JACS|大连化物所：基于nMS表征影响蛋白质结构的分子机制

JACS|大连化物所：基于nMS表征影响蛋白质结构的分子机制

　　近日，连化物所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用我所自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。　　非变性

用高能紫外激光解离质谱实现蛋白质识别机制解析

原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/7/482501.shtm 近日，中科院大连化学物理研究所研究员王方军团队与南方科技大学教授田瑞军、副教授李鹏飞等人合作，利用193nm紫外激光解离—质谱装置，实现了免疫共受体CD28磷酸化胞质端与激酶PK

王方军：高能紫外激光解离质谱实现蛋白质识别机制解析

　　近日，大连化物所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授、李鹏飞副教授等人合作，利用193nm紫外激光解离—质谱装置，实现了免疫共受体CD28磷酸化胞质端与激酶PKCθ的C2结构域识别结合机制解析。　　与常规毫秒级碰撞诱导质谱解离（CID）相比，5ns单

我所发现小分子抑制剂诱导的CDK12/13Cyclin－K变构激活解离新机制

原文地址：http://www.dicp.cas.cn/xwdt/kyjz/202305/t20230521_6760199.html　　近日，我所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与上海药物研究所药物发现与设计中心罗成研究员团队合作，通过整合赖氨酸反应性分析质

百家争鸣，质谱之花绽放杭州

　　2018年5月7日，中国化学会第31届学术年会质谱分析分会进展到第三天，分为报告部分和墙报展部分，当天共有十位专家携自己精彩的报告与众多专家学者交流学习。清华大学教授 欧阳证　　清华大学教授欧阳证带来了题为“分子结构分析在临床质谱分析仪器的实现与应用”的报告。欧阳证介绍了清谱科技生产的Miniβ

氨基酸根据侧链基团极性分类

非极性氨基酸（疏水氨基酸）共8种：丙氨酸（Ala）；缬氨酸（Val）；亮氨酸（Leu）；异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）；苯丙氨酸（Phe）；色氨酸（Trp）；蛋氨酸（Met）极性氨基酸（亲水氨基酸）共14种：极性不带电荷（中性氨基酸）：甘氨酸（Gly）；丝氨酸（Ser）；苏氨酸（Thr）；半胱氨

氨基酸根据侧链基团极性分类

　　非极性氨基酸（疏水氨基酸）共8种：　　丙氨酸（Ala）；缬氨酸（Val）；亮氨酸（Leu）；异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）；苯丙氨酸（Phe）；色氨酸（Trp）；蛋氨酸（Met）　　极性氨基酸（亲水氨基酸）共14种：　　极性不带电荷（中性氨基酸）：甘氨酸（Gly）；丝氨酸（Ser）；苏氨酸（

根据侧链基团极性分类氨基酸

非极性氨基酸（疏水氨基酸）共8种：丙氨酸（Ala）；缬氨酸（Val）；亮氨酸（Leu）；异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）；苯丙氨酸（Phe）；色氨酸（Trp）；蛋氨酸（Met）极性氨基酸（亲水氨基酸）共14种：极性不带电荷（中性氨基酸）：甘氨酸（Gly）；丝氨酸（Ser）；苏氨酸（Thr）；半胱氨

氨基酸根据侧链基团极性分类

  非极性氨基酸（疏水氨基酸）共8种：丙氨酸（Ala）；缬氨酸（Val）；亮氨酸（Leu）；异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）；苯丙氨酸（Phe）；色氨酸（Trp）；蛋氨酸（Met）极性氨基酸（亲水氨基酸）共14种：极性不带电荷（中性氨基酸）：甘氨酸（Gly）；丝氨酸（Ser）；苏氨酸（Thr）；半

ESI－质谱和－MALDI－质谱对聚乙烯亚胺进行结构表征

高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究

肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种

探索界面相互作用：大连化物所发布结构质谱实验手册

　　近日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组研究员王方军团队发布了表征蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的赖氨酸反应性分析-质谱（LRP-MS）实验手册。　　微/纳米材料在生命科学、医药健康、生物催化等领域广泛应用，探讨蛋白质与材料之间的界面相互作用分子机制对生

