基于蛋白质物理性质的蛋白质预测软件
ExPASy工具包包涵的程序ComputepI/MW：是ExPASy工具包中的程序，计算输入序列等电点和分子量的工具。对pI的确定基于早期研究中将蛋白质从由中性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的pK值（Bjellqvist等，1993）。分子量的计算是把序列中每个氨基酸的同位素平均分子量加在一起，再加上一个水分子的分子量。用户可以把序列整理为FASTA格式，或提供SWISS-PROT标识，或者是可唯一确定的添加号。若用户提供了序列，该工具会自动计算全序列的 pI和分子量；若用户提供的是SWISS-PROT标识，程序会显示该条目的描述和物种记录；如果用户给出了一段序列片段范围则计算将在该片段上进行，而不是针对整个序列。对于碱性蛋白质，计算出的等电点偏差较大。PeptideMass：是ExPASy工具包中的程序，针对肽段谱图分析实验分析蛋白质在各种蛋白酶和/或化学试剂作用下的内切产物。通过 PeptideMass可以预测水解......阅读全文
基于质谱的空间蛋白质组学系统研究方法
蛋白质亚细胞定位及其动态变化过程对于蛋白质功能至关重要。随着鸟枪法蛋白质组学的发展，通过亚细胞分离及质谱技术同时测定数千个蛋白质稳态定位的“蛋白质组学显微镜(proteomic microscope)”出现了。然而，表征因扰动导致的亚细胞定位变化的工具却一直局限在光学显微镜，每次仅能成像一个或几
JACS|大连化物所：基于nMS表征影响蛋白质结构的分子机制
近日，连化物所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用我所自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。 非变性
蛋白质二级结构预测－人工神经网络方法
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起，科学家们也将神经网络用于生物信息学，其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发，将
蛋白质三级机构预测－同源模型化法2
5、构建目标蛋白质的环区：在第2步的序列比对中，可能加入空位，这些区域常常对应于二级结构元素之间的环区，对于环区需要另外建立模型。一般也是采用经验性方法，从已知结构的蛋白质中寻找一个最优的环区，拷贝其结构数据。如果找不到相应的环区，则需要用其它方法。6、优化模型：通过上述过程为目标蛋白质U建立了一个
蛋白质三级机构预测－同源模型化法1
蛋白质结构预测的生物学意义生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系，但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系，但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规
蛋白质的蛋白质的提取技术
选择材料及预处理 以蛋白质和结构与功能为基础，从分子水平上认识生命现象，已经成为现代生物学发展的主要方向，研究蛋白质，首先要得到高度纯化并具有生物活性的目的物质。蛋白质的制备工作涉及物理、化学和生物等各方面知识，但基本原理不外乎两方面。一是得用混合物中几个组分分配率的差别，把它们分配到可用机械方
布鲁克与Protein－Metrics达成蛋白质表征软件联合营销协议
分析测试百科网讯 近日，Protein Metrics公司和布鲁克公司签署了一份正式的联合营销协议，使两家公司更加紧密地合作，用于生物治疗表征。 Bruker是质谱领域的世界领先者，而Protein Metrics是供应商中性蛋白质表征软件的动态创建者，将使用Protein Metrics软件与
新疆理化所提出预测蛋白质相互作用的计算方法
蛋白质相互作用研究能够从分子水平上揭示蛋白质的功能，帮助揭示生长发育、新陈代谢、分化和凋亡等细胞活动的规律。在全基因组范围内识别蛋白质相互作用对是解释细胞调控机制的重要一步。随着蛋白质相互作用实验技术的发展，人们能够获得大量的蛋白质相互作用数据，甚至能够在全基因组范围内对蛋白质相互作用进行分析。
新方法能预测蛋白质与环境间的相互作用
众所周知，蛋白质是生命的基石，在所有的生物过程中发挥着关键的作用。因此，了解它们如何与环境相互作用，对于开发有效的治疗方法和设计人工细胞的基础至关重要。图片来源：Laura Persat / 2019 EPFL 近日，由瑞士联邦理工学院（EPFL）生物工程研究所蛋白质设计与免疫工程实验室(LP
