MolCellProteomics：好的样品决定好的研究
有效的疾病诊断和治疗需要系统的基础研究，而这些研究通常依赖于生物学样本的质量。 因此，准确的结果依赖于生物样品的可靠性，这也将是科学界最关注的问题。 根据亚利桑那州立大学研究人员Chad Borges的说法，样品的可靠性往往是最容易被忽视的。“文献中发现了很多生物标志物（疾病的早期指标），但很少有能被后续的研究或实践证实。其中最大的原因在于我们对这些样品的来源以及完整度并不清楚。（图片来源：Www.pixabay.com） 随着时间的流逝，生物样品非常容易受到变化，例如从冷藏环境中取出时会出现降解。降解的样品可能会在研究中产生虚假结果。确保样品已得到妥善处理是认真研究的第一步，该研究必须满足可靠性和可重复性所必需的高标准。为了解决这些问题，Borges和他的同事设计了一种高度灵敏的测试，可用于建立血浆和血清的完整性。相关结果发表在《Molecular and Cellular Proteomics》杂志上。该测试依赖于精......阅读全文
Orbitrap－Exploris™－480的鉴定性能、软件特性和蛋白质组学应用2
3.前所未有的TMT定量体验 困扰：对于10标以及11标的TMT定量来说我们一直受到两个问题的困扰。 1第一个问题 10标TMT的相邻报告离子基团仅存在质量亏损级的质量差异，因此我们需要采用50,000的分辨率进行采集，从而使得扫描速度变慢，降低了对样品的测序深度。 2第二个问题 共流出肽段的干扰，
定量蛋白质组表达谱分析技术iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标记多肽的
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）
无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决
Mol－Cell：特殊DNA运输技术或可有效攻克耐药性细菌的感染
抗生素耐药性是目前威胁全球公众健康的主要隐患，其会影响到任何人的健康；如今每年70万人的死亡都归因于抗生素耐药性，2050年这一数字将会增长至1000万；近日，一项刊登在国际杂志Molecular Cell上的研究报告中，来自以色列特拉维夫大学的研究人员通过研究成功促进DNA运输到耐药性细菌病原
Mol－Cell：许代超团队揭示程序性坏死的相分离调控机制
该研究报道了新的程序性坏死的死亡检查点，并揭示了该检查点以相分离的形式调控程序性坏死的分子机制。 中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心许代超团队在 Molecular Cell 期刊发表了题为：PARP5A and RNF146 phase separation restrain
Mol－Cell－|－吕志民/钱旭团队发现抑制糖酵解的新机制
PTEN（人类第10号染色体缺失的磷酸酶和张力蛋白同源物基因）是一种有效的肿瘤抑制基因，可拮抗PI3K-AKT（原癌基因磷酸肌醇3-激酶-蛋白激酶B）信号通路。PTEN是一种“专性单倍体不足的”肿瘤抑制基因，通常会出现单等位基因丢失、异常亚细胞定位以及诸如PTEN错构瘤肿瘤综合征（PTEN ha
Cell－Mol－Life－Sci：人体天然信号载体可以帮助黑色素瘤扩散
芬兰的一项新研究为黑素瘤细胞如何通过其分泌的胞外囊泡与其他细胞相互作用提供了新的思路。研究人员发现，黑素瘤细胞分泌的胞外囊泡利用所谓的hedgehog信号通路来强化其目标细胞的恶性特性。这一发现有助于开发更好的黑色素瘤治疗和诊断方法。这项研究发表在《Cellular and Molecular
Mol－Cell－|－史俊炜课题组找到白血病治疗新靶点
急性髓系白血病（Acute Myeloid Leukemia, AML）是成年人中最为常见的急性白血病，其特征为造血前体细胞的增殖异常和分化能力减弱，造成大量未成熟的白细胞在骨髓、外周血，甚至其他组织聚集，而其他正常血细胞的数量急剧减少。大量的研究表明，AML由一系列在髓系前体细胞的基因突变最终
Mol－Cell：施一公团队解析人类pretRNA剪接机制
