多臂老虎机助力无序蛋白药物虚拟筛选
最近,北京大学化学与分子工程学院的刘志荣教授课题组将多臂老虎机算法应用于天然无序蛋白质的药物设计问题,大大加速了基于构象系综的配体虚拟筛选过程,相关研究成果发表在Phys. Chem. Chem. Phys. (2021, 23, 6800-6806)上。 一个人在成长过程中会遇到各种各样的选择问题,如一些人生规划的抉择:上哪所大学,学什么专业,去哪家公司,等等。再如我们进入一家电玩城,那里摆着一排老虎机,虽然外表一模一样,但是每个老虎机吐钱的概率却不一样,作为一名资深玩家应该选择摇动哪台老虎机呢(图1)?这些选择问题有没有什么科学的办法来解决呢?答案是:有!而且是非常科学的办法,那就是强化学习中的多臂老虎机算法。该算法可以科学地推荐收益最大的方案,而且能够应用于许多领域,如:一种新疾病(如新冠),如何尝试各种治疗方法,来尽快治愈病人?一个新产品,如何调整定价,来获得最大收入?一个新闻稿,如何尝试推荐,来获得最多总点击次数......阅读全文
来了!复旦大学药学院团队手把手教您药物设计
2025年7月23-26日,陶术特邀 复旦大学药学院人工智能药物设计团队 授课的第四期药物设计培训班将在上海丽昂豪生大酒店正式开班!培训班师资队伍内容强大,三位老师均为药物分子设计领域的资深研究者,理论基础深厚且教学经验丰富。他( 她)们将带领学员系统地、全面的学习分子对接、虚拟筛选、大分子相互作用
沉浸虚拟世界:三维虚拟声音的实现,自然交互与传感...
戴上一副眼镜,连接电脑或手机,你就能进入一个全新的虚拟世界,这种类似科幻电影《黑客帝国》里的场景正在我们身边发生,而让这一切实现的技术就是最近火得不行的“虚拟现实”。虚拟现实是一种可以创建和体验虚拟世界的计算机仿真系统,它利用计算机生成一种模拟环境,是一种多源信息融合的、交互式的三维动态视景
谷物筛选原理以及筛选仪器
筛选是指根据物料粒度的不同,利用一层或数层静止的或运动的筛面对物料进行分选的方法。由于筛选和重力分选的主要对象是谷物,就其性质而言,介于固体和液体之间而被称为散粒体。散粒体具有流动性和自动分级性能。谷物筛选器检验颗粒粮食、油料试样的含杂率及大米中、糠粉含量,确定其品质等级的一种检验仪器,确定其害虫密
蛋白质芯片对于基因表达的筛选的应用
从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片,用特异性的抗体对其也进行检测,结果的准确率在87%以上,而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比,用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆,灵敏度可达到pg级。
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
在设计蛋白质库进行筛选时,在能够进行筛选的物理极限内我们必须尽一切可能产生出蛋白质变体的多样性。本章的目标是将概率的语言引入蛋白质工程实验中,进而来回答一些常见的问题。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤此节主要分为两个子节。在 3.1 节中,我们提出
蛋白质库的设计和筛选—概率计算实验
此节主要分为两个子节。在 3.1 节中,我们提出与库的设计与表征相关的问题。在 3.2 节中,我们分析评价库的质量或者库的筛选结果的显著性。在前两节中,我 们给出了公式以及提供了数值范例,用示例来加以说明而没有给出详细的理论解释。完整的理论说明可以在注释(见 8.4 节)中找到。3.1 库表
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。 实验材料 N-表达质粒 E.coi
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。实验方法原理一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒储
蛋白质芯片技术应用与基因表达的筛选
