蛋白质三级机构(空间结构)预测-从头预测法...1
从头预测模型的基本思想在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下,上述两种蛋白质结构预测的方法都不能用,这时只能采用从头预测方法(Abinitio),即(直接)仅仅根据序列本身来预测其结构。在1994年之前,还没有一个从头算方法能够预测蛋白质的空间结构。从那以后,人们陆续提出一些方法,表明了今后进一步研究可能的方向。有些研究小组运用距离几何方法得到了非常有希望的结果。将简化的力场与动态优化策略相结合,虽然得到的结果不算太精确,但很有意义,表明这样的工作非常有希望突破。从头预测方法一般由下列3个部分组成:(1)一种蛋白质几何的表示方法:由于表示和处理所有原子和溶剂环境的计算开销非常大,因此需要对蛋白质和溶剂的表示形式作近似处理,例如,使用一个或少数几个原子代表一个氨基酸残基;(2)一种能量函数及其参数,或者一个合理的构象得分函数,以便计算各种构象的能量。通过对已知结构的蛋白质进行统计分析,可以确定蛋白质构......阅读全文
预测1型糖尿病主要并发症的新模型
最近发表在《Diabetologia》(欧洲糖尿病研究协会期刊)的一项最新研究,提出了一种新的模型,可通过容易和常规测量的危险因子,预测哪些1型糖尿病患者将会出现严重的并发症。本研究是由荷兰瓦格宁根大学助理教授Sabita Soedamah-Muthu及其同事完成。 为了制备这个模型,研究人员
AI从超1亿个分子中预测强力抗生素
一项开创性的机器学习方法已经从1亿多个分子中识别出了强大的新型抗生素,包括一种可以对付多种细菌的分子--包括肺结核和被认为无法治愈的菌株。 研究人员表示,这种名为halicin的抗生素是第一个被人工智能发现的抗生素。尽管人工智能以前曾被用于协助抗生素发现过程的某些部分,但他们表示,这是人工智能
《自然》封面:新方法根据结构预测功能
来自美国加州大学旧金山分校药理化学系,得克萨斯农工大学(Texas A&M University),Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法(一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法),设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方法也适用
沙滩污染,预测一下
近日,来自迈阿密大学等处的研究人员通过研究开发了一种新型的技术,其可以帮助鉴别出日常休闲沙滩上有害细菌的水平,研究者指出,这种方法的开发或可使得科学家们首次评估沙滩受非点源污染的水平。 这种新技术可以为沙滩健康管理者们提供一种简单易得的计算机模型,用以预测来自所有污染源的有害细菌的水平,从而为
Science:可预测的免疫应答
Walter和Eliza Hall研究所的研究人员利用数学模型来预测免疫系统对于感染和疾病的反应强度,第一次明确了如何来控制免疫反应的大小。 这些发表在《科学》(Science)杂志上的研究发现,对于我们理解如何操控有害或有益的免疫反应来改善健康具有重要的意义。 研究小组利用数学和计算机模拟
基因预测未来靠谱吗
“花1000美元,就能知道自己体内的所有秘密,并预见未来。”——这甚至成为了人们心目中一种理想的生活方式。可目前,由于风险评估的依据不足,准确性很差,对于疾病干预的指导性不大,因此,基因预测还不值得一提。 个体化基因组学医学一直被看做是未来医疗技术的一大热点,除了疾病诊断和治疗,
Science:粪便预测宝宝未来疾病
研究者们指出,通过分析纸尿布我们就能够得出宝宝是否会得哮喘的结论。这一说法背后的原因是宝宝排出的粪便中含有的微生物种类能够准确预测疾病的发生。这一研究结果不仅可以帮助宝宝尽快进行疾病的预测,还能够尽早地通过改善饮食来预防哮喘的发生。 来自约翰霍普金斯公共健康学院的的哮喘专家Marsha Wil
基因可预测人类死亡时间?
