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TaqMan探针基因表达分析全面升级

TaqMan探针对于大家来说不是什么新名词了,然而你知道吗,对于部分降解的RNA,如福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)样品中的RNA,TaqMan引物探针的设计有更多的讲究,你知道这是为什么吗?FFPE样本在固定时导致核酸相互交联且片段化,RNA片段的大小在50-300 nt,大部分片段在100 nt左右,这些没有3'端的RNA不能使用oligo-dT来逆转录,如用随机引物大量非目标RNA模板(如tRNA, rRNA)产生的cDNA又影响了目标RNA片段检测的灵敏度,因此最好是使用特异性引物。在引物探针设计时就需要特别考虑扩增片段不能太长,否则那些降解的RNA片段无法被检测到,导致得到的结果不准确。QIAGEN 全新发布的TaqMan引物探针 - QuantiFast Probe Assays就特别考虑到了<100 nt的RNA模板,经过QIAGEN独特的设计体系, 这些降解的RNA模板也能够被检测到,这对于FFP......阅读全文

淋病的实验室诊断和药敏

淋球菌实验室检查包括涂片,培养检查淋球菌、抗原检测,药敏试验及PPNG测定,基因诊断。       (一)涂片检查:        取患者尿道分泌物或宫颈分泌物,作革兰氏染色,在

分子杂交

一、杂交通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交可在DNA与DNA、RNA与RNA或RNA与DNA的

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

应用非标记探针法进行基因分型(四)

外显子10和11:多重突变热点MEN2A和FMTC的主要突变位于外显子10(密码子609、611、618和620)和11(密码子630和634),且野生型半胱氨酸的密码子DNA序列“TGC”发生单核苷酸改变。外显子10和11报道的序列变化>40(表1)。RET10外显子的主要实验包括两个单独的

细菌学诊断新技术

 随着现代科学技术的不断发展,特别是免疫学、生物化学、分子生物学的不断发展,新的细菌诊断技术和方法已广泛用于食品微生物的鉴别。传统的细菌分离、培养及生化反应,已远远不能满足对各种病原微生物的诊断以及流行病学的研究。近年来国内外学者不断努力,已创建不少快速、简便、特异、敏感、低耗且适用的细菌学诊断方法

应用非标记探针法进行基因分型(六)

外显子14:多重探针分析       主要实验的外显子14, 两个野生型的探针同时用于一个反应,用来检测所有已报道的外显子14的突变,同时消除密码子836(p.S836S)多态性(图4;a和b;表3;补充表5;http:/

应用非标记探针法进行基因分型(三)

高分辨率熔解 在高分辨率熔解仪器HR-1(爱荷华科技,盐湖城,犹他州)上进行分析,将LightCycle毛细管加入HR-1中,0.3℃/s加热。主要的实验中,RET外显子的扩增及非标记探针熔解数据从60℃到95℃采集。主要实验分析了每个外显子的扩增子及探针数据,除了外显子14。因为所有报道的外显子1

应用非标记探针法进行基因分型(五)

用相似的方法分析外显子11(表3;补充图2;补充表3;http://jmd.amjpathol.org),且所有外显子11的RET序列变化用扩增子高分辨率熔解分析进行检测(没有显示数据)。外显子11的主要实验用一个在致病密码子630和634上的野生型探针。检测的外显子11的8个序列变化均有一个等位基

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP                                        

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野生型测交后得到的

应用非标记探针法进行基因分型(一)

RET原癌基因单个碱基的突变可以引发多发性内分泌腺瘤2型。RET突变传统的基因分型方法是外显子测序。一种闭管操作的基因分型方法已经成熟,此方法用的是一种饱和DNA染料,非标记探针及高分辨率熔解扩增子分析。此方法需要两个连续的聚合酶链式反应阶段,主要的和第二次实验。主要的实验共用7个反应和8个非标记探

基因插入位点和模式实验(二)

3. 跨世代 Southern 分析Southern 分析一般用于鉴定各个转基因插入位点的排列形式(见 3 .2 节中“ Southern分析” )。当然,通过对不同世代转基因植株杂交检测结果的比较,它也可以用于转基因插入位点数的测定。例如,根 据 T。代和自交所得到凡代植株的 Sout

遗传病的基因诊断选择

  一、直接诊断和间接诊断  基因诊断可分为两类:一类是直接检查致病基因本身的异常。它通常使用基因本身或紧邻的DNA序列作为探针,或通过PCR扩增产物,以探查基因无突变、缺失等异常及其性质,这称为直接基因诊断,它适用已知基因异常的疾病;另一类是基因间接诊断。当致病基因虽然已知但其异常尚属未

应用非标记探针法进行基因分型(七)

一般来说,用特定突变探针产生1/3结果。首先,当突变序列与特定突变探针互补时,突变等位基因的熔解Tm要高于野生型(△Tm为-2℃至-5℃)。第二,当突变在相同位置但是与特定突变探针序列不互补时,突变等位基因被野生型等位基因相似的Tm值及稳定性所遮蔽(野生型等位基因Tm±0.5℃)。在这种情况下,没有

核酸基因分子探针

从化学和生物学的意义上理解,探针是一种已知特异性的分子,它带有合适的标记物供反应后检测。探针和靶的相互反应如抗原-抗体、血凝素-碳水化合物、亲合素-生物素、受体和配体,以及核酸与其互补核酸间的杂交等反应均属此类。用核酸探针与待检标本中核酸杂交,形成杂交体,再用呈色反应显示。此方法用于疾病的诊断,称为