长久以来，剪接体的调控机理是怎样的，它们在细胞内部的动态组合和变化是怎样的，深深地吸引着科学家们的研究兴趣，但其神秘的面纱一直未被揭开。2023年4月6日，西湖大学施一公团队在 Molecular Cell 期刊发表了题为：Structural basis of pre-tRNA intron re
昆明动物所等在尘螨过敏原研究方面取得进展
尘螨是导致人类室内过敏的最主要过敏原来源。目前过敏治疗的标准方法是脱敏治疗（多次微量注射过敏原于过敏病人），因此，高纯度过敏原的获得及其基本生化特征的认知是决定脱敏治疗效果和副作用强弱的关键。目前在尘螨过敏脱敏治疗过程中使用的过敏原还有相当大的比例是尘螨提取物。这些提取物是含有多种
Creative－Proteomics发布两款质谱产品
分析测试百科网讯 2016年7月4日，Creative Proteomics，一家提供蛋白质组学相关领域，药物开发服务和产品的供应商，发布了两款质谱新产品——天然化合物MS Std和Sialic acids，这也标志着Creative Proteomics质谱产品的扩张。 质谱，在很
布鲁克发布新型4DProteomics™－timsTOF技术
A. 基于人工智能的TIMSquant™软件，实现CCS-enabled非标记定量，可扩展到成千上万的样本； B. midia-PASEF®采集模式，早期能够用在超灵敏的 timsTOF Ultra 上进行免疫肽组学和蛋白质翻译后修饰（PTMs）研究，实现在dia-PASEF中的类似DDA母离
AACT－vs.－SILAC:－技术原创之争
从原创文献追溯，AACT/SILAC技术的原创者应该是陈先教授（Xian Chen, Department of Biochemistry and Biophysics, University of North Carolina at Chapel Hill）。2000年，陈先教授在《Analy
Mol－Cell：－利用抗癌药物JQ1重新激活潜伏性HIV
2017年9月24日/生物谷BIOON/---HIV携带者必须在他们的余生中每天服用三种或以上的不同药物。不幸的是，若严格遵守这种治疗方案，他们遭受的副作用从轻微的头晕到危及生命的肝脏损伤不等。然而，如果他们停止服用这些药物，那么隐藏在他们的细胞内的HIV能够自发地重新出现。 事实上，能够在细
Mol－Cell－相分离对于重新认识突触的形成与维持的重要意义
神经元（Neuron）是神经系统的基本功能单位，神经元之间的连接形成突触（Synapse），上一个神经元通过突触前膜（Pre-synapse）释放神经递质（Neurotransmitter），经过突触间隙（Synaptic cleft），被下一个神经元的突触后膜（Post-synapse）接收，
MRM－Proteomics与仪器巨头合作，目标直指这个领域
MRM Proteomics和安捷伦科技公司周四表示，他们已经就定量蛋白质组学工具达成了联合营销协议。 该合作伙伴关系将涵盖总部位于加利福尼亚州圣克拉拉的安捷伦质谱产品和总部位于蒙特利尔的 MRM 蛋白质和代谢物定量试剂盒。 MRM 将专门为与 Evosep One HPLC 系统联用的安捷
Mol－Cell：揭示RNA在调节癌细胞中基因表达上所扮演的关键角色
拓扑异构酶I（TOP1, Topoisomerase I）是一种能促使DNA放松并预防和消除转录过程中扭转应力（torsional stress）的重要酶类，然而，调节TOP1酶类活性背后的机制，目前研究人员并不清楚。近日，一篇发表在国际杂志Molecular Cell上题为“RNA inter
Orbitrap－Exploris－480：丰富的定量流程介绍（二）
平行反应监控（Parallel Reaction Monitoring, PRM）是Orbitrap系列仪器上的高分辨靶向定量方法，类似于三重四极杆质谱上的选择反应监控（Selected Reaction Monitoring, SRM）,其是进行潜在标志物验证的金标准方法之一。 但是PRM
Interleukin6－Induced－Acute－Phenotypic－Microenvironment－Prom...（十二）
