GenBank数据库概述(三)
结构: 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB:分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库(PDB)三维结构的一部分,排除了那些理论模型。MMDB重新组织和验证了这些信息,从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。数据的说明书包括生物多聚体的空间结构,这个分子在化学上是如何组织的,以及联系两者的一套指针。利用将化学,序列,和结构信息整合在一起,MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。MMDB的记录以ASN.1格式存储,可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage来显示。另外,数据库中类似的结构已经被用VAST确认,新的结构可以用VASTsearch来同数据库进......阅读全文
GenBank数据库概述(三)
结构: 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB:分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
GenBank数据库概述(一)
1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图
GenBank数据库概述(四)
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍:1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 :把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起,包括序列,图谱,和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序:小鼠基因组计划的测序进展,HTG序列contigs(可以用大小和染色体号来浏览)由
GenBank数据库概述(二)
FTP GenBank and Daily Updates:1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载
NCBI-GenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答
GenBank数据库功能为一、提交获取的基因序列;二、查找已知基因的序列生物学特性信息,例如编码区,科学命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢? GenBank数据库起源 GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建
Using-GenBank
GenBank(R) is a comprehensive database of publicly available DNA sequences for more than 205,000 named organisms and for more than 60,000 within t
Using-GenBank-for-Genomic-Authentication:-A-Tutorial
The GenBank database is perhaps one of the most important repositories of genetic information. A researcher working in the field of genomic authe
-震惊!Genbank参考基因组序列多处错误!
震惊!Genbank参考基因组序列多处错误! 随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低,全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源,但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用,使得基因组数据面临很多问题。 近日,约翰霍
核酸序列的检索实验
实验方法原理掌握核酸序列检索的操作方法;熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义;了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义;熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存;实验材料电脑仪器、耗材笔记本笔实验步骤1. 使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC0608
生命科学国外重要数据库
EMBL数据库结构EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列
我国发现世界首例缺失型α地中海贫血突变基因
记者5日从广西壮族自治区人民医院获悉,经过近2年的研究,该院检验科主管技师李友琼等医务人员发现了世界首例缺失型α地中海贫血突变基因,并于日前在美国DNA数据库成功注册。这一新突变基因的发现,不仅丰富了世界地中海贫血突变基因数据库,同时为在临床上避免地贫患儿的降生及科学研究提供了新的参考信息。
中国发现世界首例缺失型α地中海贫血突变基因
从广西壮族自治区人民医院获悉,经过近2年的研究,该院检验科主管技师李友琼等医务人员发现了世界首例缺失型α地中海贫血突变基因,并于日前在美国DNA数据库成功注册。这一新突变基因的发现,不仅丰富了世界地中海贫血突变基因数据库,同时为在临床上避免地贫患儿的降生及科学研究提供了新的参考信息。 据介
RNAi技术专有名词(2)