氨基酸解离常数表

氨基酸解离常数缩写中文译名支链分子量等电点羧基解离常数氨基解离常数Pkr(R)R基GlyG甘氨酸亲水性75.075.972.359.78-HAlaA丙氨酸疏水性89.096.022.359.87-CH₃ValV缬氨酸疏水性117.156.482.399.74-CH-(CH₃)₂LeuL亮氨酸疏水性1

大连化物所解析出光系统II复合物的动态光损伤分子机制

　　近日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法创新特区研究组研究员王方军团队在超大分子量膜蛋白质复合物组成和结构动态分析方面取得进展，通过整合化学交联质谱法和整体蛋白质组学分析，解析出光系统II复合物的动态光损伤分子机制。　　光系统II（PSII）是光合作用过程中光依赖性反应中的第一膜

我所发表功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略综述

　　近日，我所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授团队合作，发表了功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略的综述文章。　　功能蛋白复合物的发现和结构—功能表征研究在理解和干预生物学过程中发挥着至关重要的作用。亲和纯化质谱（AP-MS）是发现功

蛋白质质谱测序

蛋白质谱一般来讲是用来对某个蛋白质进行鉴定的方法而蛋白质测序实际上就是检测蛋白质的多肽链数目，不一定要用到质谱技术简单说，蛋白质测序的方法有很多，一般是在构建完成后，通过测序来对比之前的预测的序列是否正确。而质谱检测一般是用在蛋白质表达纯化完成后，用来鉴定是否是最初设计的那个蛋白。

国人发AC：结合质谱将蛋白配体互作结构表征提至亚残基

　　近日，中国药科大学郝海平、叶慧团队在Analytical Chemistry杂志上发表题为“Sub-residue Resolution Footprinting of Ligand-Protein Interactions by Carbene Chemistry and Ion Mobili

氨基酸结构和分类（二）

二、氨基酸的性质 （一）物理性质 α-氨基酸都是白色晶体，每种氨基酸都有特殊的结晶形状，可以用来鉴别各种氨基酸。除胱氨酸和酪氨酸外，都能溶于水中。脯氨酸和羟脯氨酸还能溶于乙醇或乙MI中。 除甘氨酸外，α-氨基酸都有旋光性，α-碳原子具有手性。苏氨酸和异亮氨酸有两个手性碳原子。从蛋白质水解得到的氨基酸

侧链理论的定义

中文名称侧链理论英文名称side chain theory定　　义1900年由德国科学家埃尔利希(P.Ehrlich)提出的抗体形成理论，认为同一个淋巴细胞表面有很多侧链，抗原与相应侧链特异性结合，可诱导该侧链大量合成和分泌，即为特异性抗体。应用学科免疫学（一级学科），概论（二级学科），免疫学相关名

利用质谱技术测蛋白质的氨基酸序列成本多少

基于质谱的蛋白分析成本主要取决于两个方面：第一、质谱仪及其联用设备的类型，高分辨率高灵敏度质谱通常都大几百万甚至上千万人民币的；第二，数据处理方法，如果你用商业的数据分析软件比如mascot等；第三，样品处理方式，是简单鉴定还是相对定量或者绝对定量。ps：质谱技术很少能做氨基酸测序的（少部分如mal

中检院合作文章——高分辨质谱对AAV2衣壳蛋白表征分析

腺相关病毒 (Adeno-associated virus，AAV) 因其低免疫原性、低基因毒性、在多种不同组织类型具有持久基因表达、作用时间长以及易于生产等特性，成为了临床基因治疗领域广泛应用的基因治疗载体[1]。AAV病毒属于细小病毒家族，无包膜，由衣壳蛋白和单链DNA（全长4.7kb）组成。不

什么是脯氨酸？

脯氨酸是一种有机酸，被归类为蛋白质氨基酸（用于蛋白质的生物合成），尽管它不含氨基-NH2而是一种仲胺。仲胺氮在生物条件下呈质子化NH2+形式，而羧基呈去质子化-COO-形式。α碳的“侧链”与氮相连，形成吡咯烷环，将其归类为脂肪族氨基酸。它在人类中是非必需的，这意味着身体可以从非必需氨基酸L-谷氨酸中

