蛋白合成交流群之如何选择平台分析实验数据
Autodock、Autodock Vina与Dock6 A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢,有些时候结果出来了不会分析不会看。 殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析,解读无非就是看图说话,再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。 A:dock6也是开源的吗,感觉autodock各种教程网上更多呢。 殷赋科技:开源啊,如果按照dock6官方教程去操作,非常麻烦,AutoDock相对好些,dock6安装起来就比较麻烦,还必须在linux下;vina不用安装,下载即用。 B:请问大神,autodock4可不可以做共价对接。 殷赋科技:http://autodock.scripps.edu/resources/covalentdocking。 C:windows系统能用autodock和vina吗? 殷赋科技:可以啊。 ......阅读全文
蛋白合成交流群之如何选择平台分析实验数据
Autodock、Autodock Vina与Dock6 A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢,有些时候结果出来了不会分析不会看。 殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析,解读无非就是看图说话,再结合一些实验数据、相关文献
蛋白合成之如何选择平台分析实验数据?
Autodock、Autodock Vina与Dock6A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢,有些时候结果出来了不会分析不会看。答:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析,解读无非就是看图说话,再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。A:dock6也是
蛋白合成交流之如何从数据库找合适的化合物?
体系相关A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊?答:我还没用过呢,只是在网上搜索到的。你那计算完了,有什么结果啊?A:答:没有打分之类的东西?A:只给了结果,但没看到这样排序的依据。答:应该是最上面的是最合适的,那你下载下来就可以用
蛋白合成微信学术交流之如何从数据库找合适的化合物
体系相关 A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊? 殷赋科技:我还没用过呢,只是在网上搜索到的。你那计算完了,有什么结果啊? A: 殷赋科技:没有打分之类的东西? A:只给了结果,但没看到这样排序
微信学术交流群之关于蛋白的处理
Docking A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊,rmsd也比较高,请问大家对接时受体蛋白加力场吗? B:参数没设置好吧。 C:要分析原因哦。 (1)是所有对接计算出来的pose都不好? (2) 还是打分最好的那个不好,打分差
微信学术交流群之靶标预测
靶标预测 A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么,比如抗肿瘤,抗炎,抗神经等等。 B:反向找靶。 A:那就复杂咯,想简单点,然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。 C:反向对接。 D:直接做激酶谱不就行了。
如何选择PSI多肽合成仪?
多肽合成仪PSI100 经济型PSI200普及型PSI300小型PSI300M 中型PSI400大型PSI500GMP型PSI600客户定制应用范围教学科研及小量生产高难度,超长肽工厂化生产任选合成范围100mg~60g100mg~2g1g~40g5g~1kg~10kg通道数1~611111合成
如何选择蛋白印迹实验中的印迹膜
硝酸纤维素膜(NC膜)是蛋白和核酸杂交zui常用的印迹膜,是蛋白印迹实验的标准固相支持物。在低离子转移缓冲液的环境下,大多数带负电荷的蛋白质会与硝酸纤维素膜发生疏水作用而高亲和力的结合在一起,虽然这其中的机制还不是十分清楚,但由于硝酸纤维素膜的这个特性,而且易于封闭非特异性结合,从而得到了广泛的
如何选择蛋白印迹实验中的印迹膜?
硝酸纤维素膜(NC膜)是蛋白和核酸杂交最常用的印迹膜,是蛋白印迹实验的标准固相支持物。在低离子转移缓冲液的环境下,大多数带负电荷的蛋白质会与硝酸纤维素膜发生疏水作用而高亲和力的结合在一起,虽然这其中的机制还不是十分清楚,但由于硝酸纤维素膜的这个特性,而且易于封闭非特异性结合,从而得到了广泛的应用。目
细胞周期分析实验中如何选择合适的细胞周期蛋白?
在细胞周期分析实验中选择合适的细胞周期蛋白,需要考虑以下几个因素:研究目的:明确您想要探究的细胞周期特定阶段或细胞周期调控的具体方面。例如,如果关注 G1 期到 S 期的转换,Cyclin D 和 Cyclin E 可能更合适;若重点是 G2 期到 M 期的进展,Cyclin B 则是较好的选择。细
如何选择数据记录仪?
