重测序构建芝麻超高密度图谱以及花序基因的定位
连锁分析寻找QTL位点，是最经典的性状定位方法。而遗传图谱的密度是限制定位精度的其中一个方面。目前，构建图谱的方法已从基于传统的SSR、AFLP等基于片段长度多态性的分子标记，过渡到了基于SNP芯片或NGS测序的SNP分子标记。NGS测序最常用的是简化基因组测序和全基因组重测序，区别在于标记数量的多少。随着测序价格的不断降低，重测序高密度标记的优势将更加明显。本文介绍了伯豪客户近期的一篇使用重测序（该研究中重测序服务由伯豪生物提供）构建图谱进行QTL定位的文章。研究背景芝麻是重要的油籽作物，具有无限花序的特征，俗称“芝麻开花节节高”。但是，这样的性状使种子不同时间成熟，极不利于作物收集，影响农产品质量。图1. 无限花序（Dt）和有限花序（dt）的形态区别。其中dt型仅在茎顶端形成花簇。技术路线研究结果在此前的QTL定位研究中，使用构建的芝麻遗传图谱远未达到饱和。这项研究使用了全基因组重测序策略，对两种生长特征的亲本和其F2群体构......阅读全文
重测序构建芝麻超高密度图谱以及花序基因的定位
连锁分析寻找QTL位点，是最经典的性状定位方法。而遗传图谱的密度是限制定位精度的其中一个方面。目前，构建图谱的方法已从基于传统的SSR、AFLP等基于片段长度多态性的分子标记，过渡到了基于SNP芯片或NGS测序的SNP分子标记。NGS测序最常用的是简化基因组测序和全基因组重测序，区别在于标记数量的多
我国完成桑蚕大规模基因组重测序和遗传变异图谱构建
北京时间8月28日凌晨2时，由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际权威学术刊物《科学》上发表，这是科学家继2003年在家蚕基因组研究领域取得进展后的又一重要成果。 据悉，科学家共获得了40个家蚕突变品系和中国野桑蚕的全基因
小豆F2群体的简化基因组测序构建高密度SNP遗传图谱
小豆营养丰富、医食两用，在促进健康、改善膳食结构等方面具有重要作用。然而，小豆遗传研究相对缓慢，导致新基因发掘及资源利用效率低下，难以满足生产和市场的需求。 近期，中国农业科学院作物科学研究所食用豆种质资源研究程须珍课题完成的题为“Construction of a high-density
物理图谱进行基因定位的方法介绍
原核生物 DNA分子上缺乏天然的容易识别的标记，可用限制图谱和部分变性图的测定来弥补这一不足。各种限制性核酸内切酶具有各自的识别顺序。这些识别顺序可以作为DNA部位的标记，用不同的限制酶处理同一DNA分子，通过对酶切产生的DNA片段的大小和位置的分析，可以绘制出某一 DNA分子的限制图谱。此外，每一
芝麻大规模全基因组关联分析完成
由中国农科院油料所张秀荣研究员领衔的芝麻与特色油料遗传育种创新团队，与中科院国家基因研究中心等单位合作，在国际上率先完成了芝麻高密度单倍型图谱构建、主要农艺性状大规模全基因组关联分析。10月19日，国际知名期刊《自然·通讯》杂志在线发表了上述研究成果。 该研究得到973、国家自然科学基金、中国
单细胞转录组测序构建胸腺器官发生的分子图谱
2019年10月8日，四川大学胡洪波研究组、解放军总医院第五医学中心刘兵研究组与暨南大学基础医学院兰雨研究组合作在Immunity杂志在线发表了题为“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
浅谈基因测序领域的创新和定位（一）
在“大众创业，万众创新“的时代，“颠覆式创新”是经常听到的一个词，也成了很多创业者和投资者梦想的目标。“颠覆式创新（Disruptive Innovation）”这个概念是哈佛的Clayton Christensen 于1997年提出来的。大致是说有新的技术或模式创造了一个全新的市场，或是现
构建癌症基因组学的非组织特异标签的药物重定位新方法
10月9日，国际学术期刊《细胞通讯》（Cell Reports）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院（营养与健康研究院）计算生物学研究所韩敬东研究组的论文“Accurate Drug Reposition through Non-Tissue Specific Core Signatures