基因表达的筛选AngelikaL.等人从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片,用特异性的抗体对其也进行检测,结果的准确率在87%以上,而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比,用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆,灵敏度可达到pg级。
溶解膜蛋白用的去垢剂的筛选实验
虽然 TriumX-100 是从鼠肝质膜溶解胰岛素受体的一种良好的去垢剂,但它未必适合其他膜蛋白的溶解。这里,介绍一种筛选去垢剂的策略以确定它是否适于溶解某一待分离的膜蛋白。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南,作者:朱厚础。实验步骤操作程序1) 将膜制备物悬浮于所选的缓冲系统(如,磷酸缓冲液或 H
三聚氰胺掺假蛋白食品的筛选
本文提供了一种分析三聚氰胺及其类似物的耐用、有效且确定性方案。除优化的GC/MS方法外,还讨论了样品准备方案,包括提取和衍生等。 三聚氰胺是一种富含氮工业化学品,有多种用途,最常见的是用于制造三聚氰胺树脂——一种非常耐用的聚合物。在2007年春季北美地区,自从有报道表明出现在小麦麸质中的三
溶解膜蛋白用的去垢剂的筛选实验
虽然 TriumX-100 是从鼠肝质膜溶解胰岛素受体的一种良好的去垢剂,但它未必适合其他膜蛋白的溶解。这里,介绍一种筛选去垢剂的策略以确定它是否适于溶解某一待分离的膜蛋白。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南,作者:朱厚础。实验步骤操作程序1) 将膜制备物悬浮于所选的缓冲系统(如,磷酸缓冲液或 H
蛋白质库的设计和筛选概率计算实验
蛋白质库的设计和筛选---概率计算 实验步骤 此节主要分为两个子节。在 3.1 节中,我们提出与库的设计与
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料 N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒 储存液缓冲液仪器、耗材 蛋白胨培养基蛋白胨平板N-表达质粒组合文库培养板实验步骤 ―、材料与设备1. 通过比较 β-半乳糖苷酶表达
溶解膜蛋白用的去垢剂的筛选实验
溶解膜蛋白用的去垢剂的筛选实验 实验步骤 操作程序1) 将膜制备物悬浮于所选的缓冲系统(如,磷酸缓冲液或 HE
什么是虚拟仪器技术?
虚拟仪器技术就是利用高性能的模块化硬件,结合高效灵活的软件来完成各种测试、测量和自动化的应用。灵活高效的软件能帮助您创建完全自定义的用户界面,模块化的硬件能方便地提供全方位的系统集成,标准的软硬件平台能满足对同步和定时应用的需求。这也正是NI近30年来始终引领测试测量行业发展趋势的原因所在。只有
虚拟发电厂前景广阔
近日,德国西门子公司旗下的两座虚拟发电厂建成投产。虚拟发电厂通过将众多小型发电站联网,并使它们在同一个系统中运行,从而实现智能发电。 慕尼黑电力公司通过其中一座新建成的虚拟发电厂,同时运营了六台热电联产机组、五个水电站和一座风电场,其实际能效和经济效益均要高于单独运行这些电
虚拟示波器的高性能简介
虚拟仪器是在PC技术的基础上发展起来的,所以完全“继承”了以现成即用的PC技术为主导的最新商业技术的优点,包括功能超卓的处理器和文件I/O,使您在数据导入磁盘的同时就能实时地进行复杂的分析。随着数据传输到硬驱功能的不断加强,以及与PC总线的结合,高速数据记录已经较少依赖大容量的本地内存。以一台6
平衡法选择高亲和力噬菌体抗体
[器材和试剂] ● 链霉亲和素磁珠(DynabeadsM280,Dynal) ● 磁性1.5ml试管架(Dynal) ● 磷酸盐缓冲液(PBS) ● 2%脱脂奶粉PBS(2%MPBS) ● 生物素化试剂盒 ● 含0.1为Tween-20的PBS(PBS/Tween) ● 100mmol/L HCI
两部委印发《意见》-严控地方“无序调水”
