深圳先进院发表数据聚类挖掘技术最新研究成果
近日，中国科学院深圳先进技术研究院高性能计算研究中心客座研究生魏丹的研究成果A novel hierarchical clustering algorithm for gene sequences发表在BMC Bioinformatics期刊，并被SCI检索（006EI）。 数据聚类挖掘技术是处理生物信息强有力的工具，广泛应用于序列分析、基因识别及基因序列功能预测等课题。在先进院深圳市高性能数据挖掘重点实验室姜青山研究员和魏彦杰副研究员的指导下，魏丹定义了一个新的序列间相似性度量，并提出基因序列聚类新方法。该研究成果与传统的序列比对聚类方法相比，具有聚类精度高、时间开销低等特点，为处理大规模基因序列数据提供了有效的解决方案。 BMC Bioinformatics杂志是英国BMC（BioMed Central）杂志社出版的在线刊物，旨在发表高水准生物信息学领域的研究成果。 ......阅读全文
中科院等完成橡胶草基因组序列解析
中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋研究组与中国农业科学院、中国热带农业科学院等合作，在橡胶草基因组序列解析方面取得重要进展，标志着以橡胶草作为模式植物进行天然橡胶合成研究进入后基因组时代。研究成果近日在线发表在权威学术期刊《国家科学评论》（National Science Review）杂
英国拟为癌症病人绘基因序列图以研发新药
据英国路透社12月10日报道，英国拟为近10万癌症或其它罕见疾病的患者绘制基因序列图，以研发新的药物。 英国首相卡梅伦10日表示，他希望英国能够成为第一个将基因排序引入健康服务的国家。 据报道，卡梅伦政府计划在未来3至5年内投入1亿英镑(约合人民币10亿元)用于基因排序项目。绘制病人
首个亚洲人源基因检测序列标准物质完成研制
6月，中国计量科学研究院和深圳华大基因研究院共同发布首个亚洲人源(炎黄一号)DNA序列标准物质(BW-5201)和大肠杆菌O157基因组DNA序列标准物质(BW-5202)。这是全球首次发布亚洲人源DNA和微生物基因组DNA序列标准物质，为基因检测产业评估测序和数据分析的准确性提供了参考标准。
蝴蝶兰光周期相关基因序列及其应用获发明ZL
由中科院华南植物园张建霞、段俊等完成的“蝴蝶兰光周期相关基因PhalCOL的序列及其应用”于6月29日获国家发明ZL授权(ZL号：ZL 200910042303.9)。 蝴蝶兰是兰科植物中栽培最广泛、最受欢迎的种类之一，花形似蝴蝶，别致美丽、色彩艳丽，花期长达数月之久，观赏价
蔬菜中心：绘成世界首张西瓜基因组序列图谱
我国是世界第一西瓜生产与消费大国，但是人们却始终未能从外到内了解它，直到2013年1月，国际学术顶级刊物《自然·遗传学》发表了世界首张西瓜基因组序列图谱（影响因子35.532），标志着人类成功破译了西瓜遗传“密码”。这项由蔬菜中心主任许勇的研究团队牵头进行的科研创新，为高效培育兼具优质、高产、抗
我国完成首部高原濒危物种全基因组序列图谱
12月25日，由青海大学和深圳华大基因研究院共同发起并承担的藏羚羊基因组序列图谱在青海大学医学院宣告绘制完成，这是世界上第一部绘制完成的高原濒危物种全基因组序列图谱，也是中国科学家对全球基因组科学的又一重大贡献。 藏羚羊是我国青藏高原特有的物种，其生存环境高寒、缺氧，自然条件极为严酷。在喜
Nature－Methods：De－Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu
科学家发现奇异基因序列或来自全新生物域
沃斯的“三域说”是目前生物分类界的主流学说。 “科学坏小子”文特尔（左）参与了这次的研究项目。 在过去的近300年中，生物分类法从两界、三界一直被扩充到六界三域，分类系统不断被改写。然而，演化树的改写可能还会继续下去。美国加州大学基因中心和文特尔研究所对海洋水样本中的DNA序列分
新技术90分钟完成全基因组序列分析
美国国家儿童医院（Nationwide Children's Hospital）的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件，表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。 第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的
昆明动物所发现白介素3基因序列变异影响人类大脑容量
