北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构建标准化数据分析流程和结构化元信息审编模型，建立面向多物种基因转录特征的数据集成与管理资源十分必要。 近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心在Nucleic Acids Research上，发表了题为Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell lev......阅读全文
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图 日前，由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学
基于八大基因组学数据库－构建迄今最完整的癌症eRNA图谱
增强子RNA（eRNA）是一种从增强子转录的非编码RNA。目前，科学家已经在人类细胞中鉴定出数以万计的eRNA，其中许多都在RNA转录过程中发挥重要作用，以介导靶基因的激活。在人类癌症中，癌基因或致癌信号通路的激活通常引起增强子的激活和eRNA的产生。例如，ESR1的激活可以整体上增加乳腺癌中e
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值
基因组所完成开发RiceWiki数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。 水稻是人类重
首个家鸡基因组图谱绘制完成
西南大学教授徐洛浩课题组以中国特有家鸡品系胡须鸡为材料，在国际上率先绘制出首个家鸡全基因组图谱。2月13日，相关研究成果以《家鸡基因组完成图的演化分析》为题，发表在美国《国家科学院院刊》上。这是继去年人类基因组完成图公布以来，首个发表的脊椎动物基因组完成图，也是基因组完成图谱绘制技术首次在经济动物中
揭秘：帝王蟹的基因组图谱
科学家成功获得高质量帝王蟹基因组图谱 帝王蟹 唐伯平供图 帝王蟹基因组染色体图谱 唐伯平供图 帝王蟹和其他泛甲壳动物的系统演化关系 唐伯平供图 近日，《分子生态资源》发表了首个歪尾类螃蟹的高质量基因组图谱，即一种重要经济蟹类蓝帝王蟹（Paralithodes platypus）的基因组
基因组图谱的方法和意义
中文名称基因组图谱英文名称genomic map定 义展示一种生物全基因组结构的图谱。按建立图谱的研究目的方法和精细程度，可以有不同的形式，包括以遗传学方法建立的遗传连锁图谱，按距离绘出基因位置分布的物理图谱，经测定核酸序列建立的核苷酸序列图谱，以及标记出可表达序列的转录图谱等。应用学科生物化学与
首次绘制小麦表观基因组图谱
最近，英国利物浦大学的科学家们，对小麦中调节基因活性的遗传性分子变化，进行了首次全基因组范围的调查，这可能成为提高作物育种技术的一种新工具。相关研究结果发表在最新一期的《Genome Biology》。延伸阅读：权威期刊发布首个小麦单体型图谱。 表观遗传标记是一种化学标签，将自己附着在DNA上
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
北京基因组所发布表观基因组数据库MethBank－3.0
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心发布表观基因组数据库MethBank 3.0，并将其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species为题，在线发表在Nucleic Acids Rese
天然产物与生物来源图谱数据库NPBS－Atlas发布
据统计，超过50%的上市小分子药物均直接或间接源自天然产物或其化学结构启发。这些由植物、动物、微生物在亿万年进化中淬炼出的天然分子，拥有人工合成难以企及的复杂结构与强大生物活性，是创新药物发现的源泉。近日，中国科学院上海有机化学研究所发布了天然产物与生物来源图谱数据库——NPBS Atlas。NPB
全球药典草药基因组数据库已上线
近期，中国中医科学院中药研究所团队建立了全球药典基因组数据库(GPGD)。该数据库是全球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库。相关研究成果发表在《Science China-Life Sciences》杂志，标题为“Global Pharmacopoeia Genome Database
