重测序构建芝麻超高密度图谱以及花序基因的定位
连锁分析寻找QTL位点，是最经典的性状定位方法。而遗传图谱的密度是限制定位精度的其中一个方面。目前，构建图谱的方法已从基于传统的SSR、AFLP等基于片段长度多态性的分子标记，过渡到了基于SNP芯片或NGS测序的SNP分子标记。NGS测序最常用的是简化基因组测序和全基因组重测序，区别在于标记数量的多少。随着测序价格的不断降低，重测序高密度标记的优势将更加明显。本文介绍了伯豪客户近期的一篇使用重测序（该研究中重测序服务由伯豪生物提供）构建图谱进行QTL定位的文章。研究背景芝麻是重要的油籽作物，具有无限花序的特征，俗称“芝麻开花节节高”。但是，这样的性状使种子不同时间成熟，极不利于作物收集，影响农产品质量。图1. 无限花序（Dt）和有限花序（dt）的形态区别。其中dt型仅在茎顶端形成花簇。技术路线研究结果在此前的QTL定位研究中，使用构建的芝麻遗传图谱远未达到饱和。这项研究使用了全基因组重测序策略，对两种生长特征的亲本和其F2群体构......阅读全文
NimbleGen大麦外显子组捕获快速定位多节矮秆突变基因
在农业生产中，性状相关的基因定位对于科学育种十分重要，传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值，但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展，DNA测序速度大大加快、成本大大降低，使得通过测序法进行的基因定位（mapping-by-sequencing）成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本
Nature－Genetics：中国人群MHC遗传变异图谱完成
5月23日，国际著名杂志《Nature Genetics》（自然遗传）以论著的形式在线全文发表了安徽医科大学、复旦大学与华大基因共同完成的人类MHC（major histocompatibility complex）区域全覆盖深度测序的研究成果，该研究成功构建出迄今为止最完整的中国汉族
成都生物所定位新的小麦穗发育调控基因
小麦（Triticum aestivum L.）是重要的粮食作物之一，随着世界人口增多、耕地面积减少以及气候变化，提升小麦产量是育种的重要目标。小麦穗主要由附着于穗轴两侧交替互生的小穗构成。小穗进一步分化成数目不定的小花，其中3-5朵小花能最终形成籽粒。因此，小麦穗型的发育与籽粒产量密切相关。挖
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
南京农大棉花遗传育种研究发权威期刊
棉花是重要的经济作物，也是纺织工业的主导原料，在世界及我国国民经济中占重要地位。随着植物基因组计划的不断发展，对作物进行分子设计和基因工程改良是21世纪植物科学领域中的重要课题。目前，国内外研究人员在棉花遗传育种工作中取得了一定的进展。 五月二十四日，南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验
西南大学等解析斜纹夜蛾基因组
9月25日，由西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验发起并主持，联合法国、日本、印度、比利时和美国等多家研究机构参与的鳞翅目害虫斜纹夜蛾基因组相关研究成果于Nature子刊《自然—生态学与进化》上在线发表。该研究成果揭示了斜纹夜蛾的高质量基因组精细图谱，以及群体变异图谱和基因表达图谱。 斜纹夜
构建“玻璃地球”－掌控重磁空间
砥砺奋进的五年·科技成果 偌大的电子屏上指示灯闪烁不停，实时记录着分布在祖国多个作业点的地质变动分析、分析排查评估等相关数据……近日，科技日报记者在武警黄金部队采访时了解到，这一组组数据，折射的是打赢未来信息化战争的重要筹码。 “从现代战争制胜机理看，信息化战争主要是信息主导、体系支撑、精兵
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
Cell：基因定位的重大影响
莱斯大学、加州大学和休斯顿大学的研究团队发现，两个关键基因的染色体定位，决定着枯草芽胞杆菌形成芽孢的时机。这项研究于七月九日发表在顶级期刊Cell杂志上。 枯草芽胞杆菌是一种单细胞微生物，它们一生唯一的目标就是繁殖。不过有时候，生存并不是一件容易的事。在食物匮乏的条件下，枯草芽胞杆菌面临着至关
ASHG年度大会热议基因测序－临床监管体系构建不容忽视
近年来，基因测序在美国和欧洲已被快速应用到临床领域，但关于临床测序的监管体系仍没有形成。近日，在美国人类遗传学协会（ASHG）年度大会上，临床测序的监管问题再遭热议。参与讨论的成员包括美国及欧洲临床研究人员以及FDA的代表人员等。 哥伦比亚大学临床分子遗传学家：扩展基因测序规模，需要卫生保健提
中国人群MHC遗传变异图谱将对复杂疾病医疗起重要作用
2016年5月24日，国际著名遗传学杂志《自然遗传学》（Nature Genetics）以论著的形式在线全文发表了安徽医科大学与华大基因共同完成的人类MHC（major histocompatibility complex，主要组织相容性复合体）区域全覆盖深度测序的研究成果。该研究成功构建出迄今
基因测序
基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术，是下一个改变世界的技术
基因测序
第1代测序技术——荧光标记的Sanger法 在第一台全自动测序仪出现之前，使用最为广泛的测序方法就是 Sanger 在 20 世纪 70 年代中期发明的末端终止法测序技术。 Sanger 也因此获得 1980年的诺贝尔化学奖。 他的发明第一次为科研人员开启了深入研究生命遗传密码的大门。G1.1
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
新一代测序技术（下）SOLiD－(ABI)