完整蛋白质鉴定：基于UNIFI的沃特世生物制药系统
目的 以单克隆抗体完整蛋白的UPLC®/MS分析为例，展示UNIFI™ 科学信息系统这个平台在精确质量测定、数据处理和报告方面的强大功能。 背景 生物治疗药物得到了越来越多的关注，无论是药监部门还是生物制药企业，有效剖析单克隆抗体(mAb)尤为重要。在同一软件平台中实现数据采集
基于液质联用的单细胞蛋白质组学研究进展
摘要 蛋白质是细胞功能的主要执行者，由于其无法在体外进行扩增，单细胞蛋白质组学技术相较单细胞基因组学和转录组学技术而言发展相对滞后。传统的蛋白质组学技术可获得大量细胞蛋白表达的平均值，但忽略了细胞亚型及细胞异质性等信息。单细胞水平的蛋白质分析有助于阐明细胞不同表型与异质性的分子基础。随着质谱仪
邹鹏团队报道基于荧光成像的蛋白质定向进化方法
近日，北京大学化学与分子工程学院、合成与功能生物分子中心、IDG麦戈文脑科学研究所、北大-清华生命科学联合中心邹鹏课题组（博士生林畅为第一作者）在 Cell 子刊 Cell Reports Methods 上发表了题为：Functional imaging-guided cell selecti
检测血液就能根据蛋白质水平可对衰老进行预测和识别
近日，美国斯坦福大学医学院的Wyss-Coray教授团队研究发现，通过检测血液，依据其中的蛋白质水平可以预测生理年龄，他们还观察到了衰老明显进展的3个转折时期，并在Nature Medicine杂志上发表了题为：“Undulating changes in human plasma proteo
iScience：利用蛋白质组学构建预测模型识别未知底物
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子功能研究组研究员朴海龙团队基于生物信息学方法，揭示了癌症中关键的去泛素化与泛素化分子相互作用网络。 去泛素化与泛素化作用是生命体内至关重要的转录后修饰作用，参与到细胞周期、免疫调控、信号传递等几乎所有的生物学通路过程中。同时，该作用体系对
昆明动物所在预测蛋白质功能位点方面取得重要进展
随着蛋白质结构信息的不断积累，以及结构基因组学不断的发展，越来越多的功能未知但结构已知的蛋白质提交到了国际大分子数据库中(PDB数据库)，这些蛋白质的功能及其功能位点需要注释。而随着实验生物学的不断发展，以前一些已知功能的蛋白质的功能及其功能位点可能需要重新注释。因此，发展一种精
马尔文纳米粒度分析仪创新预测蛋白质聚集
美国佐治亚理工学院化学与生物分子工程学院的研究人员采用易于操作的动态光散射(DLS)测量技术来检测难以测量的蛋白质聚集行为。研究团队使用英国马尔文仪器的Zetasizer Nano 纳米粒度，Zeta电位和分子量分析仪测量在不同盐分条件下的极低浓度的稳定蛋白溶液。根据结果，他们可以推断相
蛋白质组学前沿－|－基于QTRAP－MRM³的微量唾液中外泌体磷酸化蛋白质定量分析
概述近日，东南大学生物科学与医学工程学院顾忠泽教授及陶纬国教授课题组在微量唾液细胞外囊泡（EVs）磷酸化蛋白的定量分析研究方面取得新进展，利用多级质谱（MRM3）技术对口腔癌患者唾液中的外泌体磷酸化蛋白进行定量分析，相关成果以“Targeted phosphoproteomics of Human
通过软件创新打造更强大的4D蛋白质组学技术
在过去的二十年中，新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展，蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。 当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得
蛋白质谱测定蛋白质的基础原理
蛋白质是一条或者多条肽链以特殊方式组合而成的生物大分子，大多数蛋白质会自然折叠为一个特定的三维结构。蛋白质的结构层次可以分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构：一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α螺旋和β折叠
蛋白质谱测定蛋白质的基础原理