[导读]美国科学家发现了一种特别的基因,甚至能预测一个人最可能在一天中的什么时候死亡。 美国科学家声称发现了一种特别的基因,不仅能够确定你能否成为一个早起的人,而且能够将你可能去世的时间预测到上午还是下午。这种特别基因控制着人体生理节律,或许是当人接近死亡的时候,身体会还原到一种更加自然的
首批恒星诞生快于先前预测
在大爆炸后的数亿年间,宇宙一片漆黑。大量的热氢原子与负氢离子遍布在整个宇宙空间。据我们所知,宇宙的形成起始于原子和离子配对生成氢分子,后者将气体云中的热量排出,使它们能够逐渐冷却,从而形成第一批行星。 然而分子氢的形成到底需要多长时间?宇宙历史的这一篇章一直不为人们所知。如
《科学》预测长寿文章引发争议
《科学》(Science)杂志上周发表的一篇文章引发了一场针对其可靠性的争论。该文章报道了在基因组水平上对与长寿相关的DNA序列变异进行扫描,发现150个这样的变异可以用来预测一个人是否能长寿,准确性高达77%。 文章发表后,领域内一些研究人员持怀疑态度,许多人表示只有此研究在更大的
预测能力不足-响应级别偏低
近日,受大范围静稳、大雾天气的影响,气象条件不利于大气污染物扩散,我国东北、华北和华东地区多地相继出现重污染天气,多个城市“爆表”,污染程度之重、影响范围之广为历年少有。为此,环保部召开会议紧急会商。 据中国环境监测总站大气室主任宫正宇介绍,11月2日至6日,我国东北、华北和华东地区出现大范围
来自实验数据的精确预测
绝大多数食物、药品、燃料、塑料和合成纤维缺少了催化剂根本就不会存在,催化剂能为化学反应开启一段快乐的旅程。然而,化学家还没有完全搞清楚大多数催化剂是如何工作的,开发新型催化剂通常仍然依靠在实验室中进行的反复试验来完成。 但美国犹他大学的化学家获取了在关键化学反应步骤上的足够数据,可以精确地预
DeepMind-AI模型预测天气又快又好
近日一项发表于《自然》的研究报道了谷歌DeepMind开发的首个天气预测人工智能(AI)模型——GenCast。该模型比目前运行中的最佳中期预报系统——欧洲中期天气预报中心的集合预报(ENS)更精准。GenCast在8分钟内就能完成15天的预测,而目前的预测程序需要几个小时。据介绍,包括ENS在内的
《科学》预测2022年新闻“头条”
12月24日出版的美国《科学》杂志对2022年全球科学领域值得关注的事件进行了预测。新冠肺炎依然是焦点。随着世界进入新冠肺炎疫情的第3年,研究人员正在努力了解最新的变体奥密克戎对新冠疫情轨迹可能意味着什么。考虑到全球感染的绝对数量,2022年新冠病毒可能会出现更多变种。同时,科学家正在开发新一代疫苗
“疯狗浪”能够提前预测了
《科学报告》7月18日发表的一项研究介绍了一种新工具,能最多提前5分钟预测异常巨大、通常不可预测的海洋波浪,即所谓的“疯狗浪”(rogue wave)。研究人员认为,这一工具能用于为船舶和近海平台提供预警,让这些场所的工作人员能够寻求庇护、执行紧急停机,或采取机动措施使即将到来的巨浪影响最小化。美国
换个模型预测气候变化
《自然—气候变化》11月23日发表的多模型分析,依据2030年前后的减排措施预测了气候场景,发现即使最乐观的场景也不足以将全球变暖限制在2°C以内。这个前瞻性建模方法与传统“倒序”设想不同,后者聚焦于预先规定的气候目标并描述如何实现这些目标。大多数气候模型聚焦于一种被称为“倒序推演”的概念,其中目标
烘干机的前景预测
烘干机行业趋势研究报告主要依据了国家统计局、国家海关总署、国家发改委、国家商务部、国家工业和信息化部、行业协会、国内外相关刊物杂志等的基础信息,结合烘干机行业历年供需关系变化规律,对烘干机行业内的企业群体进行了深入的调查与研究,而对烘干机行业的未来的发展趋势特点、市场容量、竞争趋势、细分下游市场
NASA数据用于全球作物预测
SMAP采集的5月16~18日数据的绘图。 美国宇航局(NASA)首颗致力于测量土壤含水量的卫星的数据,现在被美国农业部用于监测全球农田并进行商品预测。 土壤湿度主—被动探测卫星(SMAP)任务于2015年启动,用于帮助绘制全球土壤含水量图。现在,美国宇航局戈达德太空飞行中心的
二级结构预测的
中文名称二级结构预测英文名称secondary structure prediction定 义预测大分子(核酸、蛋白质)可能具有的二级结构。现在已有多种计算机软件可以进行这类预测,如nnPREDICT、ZPRED Server等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
眼球移动可以预测大脑衰老
在PeerJ上发表的一项新研究表明,利物浦大学的研究人员如何使用新开发的眼球运动测试来增进对大脑各部分工作原理的理解。 据报道,健康的老年人会出现认知能力下降,包括抑制控制能力下降(停止思考或做事的能力)。但是,由于衰老对抑制控制能力的影响在个体之间变化很大,并且取决于所使用的测试,因此这种普
NASA数据用于全球作物预测
美国宇航局(NASA)首颗致力于测量土壤含水量的卫星的数据,现在被美国农业部用于监测全球农田并进行商品预测。SMAP采集的5月16~18日数据的绘图。 土壤湿度主—被动探测卫星(SMAP)任务于2015年启动,用于帮助绘制全球土壤含水量图。现在,美国宇航局戈达德太空飞行中心的一个团队开发了一些
基因检测能预测疾病吗?