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

细菌学诊断中的新技术

随着现代科学技术的不断发展,特别是免疫学、生物化学、分子生物学的不断发展,新的细菌诊断技术和方法已广泛用于食品微生物的鉴别。传统的细菌分离、培养及生化反应,已远远不能满足对各种病原微生物的诊断以及流行病学的研究。近年来国内外学者不断努力,已创建不少快速、简便、特异、敏感、低耗且适用的细菌学诊断方法,

基因诊断的原理(一)

   核酸分子杂交是基因诊断的最基本的方法之一。它的基本原理是:互补的DNA单链能够在一定条件下结合成双链,即能够进行杂交。这种结合是特异的,即严格按照碱基互补的原则进行,它不仅能在DNA和DNA之间进行,也能在DNA和RNA之间进行。因此,当用一段已知基因的核酸序列作出探针,与

核酸分子杂交法介绍

这是最早用于性病诊断的重组DNA技术。基本原理是具有一定同源性的两条核酸单链在一定条件下(适宜的温度及离子强度等)可按碱基互补原则形成双链,此杂交过程是高度特异的。杂交的双方是待测核酸及探针。待测核酸序列为性病病原体基因组或质粒DNA。探针以放射核素或非放射性核素标记,以利于杂交信号的检测。  所谓

采用快速循环荧光定量PCR仪和LightScanner32上的非标记探...

采用快速循环荧光定量PCR仪和LightScanner32上的非标记探针进行MAAB简介高分辨率熔解曲线可以通过扫描PCR的扩增片断来检测杂合体中基因序列的变化。配合使用高分辨的饱和荧光染料,在检测小于400bp的PCR片断的SNP、插入或缺失时的灵敏度可达98%以上。该方法自开发以来,被不断的应用

遗传病与肿瘤的基因诊断

从DNA水平上寻找确诊遗传病的指标或探讨遗传病和肿瘤的病因等方面,已取得很大成绩,这对产前诊断,早期确诊和突变基因携带者的检出等都有重要意义。所用的方法大体有以下几种。  一、分离基因进行结构分析  利用DNA离体转化,制备探针,制备基因文库进行筛检,最后鉴定载体中插入DNA片段的特性等一系列技术,

原位杂交实验原理与方法

一、目的 本实验的目的是学会原位杂交的使用方法。了解各种原位杂交的基本原理和优缺点。 二、原理 原位杂交组化(简称原位杂交,in situ hybridization histochemistry;ISHH)属于分子杂交的一种,是一种应用标记探针与组织细胞中的待测核酸杂交,再应用标记物相关

原位杂交实验原理与方法

  一、目的本实验的目的是学会原位杂交的使用方法。了解各种原位杂交的基本原理和优缺点。二、原理原位杂交组化(简称原位杂交,in situ hybridization histochemistry;ISHH)属于分子杂交的一种,是一种应用标记探针与组织细胞中的待测核酸杂交,再应用标记物相关的

分子杂交技术(四)

六、核酸分子杂交实验因素的优化  (一)探针的选择  根据不同的杂交实验要求,应选择不同的核酸探针。在大多数情况下,可以选择克隆的DNA或cDNA双链探针。但是在有些情况下,必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和RNA探针。例如,在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针,在检测单链靶序列时应

分子杂交技术(四)

六、核酸分子杂交实验因素的优化  (一)探针的选择  根据不同的杂交实验要求,应选择不同的核酸探针。在大多数情况下,可以选择克隆的DNA或cDNA双链探针。但是在有些情况下,必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和RNA探针。例如,在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针,在检测单链靶序列时应

樊春海谈DNA纳米基因芯片:体现了现代科技的交叉性

  DNA纳米技术是利用DNA的分子性质,构建出可操控的新型纳米尺度聚集体或超分子结构。此时,DNA的作用不再是遗传物质,而是作为结构模板,或是作为计算工具。前不久,中科院院士贺林、中科院上海应用物理研究所研究员樊春海等人便利用DNA纳米技术,开发出了DNA纳米基因芯片,可以用来检测疾病,并大大提高

食品检测中应用生物技术的分析及实践研究

  摘 要:食品检测主要是检测食品中的各类添加剂的含量,以确保食品的质量、安全和卫生,目前,我国的食品安全问题日益严重,本文主要探讨的是食品检测中应用生物技术的实践分析。   一、食品检测中应用生物技术的实践分析   生物技术主要是以现代生命科学为基础,将先进的科学原理和科学技术

数字PCR,LunaProbesTM和MAAB相结合可以检测到低于0.01%的...

数字PCR,LunaProbesTM和MAAB相结合可以检测到低于0.01%的等位基因的突变数字PCR,LunaProbesTM和MAAB相结合可以检测到低于0.01%的等位基因的突变Matt Poulson, Jason McKinneyIdaho Technology, Inc. Salt La

简述核酸探针技术及其在微生物检测中的应用

随着分子生物学和分子化学的飞速发展,对病原微生物的鉴定已不再局限于对它的外部形态结构及生理特性等一般检验上,而是从分子生物学水平上研究生物大分子,特别是核酸结构及其组成部分。在此基础上建立的众多检测技术中,核酸探针(Nuclear acid probe)以其敏感、特异、简便、快速的特点成为世人瞩目的