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1 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。 A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢? B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的话，那结合就是竞争性的。挨个dock，最后把结果放在一起可以分析。也可以先看一下文献有没有特殊位点比如离子通道蛋白就有这种例子。主要看你的目标来定。 殷赋科技:看看我们公众号的文章，《如何确定对接口袋》。总的原则是，尽可能依靠来自实验或文献的信息来确定对接口袋，其次是软件预测。如果没有任何信息可以帮助你选择或确定唯一的对接口袋，那就全部都用，分别做对接，再分析对接结果。有条件的，再做实验验证，比如定点突变。 Mr.Nerve-中国药科大学:使用薛定谔时，如何对某一部分进行片段取代，取代......阅读全文
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
当Ian Taylor博士在报纸上看到一家新兴生物科技公司将专注于开发靶向蛋白降解剂时，他立即对这家公司产生了浓厚的兴趣。大多数小分子药物通过阻断蛋白的活性位点来抑制蛋白功能，而这家名为Arvinas的公司在寻找为“PROTACs”的小分子，它们能够利用细胞的蛋白降解机制来将蛋白完全销毁。“我对
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
麻省沃尔瑟姆市（Waltham, Massachusetts）的一座钢筋混泥土建筑的二楼，一个实验室冰箱里的塑料盒中，包含着无数种化学分子。这些分子是葛兰素史克制药公司（GlaxoSmithKline，GSK）合成的带DNA标签的分子，数目达到万亿种——这是银河系恒星数目的10倍。 各大制药公
在一项新的研究中，来自瑞士苏黎世联邦理工学院的研究人员利用一种新的方法来发现细菌细胞中的蛋白和小的代谢分子之间之前未知的相互作用。该技术也能够被用来测试药物的效果。相关研究结果发表在2018年1月11日的Cell期刊上，论文标题为“A Map of Protein-Metabolite Inte
据世卫组织估计，到2035年全世界每年将有2400万新癌症病例和1450万癌症相关死亡案例。在与癌症相关的死亡中，如果可以早期诊断出癌症，约30%的人会有获救的希望。因此对癌症早期准确的诊断对于增加治愈癌症和提高癌症存活率的几率是非常重要的。癌症相关生物标志物的临床检测在癌症诊断和治疗方面具有重要意
所有RNA病毒都通过与正常运输细胞RNA转录本不同的过程将其基因组传递到目标宿主细胞中。来自正常的细胞RNA转录的运输。病毒RNA的传递最多。进入大多数细胞的病毒DNA的运输因此触发了先天的抗病毒防御机制，将病毒RNA识别为异物。反过来，病毒已经进化出了破坏这些防御的机制，让它们在其中茁壮成长。
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
抗抑郁症药物开发又现新进展。发表在国际学术期刊《自然》（Nature）上的一项研究显示，抗抑郁症药物的神秘靶点结构被发现，一个长达31年的预言被证实。 抑郁症与频繁的自杀事件经常联系在一起，让这种疾病更加神秘而可怕。据中国青年报4月6日报道，中国的抑郁症患者约有9000万人，其中只有三分之一的
2011年9月25日，第三十三期质谱沙龙活动在北京大学分析测试中心成功举行。来自第二炮兵总医院、北京大学、中科院微生物研究所、中国医学科学院基础医学研究所、空军总医院、AB SCIEX公司、北京艾米诺医学研究有限公司等，近四十位专家、学者、技术工程师参加了本次沙龙活动，本次沙龙以大分子为主题，共
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多
过去100年发生的多起事件让世人密切关注未来发生传染病大流行的风险。2018年是1918年流感流行的100周年，估计有数千万人死于100年前那次流感。现在拥有比一个世纪前更好的干预措施，季节性流感疫苗，但不一定完全有效预防。每年需要接种或选择接种的人所占比例较小。世界上还有抗生素可以帮助治疗细菌
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果
斯克里普斯研究所(TSRI)的科学家们开发出了一种强大的新方法来寻找结合特定蛋白质的候选药物。 发表在本周《自然》（Nature）杂志上的这种新方法是一个重大的进展，它可以同时应用于大量的蛋白质，甚至直接应用于自然细胞环境中成千上万不同的蛋白质。一些小分子可以用来确定它们靶蛋白的功能，并可充当