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
多物种转录图谱综合数据库已对用户免费开放
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
铁树“开花”：苏铁喜获完整基因组图谱
苏铁基因组图谱研究由来自22个科研机构的65位科学家联合完成。 苏铁目系统发育树支持现存苏铁是在经历大量灭绝以后，几次辐射演化的后代。如今苏铁有2科10属。（刘阳供图） 也许你不熟悉苏铁类植物，但你一定听说过“铁树开花”这个成语，比喻事情很难实现。相传因受苏东坡青睐，铁树得名“苏铁”。作为现存最
玉米基因组更详细图谱出炉
美国研究人员12日在《自然》杂志网络版上发表论文称，他们利用新一代测序技术对玉米自交系B73进行测序，得到了新的、更详细的基因组图谱。研究显示，玉米具有良好的表型可塑性，不同品系玉米的基因组差异明显。这意味着在全球气候环境变化不断加剧的情况下，玉米仍有巨大的发展空间。 玉米是生物学研究中的重要
小须鲸全基因组图谱获破译
11月25日，韩国海洋科学技术研究所、深圳华大基因研究院等宣布成功破译了小须鲸全基因组图谱，并对鲸类独特生理习性的遗传学机制进行了分析。相关成果在线发表于《自然—遗传学》杂志。 人们一直痴迷于海洋生物是如何演化为陆生生物的。鲸类的进化却反其道而行之，由陆生向水生演化，和陆生偶蹄动物如牛、猪等
玉米基因组更详细图谱出炉
美国研究人员12日在《自然》杂志网络版上发表论文称，他们利用新一代测序技术对玉米自交系B73进行测序，得到了新的、更详细的基因组图谱。研究显示，玉米具有良好的表型可塑性，不同品系玉米的基因组差异明显。这意味着在全球气候环境变化不断加剧的情况下，玉米仍有巨大的发展空间。 玉米是生物学研究中的重要
Scientific－Reports：创建首个全面基因组图谱
近日，澳大利亚加文医学研究所的研究人揭示身体不同部位脂肪积聚所造成的伤害的驱动因素。他们的一项新研究比较了皮肤下的脂肪细胞和腹部内的有害脂肪，创建了第一个全面的基因组图谱。该图谱揭示了在细胞发育早期独特的特征，不同类型的脂肪似乎“硬捆绑”（hard-wire）在一起。该研究发表于Scientif
基因组物理图谱的主要构架途径
基因组物理图谱的构建不需要经过减数分裂的世代群体，可直接利用DNA分子分析，主要有以下三种构建途径：限制性酶图谱。利用限制性内切酶构建图谱，对于DNA分子长度在50kb以下的片段，一般没有什么困难。而对于大于50kb的DNA分子，可选用稀有切点的内切酶酶切DNA。（1）用识别较多核苷酸的内切酶，如N
老鼠基因组单体型图谱出炉
美国的研究人员希望通过对15只常用于生物医药研究的小鼠的DNA进行研究来帮助科研人员确定出与环境疾病敏感性相关的基因。目前这些数据被存放在了基因变异数据目录之下，即小鼠基因组单体型图谱（将染色体分隔成许多小的片段），从而帮助研究人员找出小鼠中影响健康和疾病的基因和遗传变异。这个单体型图谱公布在7月2
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
北京基因组所构建完成质体基因组结构变异数据库
多相催化是实现高效定向化学转化的关键技术，其中的一个重要基础科学问题是如何通过精确设计和调控催化活性位结构及所在环境，从而强化其定向催化功能并创造新型高效催化剂。近日，中国科学技术大学熊宇杰教授课题组和江俊教授课题组继在电催化体系中提出表面极化概念后,再次通过与黄伟新教授课题组合作，证实界面极化
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
研究解析栽培草莓“祖先”的基因组图谱
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/507227.shtm草莓具有重要的经济和营养价值，现代八倍体栽培草莓起源于两个八倍体野生种弗州草莓和智利草莓的种间杂交。近日，中国科学院昆明植物研究所研究员朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化
历经13年－小麦基因组图谱绘制完成
经过１３年努力，来自２０个国家７３个研究机构的２００多名科学家终于绘制完成完整的小麦基因组图谱。这项“里程碑”工作为培育产量更高、营养更丰富、气候适应性更强的小麦品种奠定基础。 国际小麦基因组测序协会１６日在说，他们以一种叫做“中国春”的小麦遗传研究模式品种为材料，研究整合了２１条小麦染色