PNAS最新介绍测序组装染色体技术
你有没有试过在不知道最终图案的情况下玩拼图游戏?这正是一些基因组研究人员在尝试通过新一代DNA测序数据，拼接成染色体时所面临的同样问题。这些染色体能提供基因组组织和结构变异方面的信息，有助于解析进化历史。为了能拼凑出这些染色体来，科学家们可以通过物理或者遗传图谱完成，但是对于许多物种而言，这种指导性的图谱并不存在。 不过现在，一组来自美国伊利诺伊大学的研究人员开发出了一种新方法，能在没有任何已有物理或遗传图谱的情况下，预测出物种染色体的相应组装。这种方法被称为辅助染色体组装(reference-assisted chromosome assembly，RACA，生物通译)，其工作原理就是比较基因组信息和双末端序列信息。 “我们设计的这种方法靶向基因组，或者说是基因组保守性，尝试将其进一步融入到进化背景中去，”文章的通讯作者，伊利诺斯大学生物工程系助理教授马健(Jian Ma，音译)解释道，“这样就能分析出......阅读全文
浙江大学特聘教授参与发表Nature封面文章
来自国际大麦测序联盟(IBSC)的研究人员公布了大麦基因组精细图谱研究重大研究成果：深入分析大麦麦芽品质相关基因，明确了大麦麦芽品质相关基因的结构变异，为高品质大麦育种指明了方向，这项研究对大麦种质资源利用及相关基因的克隆和鉴定工作都具有重要意义。 这一研究成果公布在4月26日的Nature杂
我国科研团队发布水稻完整参考基因组
水稻是重要的粮食作物，其基因组组装对水稻育种意义重大。23日，记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要
突破性进展：如何追踪抗生素耐药细菌抗性基因的来源？
根据世界卫生组织（WHO）报道，“抗抑菌剂基因的出现对于由细菌、寄生虫、病毒及真菌所引起的感染疾病的预防与治疗带来了很大的挑战，在后抗生素时代，看似普通的感染有可能扼杀一条生命不再是不切实际的幻想，而正逐渐变为现实”。 通常抗抑菌剂基因的获得是由细菌内可动遗传因子元件介导的致病菌间或者是致
首个草莓完整基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494423.shtm草莓是蔷薇科植物，在世界范围内被广泛栽植。其约有25个种，倍性十分丰富，从二倍体到十倍体均有。森林草莓作为草莓二倍体模式种，有很大的研究价值。2018年GigaScience发表了利用
染色体水平冬瓜参考基因组发布
近日，广东省农业科学院蔬菜研究所发布了染色体水平冬瓜参考基因组。相关研究发表于Scientific Data，广东省农业科学院蔬菜研究所副研究员罗文龙和副研究员闫晋强为该论文共同第一作者，广东省农业科学院蔬菜研究所研究员江彪为通讯作者。广东省农业科学院蔬菜研究所于2019年对黑皮大冬瓜B227进行基
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
－Nature等三篇论文发布SMRT测序技术新应用成果
Pacific Biosciences公司近日风光无限，发布了新系统，带动股价大涨。同时，它的单分子实时（SMRT）测序技术也助力了多个植物和动物基因组的研究。这些成果近期发表在多个期刊上，展现了SMRT测序的独特魅力。 最新一期的《Nature》杂志发表了Oropetium thomaeum
单分子测序推动复杂动植物的研究
Pacific Biosciences公司近日风光无限，发布了新系统，带动股价大涨。同时，它的单分子实时（SMRT）测序技术也助力了多个植物和动物基因组的研究。这些成果近期发表在多个期刊上，展现了SMRT测序的独特魅力。 最新一期的《Nature》杂志发表了Oropetium thomaeum
香港中文大学等解析全球首个野生大豆高质量参考基因组
香港中文大学林汉明团队和华大基因等多家机构合作，完成全球首个野生大豆高质量参考基因组解析。该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要依据。相关成果近日在线发表于《自然—通讯》。 “大豆的基因组含有大量重复区，组装时困难重重。我们整合了几种最新测序方法产生大量数据，才最终把问
