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大豆突变体基因定位测序方法的改良

随着新一代测序技术的发展和全基因组测序(Whole Genome Sequencing, WGS)成本的不断下降,基于WGS的分离群体分组分析(Bulk Segregation Analysis,BSA)已经成为快速定位候选基因的常规工具,但已报道的方法依然有待完善。例如,依赖于自交系杂交的QTL-seq策略,需要后期耗费大量精力进行精细定位;而基于突变体的Mutmap策略,虽然不需要后期进行精细定位,但依然需要耗费大量时间用于突变体的自交与回交。这些方法的不足限制了大规模开展功能基因定位的效率。 中国科学院东北地理与农业生态研究所大豆分子设计育种重点实验室冯献忠团队,围绕大豆突变体功能基因定位,报道了一种称为M2-seq的改良版WGS-BSA方法。它是一种快速有效的突变基因定位工具,仅基于M2代材料即可实现候选因果突变位点的快速定位,与以前报道的需要更高世代自交与回交的方法(例如,Mutmap)相比,在时间成本和测序费用......阅读全文

大豆基因组重测序表明:野生大豆遗传多样性更高

  “中原有菽,庶民采之。”五千年前,华夏始祖将野生大豆驯化,变成今天的“五谷”之一。而今,一项被称为“大豆回家”的基因组研究计划在其故乡中国取得突破。   11月15日,由香港中文大学、华大基因研究院、农业部基因组重点实验室、中国农业科学院等单位合作完成的《31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和

首个野生大豆高质量参考基因组被解析

  近日,香港中文大学林汉明教授团队及华大基因等多家国内外机构合作完成了全球首个野生大豆高质量参考基因组解析,该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要工具。相关研究成果近日在线发表于《自然-通讯》。图片来源于网络  基因组信息是当前作物改良计划的重要基础。过往大豆基因组研究主要

科学家通过对野生大豆基因研究发现新型耐盐基因

  由香港中文大学、华大基因等单位联合完成的野生大豆W05的全基因组测序工作,通过对野生大豆重要农业性状关联基因研究,发现了新的耐盐基因。7月10日,最新研究成果于《自然通讯》杂志在线发表。  大约6000至9000年前,我国就开始进行野生大豆的驯化。驯化过程中,大豆的栽培种丢失了很多与环境适应相关

双重PCR-毛细管电泳法快速检测大豆中转基因成分

【摘要】 目的建立抗草甘膦转基因大豆的快速检测方法。方法:针对转基因大豆基因组中被导入的35S启动子、NOS终止子和CP4-EPSPS抗草甘膦基因等外源基因,自行设计了两对引物,采用双重PCR同时扩增上述基因,用8g/L羟丙基甲基纤维素为筛分介质,在50cm×100μm i.d.涂壁毛细管中,于一1

最聪明的生物公司在做什么?扒一扒你不知道的黑科技

  近日,美国著名的《麻省理工科技评论》评选出了全球最聪明(创造力)的50家公司。这50个名单不仅包含了亚马逊、谷歌、微软等互联网巨头,也包含了创立于2013年的Editas Medicine这一类新型公司。在这50家公司里,生物医疗相关的公司总共有15家。  在这15家公司中,有10家公司与基因相

香港中文大学等解析全球首个野生大豆高质量参考基因组

  香港中文大学林汉明团队和华大基因等多家机构合作,完成全球首个野生大豆高质量参考基因组解析。该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要依据。相关成果近日在线发表于《自然—通讯》。  “大豆的基因组含有大量重复区,组装时困难重重。我们整合了几种最新测序方法产生大量数据,才最终把问

基因组学推动生命科学大步向前

  2010年下旬,河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布,向全国征集曹姓男性DNA样本,拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。   一下子,基因组科学成为热门,这一话题“落入寻常百姓家”。   事实上,伴随着2

我国已完成31个大豆基因组重测序

  由香港中文大学、华大基因研究院、农业部、中国科学院等单位合作的“大豆回家”项目研究成果,“31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和进化选择模式”11月14日在国际著名杂志《自然—遗传学》上在线发表。  该研究首次对野生大豆和栽培大豆全基因组进行了大规模遗传多态性分析,为全球大豆的遗传学研

浙江大学特聘教授连发多篇文章梳理多个关键基因功能

  浙江大学生科院植物生物学研究所的寿惠霞教授研究组主要研究方向为针对水稻、大豆磷铁吸收代谢关键基因的克隆及功能研究,以及大豆功能基因研究;抗除草剂大豆新种质创制研究。近期其研究组接连发表文章获得了系列研究进展。  在Journal of Experimental Botany杂志上,研究组利用mR

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

二代测序鉴定铝胁迫下野生大豆miRNA及其靶基因

  野生大豆(Glycine soja)是世界上种植面积最广的作物之一。相比于栽培大豆,野生大豆能够更好地适应自然环境的胁迫如干旱,碱,盐胁迫。对野生大豆的性状进行系统研究,将有助于栽培大豆的遗传改良。近日,华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室年海教授领衔的课题组联合使用第二代

BMC Plant Biology测序鉴定铝胁迫下野生大豆miRNA及其靶基因

  野生大豆(Glycine soja)是世界上种植面积最广的作物之一。相比于栽培大豆,野生大豆能够更好地适应自然环境的胁迫如干旱,碱,盐胁迫。对野生大豆的性状进行系统研究,将有助于栽培大豆的遗传改良。近日,华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室年海教授领衔的课题组联合使用第二代高通