基因检测可以预测某些疾病的风险,但并不能完全预测一个人是否会患上某种疾病。 基因检测可以通过分析个体的基因组信息,检测其中是否存在某些与疾病相关的基因突变或变异。如果某个人携带了与某种疾病相关的基因突变或变异,那么他/她患上该疾病的风险就会增加。 但是,许多疾病的发生是由多种因素共同作用的结
为什么诺贝尔化学奖又被人工智能学者拿了?
今天诺贝尔化学奖开奖,三位得奖者均是因为对蛋白质的杰出贡献获奖,其中华盛顿大学西雅图分校的 David Baker是因为 “计算蛋白质设计”,另后两位是英国伦敦 Google DeepMind 的 Demis Hassabis 和John M. Jumper在“蛋白质结构预测”的贡献。 我在昨
13日油价暂不调整-机构预测下轮油价下调可能性大
昨天下午,国家发改委发出通知,本轮油价暂不作调整。本轮也成为今年以来的第二次油价调整搁浅。市场机构预测下一轮油价下调的可能性较大。 国家发改委称,自2月26日国内成品油价格调整以来,国际市场油价小幅波动,按现行国内成品油价格机制测算,3月12日的前10个工作日平均价格与2月
英国研究唾液检测法-用来预测患感冒的可能性
英国研究人员正在研究唾液检测法,用来预测人们患上感冒的可能性。 他们表示,这种方法今后可以用于家庭测试,方便有效。 预测 拉夫巴勒大学研究人员说,通过测量人们唾液中蛋白质含量,可以提前对可能患上感冒的人提出警告。 他们在3年多时间里对38名美洲杯帆船赛精英赛手做了测试。结果发现,四分之三的赛
自发活动观察法对早产儿神经损伤的预测
摘要 自发活动观察法是一种简便、快速、有效的神经发育评价方法, 对早产儿神经系统损伤结局有很高的预测价值。本文概要的综述了该方法的理论基础、实施、评价方法、预测结果以及其局限性。旨在介绍一种新的神经系统损伤结局预测方法。主题词 11 早产儿 21 神经损伤 31 预测 随着围产医学的发展, 新生儿
肿瘤免疫微环境分析方案助力PD1/PDL1疗效预测
近年来肿瘤免疫治疗取得了一系列突破性成果,成为继肿瘤手术治疗、放化疗及靶向治疗之外的革命性治疗手段,特别是基于PD-1、CTLA-4等免疫检查点抑制剂的治疗方案表现尤为突出。即便如此,肿瘤的免疫治疗仍面临巨大挑战,如疗效不确定性、总体有效率低、耐药抵抗及检测生物标志物缺乏等都制约了对患者的精准治疗。
新疆理化所提出预测蛋白质相互作用的计算方法
蛋白质相互作用研究能够从分子水平上揭示蛋白质的功能,帮助揭示生长发育、新陈代谢、分化和凋亡等细胞活动的规律。在全基因组范围内识别蛋白质相互作用对是解释细胞调控机制的重要一步。随着蛋白质相互作用实验技术的发展,人们能够获得大量的蛋白质相互作用数据,甚至能够在全基因组范围内对蛋白质相互作用进行分析。
MIT最新研究:从氨基酸链片段直接预测蛋白质功能
就在几个月前,DeepMind推出了AlphaFold系统,这个被称为生物界“AlphaGo”的系统能够预测并生成蛋白质3D结构。而近日,来自MIT的研究人员开发了一个新的研究模型,能够直接预测氨基酸链片段是如何决定蛋白质功能的。这一发现可以帮助研究人员设计和测试新的蛋白质,从而用于药物研发和生
1953年首度预测:“β波纹片”蛋白质结构获证实
1953年,科学家首次预测了一种名为“β波纹片”的蛋白质结构。约70年后,美国研究人员首次在实验室中创建出了这一结构,并使用X射线结晶学对其进行了详细表征。这项新研究有望使科学家们设计并制造出基于波纹片结构的独特材料,以广泛应用于生物医学领域。相关论文刊发于《化学科学》杂志。 蛋白质的形状、结