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
肌动蛋白丝的组装和去组装的调节
微丝的组装和去组装受到细胞质内多种蛋白的调节，这些蛋白能结合到微丝上，影响其组装去组装速度，被称之为微丝结合蛋白（association protein）。 微丝的组装先需要“核化”（nucleation），即几个单体首先聚合，其它单体再与之结合成更大的多聚体。Arp复合体（Actin rel
人类科学的又一大步：纳米技术完全测序人类X染色体
人类基因组计划启动于1990年，如今已匆匆过去30年光景。从2000年人类基因组草图宣告完成后的二十年间，人类参考基因组不断更新迭代。即便如此，其中依然存在数以百计的空缺，尚无一条染色体被真正完成 [1]。 如今，科学家首次完成了一条 “从头到尾” 真正完整的人类染色体测序。7月14日，《自然
科学家揭示珊瑚礁鱼类粒突箱鲀适应性演化机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498059.shtm近日，南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）魏辅文院士团队研究利用三代HiFi结合Hi-C测序技术，首次获得了箱鲀科鱼类的染色体级别基因组，并探讨箱鲀骨板和箱鲀毒素这两个箱鲀科鱼类极具
小叶茶染色体级别基因组图谱联合研究成果首次完成
近日，生物学预印本服务器（www.biorxiv.org）在线发表了中美科学家联合研究团队的最新成果，该团队采用单分子实时测序（SMRT）和 Hi-C技术，在20多个代表性小叶茶品种中选用杂合度较低的小叶茶良种“碧云”，将组装获得的约2.85Gb 的基因组序列挂载到了15 条假染色体上，在国际上
Nature子刊：“五谷”之一重要作物糜子的高质量基因组组装
糜子是起源于中国的古老作物，相关文献报道糜子在中国已经有超过1万年的栽培历史，是少数最古老的农作物之一。糜子是中国传统“五谷”中的一种。古代文献中出现的黍和稷分别为糥性和非糯性的糜子，在中华农耕文化中具有重要地位。同时，糜子具有较短的生长周期以及极强的非生物胁迫抗性，也是典型C4高光效作物。然而
Chem－Soc－Rev综述酿酒酵母染色体人工合成的技术和方法
DNA测序技术的迅猛发展，使得我们可以比以往任何时候都更加方便地“阅读”生物体的遗传编码序列，但是很多复杂生命信息很难单纯通过DNA测序获知，如果能够人工合成染色体，实现DNA认知从“阅读时代”到“书写时代”的转变，将有助于对复杂生命现象的理解。近日Chem Soc Rev杂志刊登了天津大学元英
海洋所完成凡纳滨对虾基因组并构建高密度遗传连锁图谱
近日，中国科学院海洋研究所海洋动物生殖与遗传工程课题组利用高通量测序技术，对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查（Survey）分析，并在此基础上成功构建全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。 基因组探查（Survey）分析结果显示，凡纳滨对虾基因组中重复序列和杂合度比例均很高，其高复杂度使得国际
纳米孔测序首次实现1－Mb的读长
高通量测序的产量让人惊叹不已，但读长却屡屡遭人诟病。不过，从100 bp到1 kb，读长始终在进步。近日，测序界传来了一个激动人心的消息，澳大利亚Garvan研究所的研究人员利用Oxford Nanopore测序技术实现了> 1 Mb的读长，这堪称测序历史上的一个里程碑。 Kinghorn临床
与染色体微阵列相比－测序更应作为儿童遗传病诊断工具
目前，染色体微阵列被推荐用于某些遗传疾病的儿童的一线基因组检测。然而，近年来，全基因组测序和全外显子组测序已经成为更常见的检测方法。 在疑似遗传性疾病患儿中建立病因诊断，对于及时实施精准医疗和最佳诊疗结果至关重要，特别是在指导重大的临床决策方面。目前除了少数遗传性疾病（如染色体非整倍体）在出生
！单细胞测序的”CPU－2.0”时代
