昆明动物所在预测蛋白质功能位点方面取得重要进展
随着蛋白质结构信息的不断积累，以及结构基因组学不断的发展，越来越多的功能未知但结构已知的蛋白质提交到了国际大分子数据库中(PDB数据库)，这些蛋白质的功能及其功能位点需要注释。而随着实验生物学的不断发展，以前一些已知功能的蛋白质的功能及其功能位点可能需要重新注释。因此，发展一种精确快速的可用于大规模功能注释的算法是结构生物信息学的重要研究内容之一。尽管已有许多算法用来对蛋白质结构或序列进行功能注释，但这些算法的精确性，敏感度等需要更进一步的提高。 日前，中国科学院昆明动物研究所黄京飞研究员指导的博士研究生李功华，开发出一个新的预测蛋白质功能位点的算法（CMASA）。这个算法相对于其它已知的算法具有更高的精确性和敏感性，而且具有计算速度快的特点。利用CMASA，黄京飞研究员课题组研究人员对PDB数据库中的酶进行了催化位点的注释并发现了166个新的未被注释的酶的催化位点。 该研究工作已发表在......阅读全文
蛋白质组学常用数据库一览
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
实验步骤：3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作。因此，
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（六）
( 18 ) 当移动鼠标到两个链接的蛋白点之一上时，与这个点链接的每个点的十字标记的颜色都变成橙色 （在另一块胶上有一个匹配的蛋白点）。当鼠标点到这些点中的一个时，只有包括在同一个网络中的点显示橙色（ 图 23-12)。你可以通过声明一个新的关系，确认这些数据，这样就可以扩大点的网络。( 1
HBFP数据库：人类体液蛋白质组研究又添一利器
人体体液是疾病相关蛋白的丰富来源，这些蛋白质从全身的病理组织中分泌或泄漏，许多可通过非侵入性方法获得。近些年来，研究者通过检查体液蛋白质组发现大量生物标志物，通过创新的高通量技术，现代蛋白质组学研究已经成功地在各种体液(如血浆、血清、唾液和尿液)中鉴定出大量蛋白质，成果显著。吉林大学教育部符号计
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（三）
2. 质谱鉴定命令单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码，如检测点数、匹配数、采集数等。因此，用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误， PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的，送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（五）
( 10 ) 鼠标左键点击同一个点（342 号）（见注释 20) ，激活蛋白点信息框。蛋白点的数据按以下 4 个条目排列：概要、关系、鉴定和量化。每个条目对应的信息可被不断充实。其中鉴定包括质谱的详细数据。( 11 ) 开发鉴定、质谱详细数据和下一个子目录。从质谱数据分析得到了每个匹配结果，首先得到
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（一）
仪器、耗材 DBMS实验步骤 3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（二）
4. 梅拉尼生成的输出文件的上传( 1 ) 由梅拉尼软件生成一个检测报告，并把它输出到一制表分隔的文本格式文件 ( 见注释 9)。 文件扩展名为 “ txt. ” 。 本演示中，使用 PROTICdb Demo, zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（四）
4. 质谱鉴定报告文件上传PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式输出的 Sequest 鉴定报告（见注释 13) 。( 1 ) 为演示，访问 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。点击 “formto obtain the
2014年富兰克林奖揭晓－蛋白质数据库主任Berman博士获奖
2014年3月10日，Bioinformatics.org主席Jeff Bizzaro宣布，来自罗格斯大学,新泽西州州立大学Helen M. Berman博士获得2014年“本杰明•富兰克林奖”，以表彰其在生命科学领域数据共享所做的努力。 自2002年以来，本杰明•富兰
Ruedi小组用QTRAP开发出全球首个定量蛋白质组数据库
