RNAseq综述（三）
改良RNA-seq建库方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本，使用的方法源于早期的表达序列标签(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代测序的使用指出了这些方法的局限性，而这些局限性在芯片数据中并不明显。因此，在RNA-seq首次报道后不久，就有研究报道了文库制备方法的一些重大进展。例如，在cDNA合成之前，对RNA进行片段化可以产生3ʹ:5ʹ偏倚，链特异性文库制备方法能够更好的区分正义链与反义链，这些改进都能够对转录本丰度进行更准确的估计。RNA片段化和链特异性文的制备很快就成了RNA-seq文库制备试剂盒中的标准方法。这里我们简要描述了其它RNA-seq方法的改良，使用这些改进方法的可以让研究者们根据他们的生物学问题以及特定样本进行选择。这些改进的方法包括在选择RNA进行测序时，取代dligo-dT富集的替代方法，或者是那些专门选择转录本的3ʹ或5ʹ末端的方法，或者是使用UM......阅读全文
RNAseq综述（三）
改良RNA-seq建库方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本，使用的方法源于早期的表达序列标签(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代测序的使用指出了这些方法的局限性，而这些局限性在芯片数据中并不明显。因此，在RNA-seq首次报道后不久，就有研究
RNAseq综述（一）
摘要在过去的十年中，RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而，随着下一代测序技术的发展，RNA-seq技术也在不断发展。现在，RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面，其中包括单细胞基因表达、翻译（翻译组,translatome）和
RNAseq综述（五）
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后，分析的起点就是数据文件，这个数据文件包含了测序计数的碱基，这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上（或已经注释的基因组上），将每个测序读
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
RNAseq综述（八）
使用核糖体分析方法检测活跃的翻译RNA-seq的主要用途在于研究样本中的mRNA的种类与数量，但是mRNAs的存在与否并不直接关系到蛋白质的合成。现在有两种方法可以研究转录以外的翻译情况，可以让研究者们更好的理解翻译组(translatome)：一种是多核糖体表达谱(polysomal pr
RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表
RNAseq综述（六）
单细胞分析scRNA-seq于2009年首次报道，当时的研究者在含有裂解缓冲液的EP管中分离了单个卵母细胞。单细胞测序对生物学新问题的解释，以及现有的实验室和计算方法以极快的速度发展，甚至最近几年综述都已经过时了。每种scRNA-seq方法都需要将实体组织进行分离，分离出单个细胞（使用不同的方法），
RNAseq综述（九）
通过研究RNA分子内的相互作用来研究RNA的结构核糖体RNA和tRNA构成细胞的大部分RNA。它们与其他结构非编码RNA一起在细胞中发挥各种作用，例如从基因调节到翻译。现存主要有两种研究RNA结构的方法：基于核酸酶的方法和化学探针方法。核糖核酸酶消化于1965年首次用于研究RAN(tRNA(Ala)
RNAseq综述（四）
设计更好的RNA-seq实验仔细设计DGE RNA-seq实验对于获取高质量和生物意义数据有着非常重要的意义。尤其是要考虑到复制的层次，测序深度以及单端还是双端测序。重复与实验功效(replication and experimental power)在一个实验中，足够的生物学重复(biologic
ELISA技术综述（三）
以下简述固相载体和包被过程。1.2 包被的方式将抗原或抗体固定在过程称为包被(coating)。换言之，包被即是抗原或抗体结合到固相载体表面的过程。蛋白质与聚苯乙烯固相载体是通过物理吸附结合 的，靠的是蛋白质分子结构上的疏水基团与固相载体表面的疏水基团间的作用力。这种物理吸附是非特异性的，受
综述：细胞凋亡（三）
细胞凋亡与医学 1．免疫学： 1）胸腺细胞成熟过程中的凋亡：胸腺细胞经过一系列的发育过程而成为各种类型的免疫活性细胞。在这一发展过程中，涉及了一系列的阳性细胞选择和阴性细胞选择过程。以形成CD4+的T淋巴细胞亚型及CD8+的T淋巴细胞亚型；同时，对识别自身抗原的T细胞克隆进行选择性地消除，其细胞
血液分析仪综述(三)
第七节 血液分析仪应用现状及发展趋势一、血液分析仪市场分布现状自从血液分析仪发明以来，随着科技不断发展及中国医疗科研实力的不断增强，目前已经形成了国内外品牌充分竞争的市场，据不完全统计，截止到2015年12月31日，各品牌在不同的层次的医疗机构占有的市场份额也不同，在二甲以上医疗机构日本SYSME
Cell综述：三种泛素连接酶
泛素化(ubiquitination)作为一类作用方式更加复杂且作用结果更加多样的蛋白质修饰, 在细胞生命周期各个方面扮演着同样重要的角色。 泛素化过程通常需要3种泛素酶的协同作用，其中E1泛素激活酶(ubiquitin-activating enzyme)与E2 泛素偶联酶(ubiquiti
