NatureMethods：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells”的研究论文，该研究开发了scNanoHi-C，它应用纳米孔长读测序来探索单个细胞内全基因组近端高阶染色质接触。 研究表明，scNanoHi-C可以可靠有效地描绘三维染色质结构，并区分单个细胞的结构亚型。该方法还可用于检测基因组变异，包括拷贝数变异和结构变异，以及支撑单细胞基因组的从头组装。值得注意的是，研究结果表明，在整个基因组的活性染色......阅读全文
Nature－Methods：放在背包里的测序仪
人们盼星星、盼月亮，总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今，1000多个实验室测试了MinION测序仪，并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。 纳米孔（nanopore）技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个
Nature－Methods：绘制大脑神经活动图谱
由于斑马鱼幼鱼是透明的，而且它们的大脑尺寸较小，方便在显微镜下进行观察，因此这种模式动物是体内观察中枢神经系统活动的理想模型。 7月27日Nature Methods杂志公布了一项最新研究成果，来自霍德华修饰医学院Janelia Farm研究院的一组研究人员利用光片照明（light-sheet
Nature－Methods：单细胞TCR研究进展
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
Nature－Methods公布2018年度技术
岁末，Nature Methods年度技术出炉——无限制行为动物成像（Imaging in freely behaving animals）。 入选理由为：成像技术和荧光传感器的技术进步帮助科学家们更加详细分析动物各种行为背后的神经元活动，这些动物包括大鼠，小鼠，鱼，果蝇和线虫。 一般来说，
研究揭示骨关节炎基因治疗的关键分子靶标
骨关节炎是与机体衰老密切相关的退行性骨关节病，严重影响老年群体的生活质量。对于骨关节炎患者，目前尚无安全有效的治疗方法。间充质干细胞的衰老和耗竭被认为是骨关节炎的主要诱因之一。因此，揭示间充质干细胞衰老的分子机制将为有效干预骨关节炎提供线索和靶标。 中国科学院生物物理研究所刘光慧研究组、北京大
上海生科院合作揭示受精卵DNA去甲基化重要机制
9月11日，国际学术期刊《细胞—干细胞》（Cell Stem Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所徐国良研究组、李劲松研究组和北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组的最新研究成果Active and Passive Demethylation
北京大学合作最新Nature
钙钛矿太阳能电池(PSCs)由一个固体钙钛矿吸收体夹在几层不同的电荷选择材料之间，确保设备的单向电流流动和高压输出在p型/intrinsic/n型(p-i-n) PSCs(也称为倒置PSCs)中，电子选择层和金属电极之间的“缓冲材料”使电子从电子选择层流向电极。到目前为止，可蒸发的有机分子和原子
胚胎发育研究新成果－将助不孕不育疾病诊治
从北京大学第三医院获悉，该院乔杰教授团队与北京大学生命科学学院汤富酬研究员团队合作，系统阐述了人类生殖细胞及胚胎发育过程中的基因表达图谱及调控机制，这将为不孕不育等生殖相关疾病的诊断、治疗提供靶标。目前这一最新研究成果已在《Cell Stem Cell（细胞干细胞）》杂志在线发表。 在全球范围
编辑长寿基因，获世界上首例遗传增强的人类血管细胞
科学家们通过靶向编辑单个长寿基因产生了世界上首例遗传增强的人类血管细胞。 干细胞技术在再生医学中具有广阔的应用前景。由干细胞体外诱导分化获得的多种类型细胞移植入病灶部位后，可达到促进病损组织再生、恢复组织器官稳态和功能的目的。然而，干细胞治疗在有效性和安全性方面尚存局限，阻碍了该技术的普及。
Nature－Genetics：单细胞全基因组DNA甲基化组新发现
北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心，北大生命科学学院与第三医院等处的研究人员发表了题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章，利用单细胞DNA甲基化组高通量测序方法，首次在单细胞分辨
Nature－Methods发布CRISPR/Cas9新技术
麻州大学医学院的科学家们开发出了一种新的CRISPR/Cas9技术，其可以精确地在几乎所有的基因组位点如外科手术般编辑DNA，同时避免标准CRISPR基因编辑技术中看见的一些潜在的有害脱靶改变。通过配对CRISPR/Cas9系统与一个可编程的DNA结合结构域(CRISPR/Cas9-pDBD)，
华人学者Nature－Methods发表CRISPR新工具
基因网络指导着细胞的正常功能，这个网络受到干扰就可能引发疾病。动态操纵转录组的能力对于研究基因网络的作用机制非常重要。斯坦福大学的研究人员在CRISPR–dCas9的基础上实现了可诱导的复杂转录调节，这项研究发表在十月二十四日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是斯坦福大学的华人学
Nature－Methods提出癌症分型新方法
肿瘤几乎从来就没有共享过完全相同的遗传突变，这一事实使得人们为更好地将癌症类型分门别类、以及开发出更有效的靶向性治疗所付诸的科学努力面临困难重重。 在发表于9月15日《自然方法》(Nature Methods)杂志上的这篇新研究论文中，来自加州大学圣地亚哥分校研究人员提出了一种称作为基
Nature－Methods：Cas9大有潜力
