CancerCell首次揭示lncRNA在20种癌症中的DNA甲基化改变图谱
近日，匹兹堡大学杨达课题组在Cancer Cell杂志上发表了最新研究论文，系统地揭示了20种癌症中长非编码RNA（lncRNA）的DNA甲基化改变图谱。 image.png 论文题为“lncRNA Epigenetic landscape analysis identifies EPIC1 as an oncogenic lncRNA that interacts with MYC and promotes cell-cycle progression in cancer”。 研究者们进一步克隆出了一个在癌症中通过启动子去甲基化激活的促癌长非编码RNA，并将其命名为EPIC1 (Epigenetically induced lncRNA 1)。研究发现，EPIC1的作用机制主要是通过与MYC蛋白相互作用调控MYC靶基因转录，从而促进肿瘤细胞的周期进程与癌症的发生。该论文的第一作者为王泽华博士和杨波博士。 ......阅读全文
Cell揭示重要癌症转移机制
肺脏是许多癌症一个常见的转移部位。现在研究人员在小鼠中确定了，在肺脏中抗癌免疫反应受到抑制的机制。这一机制与氧气抑制T细胞的抗癌活性有关。采用遗传方法或药物来抑制免疫细胞的氧感应能力可以阻止肺转移。 这项研究是由美国国家癌症研究所(NCI)癌症研究中心的Nicholas Restifo博士，与
－DNA甲基化：癌症共有的“指纹”
8月26日在线发表在Genome Medicine上的一篇文章中，研究人员说他们发现了多种癌症中都存在的普遍特异性变化，DNA甲基化标记，它们帮助控制基因的开、关以及最终细胞的行为。这种DNA上可逆的化学标记就是表观遗传学。 约翰霍普金斯医学院的Andrew Feinber
5篇m6A甲基化文章教你如何使用纯测序数据得高分
2019年m6A修饰曾创下单月发表100+篇10分影响因子文章佳话。2020年1月17日何川教授团队最新Science揭示了m6A新功能---调控染色质状态和转录预示m6A等RNA修饰将仍然是目前最为热门的科研方向。 云序生物是国内最早提供m6A测序的科研平台，也是客户发表文章最多的RNA甲基化测
LncRNA:从分子调控到临床应用的最新成果
2009年，随着非编码RNA（ncRNA）研究进展的深入，一类新的ncRNA分子—lncRNA掀起科学界的热点话题，并逐渐成为分子生物学及临床医学研究的重要方向。康成生物与美国Arraystar公司合作，利用Arraystar LncRNA系列芯片平台，率先开展lncRNA表达筛查服务。Arra
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RN
m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RNA在
我国学者揭示DNA甲基化在柑橘果实成熟过程中的调控作用
近日，《PNAS》期刊在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心郎曌博研究组题为 “Global increase in DNA methylation during orange fruit development and ripening” 的
云序生物为你解密ATACseq研究方案
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢？ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某
同济大学团队解析癌症中的lncRNA
为了在氧含量较低的条件下存活，细胞需要启动一个复杂的响应机制，这一机制主要受到转录复合物HIF（缺氧诱导因子）的控制。几乎所有实体瘤的内部都是缺氧的，癌细胞也需要在HIF的帮助下适应环境，因此高水平HIF在实体瘤中非常常见。 人们普遍认为，缺氧条件以HIF-2α依赖的方式促进肾细胞癌（RCC）
两篇Cell和两篇Cancer－Cell揭示驱动多种癌症生长的关键蛋白及其调控方式
