多臂老虎机助力无序蛋白药物虚拟筛选

最近,北京大学化学与分子工程学院的刘志荣教授课题组将多臂老虎机算法应用于天然无序蛋白质的药物设计问题,大大加速了基于构象系综的配体虚拟筛选过程,相关研究成果发表在Phys. Chem. Chem. Phys. (2021, 23, 6800-6806)上。 一个人在成长过程中会遇到各种各样的选择问题,如一些人生规划的抉择:上哪所大学,学什么专业,去哪家公司,等等。再如我们进入一家电玩城,那里摆着一排老虎机,虽然外表一模一样,但是每个老虎机吐钱的概率却不一样,作为一名资深玩家应该选择摇动哪台老虎机呢(图1)?这些选择问题有没有什么科学的办法来解决呢?答案是:有!而且是非常科学的办法,那就是强化学习中的多臂老虎机算法。该算法可以科学地推荐收益最大的方案,而且能够应用于许多领域,如:一种新疾病(如新冠),如何尝试各种治疗方法,来尽快治愈病人?一个新产品,如何调整定价,来获得最大收入?一个新闻稿,如何尝试推荐,来获得最多总点击次数......阅读全文

Science新成果颠覆蛋白质经典学说

如果你打开任何一本生物学教材翻到蛋白质的部分,你将会学到蛋白质是由氨基酸序列组成,序列决定了氨基酸链如何折叠成一种紧密的结构,且这种折叠蛋白质的结构决定了它的功能。换句话说,序列编码结构,功能源自结构。 然而教科书有可能不得不改写。Rohit Pappu和他的两位同事在9月20日《科学》(Scie

pIII蛋白展示和pVIII蛋白展示的不同之处

丝状噬菌体展示系统一般是在包膜蛋白pIII或pVIII的N端融合外源多肽。每个病毒子含5个拷贝的pIII蛋白,这五个蛋白都可以融合短肽而不影响噬菌体的感染力。而对主要包膜蛋白pVIII来说,每个病毒子含~2700个拷贝之多,其中约10%能有效地融合外源多肽或蛋白。这样,以pIII融合子方式表达的多肽

量子相变的无序算符标度行为研究获重要进展

中山大学物理学院教授姚道新团队与合作者在量子相变的无序算符标度行为研究中取得重要进展,他们在国际上首次提出了无序算符可以用来探测边界态和边界的临界行为,并分析了其标度行为。相关成果于5月17日发表在《物理评论快报》(Physical Review Letters),并获得编辑推荐。量子相变一直是凝聚

有机无序体系的量子电子液体描述研究中获进展

  由于多种无序因素的影响,有机固体中电子传输的物理图像一直存在争议。近年来,“导电高聚物是否可被描述为一维拉廷格液体,其在低温下的非线性输运是否由拉廷格液体机制所主导”的话题受到学界关注,其由诺贝尔化学奖得主、导电高聚物之父阿兰·黑格提出(Nat. Mater. 8, 572(2009)),至今仍

物理所实现磁场对氢键无序有序相变的调控

  氢键是一种以氢原子为媒介的化学键,广泛存在于气态、液态和固态物质中。在一些含有氢键的晶体中,随着温度的降低,热涨落被抑制,氢键集体发生动态无序到静态有序的相变,同时伴随着晶体结构和对称性的变化,并可能产生铁电或反铁电有序。通常,氢键无序-有序的相变过程对外加磁场不敏感,因此,人们难以利用磁场来有

无序、粗放开发导致中国海岛消失问题逐年加剧

  记者21日从国家海洋局获悉,中国908专项海岛海岸带调查已全面完成,调查研究发现在中国海岛开发利用过程中存在着无序、粗放式开发,以及由人类开发活动(围填海、挖沙、炸岛)导致海岛消失等问题,并有逐年加剧的趋势。  据悉,908专项海岛海岸带调查工作于2005年全面展开,采

概述适配体的筛选方法

  适配体靶标范围广,靶标的大小与可溶性均不同,因此应用 SELEX 技术筛选核酸适配体可以采用不同的具体操作方法。离心沉淀法常用于针对细胞、细菌与病毒的适配体筛选,固相吸附与洗脱技术可以用于可溶性小分子的适配体筛选。适配体筛选的具体方法包括以下几个方面。  基于不同固定介质的筛选方法。硝酸纤维素膜

研究人员发表抗体亲和力体内定向进化系统“EASINESS”

  上海交通大学系统生物医学研究院陶生策团队,开发了一种基于大肠杆菌的抗体亲和力体内定向进化系统“EASINESS”,可以在一周内将目标抗体亲和力提升1-2个数量级,且无需复杂的机械装置与人工操作。该研究基于一种易错DNA聚合酶I选择性地突变ColE1质粒实现体内抗体突变库的构建,以及来自mDHFR

