PNAS最新介绍测序组装染色体技术
你有没有试过在不知道最终图案的情况下玩拼图游戏?这正是一些基因组研究人员在尝试通过新一代DNA测序数据，拼接成染色体时所面临的同样问题。这些染色体能提供基因组组织和结构变异方面的信息，有助于解析进化历史。为了能拼凑出这些染色体来，科学家们可以通过物理或者遗传图谱完成，但是对于许多物种而言，这种指导性的图谱并不存在。 不过现在，一组来自美国伊利诺伊大学的研究人员开发出了一种新方法，能在没有任何已有物理或遗传图谱的情况下，预测出物种染色体的相应组装。这种方法被称为辅助染色体组装(reference-assisted chromosome assembly，RACA，生物通译)，其工作原理就是比较基因组信息和双末端序列信息。 “我们设计的这种方法靶向基因组，或者说是基因组保守性，尝试将其进一步融入到进化背景中去，”文章的通讯作者，伊利诺斯大学生物工程系助理教授马健(Jian Ma，音译)解释道，“这样就能分析出......阅读全文
科学团队研究组装无患子染色体级别高质量基因组
近日，中国林业科学研究院亚热带林业研究所林木种质资源研究团队在《经济作物和产品》（Industrial Crops & Products）上发表了研究论文。该研究组装了无患子的染色体级别高质量基因组，分析挖掘了油脂合成候选基因，开发验证了一套特异分子标记，为无患子基因组学研究和种质遗传改良及鉴定评价
Cell：染色体水平油松基因组组装和甲基化研究取得进展
近期，北京林业大学生物科学与技术学院联合安诺优达在国际知名期刊Cell（IF：41.582）在线发表了题为“The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution”的研究文章，研究者对油松进行了
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
简述全基因组测序的技术路线
全基因组测序的技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行DNA簇（Cluster）制备，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通
一个与人类癌症等疾病相关的区域竟然被科学家忽视15年
15年前，科学家宣布，人类基因组图谱绘制完成。但我很遗憾地告诉各位，这不是事实。 如果你曾被误导，那是因为长期以来，很多科学家自身也忽视了人类DNA中最后几个未组装的区域，它们主要由看起来不像基因的短回文重复序列组成。 “这片巨大的空白仍然存在。”加州大学圣克鲁兹分校的基因组研究员卡
Nature：借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组
国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在本期的Nature上发表了一项新的研究，对一名韩国人的基因组（AK1）进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止
我国学者采用混合组装策略和软件技术大幅降低测序深度
近日，中国科学院昆明动物研究所张亚平院士和马占山研究员领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在 Nature Biotechnology（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人类基
中国科学家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装
近日，记者从中国科学院海洋研究所获悉，我国科学家正式完成仿刺参基因组测序和组装，这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，对我国刺参产业发展将产生重要推动作用。 据了解，该项研究得到了国家科技部973 、863计划，国家基金委，中国科学院和山东省科技厅、青岛市
PacBio发布目前最连续的二倍体人类基因组组装
图片来源于网络 Pacific Biosciences公司本周一宣布，它已经产生了到目前为止最连续的单个人二倍体人类基因组组装，表示遗传自父母双方的46条染色体的DNA序列近乎完整。 此次使用的样本来自一名波多黎各的女性，她参与了之前的群体遗传学研究，如千人基因组计划。基因组测序在PacBio的
我国科学家发布海带高质量染色体水平参考基因组
近日，中国科学院海洋研究所海藻种质库团队在大型海藻基因组学研究方面取得重要突破，成功构建了海带的高质量染色体水平参考基因组。该成果发表在国际期刊《科学数据》。这是该团队在海洋经济藻类基因组研究领域取得的又一重要成果，为海带的遗传改良和基因组学研究提供了关键资源。海带孤雌生殖孢子体基因组组装 海洋
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
华大基因、中科院Nature子刊发表新成果
OpGen公司今日宣布，通过利用ARGUS® Whole Genome Mapping System技术结合新一代测序技术(NGS)，生成了首个家山羊(domestic goat)的高质量参考基因组。这一研究是由深圳华大基因研究院和中科院昆明动物研究所领导，相关成果发表在《自然生物技术》
华大发布“676”高精度基因组标准及解决方案
6月15日，在欧洲人类遗传学大会(ESHG 2019)上，全球基因组学领导机构华大集团发布了基于华大智造自主测序技术DNBSEQTM和stFLR的“高清”组装基因组解决方案及标准。在大会现场，华大集团高级副总裁、华大智造首席科学官Rade Drmanac博士向在场嘉宾阐述了华大定义“高清”基因组
我国科学家开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale c
我国学者研究的高质量基因组组装软件在Nature子刊发表！
中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI:10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs
HiFi测序助力第一个完整的人类基因组序列
