基因组测序的数据，并通过一系列的性能评估，展示了BGISEQ-500宏基因组测序应用性能的优异性、准确性、稳定性及跨平台一致性，相应成果发表于GigaScience。 BGIS
Nat－Biotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它
中外科学家全方位分析全球微生物群落
6月14日，第一届地球环境微生物计划(EMP)会议在深圳召开。世界各国科学家将携手全方位分析全球范围内微生物群落的多样性及功能。项目将对全球典型的环境样本进行宏基因组测序，其中包括土壤、海洋、空气、淡水生态系统等整个地球表面的绝大多数的微生物群落。 会上，来自各国的专家学者相互分享了微生物
第一届地球环境微生物计划会议在深圳召开
6月14日，第一届地球环境微生物计划(EMP)会议在深圳召开。世界各国科学家将携手全方位分析全球范围内微生物群落的多样性及功能。项目将对全球典型的环境样本进行宏基因组测序，其中包括土壤、海洋、空气、淡水生态系统等整个地球表面的绝大多数的微生物群落。 会上，来自各国的专家学者相互分享了微生物
Nature聚焦微生物组的家
人体内充满了微小的微生物，这些成百上千的细菌物种被统称为微生物组(microbiome)，人们认为它们有助于人体的健康与生存。胃肠道，尤其是结肠是最高密度和最高多样性细菌物种的家园。然而由于食物和流体的通过，这一系统不断发生变化，这些生物体是如何能够存留于其中并旺盛生长的呢? 由加州理工大
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起
国际人类微生物组联盟启动
经过近3年的酝酿和筹备，以解析人类共生微生物与健康关系为目标的国际人类微生物组联盟(IHMC)近日在德国海德堡宣布成立。来自美国国立卫生研究院(NIH)、欧盟委员会，以及中国、日本等9个国家的科学家出席成立大会并交流了各自的计划和进展。 基因与环境相互作用决定人体健康，目前大量的研究都集中在分析人
Nature：揭秘地球微生物组计划
地球微生物组计划（Earth Microbiome Project）的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样，以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。这一任务需要来自世界各地的科学家的帮助。到目前为止，这一计划已覆盖了从北极到南极的七大洲和43个国家，而且有超
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等
Nature揭示糖尿病新型预测标记物
在人体内微生物的数量比人类细胞要多10多倍。其中大多数的微生物都是正常的肠道菌群。这些微生物的编码基因总量是是人类编码基因数目的50-100倍，被统称为宏基因组(metagenome)。出生后进入人体并对人体代谢产生重要影响的这些微生物是后天禀赋的重要承载者,调控人体的生命健康。 现在一项
天然替抗品－促生有益菌
饲用抗生素的过度使用带来细菌耐药性和超级细菌问题，严重威胁公众健康。伴随着越来越多的国家和地区加入“限抗”和“禁抗”的队伍，寻找和开发“安全、有效、可控、成本低”的天然替抗产品是目前全球研究的热点。 近日，中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所研究员樊伟团队联合湖南农业大学教授曾建国团队、中国
“百万微生态”计划将构建全球最大人体微生物组数据库
2019年10月26日，“百万微生态”国际合作计划（MMHP）在深圳第14届国际基因组学大会（ICG-14）上正式启动，来自中国、瑞典、丹麦、法国、拉托维亚等多国科学家将合作开展微生物宏基因组研究，致力于在未来三至五年内对100万份来自肠道、口腔、皮肤、生殖道等器官的微生物组样品进行测序分析，绘