同比增长600% 达安基因公布2020年Q1财报

生殖健康与优生优育系列*人类免疫缺陷病毒1型 (HIV-1) 核酸测定试剂盒 (PCR-荧光探针法)    48反应/盒*人乳头瘤病毒 (6,11型) 核酸检测试剂盒 (PCR-荧光法)    20人份/盒*单纯疱疹病毒

二代测序鉴定铝胁迫下野生大豆miRNA及其靶基因

野生大豆(Glycine soja)是世界上种植面积最广的作物之一。相比于栽培大豆,野生大豆能够更好地适应自然环境的胁迫如干旱,碱,盐胁迫。对野生大豆的性状进行系统研究,将有助于栽培大豆的遗传改良。近日,华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室年海教授领衔的课题组联合使用第二代高通量测

我国率先构建野生大豆泛基因组

  中国农业科学院作物科学研究所与诺禾致源等合作,在国际上率先构建和分析了一年生野生大豆的泛基因组,为作物种质资源研究和利用提供了新的方法和启示。该研究成果9月14日在线发表于国际著名学术期刊《自然—生物技术》。  项目牵头人、中国农科院作科所研究员邱丽娟介绍,大豆是重要的油料和高蛋白粮饲兼用作物。

南京农业大Genome Biology构建世界首个植物重复基因数据库

  以往的研究发现,有的植物有复制自己基因的功能,即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来,随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低,越来越多的植物基因组被破译。  植物在千百年的进化中,怎样变得越来越多姿多彩?一个重要

高通量测序技术研究进展介绍

  第二代测序技术, 又称新一代测序技术, 是相应于以Sanger 测序法为代表的第一代测序技术而得名。第二代测序中3种主流测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006 年)和 ABI/SOLiD 连接酶测序(

遗传发育所等鉴定大豆百粒重调控基因

  大豆是我国重要的粮食作物和经济作物,是植物蛋白和油分的重要来源。百粒重是大豆产量的重要构成因子,因此是大豆育种的重要目标性状。由于栽培大豆品种遗传基础狭窄,在育种过程中某些栽培大豆品种中优异等位的丢失,阻碍了大豆百粒重和产量的进一步增加。近年来研究人员对大豆百粒重遗传位点的研究较多,目前SoyB

中美大豆品种存在大量遗传变异

美国种植的大豆品种同中国种植的大豆品种有何不同?依据新近完成的中国大豆基因组测序,科学家发现,中美大豆品种在基因组上存在着大量的遗传变异。中国大豆基因组测序的完成,为优良大豆品种的培育奠定了基础。相关研究以封面文章形式在线发表于最新一期的《中国科学—生命科学》(英文版)上。作为重要的经济作物,大豆起

科学家首次成功克隆大豆雄性不育基因MS1

   近日,中国农业科学院作物科学研究所大豆育种技术创新与新品种选育创新团队联合国内优势单位,成功克隆了大豆遗传育种界寻觅50年的雄性不育基因MS1。5月4日,相关研究成果在线发表于《植物生物技术杂志》。  作科所孙石研究员介绍,大豆是典型的自花授粉作物,花器官小,人工杂交困难、效率低,不同地理来源

科学家“解码”西红柿青岛抢到成果使用权

  西红柿是广受大家喜爱的食物,但有谁知道它是怎么来的?是什么让它如此美味而又营养丰富呢?22日,记者从青岛农业大学了解到,经过长达8年的辛苦研究,青岛农业大学教授姜国勇参与的国际番茄基因组研究于近日最终完成。   今年5月31日,国际权威学术期刊《自然》以封面文章的形式首次公布了科学家对栽培番茄

SLAF-seq技术:大规模基因分型高通量策略

大规模基因分型在遗传相关性研究中起着重要作用,尤其是和高通量测序技术结合后,它为基因挖掘带来了新的机遇。大规模基因分型的有效解决方法:SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing),该技术前期利用生物信息学方法,对目标物种的参考基因组(

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

作物基因组学研究进展(一)

作物基因组学研究进展农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2018年度主要农

遗传发育所在大豆可变剪接研究中取得进展

  作为一种重要的基因转录后调控机制,可变剪接在真核生物中普遍发生,在基因表达和功能多样性调控中起着重要的作用。不同物种、同一物种的不同组织以及不同基因家族的可变剪接在形式和比例上都存在差异,然而,决定这些差异的因素还尚不为人知。   中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组通过对来自大豆不同

碳离子束辐照诱变大豆效应及育种研究获进展

  重离子束是一种新型育种诱变剂,相比于其他诱变源,重离子具有较高的传能线密度(Linear Energy Transfer,简称LET)和生物学效应(Relative Biological Effectiveness,简称RBE),可以在较高的存活率下获得相对较高的突变率和较宽的突变谱,由此创造优

中国大豆基因组公布并发现该基因组组装错误

  大豆是重要的粮食经济作物,为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国,古称“菽”,约在5000年前由其野生种驯化而来,随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应,使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前,我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will

我国学者利用SMRT、Hi-C等技术破解大豆Gmax_ZH13基因组

  大豆是重要的粮食经济作物,为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国,古称“菽”,约在5000年前由其野生种驯化而来,随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应,使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前,我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will

双重PCR-毛细管电泳法检测大豆转基因

            实验方法原理 针对转基因大豆基因组中被导入的35S启动子、NOS终止子和CP4-EPSPS抗草甘膦基因等外源基因,自行设计了两对引物,采用双重PCR同时扩增上述基因,用8g/L羟丙基