Nature：通过全球宏基因组分析，将已知的蛋白家族数量翻倍
想象一下，科学家们用手电筒探索一个黑暗的房间，却只能清楚地辨认出光束范围内的东西。说到微生物群落，他们历来无法看到光束之外的东西---更糟糕的是，他们甚至不知道这个房间有多大。 在一项新的研究中，来自美国劳伦斯伯克利国家实验室和加州大学伯克利分校等研究机构的研究人员通过研究微生物群落中的蛋白功能，以一种新颖的方法更好地了解微生物群落，从而凸显了微生物大量的功能多样性。相关研究结果于2023年10月11日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Unraveling the functional dark matter through global metagenomics”。 "论文第一作者 Georgios Pavlopoulos 现为亚历山大-弗莱明生物医学科学研究中心的研究主任。"这是用大规模并行计算对13亿个蛋白质进行的大规模分析"。 论文共同通讯作者Georgios Pavlop......阅读全文
核蛋白基因组指纹技术
Fine Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured CellsAchim Breiling and Valerio OrlandoDulbecco Telethon Institute, Institute of Genet
张宏院士团队揭示自噬蛋白ATG9调控溶酶体功能
近日，中国科学院生物物理研究所张宏院士团队在自噬研究领域取得重要进展，首次揭示了自噬关键蛋白ATG-9通过调控磷脂翻转酶活性，促进受损溶酶体修复的分子机制。该发现为溶酶体功能障碍相关疾病的治疗提供了新的研究方向。该篇题为"The autophagy protein ATG-9 regulates l
《科学》：古老蛋白塑造细菌紧凑基因组
该发现可能有助于开发其它标靶Rho的抗生素 与人类相比，细菌不携带过多的“垃圾DNA”，它们的基因组要“整洁”得多。比如大肠杆菌大约90%的基因组都包含编码蛋白质的DNA，而人类基因组的90%都是非编码的“垃圾DNA”。 美国科学家近日研究发现，细菌基因组的这种“整洁”可能要归功于一种名为R
张宏研究组揭示自噬蛋白ATG9调控溶酶体的功能
近日，中国科学院生物物理研究所张宏院士团队在自噬研究领域取得重要进展，首次揭示了自噬关键蛋白ATG-9通过调控磷脂翻转酶活性，促进受损溶酶体修复的分子机制。该发现为溶酶体功能障碍相关疾病的治疗提供了新的研究方向。该篇题为"The autophagy protein ATG-9 regulates
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
张文宏受聘南大！
7月2日上午，南京大学病毒与感染病研究所正式成立。国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，被聘为兼职教授和名誉所长，并现场做了《人类传染病的过去现在及未来》的主题演讲。 演讲中，张文宏提到，从人类与传染病的斗争史来看，病毒将长期存在，今天有新冠病毒，明天可能还会有其他病毒
张文宏：不是我说的
据东方网报道，12月20日下午开始，一段疑似张文宏的音频流传在微信朋友圈中，音频谈到当前新冠感染威胁、家庭防护推荐等多方面话题。但细心的网友发现，此段音频中包含有一些和张文宏医生之前观点相反的意见，甚至还有推销产品的嫌疑，因此，该段音频遭到质疑。这段音频是张文宏医生说的吗？张文宏向东方网回复：“不是
病毒蛋白与基因组RNA－构筑DNA蛋白复合结构多级可控构筑
生物大分子在自然进化中发展出一套独特的“自下而上”自组装方式进行各种复合结构的可控装配，为多功能生物纳米材料的加工制备提供了绝佳范例。其中，核酸-蛋白质纳米复合体系的可控构筑，不仅将实现生物学上两种基本组装模式的有效结合，以提供愈加复杂的生物结构模板，还有助于体内生物大分子相互作用的深入理解，对
利用－MS/MS－研究燕麦中表达球蛋白储存蛋白的基因组鉴定
最近发表在《植物科学前沿》（1）上的一篇论文介绍了一整套表达的球蛋白基因，这些基因编码燕麦中的主要储存蛋白及其染色体位置。为了获取这些信息，研究人员利用串联质谱法 (MS/MS) 分析分离的球蛋白，以确认种子中的身份和表达。研究人员在燕麦基因组上确定了 32 个球蛋白基因序列；其中，可以确认 RNA
张文宏：莫忽视科研行为本身
“创新本身不能被预先设计，也没有既定的方向。”近日，在复旦大学管理学院医疗健康产业峰会圆桌对话环节，国家传染病医学中心主任、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏，围绕“细胞与基因领域技术创新的产业化和国际化”主题，发表了自己的看法。 创新转化为什么有时候很快，有时候又很慢？张文宏认为，如果仅仅
PNAS：特殊蛋白质可控制机体“基因组卫士”
近日，发表在国际杂志PNAS上的一篇研究报告中，来自蒙特利尔临床研究学院的科学家通过研究鉴别出了免疫反应已知机制的一种新的作用亮点，研究人员发现了一种新型特殊蛋白，其可以控制“基因组卫士”—p53肿瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者对T细胞和B细胞的发育也进行了深入研究，这两种细胞均是保护机体
抑癌蛋白p53如何与基因组结合？
最近，来自比利时鲁汶大学的遗传学家表明，肿瘤蛋白TP53知道应该结合到我们DNA上的哪个确切位置，来防止癌症。一旦与这个特定的DNA序列结合，这个蛋白质就可以激活正确的基因来修复受损的细胞。相关研究结果发表在国际著名期刊《Genome Research》。 体内所有的细胞都有相同的DNA，但是
