科学家证实串联模型存在缺陷
由哈佛大学博士、沈阳师范大学兼职教授伍少远领导的研究小组采用大规模基因组数据，首次证实目前在系统发育以及比较基因组研究领域广泛应用的串联分析模型具有内在缺陷，不适用于基因组数据分析，并提出了多物种溯祖模型，为解决哺乳动物系统发育关系提供了一个可靠的物种树。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。 伍少远告诉记者，随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展，大规模基因组数据在生命科学以及医学研究中变得日益重要。但是，由于基因组数据的高度复杂性，分析和处理这些数据充满了困难和挑战。这就要求重新审视传统分析方法和模型对此类数据的适用性，并发展和验证相应的新型分析方法。 据了解，迄今为止，系统发育生物学研究主要采用串联分析方法，即把不同来源的基因位点序列串联起来，组成一个超级矩阵来构建基因树，并认为基因树与物种树具有一致的拓扑结构。但近年来的实验数据表明，基因树的拓扑结构往往具有高度的异质性，并能导致与物种树的冲突。长久......阅读全文
多国实施全基因组分析计划
由于基因测序可以探查与特定疾病相关的基因，该疗法正在成为日益受欢迎的诊断方法。 英国计划到2017年对10万人进行基因组测序。 美国加州一对龙凤胎出生后，他们的父母非常忧虑：两个婴儿不仅发育缓慢，而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示，男婴或存在大脑性麻痹；然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不
全基因组分析方法创新，人类百万年前的群体秘密被发现！
9月1日，《科学》（Science）在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所李海鹏研究组与华东师范大学脑功能基因组学研究所潘逸萱研究组合作撰写的题为Genomic inference of a severe human bottleneck during the Early to Middle
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组
基因组图谱的方法和意义
中文名称基因组图谱英文名称genomic map定 义展示一种生物全基因组结构的图谱。按建立图谱的研究目的方法和精细程度，可以有不同的形式，包括以遗传学方法建立的遗传连锁图谱，按距离绘出基因位置分布的物理图谱，经测定核酸序列建立的核苷酸序列图谱，以及标记出可表达序列的转录图谱等。应用学科生物化学与
细菌基因组DNA提取方法综述
细菌基因组DNA的提取方法综述，提供了5种方法。 1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中，12000rpm离心1min, 丢去上清夜，收集菌体。B.加入400ul裂解液（40mMTris-醋酸，20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8）混匀,置于37oC水浴1hr
哺乳动物细胞中进行RNA干扰:设计，实验和分析siRNA效应
转录后基因沉默，也称为RNA干扰，是指双链RNA分子阻断或者降低同源基因的表达的现象。这种现象可能是作为一种抑制病毒感染和转座子跳跃的细胞防御机制(Ketting et. al., 1999; Tabara et. al., 1999; Jensenet. al., 1999; Ratcliff
宏基因组研究新突破，复旦最新研究发Nature
近年来伪狂犬、猴痘等病毒从动物向人类外溢引发新发传染病甚至全球大流行的频率正在显著增加如何精准预测和预报动物源新发传染病是关系绿色健康养殖与公共卫生防控的重要科学问题复旦大学公共卫生学院粟硕教授团队与合作者运用前沿交叉研究方法揭示多种哺乳动物宏基因组数据中的病毒基因组组成、生态学特征与跨物种传播规律
群体基因组分析发表Nature子刊
脂肪有着顺滑的口感，香甜的味道和充足的饱腹感，很多动物对脂肪都垂涎三尺，人类也不例外。但是，我们知道摄入脂肪太多会影响心血管健康，所以对冰淇淋和油炸食品等富含脂肪的食物需要浅尝而止。可是，总有些人无论吃多少高脂肪的食物，也不会得心血管疾病。为什么呢？ 研究人员找到了罗伯塔莫斯（Mylopota
法国拟建高速基因组测序分析平台
法国总理菲利普17日在巴黎宣布，法国在法兰西岛大区（又称“巴黎大区”）和中部奥弗涅—罗讷—阿尔卑斯大区启动建设两个高速基因组测序分析平台，以推动法国基因组相关研究的发展。 法国政府去年6月提出“法国基因组医学2025”计划，这两个基因组测序分析平台的建设就隶属该计划，预计将于2018年正式开始
编程菜鸟的理想基因组分析平台
近年来基因组测序技术出现了迅猛的发展，测序通量在不断地提高，而测序成本在持续下降。然而，海量测序数据的产生也给数据分析带来了不小的挑战。 对于那些毫无编程背景的生物学研究者来说，衔接多个生物信息学工具是一件相当头疼的事情。加州大学、Broad研究所和斯坦福大学的研究团队日前在Nature Me
基因组数据分析的“金标准”
五月十八日，美国安大略癌症研究所、俄勒冈健康与科学大学、赛智生物网络（Sage Bionetworks）、分布式DREAM 团体(Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods)和加州大学圣克鲁兹分校的癌症研究人员，在《Nature M
宏基因组分析和诊断技术概述
近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，种类增多，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物已成为全球关注的焦点。感染是急危重症患者死亡的主要原因之一，随着新发病原微生物的出现、耐药病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的发病率和死亡率居高不下。据WHO统计，在全球，感染性疾病导至患者死亡占全部死
哺乳动物可通过肠道吸氧
