Antpedia LOGO WIKI资讯

科研家提出环形RNA全长转录本解析技术

近日,中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》(Nature Protocols)上,发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文,建立了环形RNA全长转录本解析和高效挖掘的技术体系。近年的研究表明,环形RNA在真核生物体内具有广泛的生物学功能。环形RNA序列与线性RNA相似度高,因此如何高效鉴定环形RNA特有的外显子结构,是环形RNA研究中的重要问题。针对这一问题,赵方庆团队前期提出了CIRI-AS算法(基于BSJ读段对比结果对环形RNA内部可变剪接结构进行识别)。后续研究开发了CIRI-full算法(通过识别双端250bp测序数据中反向重叠区特征,对500bp以内的环形RNA进行全长重构)。由于上述方法主要基于短读长测序技术,难以对长度500bp以上的环形RNA的全长序列进行有效识别。在此......阅读全文

组织/细胞RNA快速提取

 操作步骤:(实验前请先阅读注意事项)提示: 第一次使用前请先在漂洗液RW瓶和70%乙醇瓶中加入指定量无水乙醇! 操作前在裂解液RLT中加入β-巯基乙醇至终浓度1%,如1 ml RLT 中加入10μl β-巯基乙醇。此裂解液最好现用现配。配好的RLT 4℃可放置一个月。1. 组织培养细胞a. 收

组织RNA提取方法介绍

1. 最好新鲜组织,这样RNA提取的效果比较好,这是肯定的。2. 如果不是新鲜的(最好在半年之内,-80℃或者液氮中冻存的)组织,注意不要反复冻融,从冰冻状态拿到0~4℃,注意不要拿到常温,待组织解冻后,用DEPC泡过的剪刀剪一小块组织,称重后,放到预冷的匀浆器中,然后加入一定量的TRIZOL试剂,

纯化RNA实验——从组织中纯化总RNA

实验材料组织试剂、试剂盒RNA 抽提缓冲液氯仿实验步骤1. 从动物取下组织,直接进行第 2 步或在液氮中快速冷冻新鲜解剖的组织。冷冻后的组织可以贮存在 -70℃。2. 组织(0.05~0.3 g)在 2.0 ml RNA 抽提缓冲液中匀浆。3. 每管加 200 μl 氯仿,混合均匀,冰浴 15 分钟

RNA提取心得(组织RNA提取和培养细胞的RNA提取)

一.组织RNA提取 1.最好新鲜组织,这样RNA提取的效果比较好,这是肯定的。 2. 如果不是新鲜的(最好在半年之内,-80℃或者液氮中冻存的)组织,注意不要反复冻融,从冰冻状态拿到0-4℃,注意不要拿到常温,待组织解冻后,用 DEPC泡过的剪刀剪一小块组织,称重后,放到预冷的匀浆器中,然后

动物组织RNA提取及纯化

实验概要提取样品组织中的RNA并消除DNA污染实验原理Trizol裂解细胞使RNA释放beta巯基乙醇一直RNase活性酚-氯仿抽提分离RNARNase-Free DNase消除DNA污染主要试剂Trizol无水乙醇氯仿(三氯甲烷)异丙醇RQ1 RNase-Free DNase(Promega,M6

组织和细胞RNA的制备

一、 组织和细胞总RNA提取:异硫氰酸胍法(一)试剂准备1.CSB缓冲液:42mM柠檬酸钠;0.83% N-lauryl sarcosine(十二烷基,N甲基甘氨酸钠);0.2 mM β-巯基乙醇。2.变性液:异硫氰酸胍(终浓度 4 M)25g、CSB缓冲液 33ml,混合直至完全溶解,可在65℃助

植物组织总RNA的提取

实验概要由于RNA分子的结构特点,容易受RNA酶的攻击反应而降解,加上RNA酶极为稳定且广泛存在,因而在提取过程中要严格防止RNA酶的污染,并设法抑制其活性,这是本实验成败的关键。所有的组织中均存在RNA酶,人的皮肤、手指、试剂、容器等均可能被污染,因此全部实验过程中均需戴手套操作并经常更换(使用一

Hela细胞的特点

  · 可以连续传代;  · 细胞株不会衰老致死,并可以无限分裂下去;  · 此细胞系跟其它 癌细胞相比,增殖异常迅速;  · 感染性极强。

Hela细胞的介绍

是生物学与医学研究中使用的一种细胞,源自一位美国妇女海莉耶塔‧拉克斯(Henrietta Lacks)的子宫颈癌细胞的细胞系。在医学界海拉细胞被广泛应用于肿瘤研究、生物实验或者细胞培养,已经成为医学研究中非常重要的工具。

