暨大另类质谱鉴定算法策略大幅提高蛋白质组鉴定能力
鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是蛋白质组研究的标准研究方法。从质谱谱图中鉴定蛋白质需要依赖搜库算法,现有许多算法被开发出来，常见的如Andromeda(Maxquant), Mascot, COMPASS, X!Tandem, pFind, InsPecT, ProVerB, Dispec, MassWiz等，算法原理各不相同，各种搜库算法对同一质谱数据的鉴定结果互相存在很大差异，于是研究人员经常会面临“搜库算法哪家强”的纠结。也有一些策略试图在肽段水平上整合各算法的结果，如Scaffold, iProphet等，但效果都很一般。 之所以难以研发有效的整合算法，关键原因之一是所有的搜库算法都会产生一定的假阳性率（FDR），而由于长期以来受限于蛋白质组学技术的精度局限，某一细胞内总共有多少种蛋白质一直就没有标准答案，从而难以准确评价各种方法所带来的FDR，只能毛估，这样一来就存在着很大的不确......阅读全文
暨大另类质谱鉴定算法策略大幅提高蛋白质组鉴定能力
鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是蛋白质组研究的标准研究方法。从质谱谱图中鉴定蛋白质需要依赖搜库算法,现有许多算法被开发出来，常见的如Andromeda(Maxquant), Mascot, COMPASS, X!Tandem, pFind, InsPecT, P
实验室分析技术基于HPLCMS/MS的蛋白质组学技术
基于高效液相色谱串联质谱（HPLC-MS/MS）的蛋白质组学技术的发展主要取决于液相色谱-质谱联用分析设备、样品分离和制备技术、鉴定以及生物信息学。目前，shotgun鸟枪法是最常用的大规模蛋白质鉴定策略。如下图所示，在自下而上分析策略中，蛋白质通过蛋白水解酶水解成肽的混合物，然后通过色谱法或亲和分
蛋白质质谱鉴定技术概述及常见问题
蛋白质（Protein）是生物体中含量最高，功能最重要的生物大分子，存在于所有生物细胞，作为生命的物质基础之一，蛋白质在催化生命体内各种反应进行、调节代谢、抵御外来物质入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用，因此蛋白质也是生命科学中极为重要的研究对象。现代研究结果发现越来越多的多肽同蛋白质一样
鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展
【摘要】鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中，这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切，以肽段为鉴定单元，继而推导真实的样品蛋白质。由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率，而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失，所鉴定的蛋白质难免存在
蛋白质凝胶电泳后或者质谱后怎么鉴定
看你的目的.如果你只是检测目标蛋白大小的话,加上蛋白质marker,考染观察条带大小即可.你要是想知道蛋白质的氨基酸序列的话就去打质谱.话说蛋白质的质谱就是序列分析.
如何判定蛋白质的质谱鉴定结果的差异
1 单个蛋白鉴定1. 用于鉴定纯化的单个蛋白的溶液或粉末，或经过SDS-PAGE（Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）的单个条带或二维电泳的单个点。2. 蛋白酶解成多肽。3. 液相分离多肽，离子化的多肽进入质谱，母离子检
如何判定蛋白质的质谱鉴定结果的差异
1 单个蛋白鉴定1. 用于鉴定纯化的单个蛋白的溶液或粉末，或经过SDS-PAGE（Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）的单个条带或二维电泳的单个点。2. 蛋白酶解成多肽。3. 液相分离多肽，离子化的多肽进入质谱，母离子检
质谱鉴定，常见疑问解答
问题1、一级质谱和二级质谱有什么区别？什么时候做一级，什么时候做二级?答：一级质谱鉴定的方式主要为胎指纹图谱(PMF)，即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并搜库比较实现蛋白质的鉴定；二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合PMF的
质谱检测法与蛋白质分析（二）
传统的和最新的蛋白质组学研究策略虽然到目前为止，还没有一种蛋白质组学研究策略能够对某个蛋白质组进行常规的、完整的分析，但是现在的技术已经非常强大，我们相信，很快就能进行全蛋白质组学研究了。而且，对某个亚蛋白质组（比如某个细胞器或亚细胞结构的蛋白质组）进行研究早就已经不是什么难题了，这已经成为了一种常
暨大研发另类质谱鉴定算法，大幅提高蛋白质组鉴定能力
暨南大学的研究人员利用翻译组测序(RNC-seq)数据作为稳态细胞内蛋白质的“标准答案”，并另辟蹊径，提出了蛋白水平上的一种简单有效的多算法结果整合策略，不用做额外的实验，零成本轻松提高蛋白质组鉴定数量，同时有效降低假阳性率。 鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是
质谱仪
最近又有几项有关质谱仪的最新进展问世，这些新成果的出现又给我们的生物大分子研究工作补充了“弹药”。在蛋白质测序方面，基于碰撞诱导裂解技术（CID），又新出现了可变裂解技术（Alternate fragmentation technique），该新技术是基于处在碰撞池中的离子具有的电子传递特性开发出来
蛋白质质谱测序
蛋白质谱一般来讲是用来对某个蛋白质进行鉴定的方法而蛋白质测序实际上就是检测蛋白质的多肽链数目，不一定要用到质谱技术简单说，蛋白质测序的方法有很多，一般是在构建完成后，通过测序来对比之前的预测的序列是否正确。而质谱检测一般是用在蛋白质表达纯化完成后，用来鉴定是否是最初设计的那个蛋白。
利用纳升级液相色谱－串联质谱进行蛋白质鉴定实验
实验材料:修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒:消化缓冲液 萃取液
利用纳升级液相色谱－－串联质谱进行蛋白质鉴定实验