在四项新的研究中，来自美国华盛顿大学、布罗德研究所、杨百翰大学和世界各地其他机构的研究人员的领导下，临床蛋白质组肿瘤分析联盟（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）研究了驱动癌症的关键蛋白及其调控方式。他们完成了对多种肿瘤类型中驱动癌症的蛋白的
Nature－Genetics－揭示eccDNA功能—驱动神经母细胞瘤基因组重排
在刚刚过去不到一个月的时间，染色体外环状DNA（eccDNA）重大科研成果相继刊登上Nature、Cell、Nature Genetics等重量级期刊，这无疑将eccDNA推向21世纪20年代科学研究的风口浪尖，吸引无数科学工作者的眼球。前期报道表明eccDNA能导致原癌基因扩增，极大地促进肿瘤
lncRNA甲基化如何研究？
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。RNA甲基化，作为最新的国自然热点受到
m6A－RNA甲基化识别蛋白YTHDF1参与记忆的形成研究（二）
接着,作者对同类型样本进行了m6A CLIP测序，对三个样本分别进行motif分析后，发现三者共有将近有11,000个序列为GGACU的peaks（图5 c）。将peak分别于转录本和基因组比对后，发现与YTHDF1 CLIP的结果十分类似(图5 d，e)。对两次CLIP实验的peaks
Cell子刊颠覆经典教条，癌症表观遗传有新说
由澳大利亚Garvan医学研究所Susan Clark教授领导的一个研究小组在新研究中揭示：前列腺癌中基因组的大片区域(约达到2%)受到了表观遗传调控激活。这一成果发表在12月13日的《癌细胞》(Cancer cell)杂志上。 激活区域包含许多前列腺癌特异基因，例如前列腺癌最常见
一次RNA甲基化测序的多项成果云序RNA甲基化测序技术...2
（二）云序客户m6A RNA甲基化修饰表达谱，一次测序两篇文章疾病：胃癌样品：胃癌组织vs癌旁组织（6 vs 6）研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq4. m6A修饰对其修饰基因在胃癌中的异常表达及预后的潜在影响发表杂志：Frontiers in Genetics影响因子：3.258
数字PCR技术在DNA甲基化检测中的应用
DNA甲基化是目前研究最多的表观遗传修饰之一，发生于CpG二核苷酸序列C5位置的胞嘧啶上，多发生于CpG岛上，研究发现，DNA甲基化参与调节多种细胞过程，包括胚胎发育，转录，X染色体失活，基因组印迹、染色体稳定性等。许多研究发现，DNA甲基化在一系列的疾病（如癌症等）起到十分重要的作用。在癌症患者中
LncRNA:从分子调控到临床应用的最新成果
2009年，随着非编码RNA（ncRNA）研究进展的深入，一类新的ncRNA分子—lncRNA掀起科学界的热点话题，并逐渐成为分子生物学及临床医学研究的重要方向。康成生物与美国Arraystar公司合作，利用Arraystar LncRNA系列芯片平台，率先开展lncRNA表达筛查服务。Arra
Cancer－Cell：癌症表观遗传靶向治疗研究新发现
国际顶尖肿瘤学杂志Cancer Cell上发表了由上海交通大学医学院细胞分化与凋亡教育部重点实验室唐玉杰课题组与美国斯坦福大学医学院Michelle Monje实验室合作完成的题为“Tranional Dependencies in Diffuse Intrinsic Pontine Gliom
两篇Cancer－Cell文章：禁食也能治疗癌症
众所周知，在癌症治疗过程中禁食能够提高积极的结果。现在两项独立的小鼠研究证实，通过饮食或是药物方式，在化疗过程中禁食可帮助增加杀癌T细胞。两个研究小组证实，无论是仅接受卡路里限制模拟剂，还是化疗结合拟断食饮食疗法的啮齿类动物，相比仅接受化疗的动物随着时间的推移具有较小的肿瘤块。这两项研究发布在7
华人学者Cancer－Cell：癌症治疗应男女有别
众所周知，男性和女性在癌症易感性、存活率和死亡率等方面存在差异，但一直以来对于分子水平上发生这种情况的确切原因却知之甚少。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型，在分子水平上认识了性别对不同癌症的影响。该研究揭示出与癌症发病率和死亡率相关的两个癌症类型群体，提出“迫切