针对一些地方“无序调水”“跑马圈水”现象,国家发展改革委会同水利部日前印发《关于切实做好引调水工程前期工作的指导意见》,提出了开展引调水工程前期工作的指导思想和基本原则,并从强化规划约束、加强科学论证、严格建设程序、落实责任主体等方面作出了具体要求,旨在进一步推动科学做好引调水工程前期工作。
十三陵水库因无序旅游-环境遭破坏
树林里经营烧烤、炒菜水库边到处是游人交费后游人就可以随便钓鱼水库路边停放的车辆排长队 “每到节假日,十三陵水库边游人特别多,钓鱼、游泳、烧烤的大有人在。水库路边停车都排起了长队,库区树林里到处是垃圾。”近日,读者向本报反映,越来越多的市民到十三陵水库周边娱乐休闲
环保部:土壤污染治理不能粗放无序
人民网北京3月9日电 (人民网前方报道组 记者章斐然 初梓瑞)今日下午,十二届全国人大五次会议新闻中心在梅地亚中心多功能厅举行记者会,邀请环保部部长陈吉宁就“加强生态环境保护”的相关问题回答中外记者的提问。 陈吉宁在会上表示,环境问题是人类现代化进程中面临的一项重大挑战,优美环境是人类的重要
国办提五条意见遏制煤炭产能无序增长
中国煤炭工业协会网站27日公布“国务院办公厅关于促进煤炭行业平稳运行的意见”。意见提出,坚决遏制煤炭产量无序增长,切实减轻煤炭企业税费负担,加强煤炭进出口环节管理,减少低质煤进口。 2012年以来,煤炭行业出现结构性产能过剩、价格下跌、企业亏损等问题,运行困难加大。为促进煤炭行业平稳运行和
江西赣州稀土无序开采致生态严重破坏
布满山体的白色管道将稀释的稀土原液输往山下已经成型的稀土原料稀土在这样的露天池中过滤 流入过滤池中的稀土原液江西赣州,如果不是因为稀土,恐怕不会有太多人记得这个城市。然而,因其拥有全国30%以上的离子型重稀土(一种品质较好的稀土矿),被誉为中国的“稀土王国”。 一方面,得天独厚的资源优势为地方经
重组质粒的筛选(抗生素平板筛选和α互补筛选)
重组DNA转化受体细胞后,须在不同水平上进行筛选,以区别转化子与非转化子、重组子与非重组子以及鉴定所需的特异性重组子。在转化过程中,并非每个受体细胞都被转化;即使获得转化细胞,也并非都含有目的基因,所以需采用有效方法进行筛选。筛选的方法包括根据遗传表型筛选、限制性内切酶分析筛选、核酸探针筛选、PCR
DSX电脑筛选器筛选粮食杂质
在粮食品质检测中,粮食筛选,容重测定等是其中重要的检测项目,容重测定一般使用容重器就可以完成,而粮食筛选也可以使用仪器完成,我们推荐是使用DSX电脑筛选器。该仪器是专为粮食杂质筛选而研制开发的专用仪器,其标准符合GB5494-85《粮食油料检验杂质、不完善粒检验法》国家标准,属于新标准仪器产品,使用
用电脑筛选器筛选粮食杂质
在农业育种工作中,对粮食、油料等进行筛理分级是其中十分重要的内容,主要作用是通过筛选来检验粮食油料的杂质、不完善粒等。而随着科技的发展和育种技术的进步,现代粮食杂质筛选已经告别了繁琐复杂的手筛法,广泛采用的是电脑筛选器法。使用仪器来进行粮食杂质的筛选,不仅更加轻松,而且效率更高,检验效果更好,能够更
高通量筛选技术揭示AAV衣壳蛋白是如何演化的?
在最近一项研究中,研究人员使用腺相关病毒(AAV)载体衣壳库的高通量筛选来最大程度地获得具有所需特性的AAV变异体的可能性。这些实验的结果使他们获得了一些意想不到的知识,相关结果发表在最近一期的《Human Gene Therapy》杂志上。(图片来源:www.pixabay.com) 文章作
如何筛选和鉴定生物标本中差异表达的蛋白分子
目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法 (differentialdisplayRT PCR ,DDRT PCR)、消减杂交法 (subtractivehybridization ,SH )、基因芯片技术 (DNAchiptechnique)和基因表达的系统分析 (serialanaly
毛细管电泳SELEX-技术(CESELEX)技术筛选适配体的介绍
不同组分间的荷质比存在一定差异,导致物质的电泳迁移率有所不同,从而实现不同组分的分离。CE-SELEX 能在2-4轮内实现高亲和力适配体的筛选,常被用于筛选蛋白质、脂多糖、多肽等大分子物质。Yang等首次利用 CE-SELEX 实现了对小分子物质甲基吗啉的适配体的筛选,经过3轮筛选后获得了8条高