揭示了番茄株型相关产量性状的遗传基础
近日，华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室叶志彪教授团队通过全基因组关联分析（GWAS）对27个株型相关产量性状进行了系统的高通量遗传解析，揭示了番茄株型相关产量性状的遗传基础，为番茄高产育种奠定了重要理论基础。相关研究以“Genome-wide association study rev
海洋所完成凡纳滨对虾基因组并构建高密度遗传连锁图谱
近日，中国科学院海洋研究所海洋动物生殖与遗传工程课题组利用高通量测序技术，对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查（Survey）分析，并在此基础上成功构建全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。 基因组探查（Survey）分析结果显示，凡纳滨对虾基因组中重复序列和杂合度比例均很高，其高复杂度使得国际
芝麻种质基因库的构建发掘与育种应用取得重要突破
3月30日，湖北省召开科学技术奖励大会，油料所张秀荣研究员主持完成的“芝麻种质基因库的构建、发掘与育种应用”荣获2016年度湖北省科技进步一等奖。该成果为我国芝麻育种和产业发展提供了战略资源，实现了全基因组精准发掘和分子育种技术重大突破，使我国在芝麻研究领域跃居国际领先行列。 张秀荣介绍，芝
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
《细胞》：单细胞测序助力基因重组图谱
来自斯坦福大学医学院等处的研究人员发表了题为“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了来自一个成人男子91个
大豆突变体基因定位测序方法的改良
随着新一代测序技术的发展和全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）成本的不断下降，基于WGS的分离群体分组分析（Bulk Segregation Analysis，BSA）已经成为快速定位候选基因的常规工具，但已报道的方法依然有待完善。例如，依赖于自交系杂交的QT
武汉植物园构建猕猴桃高密度遗传图谱
猕猴桃富含果实维生素C、膳食纤维和多种矿物营养，被誉为“水果之王”。猕猴桃属具有 54 个种，21 个种下分类群，遗传多样性丰富，而商业栽培品种中主要为中华猕猴桃。随着我国人民生活水平的迅速提高，对高品质、新品种猕猴桃的需求显著增加。猕猴桃为功能性雌雄异株多年生果树，在传统育种中面临着占地面积大
基因测序为何代替不了基因芯片以及PCR？
新一代基因测序技术在最近五年飞速发展，这吸引了不少人的目光，做为精准医疗的基础，之前市场上的报告都集中关注于基因测序。于是原本红火的基因芯片技术沉寂了不少。早些 年，有人甚至预言，芯片技术面临消亡。诚然，在某些方面，新一代测序让芯片失色，但就 很多应用而言，芯片仍然是不可取代的。 芯片和高通
基因测序描绘个体化医疗产业图谱
随着高通量测序技术的引入和“大数据”处理能力的提高，现代医学正在经历巨大的变革，由传统标准化医疗模式向个体化医疗模式转变。而人类基因组计划和DNA元素百科全书计划的完成及肿瘤基因图谱的绘制，也为“量体裁药”式的个体化医疗提供了有力工具，医学领域面临新的机遇。不过，业内人士表示，尽管市场空间可观，
国际上首个橡胶草高密度SNP遗传图谱构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495561.shtm
海洋所成功构建裙带菜高密度遗传连锁图谱
日前，中国科学院海洋研究所成功构建裙带菜高密度遗传连锁图谱，将为我国重要创汇水产品裙带菜的品种选育提供重要的遗传学研究工具。 海洋所海藻种质库科研团队以子一代单倍体克隆培养系为作图群体，利用SLAF-seq技术构建了国际上第一张裙带菜遗传图谱，并对性别决定位点进行了定位。该图谱由30个连锁群组
首款茶树高密度SNP芯片开发成功
利用茶树高密度SNP芯片发掘茶树重要功能基因。中国农科院供图近日，中国农业科学院茶叶研究所茶树遗传育种团队基于“龙井43”基因组参考序列和茶树重测序数据，开发出一款200K茶树SNP芯片。相关研究成果在《植物生物技术杂志》（Plant Biotechnology Journal）上发表。该芯片是首款
