单细胞数据挖掘算法方面取得新进展

图 SEVtras高效识别单细胞转录组数据中的胞外小囊泡 在国家自然科学基金项目(批准号:32025009、32130020等)资助下,中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在单细胞数据挖掘算法方面取得新进展,研究成果以“SEVtras识别单细胞转录组中液滴分辨率的胞外小囊泡(SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes)”为题,于2023年12月4日在《自然•方法》(Nature Methods)杂志发表。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41592-023-02117-1。 胞外小囊泡是由细胞分泌的微小囊泡,携带蛋白质、脂质和RNA等多种内容物,广泛存在于组织微环境中,充当细胞间信息交流的“信使”角色。胞外小囊泡在癌细胞转移......阅读全文

单细胞转录组测序(scRNAseq)的十个问答解惑

高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来

分泌小泡的功能特点

细胞内的膜所形成的立体的闭锁囊状物,是内质网和复合高尔基体的组成要素,囊泡并不是指所有的囊状物,一般多指扁平的囊状物。又分别将其中的小球状的囊称为小泡,大球状囊称为大泡或液泡.囊泡和分泌小泡比较接近,囊泡一般倾向于指尚未离开细胞器的囊状结构,有一定的突起,即将形成分泌小泡;而分泌小泡一般指脱离了细胞

加州大学钟声团队:用“一滴血”检测胞外RNA液体活检方法

  细胞外RNA(exRNA)作为一种新型液体活检标志物,因其广谱性及多样性近些年引起了科学家的广泛关注。此前研究发现,包括miRNA在内的小exRNA与某些疾病的临床治疗反应相关,但关于其他类型exRNAs的存在情况及其临床相关性研究仍十分有限。此外,血清中的exRNA经过提取步骤后,含量往往非常

2023-细胞产业大会赞助席位预定中,欢迎咨询!

2023 细胞产业大会将于3月上海、7月深圳、11月苏州举办,赞助席位预定中,欢迎咨询!大会介绍       为贯彻落实国家《“十四五”生物经济发展规划》总体要求,大力发展干细胞、免疫细胞、基因等产业领域,全力做强创新引擎,培育发展新动能,打造未来产业创新高地、发展壮大未来产业集群,为此,2023细

我国学者利用甲肝病毒揭示外泌体内容物装载新模式

  1月22日,中国科学院上海巴斯德研究所龙钢课题组在国际期刊J.Extracellular Vesicles 在线发表了一篇关于病毒外泌体包装的研究论文“Hepatitis A virus structural protein pX interacts with ALIX and promotes

2017单细胞扩增测序技术的最新进展

  细胞是构成生命体的结构和功能的基本单位,不同类型的细胞形态迥异,功能也各不相同。即使是同类细胞间看似相同,相互间也存在着广泛的细胞异质性。传统的群体细胞分析检测能更快速方便的获得大量数据并利于进行有效的统计学分析,但是随着研究的深入,这种基于群体细胞分析所获得的平均性数据,往往忽略了细胞个体间的

超灵敏纳米流式分析仪在巧选细胞囊泡最佳参考材料中...

超灵敏纳米流式分析仪在巧选细胞囊泡最佳参考材料中的应用胞外囊泡做为细胞间通讯的重要媒介,在细胞生理稳态的维持方面和病理发生发展的过程中发挥着重要的作用,正渐渐成为基础科学和临床研究的一个主要研究对象。然而针对胞外囊泡的研究,在世界范围内一直缺乏相对统一的研究标准或大小评估参考材料。在以往的研究报道中

新型微生物群体单细胞分辨率高通量空间转录组分析技术

  近日,美国加州理工学院研究团队开发了一种新的高通量空间转录组成像方法——并行连续荧光原位杂交par-seqFISH(parallel sequential fluorescence in situ hybridization)技术,能够在单细胞水平鉴定和观察微生物基因表达谱和微尺度环境中的空间信

转录组测序和全转录组测序的区别

全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术,可以全面获取样本中转录产物信息,结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制, 进行联合分析,深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有