张强峰博士Nature解析全基因组蛋白互作
来自美国哥伦比亚大学，同济大学等处的研究人员发表了题为“Structure-based prediction of proteinCprotein interactions on a genome-wide scale”的文章，提出了一种基于三维结构信息的全基因组蛋白质相互作用计算预测方
《科学》杂志精选：人类基因组蛋白产物仍是谜
几近完成的普通小麦基因组测序 研究人员已经展示了普通小麦基因组的序列草图，从而在通往创制世界上种植最广泛谷物作物之一的完整参考序列的道路上到达了一个主要的里程碑。他们的工作给了科学家们一个可在小麦个体染色体上快速定位特定基因的工具，这一资源可帮助他们改良小麦育种以满足从未有过的对食物的更高需求
蛋白基因组学研究揭示肝癌发生和发展机制
慢性乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是导致我国肝癌发生的最主要原因，约85%的肝癌患者携带HBV感染标志。肝癌的发生发展是一个非常复杂的生物学过程，受到机体的系统性调控，基因突变会对HBV相关肝癌的表型产生怎样的影响，目前这方面的研究报道较少，亟待深入探究。同时，新药研
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会导
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。 通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会
蛋白质组学之逆袭，深度注释基因组
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。 从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
张文宏称新冠已成常驻病毒
我们都知道新冠肺炎病毒已经存在长达大半年之久了，但是病毒依旧还在传染并未消停，更有消息表示新冠肺炎病毒以后将会成为常伴的病毒，近来张文宏称新冠已成常驻病毒跟着小编一起来看看是怎么回事吧! 转眼已是秋冬季，全球已与新冠病毒抗争了大半年。在预测第二波疫情成为必然、疫情还要延续相当长的时间之后，复旦
刘宏涛：做科普当先立品牌
金秋十月，中国科学院武汉植物园一年一度的“斗菊”大赛又进入了白热化的阶段。 “我们每年都到社区里去，给老百姓赠送菊苗。到秋天举办菊花展时，市民再把自己养的菊花带过来，参加我们的斗菊擂台赛。”中科院武汉植物园园艺中心主任刘宏涛说，“几年下来，这个活动已经发展成很受欢迎的品牌。” 200
南京疫情跨省传播，@张文宏医生－解读！
7月29日凌晨，@张文宏医生 在微博上发声： 南京疫情促使全国经受压力测试，为未来疫情防控提供更多思考。 近期南京疫情跨省传播，成为输入性疫情引发国内传播的新模式。在严格管控疫情和加速疫苗接种的今天发生多省疫情扩散引发公众对于未来的巨大不安，这份不安其实来自对于未来巨大不确定性的不安。 1
刘畊宏新书：别让健康走错路
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/506304.shtm8月8日是我国第15个全民健身日，“全民健身，练就对了”新书首发发布会暨全民健身日活动在北京举办，活动邀请《练就自由：开启无限可能的人生》（以下简称《练就自由》）作者、健身教练刘畊宏和
张文宏等获评2020“最美教师”
为热烈庆祝第36个教师节，由中宣部、教育部、中央广播电视总台举办的“闪亮的名字——2020寻找最美教师”发布仪式日前在京举行。在发布仪式上，公布了10位最美教师、1个最美教师团队的先进事迹。 荣获2020年“最美教师”称号的教师有：复旦大学教授张文宏，中国人民大学教授王易，北京航空航天大学教
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（二）
针对一些乳腺癌亚型和携带常见突变如PIK3CA和TP53突变的肿瘤，分析结果揭示出了一些新的蛋白质标记物和信号通路。另外将一些基因中的拷贝数改变与蛋白质水平联系一起，从而鉴别出了10个新的候选调控因子。其中两个候选基因SKP1和 CETN3可能与癌基因EGFR有关联。EGFR是一种特别具有侵
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
蛋白基因组学助力挖掘结肠癌治疗新思路
原文： Proteogenomic Analysis of Human Colon Cancer Reveals New Therapeutic Opportunities 原文链接： https://www.sciencedirect.com/science/article/
蛋白基因组学助力挖掘结肠癌治疗新思路
2019年5月2日，Cell杂志报道了美国休斯敦贝勒医学院研究人员利用基因、转录、蛋白及翻译后修饰等多组学技术，对结肠癌/癌旁组织进行了系统、全面的分析，整合多组学结果为后续癌症治疗方案提供了新思路，同时也为生物标志物筛选、药物靶点、分子分型等研究工作奠定理论基础。实验背景结肠癌是世界上死亡率排名第
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
科学家绘制小细胞肺癌蛋白基因组学图谱
肺癌是全球癌症致死的首位原因，而小细胞肺癌约占肺癌总数的15%，是所有肺癌亚型中恶性程度最高、预后最差的亚型，5年生存率仅为5%。与非小细胞肺癌形成鲜明对比，小细胞肺癌的治疗手段单一，患者总生存率低。分子表征与组学研究不足，限制了小细胞肺癌的基础研究和临床进展，迄今为止，仅有少量针对小细胞肺癌临