“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不能提供足够的信息来进行准确映射时，研究人员可能会遇到问题，这被称为参照偏差。由UCSC生物分子工程副教授本尼迪克特·帕特恩领导的一组科学家发布了一个工具包，允许研究人员将个人的RNA数据映射到一个更丰富的参照物上，解决参考信息的偏差，并带来更准确的映射。 研究人员表示，泛基因组和转录组的结合在此前从未真正完成过，这是第一次有人尝试将泛基因组作为RNA测序图谱的标准特征。该工具将帮助世界各地致力于通过RNA测序分析了解基因表达的研究人员。 “有了这个工具包，我们正在利用从泛基因组获得的更多样化的数据来改进基因表达数据的测量，这一点......阅读全文
双RNA测序技术
在发表于《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中， 由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。该研究小组描绘了他们的技术、该技术如何更多地帮助了解细菌感染机制，以及在研究中获得的重要发现
环状 RNA 测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
核糖核酸（RNA）测序
RNA在细胞中的稳定性较差，在实验中也更容易受到核酸酶的攻击。因为RNA是由DNA转录产生的，所以信息已经存在于细胞的DNA中。然而，有时也需要对RNA分子进行测序。虽然DNA测序给出了生物体的遗传图谱，但RNA测序却反映了细胞中活跃表达的序列。为了给RNA测序，通常的方法是首先对从样品中提取的
“RNA测序”通用模板新突破
通过检测血液或尿液中少量的RNA来诊断或治疗疾病是一个新兴领域。随着技术的进步，研究人员可以对RNA片段进行测序，但不同的人使用不同的方法来测序RNA，有时会得到不同的结果，这是影响成功的一个重大障碍，使得此领域很难取得进展。近来，密歇根大学Tewari教授的实验室领导了美国和荷兰的9个实验室
单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
Nature Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
RNA测序发现杂交蝉遗传证据
据英国《通讯·生物学》杂志近日发表的一项动物学研究，日本科学家通过RNA测序，出乎意料地发现了13年蝉与近亲17年蝉杂交的遗传证据，而这两种蝉至少221年才相遇一次。研究显示，杂交蝉在极其漫长时间里都维持了各自不同的生命周期，目前科学家无法就这种平行趋异演化给出遗传学解释。长期以来，周期蝉的生命
单核RNA测序的芯片现已上市
高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼，相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片，可实现高通量的单核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的张锋（Feng
RNA测序，真的有那么准确吗？
RNA测序是遗传学家工具箱中的一种常用工具。利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。由于在药物发现、疾病诊断和基因鉴定中具有潜在作用，RNA测序的应用似乎无极限。RNA测序的准确性早在2014年，《Nature Biotech
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA
RNA-Seq和线粒体测序介绍
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。尽管NGS取得了诸多进步，但依然存在一些重大的挑战。日前，牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，同时也阐述了跨越这些障碍的技术
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
NASA首次在太空完成RNA直接测序
去年底，美国宇航员在国际空间站首次完成了DNA测序，而不用将样本运送回地球。如今，他们又利用Oxford Nanopore的MinION测序仪，在太空成功完成了RNA直接测序。 这项工作是基于前人的努力。2016年8月，美国宇航员Kate Rubins首次在微重力的环境下完成了DNA测序工作。
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
长链非编码 RNA 测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
RNA测序深入了解疱疹病毒
近日，发表在《Nature Communications》上的一项研究中，研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒，为预防疱疹感染带来了新的见解。 如果你的嘴唇开始刺痛发痒，通常意味着你将患上唇疱疹，这是一种小而令人疼痛的水泡，里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒（HSV）。 单纯疱疹
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
Nature：5种RNA测序法终极PK
近日，美国哈佛大学与麻省理工学院的研究人员，将5种不同的转录组测序( RNA -seq )法进行了对比，比较结果显示 RNAse H 技术在分析低质 RNA 样品方面优于其他技术，且价格最为便宜; SMART 和 NuGEN 法适应于分析少量 RNA 。两篇研究论文在线发表在5月19日的
一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术...-2
（二）云序客户m6A RNA甲基化修饰表达谱，一次测序两篇文章疾病：胃癌样品：胃癌组织vs癌旁组织（6 vs 6）研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq4. m6A修饰对其修饰基因在胃癌中的异常表达及预后的潜在影响发表杂志：Frontiers in Genetics影响因子：3.258
一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术...-1
一次RNA甲基化测序的多项成果-云序RNA甲基化测序技术大公开文章导读RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程，目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac
应用Arraystar ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC
应用Arraystar ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结
应用Arraystar ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
Science公布单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationthe
Nature：史上最大型RNA测序研究成果
来自日内瓦大学医学院的研究人员领导一个欧洲科学家小组，发布了一张人类功能性遗传变异的综合图谱。这一研究发表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上，提供了有史以来RNA水平上最大的人类基因组与基因活性关联数据集。 了解每
计算小RNA分子的单细胞测序新法
最近，卡罗林斯卡学院的研究人员开发出了一种单细胞程序，测量了单个胚胎干细胞中短的非编码RNA序列的绝对数量。这种新方法可以加深我们对于“基因是如何被调节、不同的细胞类型如何发展”的理解。相关研究结果发表在10月31日的《Nature Biotechnology》。当我们基因中的信息被使用时――例如构
Nature发布突破性双RNA测序技术
由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。 在发表于《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这一研究小组描绘了他们的技术，为什么这一技术对于更多地了解细菌感染机制非常有用，以及在研究中获
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环