Hela细胞的应用

  Hela细胞系被George Gey分送给众研究单位(并未通知拉克斯本人也未得到她的许可),并用作癌症模式细胞(model cancer cells)研究。HeLa细胞系也被用作研究细胞信号传导(cellular signal transduction)。  · 1952年研究人员用各种从 腮腺

hela细胞有几种

海拉细胞系是源自一位美国黑人妇女海瑞塔‧拉克斯(Henrietta Lacks)的宫颈癌细胞的细胞系。HeLa取于原患者海瑞塔·拉克斯的姓名前两字母。1951年由G.O.Gey等人从她的肿瘤上取下组织样本,并在实验室中进行培养,至今仍被不间断的培养。不同于其他一般的人类细胞,此细胞株不会衰老致死,并

hela细胞有几种

海拉细胞系是源自一位美国黑人妇女海瑞塔‧拉克斯(Henrietta Lacks)的宫颈癌细胞的细胞系。HeLa取于原患者海瑞塔·拉克斯的姓名前两字母。1951年由G.O.Gey等人从她的肿瘤上取下组织样本,并在实验室中进行培养,至今仍被不间断的培养。不同于其他一般的人类细胞,此细胞株不会衰老致死,并

概述组织激肽释放酶对脑组织的保护作用

  在人类,已证实组织激肽释放酶分布在丘脑、下丘脑、脑灰质、脑干网状结构的神经元和腺垂体细胞及脉络丛细胞上。B2R在人星形神经胶质、少突胶质细胞、小胶质细胞、脑血管内皮细胞、大脑皮质、纹状体、丘脑、下丘脑的神经元上都有表达。而B1R在丘脑、下丘脑的神经元和基底动脉中有表达。体外研究显示人类B1R在血

概述组织激肽释放酶对脑组织的保护作用

  在人类,已证实组织激肽释放酶分布在丘脑、下丘脑、脑灰质、脑干网状结构的神经元和腺垂体细胞及脉络丛细胞上。B2R在人星形神经胶质、少突胶质细胞、小胶质细胞、脑血管内皮细胞、大脑皮质、纹状体、丘脑、下丘脑的神经元上都有表达。而B1R在丘脑、下丘脑的神经元和基底动脉中有表达。体外研究显示人类B1R在血

CsCl法从组织中提取RNA

试剂、试剂盒 液氮 组织胍溶液 十二烷基肌氨酸钠 CsCl 组织重悬液 乙酸钠酚 氯仿 异戊醇 异戊醇 无水乙醇仪器、耗材 组织捣碎机 离心机实验步骤 一 材料与设备1)液氮2)组织胍溶液:590.8 g 异硫氰酸胍溶于 400ulDEPC 处理的水中,加入 25 mmol/LTris-Cl(p

CsCl法从组织中提取RNA

            试剂、试剂盒 液氮 组织胍溶液 十二烷基肌氨酸钠 CsCl 组织重悬液   乙酸钠 酚 氯仿

提取动物关节软骨组织总RNA

实验目的       研磨破碎软骨组织(大鼠膝关节软骨),提取其总RNA。 实验原理       充分磨碎软骨样品(大鼠膝关节软骨),再用相关试剂提取其总RNA。 实验材料和器具样品:大鼠膝关节软骨仪器:多样品组织研磨仪(上海净信,Tissuelyser-24)耗材:研磨罐(上海净信,***ml),

用于提取RNA新鲜组织如何保存

市场上有一种非冰型RNA样品保存液.有些公司叫RNAwait,或者还有别的名称,你可以了解一下.很多公司都有的.非冻型组织细胞RNA保存液(RNAwait)是一种在较高温度下保存动物组织及细胞RNA样品的非冻型无毒溶液,它能迅速渗入细胞内,通过高效抑制RNase的活性而保存RNA的完整性。产品特点1

科学家精确重建老鼠脑组织

科学界可免费获取到一小块老鼠大脑组织的数字化重建结果。 花费6年将远小于一滴汗珠的一小块组织的结构拼凑起来——这或许看上去是一段很长的时间。不过,这正是由美国哈佛大学细胞生物学家Jeff Lichtman领导的团队数字化重建一块很小的老鼠脑部组织所花费的时间。 获得的3D图像是对

组织激肽释放酶促进缺血脑组织的新生血管的生成

  在外周血管病的病人和动物模型中显示激肽释放酶-激肽系统(KALLIKREINKININ SYSTEM ,KKS)上调,激肽释放酶-激肽系统(KALLIKREINKININ SYSTEM ,KKS)在心肌/四肢缺血性疾病中的促进新生血管形成和抑制细胞凋亡中起重要作用。有理论认为,激肽通过增强血管形