读这篇文章，你无疑会感到有些似曾相识的感觉。毕竟，人类基因组参考在2000年、2001年和2003年都被宣布“完成”。 但是从那时起，任何使用过参考资料的科学家都知道，从来没有一个完整的人类基因组测序。直到现在。 HiFi测序助力第一个完整的人类基因组序列 端粒到端粒(T2T)联盟是一
青岛农大等团队完成海湾扇贝两个亚种基因组测序和组装
日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面再次取得重要进展，海洋科学与工程学院教授王春德课题组与合作单位成功完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组测序和分析，相关研究成果在线发表于《自然》旗下开源期刊Scientific Data。 此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个
研究揭示染色体结构维持复合物Smc5/6的组装及调控机制
6月18日，中国科学院上海免疫与感染研究所王岚峰研究组联合复旦大学陈振国课题组、美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心赵晓岚课题组，在《自然-结构与分子生物学》（Nature Structural & Molecular Biology）上发表了题为Cryo-EM structures of Smc5/6 i
中科院科学家在染色体组装新机制方面取得新进展
细胞核是真核细胞最为核心的结构。然而就在这个小小的结构中包含了一个细胞分裂、生长最为重要的遗传物质--DNA。这些DNA是如何反复折叠，在形成高度聚集染色质的同时还能够确保基因表达调控因子能够与DNA进行正常的相互作用？这一问题一直都困扰着科学家。 最近，中科院生物物理所的周政课题组在国际期刊
一个高质量的黄连染色体规模的基因组组装和注释
黄连 (Coptis chinensis Franch.) 是毛茛科的一员，代表了一个重要的早期分叉双子叶植物谱系，具有多种药用价值。 2021年6月2日，湖北省食品药品监督检验研究院聂晶，华中农业大学王学奎，中国中医科学院陈士林及湖北中医药大学Liu Yifei（湖北中医药大学为第一单位）共
研究揭示染色体结构维持复合物Smc5/6的组装及调控机制
6月18日，中国科学院上海免疫与感染研究所王岚峰研究组联合复旦大学陈振国课题组、美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心赵晓岚课题组，在《自然-结构与分子生物学》（Nature Structural & Molecular Biology）上发表了题为Cryo-EM structures of Smc5/6
作物基因组学研究进展（二）
⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一，小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响，小麦生产面临严峻的挑战，对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３个不同亚基因组形成的异源
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
我国科学家公布世界首个藏羚染色体水平高质量基因组
14日，记者从中国科学院西北高原生物研究所获悉，该研究所张同作研究员联合青海大学魏青副教授等团队，成功组装了藏羚染色体级别的基因组，首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，为藏羚的适应进化遗传机制、保护遗传学研究及进一步探索物种迁徙行为的遗传机制提供了重要基因组资源。相关结果发表在《自然》旗
PCR－组装反应
试剂、试剂盒氯化镁Rockstart 缓冲液three-reaction 主混合液琼脂糖凝胶仪器、耗材PCR 仪PCR 管实验步骤一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂氯化镁,35 mmol/LRockstart 缓冲液（http://klentaq.com)three-reaction 主混合液82ul
PCR－组装反应
试剂、试剂盒 氯化镁Rockstart 缓冲液three-reaction 主混合液琼脂糖凝胶仪器、耗材 PCR 仪 PCR 管实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂氯化镁,35 mmol/LRockstart 缓冲液（http://klentaq.com)three-reaction 主混合液
PCR－组装反应
试剂、试剂盒 氯化镁 Rockstart 缓冲液 three-reaction 主混合液 琼脂糖凝胶 仪器、耗材
中医科学院中药所等完成菊花基因组测序
近日，中国中医科学院中药研究所和安利植物研发中心宣布，利用纳米孔测序技术突破复杂基因组测序，该团队在世界首次完成了菊属植物菊花的全基因组测序，并完成了重要的药用菊花品种——杭白菊的全长转录组遗传信息发掘。相关研究成果和基因组数据已在中国中医科学院中药研究所官网及安利植物研发中心学术研究网站公布，
中国科学家开发出高质量基因组组装软件
高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展，已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而，这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误，比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些
解析四倍体攸茶（Camellia－meiocarpa－Hu）单倍型基因组
在植物的奇妙世界里，油茶作为重要的木本食用油料植物，有着超 2300 年的栽培历史，其用途广泛，在全球粮食危机的大背景下愈发受到关注。攸茶（Camellia meiocarpa Hu）是其中一员，它叶茂花大果丰，极具农业利用潜力。然而，四倍体攸茶的染色体水平基因组数据匮乏，且多倍体油茶物种高质量基因