青岛能源所发明拉曼激活单细胞液滴分选技术

  单个细胞是地球上细胞生命体功能和进化的基本单元。单细胞精度的高通量功能分选是解析生命体系异质性机制、探索自然界微生物暗物质的重要工具。单细胞拉曼光谱(SCRS)能够在无标记、无损的前提下揭示细胞固有的化学组成,因此拉曼激活细胞分选技术(RACS)日益受到关注。但分选通量是当前限制其广泛应用的瓶颈

液滴微流控:液滴制备系统

成功制备稳定、均一的液滴需同时具备三大关键要素:稳定的压力输出,精确的流量控制和合适的芯片设计。本文以十字型液滴芯片为例,介绍一种可靠的液滴制备系统,其示意图见下。液滴制备系统概览此液滴制备系统组成部分有:2个FLOW EZ压力泵,2个储液池,2个过滤器,2个流量传感器,1个芯片夹具,1个十字型液滴

液滴微流控:液滴制备方法

基于液滴的微流控系统,因其提供了方便处理微流体(μL,pL)的混合、封装、分选等多种操控的可行性,并适合高通量实验,在近几十年期间,得到高速发展。什么是液滴?液滴微流控有哪些应用?如何搭建液滴制备系统?有关液滴的诸多问题,将会是我们近期所要分享的内容。 什么是液滴?微流控里的液滴,可以理解为两种互不

EXOC2基因编码功能及结构描述

该基因编码的蛋白质是胞外囊复合物的一个组成部分,胞外囊复合物是一种多蛋白复合物,是胞外囊泡极化靶向细胞膜上特定对接位点所必需的虽然在酵母中表现最好,但在高等真核生物中,外囊复合体的组成蛋白和功能已被证明是高度保守的包括这种蛋白在内,至少有八种胞外复合物成分被发现与肌动蛋白细胞骨架重塑和囊泡转运机制相

EXOC2基因突变与药物因子介绍

该基因编码的蛋白质是胞外囊复合物的一个组成部分,胞外囊复合物是一种多蛋白复合物,是胞外囊泡极化靶向细胞膜上特定对接位点所必需的虽然在酵母中表现最好,但在高等真核生物中,外囊复合体的组成蛋白和功能已被证明是高度保守的包括这种蛋白在内,至少有八种胞外复合物成分被发现与肌动蛋白细胞骨架重塑和囊泡转运机制相

EXOC2基因编码功能及结构描述

该基因编码的蛋白质是胞外囊复合物的一个组成部分,胞外囊复合物是一种多蛋白复合物,是胞外囊泡极化靶向细胞膜上特定对接位点所必需的虽然在酵母中表现最好,但在高等真核生物中,外囊复合体的组成蛋白和功能已被证明是高度保守的包括这种蛋白在内,至少有八种胞外复合物成分被发现与肌动蛋白细胞骨架重塑和囊泡转运机制相

皮脂腺的组成

  皮脂腺大多位于毛囊及立毛肌之间,由一个或几个囊  状的腺泡与一个共同的短导管构成。分泌部呈囊泡状,由多层腺细胞构成。腺泡周边紧贴基膜的细胞较小,呈扁平或立方形,称为基细胞。新生的腺细胞不断向中心移动,体积增加,胞质内的小脂滴越来越多,腺泡中心的细胞更大,细胞核固缩、细胞器消失,胞质内充满脂滴。最

PTRB:-影响神经细胞功能的囊泡

  近日研究发现,微小囊泡中含有保护性物质,显然,其在神经元的功能上传送神经细胞起着非常重要的作用。细胞生物学家发现,神经细胞会寻求邻近的神经胶质细胞小囊泡的援助用来抵御压力和其他潜在的有害因素。这些囊泡称为外核体,似乎在不同水平上刺激神经元:它们影响电刺激传导,生化信号传递和基因调控。外核体因此是

针对稀有样本——新方法提高单细胞转录组测序的效率

  近日,中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳系统与仿生医学研究中心研究员陈艳和南加州大学教授钟江帆合作,在针对稀有细胞样本的单细胞测序技术方面取得新进展。相关研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a

研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台

  单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空

单细胞测序新技术:同时分析单个细胞的转录组和甲基...

