NatureMethods：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells”的研究论文，该研究开发了scNanoHi-C，它应用纳米孔长读测序来探索单个细胞内全基因组近端高阶染色质接触。 研究表明，scNanoHi-C可以可靠有效地描绘三维染色质结构，并区分单个细胞的结构亚型。该方法还可用于检测基因组变异，包括拷贝数变异和结构变异，以及支撑单细胞基因组的从头组装。值得注意的是，研究结果表明，在整个基因组的活性染色......阅读全文
科学家在血管发育领域取得突破性进展
2022年4月《细胞研究》封面。兰雨团队 供图暨南大学基础医学与公共卫生学院兰雨团队与解放军总医院第五医学中心血液病医学部刘兵团队以及北京大学汤富酬团队合作，在血管发育领域取得突破性进展。相关研究以封面论文的形式发表于2022年4月《细胞研究》（Cell Research）。这是继该合作团队2020
－中科院、北大Science发文：人类衰老的重要推手
一项发表在4月30日《科学》（Science）杂志上的新研究，将衰老过程与紧密包装的细胞DNA束解体联系到了一起，这有可能促成一些方法预防及治疗如癌症、糖尿病和阿尔茨海默氏症等年龄相关的疾病。 在这项研究中，来自中科院、北京大学和Salk研究所的科学家们发现了Werner综合征的一些潜在遗传突
中科院、北大Science文章：人类衰老的重要推手
一项发表在4月30日《科学》（Science）杂志上的新研究，将衰老过程与紧密包装的细胞DNA束解体联系到了一起，这有可能促成一些方法预防及治疗如癌症、糖尿病和阿尔茨海默氏症等年龄相关的疾病。 在这项研究中，来自中科院、北京大学和Salk研究所的科学家们发现了Werner综合征的一些潜在遗传突
我科学家完成单个卵细胞的高精度全基因组测序
近日，由北京大学第三医院教授乔杰、北京大学生物动态光学成像中心教授汤富酬和谢晓亮所领导的3个研究小组，共同完成了对单个卵细胞的高精度全基因组测序。成果发表在国际著名学术期刊《细胞》上。 2012年，谢晓亮课题组实现了对单个细胞全基因组的高精度测序，随后该技术被应用到多项研究中。数据显示，我国每
Cancer－Discov－|－结直肠癌分子亚型的表观遗传基础和特征转录因子
北京大学汤富酬及周鑫共同通讯在Cancer Discovery（IF 28）在线发表题为“Single-cell chromatin accessibility analysis reveals the epigenetic basis and signature transcription f
我国揭示H3K27me3修饰和DNA甲基化对胚胎命运决定过程作用
近日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组，与北京大学汤富酬研究组的合作论文，以Silencing of developmental genes by H3K27me3 and DNA methylation reflects the discrepant plas
研究揭示H3K27me3和DNA甲基化对胚胎命运决定过程中的作用
近日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组，与北京大学汤富酬研究组的合作论文，以Silencing of developmental genes by H3K27me3 and DNA methylation reflects the discrepant pl
动物所小鼠精子发生过程中DNA羟甲基化研究获进展
中科院动物研究所计划生育生殖生物学国家重点实验室韩春生研究组6月13日在Nature Communications上发表题为Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine during mouse spermatogenesis的学术论文，阐述了小鼠精子发生过程中
Nature：北大绘就首个人类早期胚胎DNA甲基化全景观图谱
近日，北京大学交叉研究取得重要研究成果：绘就出世界首个人类早期胚胎DNA甲基化全景观图谱。此项研究工作为人们提供了一个全面的人类早期胚胎DNA甲基化调控网络的研究框架，对于人类认识自身早期胚胎发育过程中表观遗传调控机制、辅助生殖技术的安全性评估与改善，以及临床上疑难病例的诊治均具有非常重要的意义
Nature－Methods：针对LncRNAs的新型精准基因测序技术
现在有一种新的基因测序技术-“捕获测序'（CaptureSeq），能使我们以更高的分辨率去探索人类基因组。它优于现有的基因测序技术，能精确捕捉测量许多具体的活性基因样品（即使基因的表达时间仅按分钟水平计算）。这个技术对癌症研究具有革命性的影响。在实际应用中，可用于包括许血液肿瘤的诊断。这篇文章由
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
Nature－Methods：测量细胞力的最新方法
就像很小的建筑工人一样，细胞在3D空间中“构建”胚胎组织和器官。这是一项复杂的任务，需要细胞之间进行不断的沟通，协调它们的动作，产生形成复杂组织形态的机械力。 长期以来，生物学家一直在研究，这些结构形成时细胞和它们的行为之间的联系，但是直到现在，还没有发现细胞产生用来形成这些结构的力。目前
Nature－Methods：大规模定点突变的新方法
定点突变是序列-功能研究中不可或缺的工具。然而，传统的方法能力有限。华盛顿大学的研究人员开发出一种新方法，能够以大规模并行的方式开展单个氨基酸的定点突变。这项成果于1月5日发表在《Nature Methods》杂志上。 目前的定点突变方法能力有限，每次只能靶定几个碱基，且操作繁琐，成本高昂。为