科学家们提出了一个新的“组学”——一个处理蛋白质和小分子之间相互作用的互动组学（protein-metabolite interactomics）。此前系统生物学家专注于基因组学或蛋白质组学，现在他们日益发现了蛋白质-代谢小分子之间相互作用的重要性。 基因组学针对的是生物体基因的系统分析，而蛋
Docking相关A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗?B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。B:只要比这个配体的打分低，
自2012年“魔剪”技术出道以来，该技术一直备受争议。一些专家指出，基因编辑在很多层面上难以实现控制。近年来，科学家一直致力于开发“抗CRISPR”系统，来干扰细胞中的Cas核酸酶功能，以此来给CRISPR基因编辑技术带上一定程度的“镣铐”，规范该技术的使用操作。 如今，在美国Broad研究所
现代分子生物学和免疫学的进展加深了我们对许多疾病的了解，并且导致了免疫新策略的产生，免疫学检测方法可分为体液免疫和细胞免疫测定。本文盘点了与免疫学有关的分子生物学实验技术汇总。 一、GST pull-down实验 GST是指谷胱甘肽巯基转移酶，GST pull-down实验是一个行之有效的验
质谱技术已经成为了蛋白质组学研究的主力。这种技术方法能精确的检测多肽，从而帮助研究人员识别并测序多肽分子，分析它们的特征，了解它们如何进行化学修饰的。 但大多数蛋白质并不是单独行动的，一些关键的生物学过程，如DNA 复制、转录、翻译、细胞分裂和能量生成都依赖于大型蛋白复合物的行为，这
本文中，小编盘点了多篇研究报告，共同解析科学家们在组蛋白研究上取得的新成就，与大家一起学习！图片来源：Daniel N. Weinberg et al，doi:10.1038/s41586-019-1534-3 【1】Nature：揭示组蛋白标记H3K36me2招募DNMT3A并影响基因间DN
基因载体是基因工程的核心，也是基因治疗中强有力的生物工具，我们先来认识和阅读载体图谱吧。 一、载体分类及载体组成元件 载体分类 1、按属性分类：病毒载体和非病毒载体 病毒载体是一种常见的分子生物学工具，可将遗传物质带入细胞，原理是利用病毒具有传送其基因组进入目
基因载体是基因工程的核心，也是基因治疗中强有力的生物工具，我们先来认识和阅读载体图谱吧。 一、载体分类及载体组成元件 载体分类 1、按属性分类：病毒载体和非病毒载体 病毒载体是一种常见的分子生物学工具，可将遗传物质带入细胞，原理是利用病毒具有传送其基因组进入目的细
1. Cell：中科院生物物理所王艳丽/章新政课题组从结构上揭示Cas13a切割RNA机制 doi:10.1016/j.cell.2017.06.050 CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CR
实验材料 宿主细胞 质粒或λ噬菌体表达载体 包装提取物 电转化感受态大肠杆菌
三、改造载体 1、改造启动子：一般在过表达载体中CMV属于广谱型的强启动子，具体可根据实验需求，选用不同启动子，尤其是对于AAV载体构建时选用组织特异性启动子。 启动子名称启动子大小组织特异性ALB2.4kb肝脏特异性CAG944bp广泛表达的强启动子CamKIIa1.2kb大脑皮层和海马神经元特异
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)，是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明，环状RNA具
实验材料 宿主细胞质粒或λ噬菌体表达载体包装提取物电转化感受态大肠杆菌试剂、试剂盒 限制性内切核酸酶缓冲液限制性内切核酸酶通过 poly(A)+富集的 mRNAcDNA 文库含适当抗生素的 Terrific 球脂平板含适当抗生素的 Terrific 肉汤培养基仪器、耗材 cDNA 合成试剂盒实验步骤
类似方案 1、方案 2 描述了在真核表达载体上进行 cDNA 文库构建与筛选的方法, 流程分为以下两个阶段：1. 在真核表达载体上构建 cDNA 文库；2. 在真核表达载体上构建的 cDNA 文库的筛选。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。实验材料宿主细胞质粒或λ噬菌体表达载体
1A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的