提到目前最热门的基因组编辑工具，非CRISPR/Cas莫属。今年以来，国内外多个研究小组聚焦这一领域，在Science、Nature和Cell等杂志上发表多项重要成果，而生物公司也迅速推出相关产品。 CRISPR/Cas系统经过改造，可实现多个哺乳动物系统内高效可靠的RNA导向基因组修饰，
Nature－Methods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器
非编码RNA（ncRNA）是指不编码蛋白质的RNA。从上世纪六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不断给人们制造惊喜。科学家们也逐渐意识到ncRNA并不是垃圾，而是许多基础生命过程的核心，有着广泛的生物学功能。 为了更好的研究ncRNA功能，哈佛大学
Nature－Methods：单细胞TCR研究新进展
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
Nature－Methods发布基因组测序新工具
十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示，新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。 随
Nature－Methods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。 这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Mi
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
单细胞测序揭示了人类胚胎DNA甲基化动态
2017年12月19日，北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心、生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组和北京大学第三医院乔杰研究组合作在国际知名学术期刊《自然遗传学》上在线发表题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimpla
习近平视察北大：了解遗传病及癌症早期诊断技术研究进展
5月4日上午，在纪念五四运动95周年、庆祝北大建校116周年之际，习近平总书记莅临北京大学，视察指导工作。 在北大生物动态光学成像中心，习近平观看多媒体演示，了解胎儿遗传疾病筛查、癌症早期诊断等新技术研究应用的情况，并通过显微镜观看动物卵细胞受精和极体细胞提取过程。北京大学第三医院
世界首例MALBAC全基因组扩增测序试管婴儿诞生
2014年9月19日，由北京大学第三医院乔杰教授团队、北京大学生物动态光学成像中心(BIOPIC)的谢晓亮教授团队以及汤富酬教授团队合作完成了世界首例经MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles，是目前最先进的
科研人员开发基于分子网络特征整合单细胞数据的新方法
随着单细胞测序技术的快速发展，多个全球性的、大规模的细胞图谱项目相继启动，例如人类细胞图谱计划等。然而，把来自于不同组织、不同发育阶段或者只有很少重叠细胞类型的单细胞转录组数据集进行准确有效的整合仍然具有非常大的挑战性。因为当前整合单细胞数据的方法需要校正批次效应从而达到整合分析的目的，而上述所
生物物理所等通过编辑长寿基因获得优质人类血管细胞
干细胞技术在再生医学中具有广阔的应用前景。由干细胞体外诱导分化获得的多种类型细胞移植入病灶部位后，可达到促进病损组织再生、恢复组织器官稳态和功能的目的。然而，干细胞治疗在有效性和安全性方面尚存局限，阻碍了该技术的普及。 中国科学院生物物理研究所刘光慧研究组、北京大学汤富酬研究组和中国科学院动物
北大团队发展最新单细胞多重组学测序技术
单细胞三重组学测序技术（scTrio-seq）单细胞中三种组学之间的对应关系癌症中两个细胞亚群的DNA拷贝数差异 2016年2月23日，《细胞研究》（Cell Research）杂志在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组、黄岩谊研究组和首都医科大学附属北京世纪坛医院暨北京大
Nature－Methods：针对LncRNAs的新型精准基因测序技术
现在有一种新的基因测序技术-“捕获测序'（CaptureSeq），能使我们以更高的分辨率去探索人类基因组。它优于现有的基因测序技术，能精确捕捉测量许多具体的活性基因样品（即使基因的表达时间仅按分钟水平计算）。这个技术对癌症研究具有革命性的影响。在实际应用中，可用于包括许血液肿瘤的诊断。这篇文章由
Nature－Methods发布宏基因组测序新工具
微生物几乎是无所不在的，它们对生态环境和人体健康起到了不容忽视的作用。然而人们对微生物的了解还相当匮乏，因为许多微生物是无法在实验室中培养的。宏基因组学是了解这些微生物的重要途径，但宏基因组测序并不是一件容易的事儿，就像是把许多拼图拆散混在一起，然后在毫无参考的情况下拼接。 最近Nature
Nature－Methods：测量细胞力的最新方法
就像很小的建筑工人一样，细胞在3D空间中“构建”胚胎组织和器官。这是一项复杂的任务，需要细胞之间进行不断的沟通，协调它们的动作，产生形成复杂组织形态的机械力。 长期以来，生物学家一直在研究，这些结构形成时细胞和它们的行为之间的联系，但是直到现在，还没有发现细胞产生用来形成这些结构的力。目前
Nature－Methods：大规模定点突变的新方法
定点突变是序列-功能研究中不可或缺的工具。然而，传统的方法能力有限。华盛顿大学的研究人员开发出一种新方法，能够以大规模并行的方式开展单个氨基酸的定点突变。这项成果于1月5日发表在《Nature Methods》杂志上。 目前的定点突变方法能力有限，每次只能靶定几个碱基，且操作繁琐，成本高昂。为