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加速新药研发!新算法助力质谱数据准确高效预测小分子

小分子的鉴定是生命科学一项关键任务。质谱(mass spectrometry,MS)可用于分析化合物成分,高通量质谱技术能够从数十万个环境中收集小分子的串联质谱。然而,现有的方法是基于化学领域的知识,无法解释小分子质谱中的许多峰。 卡内基梅隆大学和俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员提出一种算法——MolDiscovery,提高了小分子识别的效率和准确性。该算法使用分子的质谱数据来预测未知物质的「身份」,在研究早期告诉科学家他们是偶然发现了新事物,还是仅仅重新发现了已知事物,可节省发现新的天然医药产品的时间和金钱。 该研究于6月17日以「MolDiscovery: learning mass spectrometry fragmentation of small molecules」为题发表在《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 MS 是一种电离化学物质并根据其质荷比(质量-电荷比)对其进行排......阅读全文

2016CMSS中国质谱学会质谱网络研讨会第二日顺利召开

2016CMSS中国质谱学会质谱网络研讨会——仪器研发新技术与生物质谱专场  分析测试百科网讯 2016年11月2日上午,2016CMSS中国质谱学会质谱网络研讨会——仪器研发新技术专场共有五位专家学者为大家带来精彩的报告。Excellims公司创始人和CEO 吴青博士  Excellims公司创始

液相色谱耦联Q Exactive 台式轨道阱质谱仪分析利...(五)

表 5. 单糖的化学组成和分子量  表 6. 用于计算表 4 和表 5 分子量的元素的单同位素原子量和平均原子量 最初的计算是根据发表在 DrugBank 数据库【2】的序列进行的,然而计算结果与我们实验测得的质量数并不匹配。通过将 DrugBank 中的序列与

“嗜血”的质谱

  卫生部临检中心组织的2018年第一次临床微生物室间质评已经结束,但关于流感嗜血杆菌和溶血嗜血杆菌的鉴定问题,在微信朋友圈里谈得正热烈 (见文《溶血 or 流感?傻傻分不清?》)[1]。主要是因为在这次质评中,生化鉴定仪和有些品牌的质谱仪的鉴定结果出错了。令小布自豪的是,布鲁克MALDI Biot

暨大研发另类质谱鉴定算法,大幅提高蛋白质组鉴定能力

  暨南大学的研究人员利用翻译组测序(RNC-seq)数据作为稳态细胞内蛋白质的“标准答案”,并另辟蹊径,提出了蛋白水平上的一种简单有效的多算法结果整合策略,不用做额外的实验,零成本轻松提高蛋白质组鉴定数量,同时有效降低假阳性率。  鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是

暨大另类质谱鉴定算法策略大幅提高蛋白质组鉴定能力

  鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是蛋白质组研究的标准研究方法。从质谱谱图中鉴定蛋白质需要依赖搜库算法,现有许多算法被开发出来,常见的如Andromeda(Maxquant), Mascot, COMPASS, X!Tandem, pFind, InsPecT, P

赛默飞世尔举办“蛋白质组学及质谱基础知识”网络讲座

  2011年3月23日,赛默飞世尔科技借分析测试百科网这一平台成功举办了本月第三场网络视频讲座——蛋白质组学及质谱基础知识。赛默飞世尔科技蛋白质组学市场专员唐佳工程师为大家介绍了蛋白质组学、生物质谱的发展历史、基本原理、最新进展以及The

液相色谱耦联Q Exactive 台式轨道阱质谱仪分析利...(二)

其他实验均采用 Thermo ScientificTM NanoFlexTM 离子源进行,离子源上配置 15 cm 的 PicoTipR 喷雾针(New Objective,Woburn,USA;20 μm 内径,360 μm 外径,10 μm 针尖),流速为 1 μL/min,电压为 1.