如果您需要选择一款数据记录仪,您需要首先确定数据记录应用中每个组成元素的性能需求。根据您需要测量物理量的类型、数据分析和表示的需求,您对于数据记录仪的选择可能会有很大的不同。下面是选择一款数据记录仪时考虑到的问题的一些例子。 我需要进行温度测量,而且测量精度十分重要 我需要记录频率非常高的信
电转染小课堂之如何选择波形
欢迎大家订阅电转染小课堂,本期我们来分享如何选择电穿孔的波形,各波形需要设置的参数有哪些?以及两种波形之间的转换 Part 1 方波 方波脉冲是指电压瞬间升至预设电压,保持电压放电,然后瞬间终止放电。一般哺乳动物细胞电转染时选择方波脉冲,有较高的转染效率和细胞存活率。选择方波时,有以
电转染小课堂之如何选择波形
欢迎大家订阅电转染小课堂,本期我们来分享如何选择电穿孔的波形,各波形需要设置的参数有哪些?以及两种波形之间的转换Part 1 方波方波脉冲是指电压瞬间升至预设电压,保持电压放电,然后瞬间终止放电。一般哺乳动物细胞电转染时选择方波脉冲,有较高的转染效率和细胞存活率。选择方波时,有以下参数要进行考虑:场
蛋白质合成实验
实验步骤 材料无菌细胞培养,如 1X104~ 1X106 个细胞,24 孔板3H-亮氨酸。无血淸培养基中 2 MBq /ml (~50uCi/ml) (特异活性并不重要,因为它将由培养基中的亮氨酸浓度决定)非无菌SLS 或 SDS,1% (35m mol/L ) 溶于 0 .3 mol/L NaOH
蛋白质合成实验
实验步骤 材料 无菌 细胞培养,如 1X104~ 1X106 个细胞,24 孔板 3H-亮氨酸。无血淸培养基中 2 MBq /ml (~50uCi/ml) (特异活性并不重要
蛋白质合成实验
实验步骤 材料 无菌 细胞培养,如 1X104~ 1X106 个细胞,24 孔板 3H-亮氨酸。无血淸培养基中 2 MBq /ml (~50uCi/ml) (特异活性并不重要,因为它将由培养基中的亮氨酸浓度决定) 非无菌 SLS 或
蛋白质合成实验
实验步骤材料无菌细胞培养,如 1X104~ 1X106 个细胞,24 孔板3H-亮氨酸。无血淸培养基中 2 MBq /ml (~50uCi/ml) (特异活性并不重要,因为它将由培养基中的亮氨酸浓度决定)非无菌SLS 或 SDS,1% (35m mol/L ) 溶于 0 .3 mol/L NaOH三
如何选择最佳实验
原子吸收光谱分析中影响测量条件的可变因素多,在测量同种样品的各种测量条件不同时,对测定结果的准确度和灵敏度影响很大。选择最适的工作条件,能有效地消除干扰因素,可得到最好的测量结果和灵敏度。 1、吸收波长(分析线)的选择:通常选用共振吸收线为分析线,测量高含量元素时,可选用灵敏度较低的非共振线为分
实验室液相色谱仪之凝胶色谱仪如何选择?
凝胶色谱属于液相色谱,它是按被分析混合物不同组分分子大小的不同进行分离的,多用于高聚物的分析。它以液体做活动相,以多孔固体做固定相,其中孔是有一定尺寸限制的,而且大小不一。 它的分离过程是在装有多孔固定相的色谱柱中进行的。当尺寸大小不同的分子通过色谱柱时,可占据的窨体积也不同。对活动相分子
免疫球蛋白如何合成?