神经系统是人类区别于其他物种最显著的特征之一。相对于其他物种，人类的大脑高度发达，主要体现在全脑容量的变化。如人类的大脑容量是旧大陆猴-如猕猴脑容量的20.6倍，长臂猿的14.4倍，与人类亲缘关系最近的灵长类-黑猩猩的4.3倍。 近年来，基于核磁共振（MRI）脑影像学研究表明
更改小白菜基因序列亩产可提高2000公斤
“目前我们已经发现了小白菜中的分蘖基因，如果更改普通小白菜中的基因序列，让它们拥有分蘖基因的功能，亩产可达6000公斤，提高近2000公斤。”昨天，在南京农业大学召开的“百家名企进南农”活动中，该校园艺学院院长、博士生导师侯喜林向记者表示。 不结球白菜俗称青菜、小白菜，原产中国。2009年
Science：新研究揭示短串联重复序列如何影响基因表达
几十年来，科学家们已经知道，“垃圾 DNA（junk DNA）”实际上起着至关重要的作用：尽管基因组中的蛋白编码基因提供了构建蛋白的蓝图，但是基因组中的一些非编码部分，包括以前被认为是 “垃圾DNA”的基因组区域，似乎可以提高或降低这些基因的表达。但人们一直不清楚某些非编码区域如何影响基因表达水
安捷伦最新推出百万特征序列格式的基因表达微阵列芯片
2010 年 5 月 19 日，加利福尼亚州圣克拉拉市——安捷伦科技公司(纽约证交所：A) 今日发布了安捷伦 SurePrint G3 基因表达微阵列芯片，该产品在 1 英寸×3 英寸的单位标准芯片上提供的特征序列可多达一百万种，大幅提高了通量，有效节约了成本，并且具有独一无二
哈尔滨病毒基因序列确定为德尔塔－详细信息公开
9月24日，哈尔滨市召开疫情防控新闻发布会。会上通报，9月23日0时-24时，哈尔滨市新增新冠肺炎确诊病例15例，均在巴彦县 。根据目前已检出病例基因测序情况看，显示为德尔塔毒株 ，相关流调溯源工作正在国家、省疾控专家指导下，紧张有序开展，如果有结果将及时向社会公布。 上述新增确诊病例均是在集
基因研究成果向药物转化困难重重－恐需多年时间
在生物医学的历史上，2000年6月26日无疑是一个重要的里程碑：人类基因组工程完成了人类基因组测序工作草图。人类基因组测序被视为“生命之书”的破译，它有助于人们认识疾病的根源，并开发有效医治疾病的途径。今年6月26日，在美国华人生物医学科技协会(CBA—USA)举办的第16届年会上，基因组研究和
中国花生基因组计划取得阶段性研究成果
近日，由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院、山东省农业科学院和Macrogen千年基因联合启动的中国花生基因组计划取得了阶段性研究成果，该成果报告会于Macrogen千年基因圆满举办。本次会议总结了中国花生基因组计划的阶段性研究成果及国际上花生基因组研究的进展，并讨论了花生基因组计划后期
无需PCR，这项技术半小时就能获得新冠病毒基因序列
当前，针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类，其中免疫和PCR方法是一种定向检测，可以对病毒进行筛查，适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。图片来源于网络 高通量测序作为一种全面的基因组检测技术，虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检，但因实验流程耗时长，操作繁
世卫组织——中国已分享新型冠状病毒基因序列信息
世界卫生组织12日宣布，已收到中国分享的从武汉不明原因病毒性肺炎病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息。世卫组织还表示，不建议对中国实施任何旅行或贸易限制。 世卫组织在一份声明中说，12日已从中国国家卫生健康委员会获得更多有关武汉不明原因病毒性肺炎的详细信息，包括从病例中检测到的新型冠状病毒基
基因序列仪在遗传性疾病诊断上的应用
由于基因突变而导致的疾病具有遗传性和终身性的特点，一旦患上这种病，会给自身和整个家族带来痛苦。通过对被检人员进行基因测序，查看基因突变情况，判断是否存在基因遗传病，或者推断后代患病的概率为婚育提供指导，减少遗传性疾病的发病率。
两个菠菜野生种高质量基因组序列发布
近日，国际期刊《新植物学家》（New Phytologist）在线发表了两个高质量的菠菜野生种基因组序列。这项研究由中国农业科学院蔬菜花卉研究所菠菜遗传育种课题组钱伟团队完成，揭示了菠菜的染色体结构，并解析其重要的驯化性状。该研究为进一步利用菠菜野生资源、培育优质菠菜品种具有重要意义。两个菠菜野生种
