用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法

质谱定量方法

外标法1.单点校正法单点校正法实际上是利用原点作为标准曲线上的另一个点，当方法存在系统误差时（即，标准工作曲线不通过原点），单点校正法的误差较大。☞以纯溶剂配制标准工作溶液GB/T21317-2007动物源性食品中四环素类兽药残留量检测方法“根据样液中被测四环素类兽药残留的含量情况，选定峰高相近的标

“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术

　　1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称

CCLM：Hevylite测试M蛋白定量

 重/轻链（HLC）免疫测定法能够对每种免疫球蛋白（Ig）类别的不同重链/轻链组合进行定量。这使得HLC测定适合于定量单克隆免疫球蛋白（M蛋白）和监测患有单克隆gammopathies的患者。该方法对于那些不可电泳定量M蛋白的样品特别有利。在这项研究中，我们在166个常规临床样本和27个来自荷兰外部

定量蛋白数>1000个！血液样本DIA技术“质”的提升

　　传统的蛋白质组技术，如iTRAQ、TMT或者label-free等，采用的是DDA（data-dependent acquisition，数据依赖采集）数据采集方式，其策略是对响应最高的部分母离子进行二级采集。而新一代的蛋白质组学技术DIA（Data Independent Acquisitio

赛默飞世尔质谱技术发现蛋白标记物

摘要： 赛默飞世尔科技今日宣布将与乔治梅森大学(GMU)的研究者们合作，来验证GMU利用赛默飞世尔的质谱技术而发现的蛋白标记物(biomaker)。 GMU应用蛋白质组和分子医药中心(CAPMM)的科学家们将会利用赛默飞世尔的中TSQ Quantum Ultra三重四极杆质谱仪来发现癌症标记物，

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）

摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）

无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）

同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）

然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有

质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法

2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动

质谱检测法与蛋白质分析（二）

传统的和最新的蛋白质组学研究策略虽然到目前为止，还没有一种蛋白质组学研究策略能够对某个蛋白质组进行常规的、完整的分析，但是现在的技术已经非常强大，我们相信，很快就能进行全蛋白质组学研究了。而且，对某个亚蛋白质组（比如某个细胞器或亚细胞结构的蛋白质组）进行研究早就已经不是什么难题了，这已经成为了一种常

质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍

　　2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人

质谱是怎样做到定量的？

　　注：这里的定量指的是待分析物的含量质谱可以通过分子量信息定性（结构），但根据我的理解，质谱信号的強度是和离子化难易相关，并不能反应待分析物的含量（定量）  作者：胡墨　　1. 质谱信号强度与待分析物含量的关系   任何定量分析方法都需要建立实验测量信号与待分析物的量的关系。很幸运的是，在质谱中，

质谱相关的特殊定量细节

同位素稀释前面内标法的介绍中我们可以发现，最理想的内标物既要和待测样相同（具有相同的响应系数）又要不同（仪器可以区分二者的信号），这对矛盾的集合体就是同位素内标。由于不同同位素的化合物具有近似相同的物理化学性质，离子化时的响应通常也是相同的，而它们具有不同的质荷比m/z，即可在质谱中被区分出来。因此

色谱及质谱常用定量方法

　　色谱及质谱检测中往往需要对目标物质进行定量，目前使用较多的定量方法有面积归一化法、外标法、内标法、标准加入法等。　　定量分析基本要求：　　1、纯物质做标准　　2、被定量组分峰要与其它峰达到基线分离（质谱可不满足）　　3、符合定性参数要求　　4、选择合适的定量方法　　定量分析基本公式：　　在某些条

质谱是怎样做到定量的？

质谱信号的强度=粒子总数 x 离子化效率（就是你说的离子化难易程度）因此采用一系列极其蛋疼的方法测定或者至少能够固定（以LCMSMS为例，就是优化电压，喷雾角度，流动相组成比例，三气的流量，基质的组成全部固定下来）特定方式下的离子化效率，质谱是可以用于定量的。举个栗子，调谐好系统之后，你喷入1ppb

