昆明动物所成功揭示泛肿瘤存在基因表达紊乱共有模式
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法（Cross-Value Association Analysis，CVAA）。基于对同一批转录组数据（1037个乳腺肿瘤和110个正常组织）的分析结果揭示：与T-Test、edgeR及DESeq等常用算法相比，CVAA在处理异质性数据时能明显地减少异常样本的影响和假阴性结果。 进一步将CVAA应用于TCGA数据库的5540个肿瘤（13种实体瘤）及正常组织的RNA-Seq转录组数据，研究人员成功鉴定到大量肿瘤显著差异表达基因，且不同肿瘤之间存在很多相似的基因转录紊乱模式。进而，针对甄别得到的新的肿瘤相关基因和生物学途径，如酒精代......阅读全文
昆明动物所成功揭示泛肿瘤存在基因表达紊乱共有模式
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法
昆明动物所成功揭示泛肿瘤存在基因表达紊乱共有模式
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法
昆明动物所揭示新的肿瘤靶标
肿瘤目前是世界人口死亡的第一原因。中国每年因肿瘤死亡的人数超过200万。除了传统的放化疗等方法外，靶向治疗是肿瘤临床的研究热点及发展趋势。该治疗方法是通过药物选择性抑制肿瘤细胞特异的分子靶标的功能，来抑制肿瘤生长，而不杀伤或较少损伤正常细胞。相比传统放化疗方法，靶向治疗具有耐受性好、毒副作用轻微
昆明动物所合作研究揭示果蝇种系突变的分布模式
美国《国家科学院院刊》（Proc Natl Acad Sci USA）9月2日在线发表了中美研究者有关黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）种系突变（germline mutation）分布模式的研究论文。该项工作由云南大学、中科院昆明动物研究所、美国德克萨斯大
中科院昆明动物所揭示新型肺癌肿瘤靶标
记者3月25日从中科院昆明动物研究所获悉，在国家自然科学基金委和科技部项目的支持下，该所李功华博士在黄京飞研究员的指导下，建立了新的系统生物学模型，并发现可能是新型的针对肺癌的肿瘤靶标。该研究成果已发表在《生物信息学》上。 据悉，肿瘤已是世界人口死亡的首要原因，我国每年因肿瘤死亡的人数超过
昆明动物所揭示肿瘤细胞分子病理新机制
蛋白酶激活受体1 (protease-activated receptor 1, PAR1) 属于G蛋白偶联受体家族，是凝血酶、金属蛋白酶等的受体，在血液循环系统、免疫系统中发挥重要的生理作用，并参与多种人类疾病的病理发生。目前研究表明PAR1信号通路激活的失调与慢性炎症以及肿瘤的发生和肿瘤转移
昆明动物所揭示家养动物高原适应遗传机制
青藏高原低氧低压、寒冷、强紫外线等极端环境塑造了其独特的生物多样性资源。家养动物高原适应性状遗传机制的解析，不仅能够研究环境与遗传发育的相互作用机制，也有助于青藏高原动物遗传资源的保护和长远开发利用，为高原家畜育种、提高家畜的生产性能和品种改良提供重要信息和理论指导，进一步促进青藏高原地区生态文
遗传发育所揭示植物中存在单等位基因表达
单等位基因表达（monoallelic gene expression）是指在二倍体生物的细胞中一个基因的全部转录本均来自一个等位基因的现象。群体水平的细胞表达谱分析（bulk analysis）表明，印记效应与等位基因间的相互抑制作用是产生单等位基因表达的两种可能的机制。由于群体水平的分析可能
Nature揭示多变的基因表达模式
脊椎动物早期胚胎发育受到一些基因以及它们的“语法”控制。解译这一语法或许有助于了解畸形或癌症的形成，并开发出一些新的治疗药物。第一次，一项研究发现在斑马鱼的不同发育阶段基因表达过程中存在各种将DNA转录为RNA的机制。研究人员将这项研究发表在《自然》（Nature）杂志上。 在对几个基因组进
中科院昆明动物所成功揭示实验大鼠起源驯化遗传机制