【摘要】 2005年454公司首推划时代的新一代测序仪，从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶，让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间，骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代
Nature：科学家构建人类发育细胞图谱
目前，发育生物学的研究主要基于模式生物。由于实践上存在的挑战，人类的胚胎发育（从受精卵到胎儿出生）仍是一个知之甚少的“黑匣子”。近期，来自多国研究机构的一项联合研究阐述了人类发育细胞图谱及妊娠期参考图谱构建的路线图，相关成果发表在《Nature》杂志，标题为“A roadmap for the
Nature：科学家构建人类发育细胞图谱
目前，发育生物学的研究主要基于模式生物。由于实践上存在的挑战，人类的胚胎发育（从受精卵到胎儿出生）仍是一个知之甚少的“黑匣子”。近期，来自多国研究机构的一项联合研究阐述了人类发育细胞图谱及妊娠期参考图谱构建的路线图，相关成果发表在《Nature》杂志，标题为“A roadmap for the
DeepDEP：深度学习构建肿瘤依赖性图谱
大家好呀！今天给大家介绍一篇2021年发表在Science Advances上的文章。全基因组功能缺失筛查揭示了对癌细胞增殖十分重要的基因，称为肿瘤依赖性。然而将肿瘤依赖性关系与癌细胞的分子组成联系起来并进一步与肿瘤联系起来还是一个巨大的挑战。本研究，作者提出了DeepDEP，基于深度学习模型和
水稻地方品种农艺性状相关基因的全基因组关联分析获进展
水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析取得进展 近日，中国科学院北京基因组研究所/中科院上海生科院植生生态所韩斌研究员课题组，通过与中国水稻所、中科院遗传与发育研究所、美国密歇根州立大学、华中农业大学和美国康奈尔大学等单位的研究人员合作，结合第二代测序技术和自主开发的基因
大规模基因重测序确认亚洲栽培稻起源于中国
美国研究人员在一项通过大规模基因重测序分析稻米进化史的研究中确认，亚洲栽培稻起源于中国，最早可能8000多年前就出现在中国长江流域。 亚洲栽培稻是世界上最古老的农作物物种之一。此前曾有研究认为，亚洲栽培稻有两个起源地——印度和中国。但5月2日刊登在美国《国家科学院院
小粒咖啡种质资源全基因组重测序解析获进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/3/474824.shtm 随着全球对特色咖啡需求的显著增加，开发市场需求高的咖啡品种是必不可少的。近日，中国科学院武汉植物园的科研人员，通过基因组重测序等方式发现的SNPs，或与咖啡中重要农艺性状的重要基
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
大规模单细胞测序构建第一个人脑神经元表达图谱
这项研究开发了首个方法用于人类大脑神经性元不同亚型的鉴定，奠定了"绘制"人脑神经元细胞基因活性方法的基础；同时，可以帮助我们更好的理解人脑正常功能及疾病异常，包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、精神分裂症和抑郁症等。通过分离和对单个人类大脑神经元细胞核进行单细胞核转录组测序，研究人员在人脑的六个高级功
全基因组连锁分析和高通量测序结合寻找疾病相关基因
在寻找疾病相关基因的研究中，使用基因芯片对家系进行连锁分析，将基因定位于少数几个区域中，接着进行外显子组测序或全基因组重测序寻找候选区域中的遗传变异，是一个准确高效的研究方案。本文列举了上海交通大学医学院附属新华医院皮肤科李明老师团队的两项研究，均使用了上述方法成功找到了疾病相关的基因变异位点。
武汉植物园葡萄基因组学研究取得新进展
葡萄是世界上第二大果树作物，鲜果及用其加工品葡萄酒一直广受消费者喜爱。随着社会对葡萄需求量进一步增加，如何高效快速地培育优良葡萄品种是目前葡萄产业发展的瓶颈。近年来，通过新一代测序技术和生物信息学手段相结合，对植物基因组结构和特点深入解析，将获得的信息应用于分子辅助或基因工程育种
杏果实性状遗传和QTL定位方面研究取得新进展
近日，辽宁果树所李杏团队在国际植物学前沿期刊《植物科学前沿》（Frontiers in Plant Science）上发表研究论文。该研究对杏果实大小、可溶性固形物和果肉硬度进行了QTL定位，对培育优质耐贮新品种提供了理论基础。 杏主要种植在我国西北、华北、东北地区的干旱丘陵山区地带，近年来其
首个山羊基因组图谱在《自然•生物技术》杂志发表
2012年12月24日，由中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院等单位合作完成的首个山羊全基因组图谱在《自然•生物技术》(Nature Biotechnology)杂志在线发表。本研究采用新一代测序技术(NGS)与全基因组酶切图谱(Whole-genome mapping)技术相结
施肥以及种植密度对于小麦品质的影响
一般认为小麦干物质和蛋白质的积累可能存在底物和能量的竞争，使产量和蛋白质含量之间呈负相关关系。但也有研究认为，在一定条件下可以协调小麦产量和品质间的关系，实现增产和改善品质同步进行。面粉的品质可以使用面筋数量和质量测定仪等仪器进行测定分析，本文简单的分析一下种植密度与施肥对于面粉品质的影
播种时间以及密度对于小麦品质的影响
种植时间以及种植密度对于作物的品质有着比较大的影响，小麦是主要的粮食作物之一，播期以及播种的密度对于小麦的品质有着直接的影响性，小麦的品质主要是同过面筋值、降落值、沉降值、粉质参数、拉伸参数等进行分析，为了加快测定的时间以及提升准确度，可以使用面筋数量和质量测定仪、降落数值仪、沉降值仪、
英特尔联手华大基因等构建医疗平台：24小时内完成基因测序
2001年，6个国家的科学家花了11年的时间，花费30亿美金，共同发表首个人类基因组工作草图。如今，除了时间大大缩短外，测序成本下降至1000美元。而在英特尔看来，完成包括基因序列检测、数据分析、疾病诊断，以及制定个性化治疗方案在内的精准医疗的主要过程也许用不了24小时。 4月13日，英特尔公