苏黎世理工学院借助AB SCIEX的QTRAP技术研发成功全球首个蛋白质组学MRM Atlas 基于质谱的在线数据库加速蛋白质分析 福斯特市，加利福尼亚—2010年10月4日，生命科学分析技术的全球领导者AB SCIEX公司，今天宣布瑞士联邦理工学院(苏黎世理工学院，ETH)与西雅
谷歌宣布：其数据库可以预测科学界几乎所有蛋白质结构
谷歌 DeepMind 今日宣布，其发布的免费数据库对科学界已知的几乎所有蛋白质的结构进行了预测。DeepMind 在 2020 年凭借其 AlphaFold AI 软件轰动了科学界，该软件可以对蛋白质结构进行高度准确的预测，这些信息可以帮助科学家了解它们的工作原理，从而有助于治疗疾病和开发药物。去
几乎所有已知的蛋白质结构都收录在这个免费数据库
谷歌 DeepMind 今日宣布，其发布的免费数据库对科学界已知的几乎所有蛋白质的结构进行了预测。DeepMind 在 2020 年凭借其 AlphaFold AI 软件轰动了科学界，该软件可以对蛋白质结构进行高度准确的预测，这些信息可以帮助科学家了解它们的工作原理，从而有助于治疗疾病和开发药物。去
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表的文章数量，
GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
核酸数据库的概念
中文名称核酸数据库英文名称nucleic acid data bank定 义DNA、RNA序列的资料库，主要包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止密码的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级
GenBank数据库概述（一）
1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图
GenBank数据库概述（四）
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 ：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由
GenBank数据库概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载
汉语语言产生数据库发表
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517976.shtm
美国更新食品掺假数据库
9月5日食品安全新闻网消息，美国药典委员会（USP）更新了食品掺假数据库（FFD2.0）。食品掺假数据库主要为行业、监管部门以及消费者预防和应对食品掺假事件发生提供技术支持。最新的FFD2.0涵盖了科研文献、媒体信息、食品监管记录、司法裁决记录中涉及食品掺假事件的各种信息。新版食品掺假数据库将于
QP2010农药数据库
Shimadzu气质联用的多种农药库 QP2010农药数据库
全球危险病毒数据库上线
一个供研究人员共享危险病毒基因组的新数据库，有望解决许多阻碍现有方法的问题。但前提是，必须说服研究人员使用它。据《自然》报道，这一名为Pathoplexus的数据库于上个月启动，数据库背后的科学家团队希望有更多研究人员分享已知和新出现的对公共卫生具有重要意义的基因序列。澳大利亚悉尼大学病毒学家Edw
生命科学常用数据库
The NationalCenter for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/National Center for GenomeResources.http://www.ncgr.org/ncgr/ncgr.html T
拉曼光谱免费数据库
拉曼数据库在物质鉴定和化学分析方面具有重要的作用。关于拉曼数据，我们一般会关注两个峰的位置，分别是D峰和G峰。D峰和G-峰均是C原子晶体的 Raman特征峰，分别在1350cm-1和 1580 cm-1附近，D峰反应的是晶格的碳缺陷，G峰反应的是材料的碳化程度。I(D) / I(G) 是 D峰和G峰
“敦煌遗书数据库”建成投用
3月10日，在十四届全国人大二次会议甘肃代表团开放团组活动上，敦煌研究院党委委员、保护研究部副部长汪万福代表介绍，该院“流失海外敦煌文物数字化复原项目”迈出实质步伐，“敦煌遗书数据库”业已建成投用。 汪万福说，敦煌研究院还组建了甘肃省敦煌文物保护研究中心，建成国内首座文物保护领域多场耦合实验室
北京正在建罕见病数据库
今日，2014第三届中国罕见病高峰论坛在京举办。北京医学会罕见病分会副主任王琳在论坛中透露，北京正在建立罕见病病例登记系统和病人数据库，尝试单病种追踪调研和罕见病诊治地图的设置。 王琳介绍，中国目前所应用的罕见病相关数据都是基于欧盟、美国等地所提供的资料。“而国内到现在也没有对本国进行过罕见病