58万张照片解析转录起始连续动态全过程
12月22日，复旦大学上海医学院（以下简称“复旦上医”）徐彦辉团队首次用结构重现出了转录从头起始的16个连续动态全过程，揭示了通用转录因子（GTFs）和转录泡协同RNA聚合酶Pol II调控转录起始向转录延伸转变的分子机制，该研究在线发表于《科学》。 转录是基因表达调控的核心，真核细胞的基因转录需要经历起始、延伸、终止等多个阶段，其中转录起始过程涉及十余个复合物上百个蛋白的巨大转变。几十年来，众多的实验室利用生物化学、单分子生物物理以及结构生物学等方法开展了大量探索性的工作，但对其发生过程和分子机制的理解还不够深入。 启动子逃逸是转录从起始到延伸的关键转折步骤，为解析此过程的动态变化，徐彦辉团队设计了一系列转录模板，可以控制RNA聚合酶II停在转录最初17个碱基时的任意碱基位置。研究人员将此设计类比为定格动画，通过逐步捕捉每一步画面，连贯而成一部动态“电影”——连续的转录起始动态全过程，进而揭示完整转录起始过程及其分子机......阅读全文
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
Cell解析重要的转录复合物
中介体复合物（Mediator Complex）是细胞中最大也最为复杂的分子机器之一。日前，Scripps研究所（TSRI）的科学家们用电镜获得了首个中介体复合物（Mediator）的精确结构图，这一成果发表在六月五日Cell杂志上。 Mediator是所有动植物细胞中的关键分子机器，对于绝大
武汉大学JVirol解析病毒转录新机制
来自武汉大学生科院，Lerner研究所(Lerner Research Institute)的研究人员发现水泡性口炎病毒VSV磷酸蛋白的三个磷酸化位点突变之后，会剥夺了功能性N-RNA模板的形成，从而影响病毒的转录复制。这不仅有助于分析磷酸化在磷酸蛋白P3A中所起的作用，而且也能揭示一些传染
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514996.shtm
麻省教授连发两篇Cell解析转录机制
来自麻省大学医学院的研究人员全面分析了一种对于真核细胞转录剪接十分重要的复合物：外显子拼接复合体(exon junction complex，EJC)，并研究了相关RNA互助组，从中发现EJC的作用机制，这对于深入解析转录后剪接具有重要意义。相关成果公布在Cell杂志在线版上。 文章的
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
人脑多区域时空发育转录组图谱获解析
科学家通过单细胞和时空转录组研究，首次解析迄今为止跨时间点最广（GW6-GW23）、面积最大（最大4cm x 3cm）的人脑多区域时空发育转录组图谱，为解码人脑发育及区域特化研究提供了新见解。日前，相关研究成果发表在《细胞》上。 脑是人类最复杂和神秘的器官。解剖学上，脑可以被划分为不同的区域，
PIL家族转录因子抑制植物分蘖机制获解析
近日，山东省农业科学院水稻研究所研究员谢先芝、中国农业科学院作物科学研究所研究员孙加强和孔秀英等合作，报道了PIL家族转录因子直接与SPLs互作，并在抑制小麦、水稻和拟南芥分蘖/分枝方面发挥重要作用。相关论文在线发表于《新植物学家》。株高、分蘖数、分蘖角等结构是小麦、水稻等作物株型的重要决定因素之一
科学家首次解析大白鲨转录组特征
软骨鱼类(软骨鱼纲：鲨鱼、鳐鱼、鳐形目鱼和银鲛目鱼)，具有至少在4亿年前的泥盆纪的化石记录，为我们提供了一个成功进化的显著例子。现代鲨鱼，是软骨鱼类的一组，具有多样的身体大小(例如，成年鲨鱼20-1200cm)、生理学特性(例如，外温性到区域内温性)、繁殖方式(例如，从卵生到胎生)和栖息地利用(
华跃进团队解析转录因子DdrO结构，揭示遏制去除机制
DdrO是一种XRE家族转录抑制因子，与金属蛋白酶PprI配合，对于奇异球菌属物种的DNA损伤反应至关重要。 2019年8月14日，浙江大学华跃进教授团队在Nucleic Acids Research 在线发表了题为“Structure and DNA damage-dependent der
转录因子调控番茄碱代谢合成新机制获解析
甾体生物碱（SA）及其糖基化形式（SGA）是广泛存在于茄科植物中一类特殊的代谢产物，对植物病原菌和草食动物具有防御作用。迄今为止，在番茄中检测到近百种甾体类生物碱，其中α-番茄碱（α-tomatine）是茄科植物的叶片、花蕾和果实中最主要的一种SGA。在番茄成熟过程中，有毒的生物碱及其糖基化产物由一
科学家成功解析叶绿体基因转录蛋白质机器构造
叶绿体中的光合作用将光能转化为化学能，吸收二氧化碳，释放氧气，是地球生物圈的重要塑造者。叶绿体约在15亿年前通过蓝藻内共生进化而来。在进化过程中，叶绿体基因要么被废弃，要么逐渐转移到细胞核染色体中，导致多数陆地植物叶绿体基因组只保留了110-130个基因。其中，大部分基因编码基因转录、蛋白翻译和光合
研究解析人类大脑纺锤形神经元的转录图谱
人类大脑的认知功能如语言、思维和情感等赋予了人类非凡的感知力、智慧和创造力。研究发现，在旧大陆猴、猿类和人类等灵长类的大脑中进化出了一类新的神经细胞，称为von Economo neuron (VEN)，又称spindle neuron（纺锤形神经元），但这类神经元在新大陆猴等更原始的灵长类中没
58万张照片解析转录起始连续动态全过程
12月22日，复旦大学上海医学院（以下简称“复旦上医”）徐彦辉团队首次用结构重现出了转录从头起始的16个连续动态全过程，揭示了通用转录因子（GTFs）和转录泡协同RNA聚合酶Pol II调控转录起始向转录延伸转变的分子机制，该研究在线发表于《科学》。 转录是基因表达调控的核心，真核细胞的基因转