实验材料 修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒 消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材 多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤 3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取（一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE，2D-PAGE，BN-PAGE 电泳（经考马斯亮蓝
利用纳升级液相色谱－串联质谱进行蛋白质鉴定实验
实验材料修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取（一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE，2D-PAGE，BN-PAGE 电泳（经考马斯亮蓝 G-250
质谱检测法如何进行蛋白质分析？
MS/MS操作模式 串联质谱仪通常使用的都是离子模式来鉴定蛋白质的氨基酸序列。目前所有的MS/MS质谱仪都具有该功能。不过其它特殊的质谱仪也具有MS/MS功能。如果要发现蛋白质中的某个功能基团则需要用到母离子扫描功能或者中性丢失扫描功能，而这就必须用到三重四级杆质谱仪，如Q-Q-Q质谱仪，或四
质谱检测法与蛋白质分析（三）
Protein(s)：待测蛋白质样品;Enz. Digestion：酶解;Pep. Mixture：裂解产物混合物; MS Analysis：质谱检测分析;DB Search：数据库比对搜索;Identities：鉴定; Prot.DB ：蛋白质数据库;Proteom
蛋白质化学交联结合质谱鉴定技术取得新进展
3月8日，国际著名期刊《eLife》在线发表了北京协和医学院、北京生命科学研究所（NIBS）、北京大学和清华大学等处的一项最新成果，题为 “Trifunctional cross-linker for mapping protein-protein interaction networks an
质谱鉴定微生物的原理
在应用MALDI-TOF MS时，通常将微生物样本与一种饱和的低分子量无机化合物溶液（称为基质）进行混合加在靶板上，待干后样本与基质共结晶后形成了以基质包裹构架的样本固体沉淀。样本基质结晶体经激光辐射，基质从激光中吸收能量使样品吸附，基质与样品之间发生电荷转移使得样品分子电离，离子在加速电场下获
蛋白鉴定方法之质谱相关技术
质谱已成为连接蛋白质与基因的重要技术，开启了大规模自动化的蛋白质鉴定之门。 用来分析蛋白质或多肽的质谱有两个主要的部分，1）样品入机的离子源，2）测量被介入离子的分子量的装置。 首先是基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）为一脉冲式的离子化技术。 它从固相标本中产生离子，并在飞
质谱检测法与蛋白质分析（二）
离子回旋加速器与轨道离子阱质谱仪 随着功能强大的带有外部离子源的傅里叶变换-离子回旋加速器(FT-ICR)质谱仪的出现以及商业化，我们在质谱仪的分辨率与准确性方面取得了质的飞跃。有了这种新型的质谱仪，我们现在可以对ppm级乃至亚ppm级的样品进行分析了。该质谱仪的高分辨率特性不仅提高了数
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
蛋白质质谱鉴定技术概述及常见问题解决方法
蛋白质（Protein）是生物体中含量最高，功能最重要的生物大分子，存在于所有生物细胞，作为生命的物质基础之一，蛋白质在催化生命体内各种反应进行、调节代谢、抵御外来物质入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用，因此蛋白质也是生命科学中极为重要的研究对象。 现代研究结果发现越来越多的多肽
质谱鉴定常见问题解答
1. 一级质谱和二级质谱有什么区别？什么时候做一级，什么时候做二级？ 答：一级质谱鉴定的方式主要指胎指纹图谱（PMF），即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并搜库比较实现蛋白质的鉴定，二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合PMF
质谱鉴定常见问题解答
1. 一级质谱和二级质谱有什么区别？什么时候做一级，什么时候做二级？ 答：一级质谱鉴定的方式主要指胎指纹图谱（PMF），即利用质谱仪精确测量酶解片段的分子量并搜库比较实现蛋白质的鉴定，二级质谱是在一级质谱的基础上再选择部分肽段做进一步的破碎并对碎片进行深入分析和比较，鉴定出该肽段的序列并结合
SCIEX－质谱数据审计追踪（Audit－Trail）的策略
分析测试百科网讯 2015年10月18日，第42期质谱沙龙在北京朝阳医院举行。活动由首都医科大学附属北京朝阳医院和SCIEX 公司主办，分析测试百科网协办。本次沙龙活动的主题是质谱技术在医院临床药学科研中的应用，吸引了质谱领域的专家学者、一线工作者近50人参加此次活动。SCIEX公司资
布鲁克推出－timsTOF－Pro质谱仪
[导读] 2017年9月18日，在第十六届人类蛋白质组学年度世界大会(HUPO)上，Bruker推出了用于PASEF质谱的timsTOF Pro系统。该质谱采用了专有捕获离子迁移谱(TIMS)技术，能实现更高速度、更高灵敏、更强大的鸟枪法蛋白质组学分析，具有出色的单次肽和蛋白质鉴定性能。
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人
我所发表功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略综述
近日，我所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授团队合作，发表了功能蛋白质复合物发现和结构表征质谱策略的综述文章。 功能蛋白复合物的发现和结构—功能表征研究在理解和干预生物学过程中发挥着至关重要的作用。亲和纯化质谱（AP-MS）是发现功
“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术
1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称