蛋白质是一条或者多条肽链以特殊方式组合而成的生物大分子，大多数蛋白质会自然折叠为一个特定的三维结构。蛋白质的结构层次可以分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构： 一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。 二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α
基于质谱的蛋白质组学，揭示不老分子的抗衰奥秘
——清华大学蛋白质化学与组学平台主管邓海腾教授专访 近年来， NAD+的前体NMN作为抗衰老保健品成为京东最畅销的商品，这是因为NAD+可能和每个人的健康寿命都有关系。这激励着更多科学家们开展研究，探索NAD+多靶标抗衰老的功效和机理。基于质谱的蛋白质组学研究方法也在NAD+的研究中发挥重要作
完全蛋白质、不完全蛋白质及半完全蛋白质的概念
完全蛋白质所含必需氨基酸种类齐全，数量充足，相互之问比例也适当，不但能够维持成人的健康，也能够促进人体的生长发育，如乳中的酪蛋白、蛋类中的卵白蛋白、大豆球蛋白、小麦中的麦符蛋白等。 半完全蛋白质所含各种必需氨基酸种类齐全，但各种氨基酸含量多少不匀，互相之间比例不合适。在膳食中作为唯一的蛋白质来源时，
AFM基于其他商业数学软件的图像处理
基于其他商业数学软件的图像处理尽管诸如Gwyddion等图像处理软件已经足够强大，但其并不能完全支持所有数据格式，同时其并不允许用户对数据进行真正随心所欲的分析处理。为此，获取AFM图像所包含的所有“数据”，并用数学计算的方式进行图像处理成为必需。在此，介绍利用商业数学软件Matlab对AFM数据进
4D蛋白质组学：如何通过软件创新变得更强大？
在过去的二十年中，新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展，蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。 当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得
蛋白质的结构及蛋白质的功能（二）
(二)蛋白质空间橡象与功能活性的关系 蛋白质多种多样的功能与各种蛋白质特定的空间构象密切相关，蛋白质的空间构象是其功能活性的基础，构象发生变化，其功能活性也随之改变。蛋白质变性时，由于其空间构象被破坏，故引起功能活性丧失，变性蛋白质在复性后，构象复原，活性即能恢复。 在生物体内，当某种物质
蛋白质的结构及蛋白质的功能（一）
蛋白质为生物高分子物质之一，具有三维空间结构，因而执行复杂的生物学功能。蛋白质结构与功能之间的关系非常密切。在研究中，一般将蛋白质分子的结构分为一级结构与空间结构两类。 一、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构(primary structure)就是蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序(
中科院新疆理化所提出预测蛋白质相互作用的方法
日前，中科院新疆理化所王延斌在尤著宏研究员指导下，提出一种使用蛋白质序列信息预测蛋白质相互作用的计算方法。相关成果发布于《国际分子科学杂志》。 随着蛋白质相互作用实验技术的发展，人们能够获得大量的蛋白质相互作用数据，甚至能够在全基因组范围内对蛋白质相互作用进行分析。然而，由于实验技术的限制，很
江俊团队利用人工智能预测蛋白质的紫外吸收光谱
蛋白质是生命的基石，生物的功能依赖于既稳定而又灵活可变的蛋白质结构。蛋白质的光谱响应信号，尤其是紫外光谱，可以称之为蛋白质骨架的“指纹”。这个“光学指纹”，经过理论模拟的解读，可以揭示出精确的蛋白质结构，为生命科学和医学诊断提供极其重要的信息。 然而，蛋白质的结构极其复杂多变，需要做大量的高精
中国科大等实现基于蛋白质化学全合成的双泛素蛋白制备
近日，中国科学技术大学生命科学学院、合肥微尺度物质科学国家实验室教授田长麟和清华大学教授刘磊合作，基于蛋白质化学全合成方法制备了不同类型的双泛素蛋白，在特定位点引入光活化交联基团，并成功鉴定高选择性双泛素结合蛋白。相关研究成果以Chemical synthesis of diubiquitin-
完整蛋白质鉴定：基于UNIFI的沃特世生物制药系统解决...
基于UNIFI的完全一体化分析平台突破了以往采集、处理色谱及质谱数据的局限性，并可自动生成报告。目的以单克隆抗体完整蛋白的UPLC®/MS分析为例，展示UNIFI™ 科学信息系统这个平台在精确质量测定、数据处理和报告方面的强大功能。背景生物治疗药物得到了越来越多的关注，无论是药监部门还是生物制药企业