科学家解析致病菌中新型转录调控的分子机制
铜绿假单胞菌是条件性致病菌，危害人类身体健康。近日，在铜绿假单胞菌中报道了一个新型的转录因子SutA（survival under transition A）。SutA对于维持细菌厌氧条件下的基因转录至关重要。SutA突变会造成各种缺陷的表型，例如，生物膜形成能力降低、致病毒力下降等。生化和遗传数据表明SutA调控细菌内大多数基因表达，尤其是核糖体合成相关的基因，但其作用机制尚未得到解析。 7月21日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所/中科院合成生物学重点实验室张余研究组与浙江大学医学院冯钰研究组合作，在《自然-通讯》（Nature Communications）上，在线发表了题为Pseudomonas aeruginosa SutA wedges RNAP lobe domain open to facilitate promoter DNA unwinding的研究论文。该研究揭示了SutA激活铜绿假......阅读全文
细菌DNA转录偶联修复的结构基础
活跃的转录基因中的DNA损伤修复比基因组中不活跃的区域更迅速。在细菌中，这个过程被转录修复偶联因子（transcription repair coupling factor , TRCF）介导。TRCF破坏DNA损伤位点的处的RNA聚合酶，并重新启动DNA切除修复机制（DNA excisi
研究揭示细菌固有转录终止的结构基础
1月12日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队、美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队与浙江大学冯钰团队合作，在《自然》（Nature）上，发表题为Structural basis for intrinsic transcription ter
天津工生所蓝细菌转录组研究获进展
原绿球藻(Prochlorococcus)是分布在全球热带和亚热带海域的蓝细菌，也是目前发现的海洋中含量最丰富的光合生物。虽然只具有极小的细胞体积(直径约0.6 um)和基因组(可以小到～1.6Mbp)，但原绿球藻细胞数量的庞大以及高效的光合作用，使得其对于全球生物圈初级产物的生产和碳循环具
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒储
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。 实验材料 N-表达质粒 E.coi
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料 N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒 储存液缓冲液仪器、耗材 蛋白胨培养基蛋白胨平板N-表达质粒组合文库培养板实验步骤 ―、材料与设备1. 通过比较 β-半乳糖苷酶表达
中科院团队揭示细菌固有转录的“刹车”机制
1月12日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队、美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队与浙江大学冯钰团队合作，在《自然》（Nature）上，发表题为Structural basis for intrinsic transcription termi
研究揭示细菌逆转录酶介导新型免疫机制
近日，中国科学院武汉病毒研究所团队，揭示了新型细菌抗病毒防御系统DRT4的工作机制。研究发现，在遭遇噬菌体入侵时，带有DRT4防御系统的细菌通过“自杀式防御”策略，牺牲被感染个体以保全群体。这一防御系统的启动“钥匙”来自于病毒自身编码的一种核酸结合蛋白。 研究团队综合运用生物化学、生物物理学及
张余课题组揭示细菌Class－III转录激活机制
9月28日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室研究员张余课题组在Nature Chemical Biology上，在线发表题为CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究论文，主要研究细菌
揭示肠道细菌调控表观转录组修饰促进结直肠癌转移机制
结直肠癌是常见恶性肿瘤之一，是全世界发病人数第三、死亡人数第二的恶性肿瘤。结直肠癌在我国同样不容乐观。尽管结直肠癌的治疗手段不断发展，但晚期转移性结直肠癌患者的预后生存仍然不理想，我们需要对结直肠癌的转移机制有更深刻的认识。 近年来，随着宏基因组测序等研究手段的不断进展，人们发现肠道菌群能广泛
关于基因转录的转录因子介绍
转录因子(transcription factor)是起调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。转录因子的结合位点
转录图谱的转录图谱的意义
在于它能有效地反应在正常或受控条件中表达的全基因的时空图。通过这张图可以了解某一基因在不同时间不同组织、不同水平的表达；也可以了解一种组织中不同时间、不同基因中不同水平的表达，还可以了解某一特定时间、不同组织中的不同基因不同水平的表达。人类基因组是一个国际合作项目：表征人类基因组，选择的模式生物的D
RNA的转录和逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
RNA复制、转录与逆转录
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
