大连化物所等发展出利用原位化学交联解码细胞中蛋白质动态结构的策略
近日,中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子高效分离与表征研究组研究员赵群、张丽华等,与中国科学院精密测量科学技术创新研究院副研究员龚洲合作,提出了利用原位化学交联-质谱技术(in vivo XL-MS),解码细胞中蛋白质动态结构的策略。该策略将AlphaFold2的结构作为先验信息,结合in vivo XL-MS数据与多种结构计算方法评估结构与交联信息的匹配度,重构了细胞内多种蛋白质,尤其是多结构域蛋白质和固有无序蛋白质(intrinsically disordered protein,IDP)的原位动态结构。为剖析蛋白质在细胞微环境中发挥功能的分子机制提供技术支撑。 活细胞内蛋白质的原位动态结构对于揭示其生物学功能至关重要。随着深度学习算法助力蛋白质结构预测的发展迭代,AlphaFold2实现了对蛋白质结构的全面预测,而该方法对柔性区域的结构预测仍面临挑战。近年来,in vivoXL-MS以高通量、高灵敏、......阅读全文
活细胞转录组测序:像看电影一样了解细胞的“前世今生”
在我们呱呱坠地之前,受精卵是如何发育成复杂个体的?为何正常的细胞会慢慢变成癌细胞? 细胞是生命的基本单位,了解它的过去、现在和未来不仅有助于我们了解正常发育的过程,也对理解疾病的产生和发展至关重要。然而,想要“看清”细胞的“前世今生”仍然存在显著的技术困难。 8月17日,现任中国科学院深圳先
Science:新方法在活细胞中改变基因组
来自MIT Broad研究所和Rockefeller大学的研究者发展了一种新的方法,能够在活细胞内精确地增减基因,从而操作基因组。研究人员称,这项技术可以提供一种简单易行,并且相对低价的方法来从事各项研究,包括设计能够产生生物能源的有机体,设计动物模型来研究人类疾病,发展新的治疗方法等。
Nature子刊:活哺乳动物细胞的靶向输送
拜罗伊特大学和布里斯托尔大学开发的一种新型多肽非常适合于将分子(如活性物质和染料)定向输送到哺乳动物细胞中。这种肽具有双重功能:它可以从细胞外部进入细胞,并与另一种肽相互作用。配对肽必须事先被放置在细胞内被运输的分子发挥作用的地方。该运输系统发表在《Nature Chemical Biology》杂
一种HIV表面糖蛋白可让B细胞失活
位于HIV病毒表面的糖蛋白gp120可让人体B免疫细胞失去活性,这是《自然―免疫学》上一项研究给出的结论。这项发现解释了为什么HIV病人抗体反应比较弱。 人们已经发现HIV能够引起CD4+辅助性T免疫细胞不断丧失,导致免疫系统功能受损、其他感染更容易乘机而入。但人们一直没有弄清为何在HIV
活细胞超分辨率显微技术研究获进展
2016年12月31日,中国科学院生物物理研究所徐平勇课题组、中国科学院计算技术研究所张法课题组以及美国科学院院士HHMI研究员Jennifer Lippincott-Schwartz合作在《细胞研究》(Cell Research)在线发表了题为Live-cell single molecule
酶标仪利用”无创”技术检测活细胞荧光蛋白(二)
下一步就是要结合信号/背景优化结果确定最佳激发和发射波长。因为初步检测结果的斯托克顿位移偏小(22nm),显然是要通过降低激发波长和增大发射波长来扩大两者之间的差异,其次还需要找到合适的发射光阻隔滤片优化最佳灵敏度。最终,我们使用5 5 0nm的激发波长来激发, 同时使用570nm的发射光阻
活细胞积木工程把废弃物变成生物燃料
麻省理工学院科学家设计一种新方法,将大肠杆菌活体细胞结合金纳米粒子和量子微粒等无生命的建筑积木,形成一种混合“活物质”,有望将农业废弃物变成生物燃料。 据国外媒体报道,大约40年前,研究人员曾致力于“诱骗”大肠杆菌生成一种蛋白质,目前,麻省理工学院科学家使用大肠杆菌制造一种生物膜,能够吸附