虚拟示波器的优势之完美的集成

  虚拟仪器技术从本质上说是一个集成的软硬件概念。随着产品在功能上不断地趋于复杂,工程师们通常需要集成多个测量设备来满足完整的测试需求,但是这些不同设备间的连接和集成总是耗费大量时间,不是轻易可以完成的。NI的虚拟仪器软件平台为所有的I/O设备提供了标准的接口,例如数据采集、视觉、运动河分布式I/O

强力激光首次制造“虚拟避雷针”

  英国《自然·光子学》杂志17日发表的一篇论文表明,朝向天空的强力激光能制造出一种“虚拟避雷针”,可转移电击路径。这些发现可能为发电站、机场、发射台等带来更好的避雷方法。  最常见的避雷设施是富兰克林避雷针,这是一种电传导金属杆,能拦截雷电放电并将之安全导入地面。作为“虚拟避雷针”,射向天空的激光

脑卒与虚拟现实的碰撞

  当脑卒中遇上虚拟现实  虚拟现实康复训练 北航供图  上肢康复机器人系统 北航供图  如果请您列举出几个危害国人健康的重大疾病,您会首先想到哪些呢?癌症?糖尿病?高血压?……在这些疾病中,有一种疾病或许很少被人提及,但却排在了我国中老年人致死、致残疾病的首位,这就是脑卒中。  脑卒中即为百姓口中

智能“手套”可增强虚拟现实触觉

  据英国《新科学家》杂志网站14日报道,美国科学家发明出一款智能“手套”,可通过向佩戴者手掌中的神经发送电信号,让佩戴者感觉自己在虚拟现实(VR)中抓住物体。  为配合a在VR中拿东西的视觉体验,人们经常会佩戴手套,手套会向手掌提供反馈,比如振动或电信号。但手套也会使佩戴者的手指感觉迟钝,使用户在

虚拟币乱炒现象,国家动手了

8月9日电 据“网信中国”微信公众号9日消息,随着虚拟货币的兴起,与之相关的投机、炒作、诈骗等活动愈演愈烈,一些网民受投资虚拟货币可获高额回报等虚假宣传迷惑,盲目参与到相关交易活动中,给自身财产带来较大损失。今年以来,国家网信办贯彻落实党中央决策部署,高度重视网民举报线索,多举措、出重拳清理处置一批

张辉:建一支虚拟创新团队

  创新团队是把创新精神制度化而产生的一种新的科研组织模式,指在共同的科技研发目标下,由团队带头人和一定数量的科技人员组成的,通过分工合作,创造出具有自主知识产权成果的科技研究群体。   团队更适合现代科技发展规律   从科技发展的趋势来看,高度分化基础之上的高度综合,是现代科学技术发展的显著特

AI虚拟细胞开启生物研究新范式

细胞是孕育生命的微小单元。细胞内部及其与外部之间物质、能量和信号的传递与交换,构建出人类生长、发育、衰老与疾病的生命图谱。解读细胞的奥秘,便是破译生命的密码。随着人工智能(AI)技术的突飞猛进,一种全新的研究范式——AI虚拟细胞(AIVC)逐渐崭露头角。AIVC就是利用AI模拟细胞行为,探索生命机制

全息投影使虚拟偶像“活”了起来

灯光就绪,音乐响起,光芒中一个可爱的小女生站上舞台中央,以柔美而坚定的歌声纵情演绎。她手指向星辰,眼望未来,台下观众激昂,欢呼这场梦幻的视听盛宴。她叫洛天依,2020年跨年晚会上一首《夜航星》刷爆网络,击中了年轻人对二次元和科幻的热情。这已经不是洛天依第一次登上热搜了,她曾与明星同台,登上过各类卫视

智能“手套”可增强虚拟现实触觉

  据英国《新科学家》杂志网站14日报道,美国科学家发明出一款智能“手套”,可通过向佩戴者手掌中的神经发送电信号,让佩戴者感觉自己在虚拟现实(VR)中抓住物体。  为配合在VR中拿东西的视觉体验,人们经常会佩戴手套,手套会向手掌提供反馈,比如振动或电信号。但手套也会使佩戴者的手指感觉迟钝,使用户在佩

Science:虚拟世界生活需要的脑力不多

  如果你是一只老鼠,像电影《黑客帝国》所刻画的那样生活在虚拟世界中,你能区分出虚拟和现实吗?   也许不能,但你的大脑可能会分辨出。   据 ScienceNOW 报道,科学家发现老鼠大脑的位置细胞在虚拟世界中和现实世界中的工作模式不同。位置细胞会对外部世界特定物理位置作出响应,