从大量质谱试验数据中获取蛋白质定量信息

定量质谱研究食管癌细胞异常蛋白表达和修饰

定量蛋白质组学技术已成为当前大规模蛋白质鉴定的重要手段。本研究以高侵袭性的食管癌细胞SHEEC和食管上皮细胞SHEE为目标，分别采用轻、重稳定同位素进行细胞蛋白氨基酸标记（SILAC），通过多维液相色谱分离结合高分辨质谱，鉴定了两种细胞蛋白质组。共鉴定了7000多个蛋白质，并对其中3000多个蛋白质

10标串联质谱标签（TMT）能更快速定量肿瘤蛋白

　　在过去十年中，基因组学研究已经系统绘制了人类癌症的遗传改变，但这些改变对蛋白质组的直接影响还知之甚少。NIH临床蛋白质组学肿瘤分析联盟（CPTAC）的蛋白组学研究表明，将蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据与基因组数据相整合，才能改善癌症通路的鉴定。图片来源于网络　　然而，实体瘤组织在组成上比细胞系要复

4D蛋白质组学：如何通过软件创新变得更强大？

　　在过去的二十年中，新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展，蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。　　当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

通过软件创新打造更强大的4D蛋白质组学技术

　　在过去的二十年中，新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展，蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。　　当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

质谱m/z中的z如何确定

一般z=1, 极少情况会有出现带上两个电荷的，即使有也不是主要的波峰

质谱检测法与蛋白质分析（三）

　　Protein(s)：待测蛋白质样品;Enz. Digestion：酶解;Pep. Mixture：裂解产物混合物; 　　MS Analysis：质谱检测分析;DB Search：数据库比对搜索;Identities：鉴定; 　　Prot.DB ：蛋白质数据库;Proteom

高分辨质谱石油中生物标记物

　　石油勘探和油田开发在很大程度上取决于对原油及烃源岩中“生物标记物”的认识和使用，以解决关于油气的源头、贮藏和演变历史的问题。这些“生物标记物”属于分子化石，可在地质条件下稳定存在。它们还相当于石油的“DNA”，不仅能提供石油的生物来源信息，还可提供母质有机质的沉积环境以及埋藏的有机质的热演化历史

高分辨质谱石油中生物标记物

　　石油勘探和油田开发在很大程度上取决于对原油及烃源岩中“生物标记物”的认识和使用，以解决关于油气的源头、贮藏和演变历史的问题。这些“生物标记物”属于分子化石，可在地质条件下稳定存在。它们还相当于石油的“DNA”，不仅能提供石油的生物来源信息，还可提供母质有机质的沉积环境以及埋藏的有机质的热演化历史

中科院团队开发无标记质谱筛选，赋能新酶活定向进化

近日，中国科学院深圳先进技术研究院司同课题组联合中国医学科学院杨兆勇课题组，在国际学术期刊 Chemical Science 在线发表了题为：Directed evolution of a cyclodipeptide synthase with new activities via label-f

质谱仪

最近又有几项有关质谱仪的最新进展问世，这些新成果的出现又给我们的生物大分子研究工作补充了“弹药”。在蛋白质测序方面，基于碰撞诱导裂解技术（CID），又新出现了可变裂解技术（Alternate fragmentation technique），该新技术是基于处在碰撞池中的离子具有的电子传递特性开发出来

质谱定量的两种方法

说过了为什么质谱可以定量，下面我们来看看具体的定量方法。常用的定量方法有两种，外标法与内标法。外标法用已知量的标准样品A和未知量的待测样品A分别进行实验；我们会得到以下三个信息：标准样品的量（已知）；标准样品的信号强度；待测样品的信号强度。（假设样品的响应=常数*浓度，从这三个信息即可算出待测样品的

液质定性定量及谱图分析

　　液质分析　　质量定量分析　　1、要用目标离子的碎片定量，特征性强，排除干扰；　　2、在定量分析的方法设置上，尽可能提高扫描速率，提高准确率和重复性（可以通过a减小扫描质量数的范围来提高目标峰的扫描次数，或 将一个样品全部分析时间断分成n个segments，对目标离子单独设置扫描模式）；　　3、一

蛋白质组质谱新方法一览

2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动