References1. Torre LA, Bray F, Siegel RL, Ferlay J, Lortet-Tieulent J, Jemal A. Global cancer statistics, 2012. CA: a cancer journal for clinician
Comprehensive－identification－of－novel－proteins－and－Nglycosylation－sites八
References1. Fujita T, Kozuka-Hata H, Ao-Kondo H, Kunieda T, Oyama M, Kubo T: Proteomic analysis of the royal jelly and characterization of the fu
1mol/LTris的配制
在800ml水中溶解121.1gTris碱，加入浓HCl调节pH至所需值。pH HCl7.4 70ml7.6 60ml8.0 42ml应使溶液冷至室温后方可最后调定pH值，加水定容至1升，分装后高压灭菌。
基于液质联用的单细胞蛋白质组学研究进展
摘要 蛋白质是细胞功能的主要执行者，由于其无法在体外进行扩增，单细胞蛋白质组学技术相较单细胞基因组学和转录组学技术而言发展相对滞后。传统的蛋白质组学技术可获得大量细胞蛋白表达的平均值，但忽略了细胞亚型及细胞异质性等信息。单细胞水平的蛋白质分析有助于阐明细胞不同表型与异质性的分子基础。随着质谱仪
PNNL发表开源蛋白质组学软件InformedProteomics
分析测试百科网讯 一则消息可能对蛋白组学研究者们最头痛的事有一定的缓解。美国一机构介绍了一款用于分析鉴定完整蛋白质的新型开源软件。 ProMex中的LS-MS特征查找，该功能是Informed-Proteomics软件套件的第一个组件的特征检测算法。 它被开发用于检测完整蛋白质离子的同位素包膜
热烈祝贺黄超兰教授荣获“Clinical－and－Translational－Proteomics－Award”
北京时间10月23日，在德国德雷斯顿举行的2024 HUPO大会颁奖典礼上，备受瞩目的“Clinical and Translational Proteomics Award”（临床转化蛋白质组学奖）荣耀加冕于首位中国科学家——北京协和医院黄超兰教授，这一殊荣是对黄教授在蛋白质组学领域深耕多年的高度
生物标志物之于肿瘤转化医学的意义
生物标志物之于肿瘤转化医学的意义：从筛选、确证走向临床应用医学是否能够有效的治疗及治愈癌症直接取决于是否能够在癌症早期阶段对其进行及时的检测。生物标志物作为最直接快速有效的诊断手段，其筛选与获得可在肿瘤诊断、发展、治疗、以及疗效监测等多个方面发挥重要的作用。因此，自该概念的提出，就受到了极大的关注，
1mol/L－HEPES配制方法
将23.8gHEPES溶于约90ml的水中，用NaOH调pH（6.8-8.2），然后用水定容至100ml。
2mol/L硫酸的配制
浓H2SO4（36N）取 1ml36N的H2SO4缓缓加入18 ml蒸馏水内即为2mol/L，用于ELISA实验终止反应。
0.5mol/L－EDTA配制方法
配制等摩尔的Na2EDTA和NaOH溶液（0.5mol/L），混合后形成EDTA的三钠盐。或称取186.1g的Na2EDTA•2H2O和20g的NaOH，并溶于水中，定容至1L。
一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（二）
Skyline 中嵌入的 mProphet 软件会根据同一肽段的多个子离子峰的 feature 进行打分。 Feature 包括子离子共流出峰形、保留时间偏差、 dotp 值、信噪比等。为了区分假阳性的子离子峰， mProphet 可以建立 decoy 库，也可以将打分排名第二的肽段作为decoy，
Mol－Cell－|－上海药物所合作发现抑制YTHDF1可缓解脆性X染色体综合症
脆性X染色体综合症（Fragile X syndrome, FXS）是最常见的遗传性智力障碍疾病，其病因主要是编码脆性X染色体智力低下蛋白（FMRP）的FMR1基因5’端非翻译区CGG重复片段的增多，最终导致FMR1基因沉默。FXS的一个重要特征是大脑中非正常活跃的mRNA翻译。FMRP通常被认