近日，中国科学院昆明动物研究所张亚平课题组与吴东东课题组合作，通过比较野生褐家鼠和实验大鼠的基因组和转录组数据，解析了实验大鼠的起源和驯化遗传机制。相关研究成果发表在Molecular Biology and Evolution上。 实验大鼠作为一种广泛使用的模式动物，由野生褐家鼠驯化而来
昆明动物所揭示线粒体DNA种系突变对肿瘤易感性的影响
线粒体DNA（mtDNA）在肿瘤发生发展中的作用多年来备受关注。前期研究揭示，大部分肿瘤细胞mtDNA体细胞突变很可能都是由于其线粒体氧化磷酸化功能限制降低而产生的副产品。而mtDNA种系突变不仅存在于肿瘤组织，同样也存在于正常组织中。但是目前仍不清楚肿瘤细胞mtDNA种系突变是否和体细胞突变的
昆明动物所等揭示朱鹮群体演化历程
1月11日，《当代生物学》以The Genomic Footprints of the Fall and Recovery of the Crested ibis为题，在线发表了中国科学院昆明动物研究所张国捷课题组、西班牙庞培法布拉大学、丹麦哥本哈根大学等单位合作的研究成果。该工作将57份博物馆
揭示哺乳动物两性存在性别偏好性的基因表达
在一项新的研究中，来自来自美国怀特黑德研究所、麻省理工学院和哈佛医学院的研究人员发现了雄性和雌性哺乳动物在基因表达上的全基因组差异。相关研究结果发表在2019年7月19日的Science期刊上，论文标题为“Conservation, acquisition, and functional imp
昆明动物所转基因动物研究取得新成果
由中国科学院昆明动物研究所季维智研究员领导的研究小组关于非人灵长类转基因动物的研究论文Transgenic rhesus monkeys produced by gene transfer into early-cleavage–stage embryos using a simi
昆明动物所等揭示澳洲野犬群体起源机制
澳洲野犬（Canis lupus dingo）英文名dingo，分类学上属于犬属，灰狼种，澳洲野犬亚种，是澳大利亚特有的一种野生动物。它也是一种非常有趣的动物，首先，它生活在与外界孤立的澳大利亚，却不是澳洲的原生物种，由于澳洲的特殊地理位置，澳洲野犬只会是人类迁移澳洲携带过去的，因此研究澳洲野犬
昆明动物所揭示肺癌侵袭转移新机制
肺癌是一种常见的恶性肿瘤。随着吸烟和环境因素影响的增加，肺癌发病率和病死率均迅速上升。肺癌已成为我国恶性肿瘤首位死亡原因。肿瘤细胞分子水平的改变，如染色体、基因改变，已被认为是恶性肿瘤发生的最主要机理。寻找新的肺癌相关基因——癌基因和抑癌基因——对深入研究肺癌发生、发展的病理机制，发现新的诊断标
昆明动物所揭示海豚水生适应的分子基础
随着基因组数据的迅速增加，通过比较基因组学及生物信息学的方法探讨物种适应性进化的遗传基础是目前分子进化的研究热点。 中科院昆明动物研究所张亚平院士课题组针对已公布的海豚基因组，通过与其他近缘物种的基因组进行比较，系统地鉴定出海豚中经历正选择的基因及位点，为理解海豚等鲸目动物的
昆明动物所揭示非洲家犬复杂的源流历史
近日，《遗传学和基因组学杂志》（Journal of Genetics and Genomics）发表了中国科学院昆明动物研究所张亚平课题组题为A Cryptic Mitochondrial DNA Link between North European and West African Dog
昆明动物所揭示rRNA加工机器的进化机制
核糖体是蛋白质合成的分子机器。核糖体RNA的加工成熟及其与核糖体蛋白的结合是核糖体亚基装配的基本过程。真核生物的该过程是在核仁中进行的。在酵母上已有报道核糖体小亚基rRNA(SSU rRNA)的加工成熟，是由一个被称为SSU Processome(小亚基rRNA加工体)的核酸蛋白复合体所
昆明动物所开发出适用于高通量异质性数据算法
挖掘肿瘤大数据有助于识别和总结肿瘤发生、发展过程的分子变化规律。然而，肿瘤组织高度异质性、批次效应等因素是肿瘤数据分析的重要难题，而目前常用的转录组数据分析方法对于肿瘤离群值极度敏感，容易产生假阴性结果。针对此，中国科学院昆明动物研究所科研人员开发了一种新的不依赖均一化、非参的高维大数据分析算法