体感虚拟现实眼镜系统问世

  近日,中科院西安光机所“中科创星”孵化器孵化项目“游视科技”研制出全球首款融合体感技术的虚拟现实眼镜系统“UCglass”。  UCglass是一款将娱乐和健康结合在一起的可穿戴设备。戴上它,使用者仿佛置身另一个世界,同时可借助手中的传感器与虚拟世界的“自己”进行交互。在硬件方面,UCglass

智能“手套”可增强虚拟现实触觉

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500687.shtm 科技日报北京5月15日电 (记者刘霞)据英国《新科学家》杂志网站14日报道,美国科学家发明出一款智能“手套”,可通过向佩戴者手掌中的神经发送电信号,让佩戴者感觉自己在虚拟现实(V

蓝白斑筛选

实验中,通常蓝白筛选是与抗性筛选一同使用的。含X-gal的平板培养基中同时含有一种或多种载体所携带抗性相对应的抗生素,这样,一次筛选可以判断出:未转化的菌不具有抗性,不生长;转化了空载体,即未重组质粒的菌,长成蓝色菌落;转化了重组质粒的菌,即目的重组菌,长成白色菌落。目前很多实验室省去蓝白斑筛选的步

CDNA文库筛选

(一)λgt11 cDNA文库铺平板宿主细菌制备1.用一个E.coli宿主菌株单菌落分别接种2×5ml LB培养基(Y1088用于噬菌斑杂交,Y1090用于免疫筛选),于37℃振荡培养过夜。2.将过夜培养物以3000×g离心5min。3.分别用2ml λ-dil(10 mmol/L tris-Cl,

CDNA文库筛选

CDNA文库筛选(一)λgt11 cDNA文库铺平板宿主细菌制备1.用一个E.coli宿主菌株单菌落分别接种2×5ml LB培养基(Y1088用于噬菌斑杂交,Y1090用于免疫筛选),于37℃振荡培养过夜。2.将过夜培养物以3000×g离心5min。3.分别用2ml λ-dil(10 mmol/L

细胞膜的板块镶嵌模型的功能简介

  1977年,Jain和White提出生物膜是由具有不同流动性的板块镶嵌而成的动态结构。   脂筏模型  脂筏(lipid raft)是质膜上富含胆固醇和鞘磷脂的微结构域(microdomain)。大小约70nm左右,是一种动态结构,位于质膜的外小页。由于鞘磷脂具有较长的饱和脂肪酸链,分子间的作用

技术推广-DIA+PRM技术,全蛋白筛选及目标蛋白验证一体化

  随着质谱仪器的不断更新换代,蛋白组学的技术也不断的革新,从最早的2-D电泳技术到基于LC-MSMS的蛋白定性;从Labelfree 技术到标记定量iTRAQ/TMT技术以及时下备受推崇的DIA/SWATH技术、PRM/MRM技术,每一次的技术革新都使得蛋白组学研究更上一阶。  当下蛋白组学研究中

转化克隆的筛选和鉴定——快速PCR筛选法

实验材料重组大肠杆菌试剂、试剂盒LB培养基氨苄青霉素乙醇质粒提取试剂盒引物Taq酶PCR缓冲液甘油硫酸镁dNTP蒸馏水琼脂糖仪器、耗材试管记号笔酒精灯冰箱牙签旋涡混合器微量移液取样器移液器吸头离心管双面微量离心管架制冰机恒温摇床超净工作台摇菌管PCR仪培养皿凝胶电泳仪

“乳品真蛋白检测技术研究与方法筛选”成果通过鉴定

  4月23日,教育部组织专家,对中国农业大学完成的“乳品真蛋白检测技术研究与方法筛选”项目进行了成果鉴定。   据介绍,早在2004年“阜阳劣质奶粉事件”发生之际,该课题组就将研究重点瞄准了乳品中有可能非法添加的非乳成分检测技术,并针对现行国家标准中所存在的对其中的非蛋白含氮物无法有效鉴别的问题

天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验

实验方法原理 细胞中,蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽,多聚腺苷酸化,剪切,核外运,翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段,RNA 结合蛋白可以通过与 mRNA 的相互作用调控基因的表达。实验材料 mRNA寡核苷酸试剂、

天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列实验

            实验方法原理 细胞中,蛋白质与 RNA 结合参与多种生理调控和发育过程。在 mRNA 的加帽,多聚腺苷酸化,剪切,核外运,翻译起始及降解等过程中都存在着蛋白质与 RNA 的直接相互作用。在发育的各个阶段,RNA 结合蛋白可以通过与 m