深度学习在雷达中的研究综述（三）
3.2 基于SAE的SAR图像处理研究SAE的特点是可自动从无标记数据中学习特征，并且给出比原始数据更好的特征描述，进一步通过该学习到的特征得到更好的分类效果。有学者将其应用于地物目标分类、舰船分类以及城市变化检测等场景。并且通过SAE对SAR图像进行分析，其与传统方法相比，展现SAE具有自动学习高
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运 多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派对：在拥挤的房间里，与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是，试想你并不知道寿星是谁，只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与
太赫兹时域光谱与频域光谱研究综述（三）
式(7)中, n˙s=ns-iks, 其中ns为样品的折射率, ks为消光系数。 n˙ref(ω )表示反射镜的折射率。 这里要求反射镜的表面和样品放置在同一水平面上, 稍微的错位就会导致相位变化很大, 所以它们之间的误差要尽量减小到1 μ m以下。传统的反射光谱与透射光谱在结构上的差别仅在于前者接
用RNAseq快速绘制大脑图
在过去的十年中，DNA和RNA测序技术已迅猛发展并且更加便宜，现在它们被运用到各种新的领域中。最近在《Neuron》发表的一项新研究中，研究人员使用RNA测序技术，在单个神经元水平上绘制小鼠的大脑图。这种新技术被称为Multiplexed Analysis of Projections by S
如何解决RNAseq量化误差？
NA-Seq已经成为测量基因表达的标准，以及用于人类疾病研究的一种重要技术。基因表达量化分析涉及，测序序列与一个已知基因组或转录组参考序列的比对。这种量化的准确度取决于，序列中要有足够多的独特信息，才能使生物信息学工具能够准确地将测序序列分配到正确的基因位置上。 九月四日，英国爱丁堡大学的Ch
西安交大最新综述：第三代PCR技术
自1985年 Mullis 发明了体外多聚酶链反应(PCR)至今, PCR在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用.今天的第三代PCR技术, 即绝对定量的数字化 PCR也备受关注。来自西安交通大学生命科学与技术学院等处的研究人员近期发表综述，介绍了 PCR 技术的发展
Hepatology综述：慢性肝病三大肺部并发症（二）
1.4 诊断 诊断患者HPS标准为：患者没有内在肺部疾病，证实存在肺内扩张、动脉血气体交换功能异常；若患者合并基础肺病，需要进一步检查明确HPS对肺换气功能降低所发挥的影响大小。 动脉血气检查可协助诊断HPS，标准为：年龄
Nature再发综述：成功免疫疗法背后的“三要素”
3月11日，发表在《Nature Reviews Cancer》上的一篇题为“Vaccines for established cancer: overcoming the challenges posed by immune evasion”综述中，作者们讨论了克服由肿瘤细胞内在因子和肿瘤微环
Hepatology综述：慢性肝病三大肺部并发症（一）
目前研究公认，慢性肝病与呼吸系统症状和低氧血症有关。上个世纪明确了与慢性肝病相关的三大肺部并发症，即肝肺综合征（HPS）、门肺高压症（POPH）和肝性胸水（HH）。而肝门脉高压是这三大肺部并发症的致病基础。 这三大合并症发病机制、表现和治疗有所不同，来自美国得克萨斯大学胃肠肝内科和营养科的
聚焦芯片到RNAseq的转型之路
自二十世纪九十年代中期以来，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。在这一技术最辉煌的时期，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。不过随着测序成本的直线下降，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。 DNA芯片上排列着大量的核酸探针，可以代表生物的整个基因组或部分基因
工业废水处理技术与方法措施综述（三）
6.重金属废水处理技术方法重金属废水主要来自矿山、冶炼、电解、电镀、农药、医药、油漆、颜料等企业排出的废水。废水中重金属的种类、含量及存在形态随不同生产企业而异。由于重金属不能分解破坏，而只能转移它们的存在位置和转变它们的物理和化学形态。例如，经化学沉淀处理后，废水中的重金属从溶解的离子形态转变成难
工业废水处理技术与方法措施综述（三）
6.重金属废水处理技术方法重金属废水主要来自矿山、冶炼、电解、电镀、农药、医药、油漆、颜料等企业排出的废水。废水中重金属的种类、含量及存在形态随不同生产企业而异。由于重金属不能分解破坏，而只能转移它们的存在位置和转变它们的物理和化学形态。例如，经化学沉淀处理后，废水中的重金属从溶解的离子形态转变成难
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
基因芯片与RNAseq的比较分析
最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。 常见误区一： 测序的准确性高，获得的信息更丰富 对，但又不对。
Genome－Biology：RNAseq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初