RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表达提供了新的思路。使用新生RNA(nascent RNA)方法来研究活性转录基因表达是一个内在的动态过程，但是在检测复杂转录应答的细微以及快速变化或确定不稳定的非编码RNAs，例如增强子RNAs方面，常规的DGE分析方法就比较受限。RNA-seq可以用于绘制TSSs以及定量新合成的新生RNA，这就可以用来研究RNA动力学。但是，与DGE分析相比，nascent RNA的分析则比较难，因为它们半衰期短，丰度低。因此，为了研究这些动态的重要性，研究者们就开发了多种方法来分析nascent RNA；这些方法揭示了在启动子处的差异转录......阅读全文
RNAseq综述（七）
动态RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq来检测稳态下的mRNA表达水平，这一表达水平是通过mRNA的转录，加工和降解速度来决定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及转录，翻译所涉及的过程与动力学特征，这些研究为基因表
RNAseq综述（六）
单细胞分析scRNA-seq于2009年首次报道，当时的研究者在含有裂解缓冲液的EP管中分离了单个卵母细胞。单细胞测序对生物学新问题的解释，以及现有的实验室和计算方法以极快的速度发展，甚至最近几年综述都已经过时了。每种scRNA-seq方法都需要将实体组织进行分离，分离出单个细胞（使用不同的方法），
RNAseq综述（四）
设计更好的RNA-seq实验仔细设计DGE RNA-seq实验对于获取高质量和生物意义数据有着非常重要的意义。尤其是要考虑到复制的层次，测序深度以及单端还是双端测序。重复与实验功效(replication and experimental power)在一个实验中，足够的生物学重复(biologic
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
RNAseq综述（一）
摘要在过去的十年中，RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而，随着下一代测序技术的发展，RNA-seq技术也在不断发展。现在，RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面，其中包括单细胞基因表达、翻译（翻译组,translatome）和
RNAseq综述（五）
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后，分析的起点就是数据文件，这个数据文件包含了测序计数的碱基，这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上（或已经注释的基因组上），将每个测序读
RNAseq综述（八）
使用核糖体分析方法检测活跃的翻译RNA-seq的主要用途在于研究样本中的mRNA的种类与数量，但是mRNAs的存在与否并不直接关系到蛋白质的合成。现在有两种方法可以研究转录以外的翻译情况，可以让研究者们更好的理解翻译组(translatome)：一种是多核糖体表达谱(polysomal pr
RNAseq综述（三）
改良RNA-seq建库方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本，使用的方法源于早期的表达序列标签(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代测序的使用指出了这些方法的局限性，而这些局限性在芯片数据中并不明显。因此，在RNA-seq首次报道后不久，就有研究
RNAseq综述（九）
通过研究RNA分子内的相互作用来研究RNA的结构核糖体RNA和tRNA构成细胞的大部分RNA。它们与其他结构非编码RNA一起在细胞中发挥各种作用，例如从基因调节到翻译。现存主要有两种研究RNA结构的方法：基于核酸酶的方法和化学探针方法。核糖核酸酶消化于1965年首次用于研究RAN(tRNA(Ala)
RNASeq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运 多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派
解读单细胞RNAseq技术
多年来，跟踪一个单细胞的转录组，超出了我们的能力。但是现在，时代已经变了，新的单细胞RNA-seq方法，可以分析大量的细胞及它们的命运。 我们都参加过大型生日派对：在拥挤的房间里，与许多人聊天、吃饭和庆祝。但是，试想你并不知道寿星是谁，只是像一个局外者看待这个派对。你可能会觉得整个事件看起来与
用RNAseq快速绘制大脑图
在过去的十年中，DNA和RNA测序技术已迅猛发展并且更加便宜，现在它们被运用到各种新的领域中。最近在《Neuron》发表的一项新研究中，研究人员使用RNA测序技术，在单个神经元水平上绘制小鼠的大脑图。这种新技术被称为Multiplexed Analysis of Projections by S
如何解决RNAseq量化误差？
NA-Seq已经成为测量基因表达的标准，以及用于人类疾病研究的一种重要技术。基因表达量化分析涉及，测序序列与一个已知基因组或转录组参考序列的比对。这种量化的准确度取决于，序列中要有足够多的独特信息，才能使生物信息学工具能够准确地将测序序列分配到正确的基因位置上。 九月四日，英国爱丁堡大学的Ch