遗传发育所解析茉莉酸调控植物免疫的转录重编程机理
茉莉酸是来源于不饱和脂肪酸的植物免疫激素，其生物合成途径和化学结构与高等动物中的免疫激素前列腺素有极高的类似性。在受到机械伤害、咀嚼式昆虫和死体营养型病原菌的侵害时，植物激活茉莉酸信号通路，启动并级联放大茉莉酸介导的转录重编程，从而产生有效的防御反应。但目前对茉莉酸激活植物免疫转录重编程的机理所
中科院广州生物院高精度解析癌症相关转录因子结构
近日，中科院广州生物医药与健康研究院乔治拉夫课题组高精度解析了癌症相关转录因子SOX18的结构，并利用小片段DNA抑制其作用。相关成果日前在线发表于《核酸研究》。 癌症拥有致命特性的原因之一是转移作用，恶性肿瘤细胞从原发部位经淋巴道等途径到达其他部位继续生长，如果抑制了肿瘤细胞的转移，将有可能
科学家解析致病菌中新型转录调控的分子机制
铜绿假单胞菌是条件性致病菌，危害人类身体健康。近日，在铜绿假单胞菌中报道了一个新型的转录因子SutA（survival under transition A）。SutA对于维持细菌厌氧条件下的基因转录至关重要。SutA突变会造成各种缺陷的表型，例如，生物膜形成能力降低、致病毒力下降等。生化和遗传数据
遗传发育所解析茉莉酸调控植物免疫的转录重编程机理
茉莉酸是来源于不饱和脂肪酸的植物免疫激素，其生物合成途径和化学结构与高等动物中的免疫激素前列腺素有极高的类似性。在受到机械伤害、咀嚼式昆虫和死体营养型病原菌的侵害时，植物激活茉莉酸信号通路，启动并级联放大茉莉酸介导的转录重编程，从而产生有效的防御反应。但目前对茉莉酸激活植物免疫转录重编程的机理所
于军研究组：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺转录组学
乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后。近期来自中科院北京基因组研究所，中国科学院大学等处的研究人员首次利用RNA-seq技术对小鼠乳腺发育进行转录组学研究, 包括怀孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表达情况，并解析了怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因。 作为哺乳动
人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研
昆明动物所等解析人类大脑纺锤形神经元的转录图谱
人类大脑的认知功能如语言、思维和情感等赋予了人类非凡的感知力、智慧和创造力。研究发现，在旧大陆猴、猿类和人类等灵长类的大脑中进化出了一类新的神经细胞，称为von Economo neuron (VEN)，又称spindle neuron（纺锤形神经元），但这类神经元在新大陆猴等更原始的灵长类中没
广州生物院等高精度解析癌症相关转录因子SOX18的结构
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院Ralf Jauch课题组高精度解析了癌症相关转录因子SOX18的结构并利用小片段DNA抑制其作用。3月2日，该成果以Structure and decoy-mediated inhibition of the SOX18/Prox1-DNA intera
关于基因转录的转录因子介绍
转录因子(transcription factor)是起调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。转录因子的结合位点
转录图谱的转录图谱的意义
在于它能有效地反应在正常或受控条件中表达的全基因的时空图。通过这张图可以了解某一基因在不同时间不同组织、不同水平的表达；也可以了解一种组织中不同时间、不同基因中不同水平的表达，还可以了解某一特定时间、不同组织中的不同基因不同水平的表达。人类基因组是一个国际合作项目：表征人类基因组，选择的模式生物的D
RNA的转录和逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
RNA复制、转录与逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
科学家解析结核杆菌转录起始复合物的晶体结构
基因组的遗传信息得以表达，首先需要RNA polymerase (RNAP)以DNA为模板合成RNA。基因转录不仅是基因表达第一步，还是基因表达的主要调控步骤。对RNAP分子机器结构、运行机理以及调控机制的研究能够回答基因表达调控的基础生物学问题。在转录起始阶段，细菌的RNAP与转录起始σ因子形
国农科院烟草所解析果胶质多糖脱甲酯化的转录调控机制
近日，中国农业科学院烟草研究所烟草功能基因组创新团队在植物细胞壁果胶质甲酯化调控研究中取得新进展，解析了果胶质多糖脱甲酯化的转录调控机制，为果胶去甲酯化的调控机制及种皮粘液质形成的转录调控网络提供了创新性的观点。相关研究成果发表在《植物生理》（Plant Physiology）上。 果胶质多糖
关于体外转录的转录条件介绍
转录模板必须满足： 1. 在基因组全长克隆过程中，在正向引物5‘末端添加T7启动子序列； 2. 以T7启动子作为体外转录启动子，在启动子后面靶位序列连续带有3个G,转录效率最 高； 3. 在正向引物5/端添加一个帽子G,有利于提高体外转录RNA分子的侵染活性。