昆明动物所参加第四届昆明泛亚技术转移暨成果转化对接会
对接会现场 7月13日，第四届昆明泛亚技术转移暨成果转化对接会在云南创新生物产业孵化器管理有限公司召开。对接会由昆明市人民政府主办、昆明市科技局承办。中国科学院昆明分院作为协办单位应邀出席会议。 会议以生物医药产业为重点，旨在进一步推进云南省生物医药资源开发和利用，充分展示云南省
昆明动物所揭示动物高原适应在分子水平的趋同性
探讨动物的高原适应是研究物种对极端环境适应机制的理想模型。以往研究中通过比较高海拔物种与低海拔近缘种，在分子及表型层面鉴定了很多高原物种的适应特征。然而，已有研究多侧重于高、低两物种的比较，而高原环境存在很大的异质性，高海拔是个较宽泛的范围，不同海拔地区（2000米、3000米、4000米、50
昆明动物所等揭示普洱茶减肥降脂机制
云南普洱茶是由云南大叶种晒青毛茶经后发酵，包括自然发酵（非酶性氧化）和渥堆发酵（微生物酶促氧化）制成的发酵茶。普洱茶不仅具有悠久的发展历史和丰富的文化内涵，而且广受海内外的欢迎。其广受海内外欢迎的一个重要原因是：传统上认为它具有减肥、降脂、防止心血管疾病等多种保健功效。然而，对普洱茶诸多保健功能
昆明动物所等揭示核仁应激导致脂肪积累机理
脂滴（lipid droplets）是重要的细胞器，对维持细胞正常的能量代谢和生理功能至关重要。脂滴与其它细胞器相互作用，响应细胞内外环境变化，动态调节细胞的脂类代谢和能量平衡。当细胞器功能改变时，不仅会引起细胞器应激反应（如内质网非折叠蛋白反应、线粒体非折叠蛋白反应），还将导致能量代谢变化（肥
昆明动物所等揭示心境障碍易感机制
心境障碍是一类遗传力较高的精神疾病，主要包括双相情感障碍和抑郁症。然而，其表型的复杂性及参与因素的异质性导致心境障碍的神经生物学机制仍不特别明确，缺少明确的生物标记物。越来越多的基础和临床研究指出，参与情绪控制和认知功能的脑区（比如前额叶，海马和杏仁核等）的结构和功能在心境障碍病人中出现异常，而
昆明动物所等揭示核仁应激导致脂肪积累机理
脂滴（lipid droplets）是重要的细胞器，对维持细胞正常的能量代谢和生理功能至关重要。脂滴与其它细胞器相互作用，响应细胞内外环境变化，动态调节细胞的脂类代谢和能量平衡。当细胞器功能改变时，不仅会引起细胞器应激反应（如内质网非折叠蛋白反应、线粒体非折叠蛋白反应），还将导致能量代谢变化（肥
昆明动物所树鼩自发乳腺肿瘤研究取得进展
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一。根据中国人口协会2010年发布的《中国乳腺疾病调查报告》，估计中国的乳腺癌患者数量已超过20万例。在全球每年新诊断出的130万例乳腺癌患者中，约15%来自中国。随着工作压力增大和饮食结构改变，中国城市中的乳腺癌患者数量逐渐增加，在年轻女性中尤为明显。 针对
昆明动物所举办GLP培训
4月13日上午，中科院昆明动物研究所举办GLP培训会，研究所生物产业化中心及实验动物中心相关工作人员参加了培训。 生物产业化中心副主任杨启成博士就GLP的理念、管理准则及目标等进行了深入浅出的讲解。对在GLP运行中可能出现的问题、数据可追溯的重要性作了详细解释。同时，生物产业
昆明动物所等揭示动物适应性进化的第二套基因组学机制
动物适应青藏高原极端环境的过程中，逐渐形成了耐低氧、耐高寒、耐粗饲料等复杂性状的适应性。以往针对高原适应遗传机制的研究大多数局限在动物自身遗传物质的变异，很少了解与动物宿主共进化的第二套基因组（即肠道微生物组）的重要贡献，特别是能量代谢方面。 中国科学院昆明动物研究所研究员施鹏领导的团队和中国
昆明动物所揭示翼手目暗视觉适应性机制
翼手目（蝙蝠）是夜行性动物，在不同的蝙蝠种类中存在着显著的感觉分化：食虫蝙蝠主要依赖回声定位来导航、捕食，其眼睛退化，而旧大陆果蝠没有回声定位能力，其眼睛很发达，主要依赖视觉和嗅觉来寻找食物。前期研究中，中国科学院副院长、中国科学院院士、中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平课题组发现视觉通路中C