华人学者Cancer－Cell：癌症治疗应男女有别
众所周知，男性和女性在癌症易感性、存活率和死亡率等方面存在差异，但一直以来对于分子水平上发生这种情况的确切原因却知之甚少。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型，在分子水平上认识了性别对不同癌症的影响。该研究揭示出与癌症发病率和死亡率相关的两个癌症类型群体，提出“迫切
中国学者Cancer－cell发布癌症免疫新疗法
来自香港大学、广州医学院、重庆医科大学等处的研究人员在新研究中证实，靶向性激活人类Vγ9Vδ2-T细胞可以控制EB病毒（Epstein-Barr virus,EBv）诱导的B细胞淋巴增生性疾病。这一重要的研究发现发表在9月13日的《癌细胞》（Cancer cell）杂志上。 论文的通讯作者是香
北大尚永丰院士Cancer－cell发表癌症研究新成果
来自北京大学医学部、天津医科大学的研究人员在新研究中揭示了，GATA3功能丧失促进乳腺癌转移的分子机制。研究论文发表在5月28日的《癌细胞》（Cancer cell）杂志上。 北京大学医学部的尚永丰（Yongfeng Shang）院士以及天津医科大学的王艳（Yan Wang）教授是这篇论文的共
中科院、复旦Cancer－cell发表癌症研究新文章
来自中科院上海生命科学研究院、复旦大学的研究人员证实，LKB1失活可引起氧化还原失衡，调控了非小细胞肺癌的可塑性和治疗反应。这一重要的研究发现在线发表在4月30日的《癌细胞》（Cancer cell）杂志上。 上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的季红斌（Hongbin Ji）研究员和
Cancer－Cell：癌症中新发现的抑癌免疫细胞
来自加州大学旧金山分校的研究人员发现，肿瘤中一种新发现的免疫细胞能减少癌症患者的严重预后病症，这也许未来能用于癌症治疗。 这一研究成果公布在10月16日Cancer Cell杂志在线版上，该研究收集了12种癌症的3600个人类肿瘤样品，以及小鼠样品。通过与这些细胞有关的分子，研究人员希望能研发
性别相关DNA甲基化差异或与白血病患病风险有关！
慢性淋巴细胞白血病（Chronic lymphocytic leukemia, CLL）是一种典型的血癌，并且男性CLL患者要多于比女性。已有发现，CLL患者的DNA甲基化确实具有显著差异[1]，并且男性的比例大于女性。一直以来，科学家怀疑这可能是由性别相关DNA甲基化模式所引起的。遗憾的是，到
生物物理所Cell－Res揭示疾病蛋白在DNA损伤修复中的作用机理
2013年9月3日，《Cell Research》杂志在线发表了题为“Structure analysis of FAAP24 reveals single-stranded DNA-binding activity and domain functions in DNA damage
DNA甲基化：诊断癌症的强大工具
最近，来自香港中文大学的研究人员，通过分析血浆DNA中的甲基化序列，能够检测到癌症患者的肝肿瘤和淋巴瘤，以及孕妇胎盘中的遗传异常。他们使用已知的组织甲基化图谱，能够识别循环DNA的组织起源，从而使其成为一种强大的工具，用于筛选、癌症检测和治疗监测。这项研究是由几个机构的研究人员合作，由香港中文大
Nature：基于DNA甲基化的早期癌症检测
加拿大玛格丽特公主癌症中心和多伦多大学的研究人员近日开发出一种新方法，能够通过甲基化DNA实现癌症的早期检测。尽管这些结果还有待更多独立样本的验证，但他们认为这有望催生非侵入性的新型癌症筛查检测。 研究人员在上周的《Nature》杂志上介绍了一种基于免疫沉淀的实验方案，能够分析少量循环游离DN
Nature：基于DNA甲基化的早期癌症检测
加拿大玛格丽特公主癌症中心和多伦多大学的研究人员近日开发出一种新方法，能够通过甲基化DNA实现癌症的早期检测。尽管这些结果还有待更多独立样本的验证，但他们认为这有望催生非侵入性的新型癌症筛查检测。 研究人员在上周的《Nature》杂志上介绍了一种基于免疫沉淀的实验方案，能够分析少量循环游离DN