常规组织样本核酸(DNA/RNA)提取纯化

20 分钟内快速纯化高品质,高产量,即用型 DNA(见图 20)多种规格可选择:Mini Kit 可处理 25 mg 组织,Micro Kit 可处理小于 10 mg 组织完全去除污染物和抑制剂可在 QIAcube 上进行自动化纯化表1 QIAamp DNA Mini Kit纯化各类样本的核酸产量样

FFPE组织样品的DNA和RNA纯化

福尔马林固定后石蜡包埋的组织简称为FFPE样品。将组织在 4–10% 的福尔马林中迅速固定。 固定时间限制在 14–24 小时 (越长的固定时间将越容易导致DNA的片段化,对下游实验不利)。将固定组织彻底脱水 (彻底脱去福尔马林残余,因为其阻碍蛋白酶K的作用)。 纯化DNA时,使用新鲜从石蜡块上切下

2.1.6 CsCl法从组织中提取RNA

由于一些组织(如胰脏和睥脏)含有高浓度的内源性 RNA 酶,因此纯化源于组织的 RNA 须更加小心。试剂、试剂盒液氮组织胍溶液十二烷基肌氨酸钠CsCl组织重悬液乙酸钠酚氯仿异戊醇异戊醇无水乙醇仪器、耗材组织捣碎机离心机实验步骤一 材料与设备1)液氮2)组织胍溶液:590.8 g 异硫氰酸胍溶于 40

植物组织RNA提取的要点与技巧

从植物组织中提取RNA 是进行植物分子生物学方面研究的必要前提。要进行Northern杂交分析,纯化mRNA 以用于体外翻译或建立cDNA文库,RT-PCR及差示分析等分子生物学研究,都需要高质量的RNA 。因此,从植物组织中提取纯度高、完整性好的RNA 是顺利进行上述研究的关键所在。从文献报道上看

TRIzol法提取组织和细胞总RNA

(一)试剂准备1 . TRIzol 试剂。2 .氯仿3 .异丙醇4 . 75% 乙醇( DEPC H2O 配制)5 . DEPC H2O (二)操作步骤 1 . 样品处理: (1)培养细胞:收获细胞 1-5×10 7 ,移入 1.5ml 离心管中,加入 1ml Trizol ,混匀,室温

植物组织RNA提取的难点及对策

植物组织RNA提取的难点及对策  从植物组织中提取RNA是进行植物分子生物学方面研究的必要前提。要进行Northern杂交分析,纯化mRNA以用于体外翻译或建立cDNA文库,RT-PCR及差示分析等分子生物学研究,都需要高质量的RNA。因此,从植物组织中提取纯度高、完整性好的RNA是顺利进行上述研究

森林脑炎的病因有哪些?

  森林脑炎病原体属披膜病毒科,黄病毒属蜱传脑炎病毒。蜱传脑炎病毒远东亚型,这是一种嗜神经性病毒。本病毒可以从患者脑组织中分离,用酚与乙醚处理后提取的RNA有传染性。病毒接种恒河猴、绵羊、山羊、野鼠脑内可引起脑炎,该病毒能够在鸡胚中繁殖,卵黄囊接种或绒毛尿囊膜接种病毒能繁殖,也能在人胚肾细胞、鼠胚细

最新PNAS:手机辐射对脑组织的影响

  关于手机是否会影响健康的争论其实一直都未真正停止过,论辩双方似乎也都有着确凿的证据。一方认为,手机辐射会损害人体健康,尤其以大脑和眼睛为甚;而另一方则声称,根据流行病学研究,目前没有任何可靠的证据能够证明手机或基站辐射会对人体健康产生影响。   最近一组研究人员研发了一种新型非侵入式技术,能测

涂层纳米珠可向脑组织深处递药

  众所周知,脑部疾病很难治疗。据物理学家组织网近日报道,约翰・霍普金斯大学研究人员报告称,他们对运载药物的纳米粒子进行了改良,使其能按照预期,安全定量地渗透到脑组织深处。研究人员指出,这一改进在制造灵活药物递送系统、克服脑癌及其他器官疾病障碍方面迈进了一大步。相关论文在线发表于《科学・转化医学》上

激活大脑免疫细胞可修复受损脑组织

  据物理学家组织网近日报道,美国斯坦福大学医学院的实验证明,大脑关键“育种”细胞分泌的物质可以提高基于脑部对健康发挥至关重要作用的免疫细胞的数量和强度。这一发现为理解原位干细胞和干细胞移植如何改善大脑功能增加了一个新的视角。相关研究结果刊登在近日的《自然・神经科学》杂志在线版上。   帕洛・阿尔