21.Homologous Chromosome:同源染色体一对染色体,分别来自父本和母本,染色体上有着相同的线性基因序列。 22.Recombinant Clone:重组克隆将不同来源的DNA片段合成在一个DNA分子中,这种技术称为重组,得到的分子为重组克隆。 23.Ribonucleic
色谱法概述(三)
第十一课 离子色谱法 离子色谱法 离子色谱法是利用离子交换原理和液相色谱技术测定溶液中 阴离子和阳离子的一种分析方法。离子色谱是液相色谱的一种。离子色谱是利用不同离子对固定相亲合力的差别来实现 分离的。离子色谱的固定相是离子交换树脂,离子交换树脂是苯乙烯- 二乙烯基苯的共聚物。树脂核外是一层可离解的
层析技术概述(三)
柱层析的基本装置及基本操作目前,最常用的层析类型是各种柱层析,下面就简述柱层析的基本装置及操作方法,薄层层析的装置和操作将在后面详细讨论。1. 柱层析的基本装置柱层析的基本装置示意图如图3-3 所示:2. 柱层析的基本操作柱层析的基本操作包括以下一些步骤:⑴ 装柱柱子装的质量好与差,是柱层析法能否成
基因敲除技术概述(三)
2.1.2.2 诱导性基因敲除法诱导性基因敲除也是以Cre/loxp 系统为基础,但却是利用控制Cre 表达的启动子的活性或所表达的Cre 酶活性具有可诱导的特点,通过对诱导剂给予时间的控制或利用Cre 基因定位表达系统中载体的宿主细胞特异性和将该表达系统转移到动物体内的过程在时间上的可控性
血型与输血概述(三)
4.分泌型:ABH抗原不仅存在于红细胞膜上,月细胞,血小板及其它组织细胞上也可发现ABH抗原。事实上,组织细胞也能合成分泌可溶性ABH抗菌素原,所发ABH血型特异物质能在所有与ABH基因遗传有关的分泌物中发现,而存在于许多体液中,职唾液、尿液、泪液、胃液、胆法、羊水、血清等,但脑脊液中没有。这些
甘油三酯代谢概述
甘油三酯是人体内含量最多的脂类,大部分组织均可以利用甘油三酯分解产物供给能量,同时肝脏、脂肪等组织还可以进行甘油三酯的合成,在脂肪组织中贮存。 一、甘油三酯的分解代谢 脂肪组织中的甘油三酯在一系列脂肪酶的作用下,分解生成甘油和脂肪酸,并释放入血供其它组织利用的过程,称为脂动员。 在这一
血液辐照仪概述(三)
剂量控制界面中显示如下参数:1) 转台的位置、仓门的状态、转台自转和源上下运动状态。2) 辐照剂量输入区域。用手指触摸cGy前面的方框处,可弹出一小数字键盘,通过键盘可设置辐照剂量,当输入完毕后,按小键盘上的“Ent”键,即可预置剂量,输入完毕后,右边预置剂量处,可进行所设剂量的显示
安全输血概述(三)
8、新克—雅氏病:本病首先在英国发现的人脑海绵体病,经疯牛病病牛组织污染的食物传播给人。由于已在病人或病牛的淋巴组织和血液中发现其病原体,并在动物实验中证实其可经输血传播。所幸至今在人类尚无证据证明其可经输血传播。美国、加拿大和香港已发出禁令:在英国居留六个月以上者不能参加献血。英国、加拿大、葡萄牙
生物信息学应用:序列分析,电子克隆等初探
生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛,从人工智能、机器人一直到基因组(genome)分析。就基因组分析这一角度来看,生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来,蛋白质结构数据的快速增长,使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信
三角试验的概述
三角试验是对肩峰、肱骨大结节、喙突三个部位进行检查,检查是否为等腰三角形,提示肩关节脱位、肱骨外科颈骨折、肩峰骨折和喙突撕脱性骨折等疾病。
三合诊的概述
三合诊就是经直肠、阴道、腹部联合检查。一般用食指进阴道,中指进直肠,另手置下腹部协同触摸。这种方法可以查清骨盆腔较后部及子宫直肠窝的情况。
TC热电偶概述(三)
三种贵金属材料热电偶都适合高温下且高精度的工控环境中使用,如塑料制作成型、高精度模具制造、化工所用的催化剂等,不属于常用热电偶类型。K型抗氧化性能强,比较适合在氧化性、惰性气氛中连续使用,在所有热电偶中使用最广泛;J型可用于氧化性气氛,也可用于还原性气氛,并且耐H2及CO气体腐蚀,多用于化工及炼油;
三白草科的概述
三白草科(Saururaceae),多年生草本植物,高从15厘米到60厘米左右。具有蔓延的根茎,叶子通常呈现心型状。花成穗状。一般来说,该种植物都生长在水田,路边旁或林荫湿地。原生于东亚和北美,包括4属共6种植物[1]。4属,约7种,分布于亚洲东部和北美洲。我国有3属,4种,主产中部以南各省区。
三分七的概述
三分七(学名:Anisodus acutangulus var. breviflorus)是茄科山莨菪属三分三的变种。分布于中国大陆的云南、四川等地,生长于海拔2,890米至3,100米的地区,一般生长在林缘、荒地、灌木草丛中以及田边石堆中,目前尚未由人工引种栽培。
概述核苷三磷酸的代谢
鉴于它们在细胞中的重要性,核苷三磷酸的合成和降解受到严格的控制。本概述着重于人类核苷三磷酸代谢,但该过程在物种间是相当保守的。三磷酸核苷不能被很好地吸收,因此所有的核苷三磷酸盐通常是从头合成的。ATP和GTP(嘌呤)的合成不同于CTP、TTP和UTP(嘧啶)的合成。嘌呤和嘧啶合成都使用磷酸核糖焦
脂肪酸代谢概述(三)
3.软脂酸的生成 软脂酸的合成实际上是一个重复循环的过程,由1分子乙酰CoA与7分子丙二酰CoA经转移、缩合、加氢、脱水和再加氢重复过程,每一次使碳链延长两个碳,共7次重复,最终生成含十六碳的软脂酸(图5-16)。 在原核生物(如大肠杆菌中)催化此反应的酶是一个由7种不同功能的酶与一种酰基
三叶委陵菜的概述
三叶委陵菜(植物拉丁名:PotentillafreynianaBomm.),中药名,别名三爪金、地蜘蛛,为蔷薇科委陵菜属植物三叶委陵菜的全草。味苦,性微寒。[1] 三叶委陵菜具有清热解毒、散瘀止血的功效,常用于骨结核、口腔炎、瘰疬、跌打损伤、外伤出血等病症。《常见混淆中草药的识别》有记载:“清
血清甘油三酯的概述
中文名称: 血清甘油三酯 英文名称: TG 化验介绍: 血酯的含量可随膳食的改变而改变,而且变动范围很大。另外其含量随年龄增长而上升,尤其是体重超过标准的中老年人往往偏高。