聚焦芯片到RNAseq的转型之路
自二十世纪九十年代中期以来，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。在这一技术最辉煌的时期，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。不过随着测序成本的直线下降，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。 DNA芯片上排列着大量的核酸探针，可以代表生物的整个基因组或部分基因
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
基因芯片与RNAseq的比较分析
基因芯片 vs RNA-seq哪个好 ？最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。常见误区一：测序的准确性高，获得的信息
Genome－Biology：RNAseq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初
基因芯片与RNAseq的比较分析
最近几年二代测序（又叫NGS）很火，而且价格越来越便宜，原来都用芯片检测mRNA、miRNA、LncRNA表达量的，好像不少都换用RNA-seq了。那么，到底选择哪种更好呢？今天就来回答下这个问题。一句话—— 看研究目的。 常见误区一： 测序的准确性高，获得的信息更丰富 对，但又不对。
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
RNAseq寻找生物标志物将更简单
最近，瑞典卡罗林斯卡学院和爱沙尼亚医疗技术能力中心的科学家合作，开发出了一种新的基因表达分析方法，让通过全血RNA-seq进行生物标志物的发现和分析，将会变得更为简单。他们的研究结果发表在8月12日的《Scientific Reports》杂志。 血液携带的细胞，可提供多种有用的生物标志物。血
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
RNASeq，区分细菌和病毒感染新工具
在临床治疗中，准确鉴定细菌感染和病毒感染至关重要，这关系到治疗干预方案选择和抗生素耐药隐患预防。 例如下呼吸道感染（lower respiratory tract infections，LRTIs），不同病原体引起的不同疾病有着相似的临床症状，让医生很难做出正确诊断。 如今，罗切斯特大学医学
Nature：RNAseq疾病诊断潜力不容忽视
全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）对于罕见的孟德尔遗传病的检测能力最高只能达到50%，基于这两种手段，我们对于遗传多样性带来具体生物学功能差异和临床疾病病因的解释能力是十分有限的。Cummings课题组曾使用RNA测序（RNAseq）对肌肉疾病进行了准确的检测，证实了RNAseq在
ELISA技术综述
ELISA原理 ELISA利用抗原抗体之间专一性结合之特性，对标本进行检测；由于结合与固体承载物（一般为塑胶孔盘）上之抗原或抗体仍可具有免疫活性，因此设计 其结合 机制後，配合酵素显色反应，即可显示特定抗原或抗体是否存在，并可利用显色之深浅进行定量分析。根据待测样品与结合机制的不同，ELI
PCR技术综述
前言 一滴残留在裙子上的精液使得美国总统Bill Clinton不得不坦承他与白宫实习生有不正当的关系。因为他知道现在的生物科技就连一个精子也能被用来做为证据。这种将极微量的生物标本化为可供鉴定的现代技术正是PCR(Polymerase chain reaction)--聚合酶链式反应具有
Western－bloting－综述
摘要：本文主要是针对Western bloting的原理及操作进行了简单的阐述，Western印迹法是利用抗原抗体的免疫反应，先将蛋白通过SDS-PAGE电泳分离开来，然后再利用电场力的作用将胶上的蛋白转移到固相载体（NC膜）上，然后再加抗体形成抗原抗体复合物，利用发光或显色原理将结果显示到膜或底片
细胞凋亡综述4
2、所有Caspase先以无活性的酶原（procaspase）的形式合成，其激活过程包括：①二聚体化②caspase自身序列裂解成小亚其和大亚基③除去prodomain。3、最早发现的 caspase 为IL-1β转化酶 (ICE=caspase-1) 它将 pro-IL-1 前体裂解成其活性形式。
ELISA技术综述（二）
ELISA的商品化试剂盒成分和分类：在临床检验或者科研检测中，ELISA 实验通常有商品试剂盒提供。ELISA试剂盒中有三个必要的试剂：免疫吸附剂、结合物和酶的底物等。完整的ELISA试剂盒包含以下各组分：（1）已包被抗原或抗体的固相载体（免疫吸附剂）；（2）酶标记的抗原或抗体（结合物）；（3）酶的
综述：细胞凋亡（一）
人体内的细胞注定是要死亡的，有些死亡是生理性的，有些死亡则是病理性的，有关细胞死亡过程的研究，近年来已成为生物学、医学研究的一个热点，到目前为此，人们已经知道细胞的死亡起码有两种方式，即细胞坏死与细胞凋亡。细胞坏死是早已被认识到的一种细胞死亡方式，而细胞凋亡则是近年逐渐被认识的一种细胞死亡方式，