研究揭示双加氧酶的低复杂度结构域调控DNA氧化去甲基化
1月4日，《自然-结构与分子生物学》（Nature Structural & Molecular Biology）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心杜雅蕊/徐国良团队完成的题为Auto-suppression of Tet dioxygenases protects the mouse oocyte genome from oxidative demethylation的研究成果。该研究揭示了Tet双加氧酶催化活性中心的一个低复杂度结构域（Low complexity domain，LCD）介导该家族蛋白的酶活负调控，阐述了LCD保护卵母细胞甲基化组免受过度氧化的重要作用，显示DNA甲基化谱式的正常建立对于哺乳动物发育至关重要。以5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC）为主的DNA甲基化是表观遗传调控的重要方式，在调控基因表达、建立基因印记、维持X染色体失活和转座子沉默等生理过程中发挥重要作用......阅读全文
Cell子刊：DNA酶促氧化修饰新调控作用
哺乳动物基因组DNA中5-甲基胞嘧啶(5mC)的动态平衡调节胚胎和成年哺乳动物的神经发生。这种表观遗传修饰不仅控制神经前体细胞的增殖和存活，还会影响新生神经元的轴突生长。近期研究发现5mC在体内可以被TET家族蛋白氧化成5-羟甲基化胞嘧啶(5hmC)等形式，而这些氧化修饰在早期胚胎和哺
邓子新院士团队揭示DNA抗氧化新机制
近日来自上海交通大学生命学院的研究人员在DNA骨架硫修饰科学领域又取得新进展，揭示了DNA抗氧化损伤的新机制。相关论文 “Phosphorothioate DNA as an antioxidant in bacteria”发表在公布在国际知名分子生物学刊物《Nucleic Acids
DNA二氧化硅固态纳米孔实现精确制备
中科院上海应用物理研究所研究员樊春海与合作者提出了一种框架核酸诱导的团簇预水解策略，将经典硅化学引入DNA结构体系, 成功实现了精确可控的DNA-二氧化硅固态纳米孔制备。该成果于北京时间7月17日凌晨在线发表于《自然》杂志。 近年来，科学家提出了一种全新的DNA自组装方法——DNA折纸技术，即
DNA氧化损伤反应的动力学机理研究方面取得新进展
鸟嘌呤G碱基氧化还原性质极为活泼，在DNA氧化损伤及DNA电荷传导等过程中扮演重要的角色。在光照或强氧化自由基作用下，G碱基容易失去一个电子形成阳离子自由基(G+·)，引发DNA链上的空穴传输或系列的DNA氧化损伤反应，生成后续的损伤产物（8-OG，FAPY-G， imidazolone， ox
动物所等发现舞蹈病神经元线粒体DNA氧化损伤的机制
亨廷顿氏舞蹈病是一种常染色体显性遗传的神经退行性疾病，主要表现为运动障碍、认知和精神紊乱，一般在发病后10-15年内死亡。该疾病的病理特征是大脑纹状体神经元的渐进性丢失，但亨廷顿基因突变导致纹状体神经元选择性死亡的机制还不清楚，目前也没有任何治疗手段。前人一系列研究发现，与大脑其他区域
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定2
目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等（1977）提出的酶法（双脱氧链终止法）和Maxam（1977）提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭，但这两种方法都同样生成相互独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组核苷酸都有共同的起点，却随机终止于一种（或多种）特定的残基，形成一系列以某一特定核苷酸
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定3
2．利用末端转移酶和α-32P-ddNTP标记DNA的3ˊ-末端 在二价阳离子存在下，末端转移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羟基末端，如果作为底物的核苷酸经过修饰（如ddNTP），则可以在DNA的3ˊ-OH上仅加入一个核苷酸。对于双链DNA片段，亦存在DNA的两侧均被标记问题，可通过上述同