单细胞测序新技术:同时分析单个细胞的转录组和甲基化组 单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而,由于细胞之间存在较大的差异,又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组,在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。 近日,加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授

突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术

  由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法,使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》(Nature Methods)上的实验方案,可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。  近年来单细胞测序技术发展迅速,被广泛用于研究细胞间的基因表达谱(转录组)

细菌胞外蛋白含量测定实验

(一)实验原理这种蛋白质测定法是最ling敏的方法之一.过去此法是应用最广泛的一种方法,由于其试剂乙的配制较为困难(现在已可以订购),近年来逐渐被考马斯亮兰法所取代.此法的显色原理与双缩脲方法是相同的,只是加入了第二种试剂,即Folin—酚试剂,以增加显色量,从而提高了检测蛋白质的灵敏度.这两种显色

关于胞外多糖的基本介绍

  乳酸菌胞外多糖(Exopoly Saccharides,EPS)是乳酸菌在生长代谢过程中分泌到细胞壁外常渗于培养基的一类糖类化合物,有的依附于微生物细胞壁形成荚膜,称为荚膜多糖;有的进入培养基形成粘液,称为粘液多糖,它们都是微生物适应环境的产物。近几十年来,由于微生物胞外多糖在产品结构、性能及生

纳米级流式细胞仪在细胞外泌体、微囊泡研究中的应用

外泌体是一种纳米级囊泡,几乎所有类型的细胞,包括癌细胞都可以释放外泌体。作为细胞间通讯的重要介质,外泌体介导了蛋白质和遗传物质的交换,越来越多的证据表明,宿主细胞或癌细胞分泌的外泌体参与了肿瘤发生,生长,侵袭和转移。并且免疫细胞和癌细胞自身通过外泌体进行通讯在调节肿瘤免疫中发挥了双重作用。近年来的研

胞质小RNA的概念

中文名称胞质小RNA英文名称small cytoplasmic RNA;scRNA定  义细胞质中的小分子RNA。通常指转移核糖核酸(tRNA)和小的核糖体RNA(rRNA),如5S rRNA、5.8S rRNA等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

液滴微流控(一):液滴制备方法

  基于液滴的微流控系统,因其提供了方便处理微流体(μL,pL)的混合、封装、分选等多种操控的可行性,并适合高通量实验,在近几十年期间,得到高速发展。   什么是液滴?液滴微流控有哪些应用?如何搭建液滴制备系统?有关液滴的诸多问题,将会是我们近期所要分享的内容。   什么是液滴?   微流

液滴微流控(一):液滴制备方法

  基于液滴的微流控系统,因其提供了方便处理微流体(μL,pL)的混合、封装、分选等多种操控的可行性,并适合高通量实验,在近几十年期间,得到高速发展。   什么是液滴?液滴微流控有哪些应用?如何搭建液滴制备系统?有关液滴的诸多问题,将会是我们近期所要分享的内容。   什么是液滴?   微流

有被小泡的功能介绍

质膜胞质面由特定蛋白质(网格蛋白或其他蛋白质)包被成的有被小窝从膜上缢断后形成的运输小泡。

运输小泡的定义和作用

中文名称运输小泡英文名称transport vesicle定  义在细胞器之间转运蛋白质的小泡。它们从一个细胞器的膜上芽生、与另一个细胞器的膜融合,完成蛋白质的小泡运输。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞生理(二级学科)

开发出非标记液滴单细胞微生物生长表型筛选技术

  微生物生长表型筛选是工业育种、酶定向进化和合成生物学等领域面临的限速步骤。精准的单细胞精度生长表型测量是突破上述瓶颈的关键。近日,中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心开发了低成本、非标记的微型液滴微流控平台。该平台可通过单细胞微液滴培养、液滴自荧光检测、目标微液滴自动分选等步骤完成单细胞