华南植物园等完成麻疯树基因组组装及高密度遗传图谱构建
麻疯树(Jatropha curcas L.)为大戟科木本油料植物，是生产生物柴油的重要能源植物之一。 中国科学院华南植物园研究员吴国江团队联合国内多家单位完成了麻疯树全基因组测序和组装，组装基因组大小为320.5 Mbp，在基因组中共发现了27,172个蛋白编码基因。另外研究人员构建了以麻疯
我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图
我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本，利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略，绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱，标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。 在“985”平台建设资金支持下，北林大林木育种国家工程实验室的专家们用短短的6个月完成了这一
Cell：首次构建出人癌细胞依赖的基因图谱
在一项新的研究中，来自美国哈佛大学-麻省理工学院布罗德研究所（以下称布罗德研究所）和达纳-法伯癌症研究所的研究人员构建出肿瘤细胞存活所依赖的基因的综合图谱。相关研究结果发表在2017年7月27日的Cell期刊上，论文标题为“Defining a Cancer Dependency Map”。
构建水稻基因组倒位变异图谱
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内多家单位发布了迄今为止最大的水稻群体水平倒位变异图谱，并挖掘获得了新的水稻耐热优异等位基因，该研究对水稻育种改良具有重要意义。相关研究成果发表在《科学通报（Science Bulletin）》上。 水稻中的基因组倒位变异是指染色体上的DNA序列发
花生茎秆单细胞基因表达图谱构建成功
广东省农业科学院作物研究所花生遗传育种团队在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助下，成功攻克了花生茎秆单细胞基因表达图谱构建的技术难题。近日，相关成果在线发表于《植物生物技术杂志》（Plant Biotechnology Journal）。花生茎秆单细胞基因表达图谱构建。研究团队供图
三代基因测序技术以及基因检测技术的发展综述
基因是指携带有遗传信息的DNA序列，是控制性状的基本遗传单位，一段具有功能性的DNA序列。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息，从而控制生物个体的性状表现。人类约有两万至两万五千个基因。广义上的基因检测指通过血液、组织或细胞分泌物，对染色体、DNA分子进行检测的一系列技术。目前在医疗领
花序的类型
一些植物的花各自单独着生于茎上，为单生花。不少植物的花是若干朵花，按一定的次序和形式着生于共同的花序轴上，构成一花序。在花序上没有典型的营养叶，仅在每朵花下着生一简单的苞片，或在整个花序下着生有总苞。本实验结合实物和挂图观察主要花序类型。 根据花序轴上花的开放顺序，可将花序分成有限花序和
人体必需核心基因图谱出炉－为定位个体基因作用奠定基础
加拿大科学家通过逐个关闭18000个基因（占人类基因组的90%）发现，超过1500个核心基因是人类必需的。这一发现为达成生物医学研究的长期目标——精确定位基因组中每一个基因的作用奠定了基础。 12年前，科学家对人类基因组进行测序并编制出含有20000个基因的基因图谱。尽管这是一个重大成就，但科
榕树气生根发育、性别决定和榕蜂协同多样化的分子机制
榕属植物是热带雨林的关键类群，具有极高的物种多样性、生活型多样性。榕属植物和与传粉榕小蜂有的高度专性共生关系，在探讨物种形成、动植物协同进化等方面均具有重要的研究价值，然而榕树和榕小蜂高质量参考基因组信息的缺乏，严重制约了以上榕树相关问题的深入研究。 10月8日，中国科学院西双版纳热带植物园陈