杨芃原组稿《质谱仪器研制专辑》优秀论文写在祖国大地

  今日,《质谱学报》出版“质谱仪器研制专辑”,本专辑由复旦大学杨芃原教授组织,共有全国十余家重点单位和课题组,发表了关于质谱研制的研究论文和综述。杨芃原教授为该专辑作序题为:质谱技术是国家战略核心技术。  杨芃原在序言中指出:据报道,2019年前三季度,我国高端检验检测设备以进

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展

【摘要】鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质。由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在

中国学者Nature Biotechnology发表蛋白质组学分析新技术

  来自中科院计算技术研究所的研究人员发表了题为“Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine”的文章,公布了新一代开放式搜索算法Open-p

甜蜜而富有挑战性的糖基化蛋白质组学研究

   写在前面的话:对于研究糖基化蛋白质组学的学者们来讲,很多人喜欢用sweet这个词来形容自己的研究课题。我个人也很喜欢这个单词,这是一个让人感到幸福而温暖的词语,会让你对你的课题充满了爱意。但回头想想,当初懵懵懂懂读到研究生,误打误撞进入蛋白质组学圈,好像也就是随大流的主动抑或是被动选择了博士阶

应用LCQ 离子阱质谱仪和Mass Frontier 软件分析药物...(二)

图 3 为三个杂质的推断结构,图 4 为三个杂质测得的同位素分布和推断结构同位素分布的比较,图5 为药物中间体和三个杂质的提取离子色谱图。两个含氯杂质的信号强度是未修饰中间体的0.1%。由于仪器灵敏度和信噪比高,四个化合物可在一次数据相关的二级质谱实验被检测到。动态排除是数据相关采集的又一个特点

乳制品指纹图谱技术介绍

乳制品指纹图谱技术应用情况对于食品行业来说,什么问题都不如安全来得重要。而如果想要知道食用的东西是否安全,产品的来源追溯就显得特别关键。一种可以追溯奶源的新技术——牛奶指纹图谱识别受到了广泛的关注。牛奶指纹图谱识别技术通过光谱分析和精密计算快速准确获取牛奶成分的异常信息,并通过先进的质谱分析准确获取

美分析化学封面文章:MassWorks谱图准确度

   思路生科公司(Cerno Bioscience) 的创始人王永东博士,于2006年发明MassWorks软件,并获得当年Pittcon创新产品大奖。MassWorks运用专利的校正方法,首次在单位质量分辨率质谱(如四极杆GC/MS、LC/MS)上实现了精

TripleTOF™ 5600 系统:高分辨定量和定性一体化分析

  AB SCIEX TripleTOF™ 5600系统在LC/MS/MS 性能上获得创新性突破,独一无二地、在同一平台上集成了全面定性探索、快速全貌解析和高分辨定量的三种工作流程。该系统同时具备以下特点:最高的检测灵敏度,高分辨率,至少5倍以上的高速采集,历经数天采集后仍能保持稳定的1ppm质量准

顶空进样GC/MS测定低浓度VOC

图1  为AMDIS的截屏图片:图a为自来水总离子色谱图,图b为保留时间5.47min时47, 83, 85离子碎片,图c中黑色的质谱图为5.47min的样品峰,而白色的质谱图为NIST谱库中一溴二氯甲烷的标准质谱图,黑色样品质谱图和白色标准质谱图匹配相当好,这就说明自来水

代谢组学全流程解决方案

赛默飞基于其超高分辨的静电场轨道阱(Orbitrap)质谱平台结合其功能强大的软件平台,提供代谢组学全流程解决方案。该方案不仅覆盖从极性代谢物到非极性代谢物的全面检测、峰提取与定量、统计学分析与可视化作图、代谢产物的全面鉴定、代谢通路分析等全流程的要求,而且还整合了从非靶标生物标记物发现到靶标生物标

临床科研篇-嘉宾公开︱2019IVD+医检所高峰论坛

临床科研篇-嘉宾公开︱2019IVD+医检所高峰论坛,6月28-29日,中国杭州2019(第十一届)国际体外诊断产业高峰论坛,IVD产业瞬息变动,新技术推动产业发展,临床协同产业共进。区域共建、质谱技术、质量控制等特点话题讨论。新环境、新突破、新模式,未来IVD产业发展邀您共绘蓝图!2019(第三届