《Nature-Chemistry》新化学探针,高通量实时关注活细胞动态
“回顾历史,过去40到50年,抗生素的发现几乎是停滞的,没有人真正发现过某种全新的抗生素,”领导这项研究的化学家Michael VanNieuwenhze说。“全球抗生素耐药问题一刻不停地威胁着公共卫生,我们认为解决这一问题的新方法,包括我们研发的方法,具有重大价值。”Michael VanNi
酶标仪利用”无创”技术检测活细胞荧光蛋白(一)
简介在过去的五年中,荧光蛋白在监测体内生物学研究中,起到越来越重要的作用。源于维多利亚多管发光水母中的绿色荧光蛋白(GFP)是最早被我们应用的荧光蛋白,但是随着时间的推移,现在我们可以使用的荧光蛋白种类也越加丰富,包括加强型的变异GFP蛋白、从其他种类水母中发现的荧光蛋白和珊瑚礁蛋白。它们都可以在众
Nature子刊:金纳米粒子活细胞成像新技术
来自中科院上海应用物理研究所物理生物学研究室,加州大学圣地亚哥分校的研究人员发表了题为“Real-time visualization of clustering and intracellular transport of gold nanoparticles by correlative i
Sartorius赛多利斯Incucyte-SX5-活细胞分析系统
——更多色彩,更多发现,更多可能。Sartorius赛多利斯Incucyte® SX5 活细胞分析系统新型Incucyte® SX5采用正在申请ZL的光学系统,可从各种样品中了解更多信息。利用活细胞分析专用的5个不同荧光通道,帮助完成更多工作。提供更多色彩。提供更多试剂。为更多应用提供更具专业性的软
科学家首次在活鼠体内实现细胞重编程
之前,科学界一直不清楚生物体内环境是否适合重编程。近日,西班牙国家癌症研究中心(CNIO)的科研人员利用一种有效的手段使小鼠成熟的细胞“重新编程”进入胚胎期状态,从而可以分化为身体任何类型的细胞,证明生物体内环境可以进行细胞再编辑。由于这个转化过程发生在活体动物的体内,而不是在培养皿中,因此可以
纳米片递送量子点技术用于活细胞标记微管骨架
量子点做为无机合成的纳米荧光探针,具有高荧光亮度和荧光稳定性,适合长时间观察和活体示踪。将量子点靶向递送入细胞浆,有助于细胞内蛋白瞬时相互作用研究,以及动态细胞学反应机制的长时程观察。目前量子点递送入细胞的方法主要分为两类:①协助递送策略:利用穿膜肽、多聚物载体、转染试剂等实现量子点的递送,但是需要
Science:活细胞内首次实现硅和碳的结合
硅元素(silicon,Si)是地壳中第二丰富的元素(26.4%),仅次于第一位的氧(49.4%)。我们都知道,构成生物体的大量元素包括C、H、O、N、P、S、Ca、Mg、Cl、Fe等,几乎不涉及硅元素。那么,为什么生命体没有将其融入自身呢?这一直是个谜。 近期,来自于加州理工学院的化学工程师
酶标仪利用”无创”技术检测活细胞荧光蛋白(三)
在本次实验中,ZsGreen和DsRed细胞系在底读模式都有着相似的检测限,而且两者都比AcGFP细胞系的检测下限低3到4倍。本次实验一共重复了三次,但是DsRed实验结果并不是每次都能表现的足够好。在一次实验中,它的检测下限近似于AcGFP,但是在另一次实验中,它的检测下限又会很高。我们将这些区别
酵母菌的形态观察及死、活细胞的鉴别
实验方法原理 美蓝是一种无毒性染料,它的氧化型是蓝色的,而还原型是无色的,用它来对酵母的活细胞进行染色,由于细胞中新陈代谢的作用,使细胞内具有较强的还原能力,能使美蓝从蓝色的氧化型变为无色的还原型,所以酵母的活细胞无色,而对于死细胞或代谢缓慢的老细胞,则因它们无此还原能力或还原能力极弱,而被美蓝染成
蛋白纯化后,缓冲中的咪唑是否影响细胞测活?