Nature－Methods：超快速的基因组分析工具
近年来，测序市场呈现出百花齐放的美好局面。这使得测序的成本不断下降，但同时也带来了数据分析的难题。经济而又高效地处理全基因组测序的数据，相信是每个人的愿望。如今，一个开源的基因组分析平台也许能满足你的愿望。 这个平台被称为SpeedSeq，由华盛顿大学医学院等机构的研究人员开发。它利用低成本的
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
Nature－Methods：评估荧光蛋白的光激活效率
光控的荧光探针，是对局部进行超高分辨率显微分析的核心。其中，荧光蛋白可以通过基因编码，实现与目的蛋白的1:1标记。所以，荧光蛋白探针特别适合于单分子计数。 近日，ICFO的科学家们首次在单分子水平上，确定了多个荧光蛋白的光激活效率，这一参数对于单分子计数非常重要。文章发表在一月五日的Nat
遗传学大牛Nature－Methods发布CRISPR重要成果
CRISPR-Cas9系统使得研究人员能够编辑许多生物体和细胞类型的DNA序列。然而，科学家们也日益认识到可以利用它来激活基因的表达。为此，他们构建出了大量可激活Cas9蛋白的合成基因来研究基因功能或在潜在的治疗方法中弥补不充足的基因表达。 哈佛大学Wyss生物启发工程研究所核心教员、系统生物
Nature－Methods：高分辨率的测序技术
悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出，CaptureSeq（Capture Sequencing）能够大大提高基因组分析的分辨率，为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。 CaptureSeq结合了基因捕获技术和
华人学者Nature－Methods发表超强测序分析工具
拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用，但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具，CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异，而且已经免费对全世界的研究者们
Nature－Methods：高质量的组蛋白PTM抗体
美国芝加哥大学的研究人员开发出质量稳定的重组抗体，能特异识别组蛋白H3的三甲基赖氨酸残基，适合各种表观遗传学应用。这一成果于近日发表在《Nature Methods》在线版上。 组蛋白的翻译后修饰(PTM)在表观遗传调控中发挥重要作用。组蛋白PTM的抗体是表观遗传学研究(如染色质免疫沉
Nature－Methods：全面检测CRISPR脱靶效应的新策略
CRISPR/Cas9基因组编辑目前正应用得如火如荼，但若要转化到临床应用，准确检测脱靶效应则是必不可少的。近日，麻省总医院的研究人员开发出一种新策略，能够鉴定全基因组范围的CRISPR/Cas9脱靶突变。 之前，在全基因组范围鉴定脱靶效应的细胞方法也时有报道，但这些方法可能错过低频率的脱靶突
Cell－Res重点论文：单细胞表观多组学测序技术最新突破
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
Cell－Res重点论文：单细胞表观多组学测序技术最新突破
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
科学家开发单细胞全转录组测序新技术
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全
MCTASeq检测DNA甲基化实现胃癌早期无创诊断
北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）汤富酬教授/文路副研究员团队与北京大学第三医院普外科付卫教授团队合作，利用团队之前开发的甲基化CpG短串联扩增与测序技术（MCTA-Seq），通过对患者血浆游离DNA中异常高甲基化CpG岛进行基因组规模的高灵敏
《细胞》：世界首个女性个人遗传图谱绘制完成
对人类卵子的两个极体进行高通量测序 第一个人类女性个人遗传图谱 极体基因组测序结果指导异常胚胎筛选 2013年12月20日，著名学术期刊《细胞》杂志发布世界上首个人类女性个人遗传谱图。 在这篇题为“Genome Analyses of single human oocytes”
北京大学发表Nature－Immunology新文章
来自北京大学医学院的研究人员证实，磷酸酶DUSP2控制了转录激活子STAT3的活性，并调控了TH17细胞分化。这一研究发表在10月19日的《自然免疫学》（Nature Immunology）杂志上。 论文的通讯作者是北京大学基础医学院院长、北京大学系统生物医学研究所所长尹玉新(Yuxin Yi
北京大学Nature子刊单细胞RNA测序新成果
来自北京大学第三医院、教育部辅助生殖重点实验室的研究人员，采用先进的单细胞RNA测序技术绘制出了人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组全景图，这一重要的研究成果发表在8月11日的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。
北大、中科院Nature子刊破解干细胞癌变机制
来自中科院生物物理研究所、北京大学和中科院动物研究所的研究人员证实，PTEN缺陷可重编程人类神经干细胞向胶质母细胞瘤干细胞样表型转变。这一研究发现发布在12月3日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 中科院生物物理研究所的刘光慧(Guang-Hui Liu)研究