近日，美国辛辛那提儿童医院研究人员证明，通过直肠提供氧气或含氧液体，能够帮助小鼠等实验动物在低氧条件下存活。研究人员认为，该方法可能提供一个挽救呼吸衰竭的危重患者的新范式。相关研究结果发表于5月14日《医学》。 未参与该研究的美国科罗拉多大学胃肠病学家Sean Colgan表示：“这看起来
哺乳动物组织的匀浆实验
实验方法原理 对于细胞内蛋白的纯化和特性分析，重要的是选择一种有效的方法来破碎细胞或组织，使蛋白迅速地从胞内相对隔离的空间中释放到缓冲液中，而该缓冲液应对所研究的蛋白的生物活性没有影响。广泛使用的破碎软组织的方法之一是匀浆。蛋白酶从其他的细胞区隔中释放出来的风险很小。可以通过在匀浆缓冲液中加人蛋白酶
哺乳动物－DNA－的快速分离
实验方法原理 根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 kb，适于作 PCR 反应的模板。DNA 产量在 0.5 到 3.0 μg/mg 组织之间变化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。实验材料 无 DNase 的 RNase蛋白酶 K哺乳动物组织或全血试剂、试剂盒 细胞裂解缓冲液乙
航运激增威胁北极哺乳动物
研究人员希望，他们的发现将促成破坏性更小的航线。图片来源：PNAS 对于鲸和北极熊来说，融化的海冰绝不仅仅意味着简单的栖息地丧失。一项最新研究表明，开放水域季节变长导致的北极航运量剧增，可能使在北极栖息的众多海洋哺乳动物处于危险境地。 随着夏季海冰覆盖量减少，诸如西北航道等航线在较温
哺乳动物组织的匀浆实验
基本方案 附加方案：从组织匀浆液中去除黏蛋白 实验方法原理 对于细胞内蛋白的纯化和特性分析，重要的是选择一种有效的方法来破碎细胞或组织，使蛋白迅速地
哺乳动物－DNA－的快速分离
实验方法原理 根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 kb，适于作 PCR 反应的模板。DNA 产量在 0.5 到 3.0 μg/mg 组织之间变化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。
哺乳动物－DNA－的快速分离
根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 kb，适于作 PCR 反应的模板。DNA 产量在 0.5 到 3.0 μg/mg 组织之间变化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 k
研究发现夜行和穴居哺乳动物拥有更多V1R基因
通过位于犁鼻器中的信息素一型受体，哺乳动物可以感受来自物种内其他个体所传递的信息，从而引起种内不同成员之间社会和性的行为。信息素一型受体是由V1R基因超家族编码的。过去几年中，中国科学院昆明动物研究所张亚平院士和“百人计划”入选者施鹏研究员等研究人员通过进化基因组学的方法对该基因超
基因组测序的方法和临床应用
基因组测序主要有两种方法 鸟枪法 和克隆重叠群法。临床全外显子测序是针对人类全部基因的外显子进行检测，适用于一些难以判断病因的复杂遗传病的诊断，是一种常用的基因组测序方法。
提取基因组DNA的方法有哪些
1、苯酚氯仿抽提法优点是采用了实验室常见的试剂和药品，做起来成本比较低廉。缺点是由于使用了苯酚、氯仿等试剂，毒性较大，长时间操作对人员健康有较大影响，而且核酸的回收率较低，损失量较大，由于操作体系大，不同实验人员操作重复性差，不利于保护RNA，很难进行微量化的操作。 2、离心柱法离心柱法DNA提取它
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
基因组重排的重组方法介绍
基因组重排技术大致的过程可分为突变体库的构建、原生质体融合与融合子筛选、递归原生质体融合三个基本环节。首先需要对常规的菌种进行传统诱变从而建立突变体库,诱变的方式有紫外诱变、X射线诱变、化学诱变剂诱变等,其诱变依然有其不定向性。因此要在此基础上筛选拥有较优良性状的菌株构建突变体库。接下来是原生质体的
研究开发出酵母泛基因组数字模型与代谢网络分析方法
近日，中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作，在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据，构建了高覆盖度的酿酒酵母泛基因组及菌株特异性代谢模型，系统解析了酵母通过基因组精简与代谢重编程适应多样化环境的分
研究开发出酵母泛基因组数字模型与代谢网络分析方法
近日，中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作，在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据，构建了高覆盖度的酿酒酵母泛基因组及菌株特异性代谢模型，系统解析了酵母通过基因组精简与代谢重编程适应多样化环境的分子机
基因组印记
这是根据我写的一个PPT摘录的，希望能有朋友讨论这方面的问题。并拓宽这个领域，讨论epigenetics更广泛的问题。毕竟epigenetics是现在动物功能基因组研究的主流和一个重要方向。1. 印迹基因的概念及重要意义概念:基因组印迹是特指来源于亲本的等位基因进行不对称后成修饰后而导致的单等位基因
基因组所参与的人类全基因组关联分析合作研究获重要进展
与血小板数量相关的GWAS SNP与222 kb 以外的JAK2基因相关联 日前，中科院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室“百人计划”方向东研究员项目组助理研究员渠鸿竹博士等参与开展的国际合作研究“人类疾病全基因组关联分析研究”获得重大进展。相关研究成果Systema
只需100个细胞的表观基因组分析
近年来，表观遗传学已经成为了干细胞分化、炎症、癌症等多个领域的研究热点，但它在临床上的潜力还未得到充分挖掘。表观基因组分析可以帮助医生根据患者的自身状态调整治疗方案，最终实现个性化医疗。问题在于，表观基因组分析需要的细胞量很大。举例来说，检测全基因组的蛋白-DNA互作和染色质修饰大约需要一千万细