新冠病毒全基因组大小和序列的研究进展
2月3日，《自然》在线发表论文介绍了上海公共卫生临床中心和复旦大学公共卫生学院教授张永振等人对2019-nCov的基因组序列的分析。该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示，该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。 通过对从患者收集的
宠物到强大入侵生物－小龙虾基因组序列揭秘缘由
一个新物种如何在短时间内崛起，基因组测序可以提供线索。英国《自然·生态与进化》杂志5日在线发表的一篇论文，首次报告了美洲龙纹螯虾的基因组序列，有助于揭示这种单性繁殖的动物，如何在短短20年间就从德国宠物贸易的宠儿，变为马达加斯加的强大入侵生物。 美洲龙纹螯虾在上世纪90年代首次被发现。据资料称
我国绘制完成世界首个鹅全基因组序列图谱
6月3日，深圳华大基因研究院和浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所联合召开新闻发布会，宣布“鹅全基因组序列图谱绘制完成”。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱，这一研究成果对于揭示家鹅繁殖、抗逆、生长、肉质、羽色等性状的遗传基础，鹅的驯化、不同鹅种的生物学分类、中国家鹅
我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图
我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本，利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略，绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱，标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。 在“985”平台建设资金支持下，北林大林木育种国家工程实验室的专家们用短短的6个月完成了这一
我国学者在合成生物基因调控序列智能设计领域取得进展
图1 跨物种基因调控序列的逆向设计图2 基于TFBU的增强子模块化建模与智能设计 在国家自然科学基金项目（批准号：62250007、62225307）等资助下，清华大学自动化系汪小我教授团队在合成生物基因调控序列智能设计取得进展，系列研究成果连续发表两篇论文：（1）以“系统表示与优化实现细菌跨物种
我国科学家绘制完成鲤鱼全基因组序列图谱
鲤科鱼类是我国最重要的水产养殖种类，年产量占我国淡水养殖总产量的70%以上，其中鲤鱼不仅是我国也是世界性的重要养殖鱼类。5月6日，中国“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在京举行。由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中科院北京基因组研究所共同实施
我国首例输入性裂谷热病毒全基因组序列测定完成
记者从国家质量监督检验检疫总局获悉：7月24日凌晨，该局和军事医学科学院微生物流行病研究所联合攻关，获得了我国首例输入性裂谷热病例的病毒全基因组序列。 “测序结果确认了该输入性病例为非洲流行的裂谷热病毒感染所致。”军事医学科学院微生物流行病研究所研究员童贻刚告诉科技日报记者，经测定，该病毒基因
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
两斤DNA装下“全世界”－现代数据存储技术瞄准基因序列
对于Nick Goldman来说，在DNA中编码数据的想法始于一个笑话。或许最多10年之后，没有人会再相信磁带储存。图片来源：Wes Fernandes 那是2011年2月16日，Glodman和一些生物信息学领域的朋友在德国汉堡聊天，话题是他们如何才能储存全世界涌来的基因组序列和其他数据洪流
揭秘口腔细菌Fretibacterium－fastidiosum的完整基因组序列－助力牙周病研究
人类口腔微生物组由多种细菌组成。由于体外培养存在挑战，并非所有口腔细菌都被充分研究。在这项研究中，研究人员报告了一种最近发现的口腔细菌 —— 苛求弗雷特杆菌（Fretibacterium fastidiosum）的完整基因组序列。口腔微生物组包含 700 多种细菌，其中超过三分之一尚未被培养出来。苛