如果你要测活的话,最好要先对你纯化的蛋白进行除盐,去除小分子干扰物。除盐,去除小分子干扰物的方法有很多,这里我就说说适合你的方法。第一,因为你手头上有超滤管,这个东西除了能浓缩蛋白,还有一个很重要的功能就是更换缓冲液,去除小分子。你选用3KD的超滤管,边浓缩边加入你测酶活想选择的缓冲溶液,重复几次的
活细胞成像要求在成像过程中的知识
活细胞成像要求在成像过程中始终保持镜台上细胞的存活.应注愈使用zui小强度的激光,因为激光束造成的光损伤在多次扫描时可以录加起来。抗氧化剂(如维生素C)加人培养液可减少来自激发的荧光分子产生的权.因为级可引起自由基形成并杀死细胞。对于一些荧光标记实验.需评价光基礴对标本的影响.一般应进行成像后组织活
增加T细胞蛋白质产量,使其绝杀癌细胞
来自南卡罗莱纳医科大学(MUSC)霍林斯癌症中心的一组科学家开发了一种新的流式细胞术技术,该技术可以*量化T细胞中蛋白质的产生。T细胞是一种免疫细胞,能有效地攻击并杀死癌细胞。然而,当T细胞在肿瘤附近时,癌细胞会消耗它们的能量,导致它们产生的蛋白质减少。这种变化导致T细胞失去杀死肿瘤的能力。这项由M
“把活干好,让干的活能用得上!”
“我们不仅要把活干好,还要让干的活能用得上。” 这一年,中国科学院金属研究所(以下简称金属所)研究员马英杰深刻感受到基础研究和应用基础研究对工程化应用的意义。他告诉《中国科学报》:“我们围绕下一代航空发动机的关键材料,进一步揭示其损伤机理,补齐原来没有弄清楚的基础研究短板。” 马英杰是
蛋白质折叠的细胞密码破解
人们通常认为,疾病是由异物(细菌或病毒)入侵人体引起的,但影响人类的数百种疾病,其实是由细胞蛋白质生成错误引起的。美国马萨诸塞大学阿默斯特分校领导的团队最近利用尖端技术,破解了基于碳水化合物的代码,该代码控制某些蛋白质的正常形状,而正常的蛋白质形状才能使人体保持健康。研究发表在最新一期《分子细胞
细胞总蛋白质含量分析
实验步骤 展开
细胞破碎和蛋白质溶解实验
匀浆法 超声法 高压匀浆法 研磨法 (高速)珠磨法 酶溶法 化学渗透法 实验方法原理 通过固体剪切
如何从细胞中提取蛋白质
(一)水溶液提取法稀盐和缓冲系统的水溶液对蛋白质稳定性好、溶解度大、是提取蛋白质最常用的溶剂,通常用量是原材料体积的1-5倍,提取时需要均匀的搅拌,以利于蛋白质的溶解。提取的温度要视有效成份性质而定。一方面,多数蛋白质的溶解度随着温度的升高而增大,因此,温度高利于溶解,缩短提取时间。但另一方面,温度
如何从细胞中提取蛋白质
(一)水溶液提取法稀盐和缓冲系统的水溶液对蛋白质稳定性好、溶解度大、是提取蛋白质最常用的溶剂,通常用量是原材料体积的1-5倍,提取时需要均匀的搅拌,以利于蛋白质的溶解.提取的温度要视有效成份性质而定.一方面,多数蛋白质的溶解度随着温度的升高而增大,因此,温度高利于溶解,缩短提取时间.但另一方面,温度
细胞总蛋白质含量分析
实验步骤 展开
细胞蛋白质的含量是多少
应该说不同细胞中含量不同的吧,质量分数在7-10%。但可以这样理解,一般的细胞含量最多的有机化合物是蛋白质,或者说占细胞干重最多的物质是蛋白质,鲜重最多的当然是水。
细胞总蛋白质含量分析
实验步骤展开
细胞总蛋白质含量分析
实验步骤 展开
细胞破碎和蛋白质溶解实验
实验方法原理 通过固体剪切力破碎组织和细胞,释放蛋白进入溶液。市售的匀浆器主要有四类,刀片式组织破碎匀浆器、内切式组织匀浆器、玻璃匀浆器和用于规模生产的髙压匀浆器。玻璃匀浆器的匀浆头(杵)有玻璃制的,也有特夫隆制的,既可以手动也可以电动。由于匀浆过程中蛋白质被蛋白酶降解的可能性较小,所以匀浆是简便、