中科院学者NatureProtocols：空间转录组测序新技术
在真核细胞中，转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段，但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色，这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：Geo-seq，这种方法不仅能解析少量细胞转录组信息，而且还能保留细胞原有位置信息。 这一研究成果公布在2月16日的Nature Protocols杂志上，Nature Protocols杂志虽然影响因子不是特别高，但是作为描述详细的实验步骤及注意事项的技术手册，近年来越来越受到广泛的关注。 文章的通讯作者分别为细胞生物学国家重点实验室景乃禾研究员与彭广敦副研究员，第一作者为陈军博士。去年景乃禾研究员与中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作，结合了激光显微切割以及单细胞测序等先进技术，绘制了小鼠早期发育原肠运动中期精细......阅读全文
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
转录组测序原理
而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 进行测序分析的技术。通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种，Illumina测序属于测序技术的一种，两者没有包含于被包含关系，只能说Illumina测序可以做转录组测序。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长，所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象，从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外，由于其不具备蛋白编码能力，因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
Nature子刊发布重磅测序技术：基因组和转录组平行测序
四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-seq对220个小鼠
如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。 我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生
PNAS突破：单个细胞核转录组测序
研究人员成功地从单个脑细胞细胞核中分离出全部的信使RNA并对其进行了测序。这项发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上的新研究，将帮助研究人员更好地了解一些器官在健康和疾病状态下的功能机制，为开发出个体化治疗提供了又一块跳板。 动物和植物中的大多数细胞都包含有一个细胞核，里面储存着细胞的DN
如何读懂空间转录组测序数据结果
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如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，
科学家成功实现活细胞转录组测序
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/8/484542.shtm 活细胞测序记录细胞的变化示意图 来源：Duygu Koldere Vilain 在我们呱呱坠地之前，受精卵是如何发育成复杂个体的？为何正常的细胞会慢慢变成癌细胞？ 细胞