对单个人类细胞的基因组进行准确的变异检测和大范围单倍体型分析一直以来都是测序领域的巅峰挑战。单细胞测序使我们能在更高的分辨率下研究生命的机制。一方面，在像癌症这样的组织样本中存在大量具有不同基因组类型的单个细胞,因此需要分析单细胞水平基因组而不是大量细胞的平均值；另一方面，对于非常珍贵的细胞样品
藏羚羊低氧适应有“遗传基础”
近期，青海大学教授格日力和他的团队与相关单位合作发现了与低氧代谢相关的基因存在趋同进化现象，找到了破解高原动物是否存在与低氧代谢相关的基因这一高原医学国际谜团的关键证据，这一发现在世界上属首次。 5月14日，世界顶级学刊，英国《自然》系列刊物《自然通讯》发布了格日力团队这一
2018年基因组测序盘点——各种新鲜的植物
作为人类的主要食物，植物在我们的生活中扮演着重要角色。然而，由于植物基因组比较大，表现出多种倍性，还存在着大量的重复区域，故植物基因组的测序工作一直进展缓慢。 如今，得益于新型的测序技术，比如PacBio和Oxford Nanopore的长读长测序技术，许多植物在2018年收获了基因组，或者说
作物基因组学研究进展
摘要：农作物基因组学研究的发展，对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展，已经实现对重要农作物，如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序，在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了２０１７年度主要农作物基因组
PCBA组装流程设计和表面组装元器件的封装形式（二）
三、片式元件类封装片式元件类一般是指形状规则、两引出端的片式元件，主要有片式电阻、片式电容和片式电感，如图7所示。图7 片式元件类常见封装1．耐焊接性根据PCBA组装可能的最大焊接次数以及IPC／J－STD－020的有关要求，一般片式元件具备以下的耐焊接性：1）有铅工艺（1）能够承受5次标准有铅再流
PCBA组装流程设计和表面组装元器件的封装形式（三）
0603及以上尺寸的封装工艺性良好，正常工艺条件下，很少有焊接问题；0402及以下尺寸的封装，工艺性稍差，一般容易出现立碑、翻转等不良现象。四、J形引脚类封装J形引脚类封装（J－lead），是SMT早期出现的一类封装形式，包括SOJ、PLCCR、PLCC，如图8所示。图8 J形引脚类常见封装1．耐焊
PCBA组装流程设计和表面组装元器件的封装形式（一）
一、PCBA组装流程设计1．全SMD布局设计随着元器件封装技术的发展，基本上各类元器件都可以用表面组装封装，因此，尽可能采用全SMD设计，有利于简化工艺和提高组装密度。根据元器件数量以及设计要求，可以设计为单面全SMD或双面全SMD布局（见图1）。图1双面SMD布局设计对于双面全SMD布局，布局在底
PCBA组装流程设计和表面组装元器件的封装形式（四）
六、BGA类封装BGA类封装（Ball Grid Array），按其结构划分，主要有塑封BGA（P－BGA）、倒装BGA（F－BGA）、载带BGA（T－BGA）和陶瓷BGA（C－BGA）四大类，如图10所示。图10 BGA类的封装形式（1）BGA引脚（焊球）位于封装体下，肉眼无法直接观察到焊接情况，
多种测序技术成就高质量的蚊子基因组
提起蚊子，相信大家没有爱只有恨吧。这种恼人的生物不仅会吵得你睡不好觉，还会传播多种疾病。每年全球大约有4亿人感染由埃及伊蚊（Aedes aegypti）传播的病毒，包括登革热、黄热病、寨卡和基孔肯雅病毒。 为了更好地了解蚊子背后的生物学，并开发消灭蚊子的工具，由洛克菲勒大学领导的国际研究团队本
北大汤富酬团队首次在单细胞水平上从头组装人类基因组
基因组组装受益于具有更高准确性和更高连续性的长读长测序技术。然而，大多数人类基因组组装需要来自同质细胞系的大量 DNA，而不会保持细胞异质性，因为细胞异质性会严重影响单倍型组装结果。 2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在Nucleic Acids Research （IF=19）在线发表