质谱技术助力肌萎缩侧索硬化（ALS）研究

　　分析测试百科讯 安捷伦科技日前宣布，正在与纽约威尔康奈尔医学院Steven Gross 博士合作推进肌萎缩侧索硬化症，又称作为卢伽雷氏症（ALS）。　　肌萎缩侧索硬化（ALS）也叫运动神经元病（MND），后一名称英国常用，法国又叫夏科（Charcot）病，而美国也称卢伽雷氏（Lou G

华谱科仪液相色谱产品生态链——色谱质谱

　　通过华谱科仪创始人、董事长王利春的介绍，你了解液相色谱产品生态链了吗？液相色谱产品生态链　　华谱科仪目前已建立了以客户为中心，由（超）高效液相色谱仪、三重四极杆质谱仪、色谱柱/前处理耗材、色谱软件、应用和售后服务体系等形成的完整产品生态链。华谱科仪首席运营官 于笑然　　华谱科仪首席运营官于笑然先

多肽修饰合成常用策略（二）

4、豆蔻酰化和棕榈酰化用脂肪酸酰化N末端可以让多肽或蛋白质与细胞膜结合。N末端上豆蔻酰化的序列可以使Src家族的蛋白激酶和逆转录酶Gaq蛋白靶向结合细胞膜。利用标准的偶联反应即可将豆蔻酸连接到树脂-多肽的N末端，生成的脂肽可在标准条件下解离并通过RP-HPLC纯化。5、糖基化糖肽类如万古霉素和替考拉

常用多肽修饰方法及过程综述

多肽是一种由两个或多个氨基酸通过肽键（酰胺键）连接而形成的化合物。多肽在调节机体各系统、器官、组织和细胞的功能活动以及在生命活动中发挥重要作用，并且常被应用于功能分析、抗体研究、药物研发等领域。而通过对多肽进行修饰进而改变多肽的理化性质也是多肽研究中一种常用的手段。多肽修饰种类繁多，从修饰位点不同则

氨基酸结构和分类（三）

半胱氨酸侧链巯基反应性高： （1）二硫键(disulfide bond) 半胱氨酸在碱性溶液中容易被氧化形成二硫键，生成胱氨酸。胱氨酸中的二硫键在形成蛋白质的构象上起很大的作用。氧化剂和还原剂都可以打开二硫键。在研究蛋白质结构时，氧化剂过甲酸可以定量地拆开二硫键，生成相应的磺酸。还原剂如巯基乙醇、巯

蛋白质是重要的生物大分子氨基酸的结构性质

蛋白质是重要的生物大分子，其组成单位是氨基酸。组成蛋白质的氨基酸有20种，均为α-氨基酸。每个氨基酸的α-碳上连接一个羧基，一个氨基，一个氢原子和一个侧链R基团。20种氨基酸结构的差别就在于它们的R基团结构的不同。　　根据20种氨基酸侧链R基团的极性，可将其分为四大类：非极性R基氨基酸（8种）；不带

环脂肽氨基酸顺序的质谱测定

杨世忠 牟伯中  吕应年 陈涛  (华东理工大学化学与制药学院，上海 200237) 摘要：从一株枯草芽孢杆菌的培养液中分离到一种生物表面活性剂，红外光谱、茚三酮显色及质谱分析表明它是一种具有环状结构的脂肽。质谱显示脂肽的脂肪酸部分为β－羟基脂肪酸；氨基酸分析表明肽部分由4 个亮氨酸、1 个天门东

筛选解离速率优化的单链抗体（scFv）

选择3~5轮后，随机挑取克隆加入96孔微量滴定板中 并诱导表达可溶性scFv.然后，在包被有相关抗原的96孔微量滴定板中，用ELISA分析含有可溶性scFv的细菌上清。此过程可以识别出那些结合了抗原的scFv.但即便采用上述严谨性选择后，ELISA阳性克隆中仅有部分克隆的亲和力比野生型高。ELI