【分享】质谱分析蛋白的原理与方法

   质谱技术具有较好的灵敏度、准确度,能准确测定蛋白质。目前质谱主要测定蛋自质一级结构包括分子量、肽链氨基酸排序及多肽或二硫键数目和位置,在对蛋白质结构分析的研究中占据了重要的地位。[1,2]质谱有进样器、离子源、质量分析器、离子检测器、控制电脑及数据分析系统等组成。传统的质谱仅用于小分子挥发物质

大规模质谱法简介

         目前,研究人员们正在通过各种方法使大规模质谱法变得更有效,而且将这一技术工具缩小化。           大规

SCIEX推出跨SCIEX质谱平台OS 1.4软件,符合21 CFR Part 11规范

——通过增强的数据管理系统来提供改进的工作流效率,以及支持SCIEX质谱系列产品中符合21 CFR Part 11规范的工具  分析测试百科网讯 2018年6月4日,SCIEX公司宣布推出其LC和MS操作系统SCIEX OS软件的新版本,该软件提供了全面的法规遵从性和更新计算算法的新工具并支持大多数

高分辨LTQ-Orbitrap质谱仪应用于完整分子量测定的技术要求

  高分辨LTQ-Orbitrap质谱仪测定完整、切糖、还原后的单抗分子   对于分子量150,000 D的单抗,我们可为你提供与理论值相比误差小于10 ppm的分子量测定结果。此外,我们还可以同样测定脱N-糖后去糖(deglycosylated)抗体分子量,以及还原后轻重链的分子量。测量精确度

高分辨LTQ-Orbitrap质谱仪应用于完整分子量测定的技术要求

  高分辨LTQ-Orbitrap质谱仪测定完整、切糖、还原后的单抗分子   对于分子量150,000 D的单抗,我们可为你提供与理论值相比误差小于10 ppm的分子量测定结果。此外,我们还可以同样测定脱N-糖后去糖(deglycosylated)抗体分子量,以及还原后轻重链的分子量。测量精确度

周晓光:顶级质谱研发专家的回归

  在过去30多年的时间里面,质谱技术飞速发展,成为了分析测试领域中的一个重要支脉。尤其是在1980年代以后,生物学、生物信息学的快速发展,相对应的质谱技术电喷雾离子化(ESI) 和基质辅助激光解吸电离(MAL

质谱仪在临床病原菌感染诊断中的应用

质谱(mass spectrometry)分析是一种测量离子荷质比(电荷-质量比)的分析方法,可用来分析同位素成分、有机物构造及元素成分等。质谱仪最早的临床应用主要在于检测一些生物标记物以帮助诊断癌症和遗传疾病等。20世纪80年代,基质辅助激光解析电离(matrix assisted laser d

质谱仪在临床病原菌感染诊断中的应用

质谱(mass spectrometry)分析是一种测量离子荷质比(电荷-质量比)的分析方法,可用来分析同位素成分、有机物构造及元素成分等。质谱仪最早的临床应用主要在于检测一些生物标记物以帮助诊断癌症和遗传疾病等。20世纪80年代,基质辅助激光解析电离(matrix assisted laser d

临床质谱技术的应用能走多远?

未来五年临床质谱市场将以7.6%的速度增长。根据美国临床实验室协会的数据,美国临床实验室每年对血液、尿液和其他患者样品检测次数超过70亿次。免疫分析一直是临床诊断中应用最广泛的技术,但出于对检测结果精准性等需求,越来越多的实验室开始将质谱作为首选的检测工具。另外,相比于测序技术的预测性质,质谱技术的

质谱技术在临床中的应用

来自SDi的最新报告指出,未来五年临床质谱市场将以7.6%的速度增长。根据美国临床实验室协会的数据,美国临床实验室每年对血液、尿液和其他患者样品检测次数超过70亿次。免疫分析一直是临床诊断中应用最广泛的技术,但出于对检测结果精准性等需求,越来越多的实验室开始将质谱作为首选的检测工具。另外,相比于测序

蛋白质组鉴定技术

如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效,而是因为它们通常耗时、耗