冯银刚课题组揭示新细菌转录调控因子的结构功能机制
近年来，在一些梭菌和杆菌中发现一类广泛存在的σ因子及其共转录的抗σ因子——SigI和RsgI，它们的一些结构域和已知蛋白没有同源性，代表了一类新的特殊的细菌σ/抗σ因子。热纤梭菌等一些产纤维小体细菌具有8-16对的SigI/RsgI因子，这在其他已知类型的σ/抗σ因子中比较少见。已有的研究表明这
关于体外转录的转录条件介绍
转录模板必须满足： 1. 在基因组全长克隆过程中，在正向引物5‘末端添加T7启动子序列； 2. 以T7启动子作为体外转录启动子，在启动子后面靶位序列连续带有3个G,转录效率最 高； 3. 在正向引物5/端添加一个帽子G,有利于提高体外转录RNA分子的侵染活性。
转录因子的转录调控区的介绍
同一家族的转录因子之间的区别主要在转录调控区。 转录调控区包括转录激活区（transcription activation domain）和转录抑制区（transcription repression domain）二种。近年来，转录的激活区被深入研究。它们一般包含DNA结合区之外的30-10
关于转录因子的转录抑制区的介绍
也是转录因子调控表达的重要位点，但是对其作用机理研究尚不深入。可能的作用方式有三种：1）与启动子的调控位点结合，阻止其它转录因子的结合；2）作用于其它转录因子，抑制其它因子的作用；3）通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。 转录因子必须在核内作用，才能起到调控表达的目的。因此，转录因子上的核
核转录分析
实验材料 cDNA 0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA 试剂、试剂盒 PBS
转录的特点
转录时,细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA,通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比,转录有很多相同或相似之处,亦有其自己的特点。转录中,一个基因会被读取并复制为mRNA。就是说,以特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的RNA聚合酶作为催化剂,合成前体
RNA－反转录
实验材料 poly(A)+RNA 反转录酶 鼠源反转酶 或禽源反转录酶 试剂、试剂盒 oligo
CCAAT转录因子
中文名称CCAAT转录因子英文名称CCAAT transcription factor定 义可与启动子中的CCAAT元件发生特异性相互作用的转录因子。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
核转录分析
实验材料 cDNA0.45um 硝酸纤维素 尼龙膜 酵母 tRNA试剂、试剂盒 PBS NP-40 裂解缓： 20XSSC LNaOH 甘油储存缓冲液 10X 转录缓冲液 核苷酸:ATPGTPCTP 200uCi「α32P]-UTP 10XSET 蛋占酶 K 无 RNase 的 DNase
RNA－反转录
实验材料 poly(A)+RNA反转录酶鼠源反转酶 或禽源反转录酶试剂、试剂盒 oligo(dT)12-18 lmol LTris-Cl 1mol LTris-Cl lmol LKC1 25 mmol LMgCl2 dNTP 混合物 0.lmol LDTT RNasin实验步骤 一材料与设备1)p
体外转录
· In Vitro RNA Transcription (Promega)For in vitro preparation single-stranded RNA probes or microgram quantities of defined RNA transcripts f
辅助转录因子
中文名称辅助转录因子英文名称ancillary transcription factor定 义协助RNA聚合酶同启动子结合，并促进已结合的RNA聚合酶启动转录速率的转录因子。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
转录因子组成
真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一种蛋白质是不是转录结构的一部分往往是通过体外系统看它是否是转录起始所需要的。一般这些促成转录起始所需的转录结构包括三个重要的组成部分：亚基RNA聚合酶的亚基，它们是转录必须的，但并不对某一启动子有特异性。复合物某些转录因子能与RNA聚合酶结合形成起始复
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
转录组测序和全转录组测序的区别
全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的 所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA 。借助高通量测序技术，可以全面获取样本中转录产物信息，结合竞争性内源RNA ( ceRNA)机制， 进行联合分析，深入挖掘转录水平调控网络。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有
RNA的转录与逆转录相关介绍
转录是以DNA为模板合成RNA的过程，经过转录DNA分子中的贮存信息传递到RNA分子中，再由mRNA做为模板合成蛋白质分子。逆转录也是从RNA的一个特定位置开始的，以RNA分子中的一条链为模板，在逆转录酶的作用下，以四种脱氧核苷酸为原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大