NatBiotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配器，它将基于装配的宏基因组聚类与重复识别的精确支架结合在一起，以准确地组装复杂的微生物群落。相关研究结果发表在2019年8月的Nature Biotechnology期刊上，论文标题为“Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes”。图片来自Nature Biotechnology, 2019, doi:10.1038/s41587......阅读全文
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
PNAS：与珊瑚有关的微生物群的宏基因组学
对珊瑚礁相关微生物群落的一个大尺度宏基因组学调查表明，这些微生物的分类学组成最多地受到了珊瑚和水藻等深海底大生物体的影响，而它们的代谢特化随着局部海洋学状况而变化。微生物群落影响相关珊瑚礁的健康，但是支配微生物群落结构和基因流的机制在很大程度上仍然未知。 Linda Wegley Kelly
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本
－Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
Science：宏基因组研究挑战DNA编码规则
人们一直认为DNA编码的指令是所有生命通用的，例外情况极少。但本期Science杂志上的一项新研究显示，自然界中的生物又一次打破了既定的规则。 美国能源部联合基因组研究所的Edward Rubin领导研究团队，获得来自1776种环境（包括17个人体区域）的微生物宏基因组数据，以便在其中寻找重编
宏基因组测序揭示神秘的生命领域
生物通报道：美国国家能源部Lawrence Berkeley实验室和加州大学伯克利分校的研究人员采用科罗拉多蓄水层的沉积物和地下水样本，通过宏基因组测序重建了二千五百多个微生物的基因组。这项研究发表在十月二十四日的Nature Communications杂志上，为人们揭示了地下世界惊人的生物学
宏基因组测序揭示神秘的生命领域
美国国家能源部Lawrence Berkeley实验室和加州大学伯克利分校的研究人员采用科罗拉多蓄水层的沉积物和地下水样本，通过宏基因组测序重建了二千五百多个微生物的基因组。这项研究发表在十月二十四日的Nature Communications杂志上，为人们揭示了地下世界惊人的生物学多样性，给生
华大基因发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关，但揭示其中的因果关系并不容易。 2014年七月，华南理工大学、华大基因、哥本哈根大学等单位在Nature biotechnolog
权威期刊发布宏基因组测序新法
阐明哺乳动物肠道共生微生物基因的功能，具有挑战性，因为许多共生菌在实验室很难培养和遗传操作。最近，来自哈佛-麻省理工卫生科学与技术部（Harvard‐MIT Division of Health Sciences and Technology）、哥伦比亚大学、哈佛大学医学院及附属布里根妇女医院的
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
宏基因组学技术测序木乃伊的肺结核基因组
来自华威大学的研究者使用宏基因组学技术发现215年之久的木乃伊的肺结核基因组。 由Mark Pallen带领的研究团队试图用技术来发现组织学标本中的肺结核的DNA。 宏基因组学是一种从样本中检测DNA序列的技术，并且样本不需要培养或扩增。这种方法避免了与细菌培养或DNA扩增
宏基因组下一代测序技术问世
据12日发表于《自然·医学》杂志的论文，美国加州大学旧金山分校科研团队成功研发了一种宏基因组下一代测序（mNGS）技术，该技术能够在短时间内检测出包括病毒、细菌、真菌及寄生虫在内的多种病原体。这项历时10年的研究成果，预示着其在诊断由脑膜炎和脑炎等疾病引起的神经系统感染方面有着巨大潜力，并有望加
Nat－Methods：利用TruSPADES方法显著改善宏基因组测序
在一项新的研究中，来自俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员开发出一种方法极大地改善人们对实验室中不能培养的有机体---如生活在人胃肠道中的微生物，或者生活在海洋深处的细菌---的DNA进行测序的能力。相关研究结果于2016年2月1日在线发表在Nature Methods期刊上，论文标题为“TruSP
PNAS：新型DNA分析策略助力土壤宏基因组研究
对于土壤微生物来说，这是最好的时代。虽然没有人进行过准确的调查，但一勺土壤中就容纳了数千亿个微生物细胞，包含成千上万的物种。密歇根州立大学(MSU)微生物生态学中心的特聘教授Jim Tiedje指出：“土壤是地球上最多样的微生物栖息地，但我们很少了解土壤微生物的身份和功能。”Tiedje和M
宏基因组研究新突破，复旦最新研究发Nature
近年来伪狂犬、猴痘等病毒从动物向人类外溢引发新发传染病甚至全球大流行的频率正在显著增加如何精准预测和预报动物源新发传染病是关系绿色健康养殖与公共卫生防控的重要科学问题复旦大学公共卫生学院粟硕教授团队与合作者运用前沿交叉研究方法揭示多种哺乳动物宏基因组数据中的病毒基因组组成、生态学特征与跨物种传播规律
华大基因宏基因组研究获颠覆性发现
婴儿的微生物组需要在成长过程中慢慢成熟。科学家们对98名一岁以内的瑞典婴儿进行了肠道菌群分析。他们发现，即使引入了固体食物，非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人。这项研究发表在五月十三日的Cell Host & Microbe杂志上。 “我们一直以为引入固体食物是改变婴儿肠道菌群的关键
科学狂人：文库制备对宏基因组测序影响很大
我们体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。近年来人们发现这些微生物对人体健康有着重要的影响，微生物组研究因此受到了极大的重视，甚至被称为是人体的“第二基因组”。 微生物组参与了许多重要的机体功能，比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。科学
华大基因Cell子刊发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。 微生物组研究过去主要依赖16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐。目前，双胞胎
单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组
抗生素耐药性（AMR）在人类、环境和动植物间的传播，加剧全球“One Health”的负担。土壤是“One Health”的关键环节之一，所携带的抗生素耐药性可通过食物链等方式转移至人类而带来健康威胁。土壤中栖息着地球上最丰富多样的微生物，其中活性耐药菌在驱动土壤耐药性传播中具有关键作用。然而，
地化所等在宏基因组揭示煤矿来源酸性废水的抗性组特征
不同种类矿物的开采活动均能产生极端酸性，富含多种重金属和高浓度SO42-的酸性矿山废水（AMD，acid mine drainage）。此前关于AMD的研究集中在极端微生物的代谢特征以及处理工艺开发。金属和抗生素抗性基因共选择理论认为，富含多种重金属的环境可能是抗生素抗性基因（antibiotic
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
人类肠道宏基因组的古菌病毒研究新进展
2022年12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in
微缩化技术在宏基因组测序建库中的应用
2020年伊始，突如其来的新冠疫情牵动着每个人的心。自武汉卫健委首发肺炎疫情情况通报后的短短一个星期，新型冠状病毒就在实验室中被检出，并获得了该病毒的全基因组序列。如此快速地确定病原体抢占研究先机，宏基因组测序技术功不可没。 宏基因组学(Metagenomics)，以环境样品中的微生物群体为研究对象
宏基因组测序帮助科学家增加12倍海洋病毒种类
你知道吗？当你在海里游泳时吞下一口海水，就可能吞下了数以亿计的病毒。 尽管海洋中的病毒数量惊人，并且在自然界的碳循环等过程中发挥着关键作用，但自海洋病毒首次被发现以来的几十年里，科学家仍然对其多样性及遗传信息知之甚少。近年来，随着基因组学技术的进步，科学家开始着手分析海洋病毒的功能与多样性，特
科研人员深度挖掘人类肠道宏基因组的古菌病毒
北京时间12月30日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所马迎飞团队在国际学术期刊《自然-通讯》（nature communications，IF=17.69）上发表了题为"Metagenomic analysis reveals unexplored diversity of arch