发表空间转录组与人工智能最新研究成果
近日，电子信息与电气工程学院自动化系沈红斌教授、袁野副教授的课题组（模式识别与生物信息学课题组）在《自然-计算科学》（Nature Computational Science）上发表题为《利用图神经网络对空间转录组数据进行细胞聚类》（Cell clustering for spatial transcriptomics data with graph neural networks）的研究论文。 论文简介 空间转录组技术是生物信息学领域近年来的重大突破之一。该技术通过同时测量大量细胞的空间位置和细胞内的转录组计数，弥补了单细胞测序技术难以测量单个细胞之间位置关系的缺陷，从而为理解多细胞之间的相互作用提供了全新的数据基础。发展针对空间转录组数据的基础分析方法是当前生物信息学领域的前沿问题之一。 论文提出了一种基于图卷积神经网络的空间转录组细胞聚类方法（Cell Clustering for Spatial Transcr......阅读全文
发表空间转录组与人工智能最新研究成果
近日，电子信息与电气工程学院自动化系沈红斌教授、袁野副教授的课题组（模式识别与生物信息学课题组）在《自然-计算科学》（Nature Computational Science）上发表题为《利用图神经网络对空间转录组数据进行细胞聚类》（Cell clustering for spatial tra
人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews G
【技术前沿】空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
科学家构建空间转录组测序新方法
中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创立了一种技术方法，可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱。相关研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。 无论是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与
空间转录组综合资源存储库CROST正式上线！
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic
人工智能加持－基因测序行业打开成长新空间
随着人工智能与基因测序相结合发展，基因测序行业必然迎来更大的发展空间，市场则将保持快速增长。预计到2020年，全球基因测序市场将达到138亿美元，年复合增长率为18.7%。我国有望成为全球第一，人工智能技术的引入正加速这一进程。 我国基因测序发展概况 从上世纪70年代的双脱氧核苷酸末
中科院学者Nature－Protocols：空间转录组测序新技术
在真核细胞中，转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段，但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色，这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：G
空间转录组技术用于免疫治疗的研究与展望
肿瘤免疫治疗现状近年来，免疫疗法，这种通过激活患者的免疫系统来杀死癌细胞的策略，已成为对抗癌症的新希望。目前的免疫疗法主要基于癌症疫苗，细胞因子（例如白介素2），继细胞转移（ACT）和免疫检查点抑制。基于他们的特点，特别针对程序性细胞死亡-1 /程序性细胞死亡配体1（PD-1 / PD-L1）途
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。 空间转录组测序运用方向（Trends Bi
我国发布空间转录组综合资源存储库CROST
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/509953.shtm近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehen
空间转录组测序技术在肿瘤研究进展的应用
空间转录组测序技术是一种基于组织空间结构进行高通量转录组测序的技术。通过该技术，可以得到组织空间位置的基因表达图谱。因此，空间转录组技术是现阶段可实现空间二维基因表达检测的高通量技术。该技术为基于空间的发育研究和疾病异质性问题提供了一个解决方案。空间转录组测序运用方向（Trends Biotechn
科学家系统性评估多种空间转录组分析算法
中国科学技术大学生命科学与医学部教授瞿昆课题组设计了一整套分析流程，系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。研究成果5月16日在线发表于《自然-方法》。整合分析流程 中国科大供图“细胞在组织器官内所处的空间位置，与其发挥生理功能或疾病产生过程密切
利用单细胞空间转录组揭示猕猴大脑皮层的细胞类型
阐明大脑皮层的细胞类型组成对于理解大脑结构和功能至关重要。中国科学院脑智卓越中心利用单细胞空间转录组揭示猕猴皮层的细胞类型。该研究成果于近日发表在《Cell》杂志上，题为：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数据还