免疫球蛋白是由B淋巴细胞在抗原的刺激下转化为浆细胞,产生可以与相应抗原发生特异性结合的抗体。 当人体遭遇外来病原体,如病毒或细菌时,免疫系统中的B淋巴细胞会识别这些病原体,并被激活。激活后的B淋巴细胞会转化为浆细胞,浆细胞是专门负责产生抗体的细胞。每个浆细胞都会产生一种特定的抗体,这些抗体能够
蛋白质组数据的多元分析实验
仪器、耗材 扫描仪图像分析软件Excel 程序多元数据分析的软件实验步骤 用 Progenesis、Excel 和 The Unscrambler 对 2D 凝胶进行多元分析。3.1 确定研究方案后建立蛋白的 2D 凝胶在本章节中不再阐述,但要确定染色方法以便进行凝胶的定量分析(见注释 1 )。3
蛋白质组数据的多元分析实验
仪器、耗材扫描仪图像分析软件Excel 程序多元数据分析的软件实验步骤用 Progenesis、Excel 和 The Unscrambler 对 2D 凝胶进行多元分析。3.1 确定研究方案后建立蛋白的 2D 凝胶在本章节中不再阐述,但要确定染色方法以便进行凝胶的定量分析(见注释 1 )。3.2
蛋白质组数据的多元分析实验
仪器、耗材:扫描仪 图像分析软件 Exc
海洋藻类之选择方向性分析
光在水中会急速衰退,因此,无论在海洋还是在内陆水体中,扎根生长的大型维管束植物只能在沿岸带的浅水区域中生存。在海洋中,绝大多数初级生产者必须漂浮在真光层中,为此,它们必须维持尽可能大的比表面积。当然,微小的体积还有利于提高细胞的受光面积,也能增加对CO2的吸收。因此,提高浮力的选择压力趋向于选择小的
理性分析数据中心给排水如何选择电伴热带
理性分析数据中心给排水如何选择电伴热带,是北京中海华光电伴热通过铺天盖地的电伴热各种材料、电伴热各种厂家、电伴热各种的应用方案,在客观公正的理性分析它,是通立在我公司16年的电伴热应用技术总结下,生成这样的宝贵经验,当你在看诸多的电伴热选用不知所措之时,能找到中海华光的这种交流是你缘份。我们简知进入
苔藓物种监测数据分析中如何选择合适的统计方法?
在苔藓物种监测数据分析中选择合适的统计方法,需要考虑以下几个关键因素:研究问题和目标首先明确想要回答的具体问题,例如是比较不同地点苔藓物种的多样性,还是探究苔藓物种与环境因素的关系,或者是分析时间序列中苔藓物种的变化趋势等。不同的研究问题需要不同的统计方法。数据类型确定数据的性质,是分类数据(如苔藓
如何选择蛋白印迹成像与定量分析技术
——western blot技术在蛋白定量分析中的选择应用 蛋白质印迹(western blot),它是根据抗原抗体的特异性结合检测复杂样品中的某种蛋白的方法。western blot 是在凝胶电泳和固相免疫测定技术基础上发展起来的一种新的免疫生化技术。由于免疫印迹(western blo
质谱实验质量控制之数据质控
质谱实验的QC方法包括:样品准备、液相色谱、质谱采集以及谱图质量等。前两期关于质谱污染物的防控,大部分是属于样品准备阶段的质控工作。质控专题共分三期内容:1. 质谱污染的来源与防控篇2. 质谱原始数据中的污染物信息篇3. 质谱数据质控篇——Quic软件介绍点击目录链接可以回顾往期,本期质控专题进行到
单细胞测序基准数据集如何选择?
选择单细胞测序基准数据集时,可以考虑以下几个关键因素: 1. 研究目的和问题 - 明确您的具体研究目标,例如是关注特定细胞类型的分类、细胞发育轨迹分析还是差异表达基因检测等,选择与研究问题相关的数据集。 2. 细胞类型和组织 - 确保数据集包含您感兴趣的细胞类型和组织来源。如果您
如何选择蛋白晶体结构?
在使用殷赋云计算平台的时候,有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准都有一个适用范围。我们在这里只讨论用于分子对接的蛋白晶体结构的选择原则和方法。1. 确定蛋白种属在实验当中,研究人员通常使用动物模型(如小鼠)来研究人源蛋白。这样做有许多原因,比如:1) 无