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定1
㈣ DNA聚合酶 如前所述，选用合适的DNA聚合酶进行测序反应也是保证测序质量的重要因素之一。常用于双脱氧末端终止法测序的有几种不同的酶： 1．大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ大片段（Klenow片段） 此酶是最早用于建立Sanger测序的酶。但通常会有两个问题：①Klenow片段的持续合成能力较
DNA重组技术(DNA－Recombination)
一、DNA 的酶切与连接（1）酶切反应：同质粒DNA 的鉴定，只不过是质粒DNA 换为载体DNA 。若大量酶切，则成比例增加。（2）加2倍体积的预冷无水乙醇和1/10体积的3mol/l NaAc混匀，-20℃2h以上。（3）15000rpm离心15min，弃上清。（4）加入75%乙醇洗涤2次，离心弃
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组与鉴定2
（1）CaCl2处理以后的转化: 当细菌处于0℃、二价阳离子（如Ca2+、Mg2+等）低渗溶液中时，细菌细胞膨胀成球形，处于感受态；此时转化混合物中的DNA形成抗DNA酶的羟基-钙磷酸复合物粘附于细胞表面，重组DNA在42℃短时间热冲击后吸附在细胞表面，在丰富培养基中生长数小时后，球状细胞恢复原
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组的载体2
二、噬菌体载体作为细菌寄生物的噬菌体，大多数具有编码多种蛋白质的基因，能利用宿主细胞的蛋白质合成体系，进行生长和增殖。构建的噬菌体载体，以λ噬菌体、M13和粘粒最为常用。㈠ λ噬菌体载体野生型λDNA是一种基因组为4.8 kb的线性双链DNA，全部序列已知，共编码50多个基因。其中约一半基因参与
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组的载体3
在作为载体时，这些噬菌体有一个很大的优点，即克隆到M13mp载体的外源DNA片段（双链），在子代噬菌体便成为了单链形式。故应用M13mp进行克隆，可方便地分离到大量含有外源DNA某一单链的DNA分子。这种单链DNA可在下列工作中作模板：①主要用作双脱氧链终止法进行DNA序列测定的模板；②制备仅有一条
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组与鉴定3
当多克隆位点有外源DNA片段插入时，破坏此酶的N端阅读框架，产生无α互补功能的N端片段，因此在带有外源DNA片段的细菌在含有IPTG/X-gal的培养基上呈白色，见图7-11 。如果外源DNA插入片段相当短，不破坏β-半乳糖苷酶的氨基端氨基酸序列的阅读框，有时产生的重组体菌落不呈白色而是呈浅蓝色。4
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组的载体1
载体（vector）是携带靶DNA（目的DNA）片段进入宿主细胞进行扩增和表达的运载工具。常用的载体是通过改造天然的细菌质粒、噬菌体和病毒等构建而成。目前已构建成的载体主要有质粒载体、噬菌体载体、病毒载体和人工染色体等多种类型，亦可根据其用途不同分为克隆载体和表达载体二类。载体的构建和选择应考虑以下
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA重组与鉴定1
重组DNA是在体外用限制性内切酶，将不同来源的DNA分子进行特异地切割，获得的目的基因或DNA片段与载体重新连接，从而组成一个新的DNA杂合分子。重组的DNA分子能够通过一定的方式进入相应的宿主细胞，在宿主细胞中进行无性增殖，获得大量的目的基因或DNA片段，此过程称基因克隆。重组的DNA分子也能够在
DNA合成（DNA－synthesis－）技术介绍
蛋白质概念提出：DNA多肽合成（DNA synthesis ）：按照预定核苷酸的顺序，将脱氧核苷酸逐个进行人工连接合成DNA链的方法。目前多是采用固相合成法，即是在多聚体支持物上从3′端延伸核苷酸，可自动化操作。)目前，oligo DNA合成一般都采用固相亚磷酰胺三酯法合成DNA片段，此方法具有高效
DNA－指纹的概念高变区DNA与DNA指纹
人的卫星DNA 或称随体DNA 是由一些短的DNA 片段（10bp 左右）多次重复所构成的。重复片段的组成和拷贝数在不同的个体及基因组的不同位置上不一样。提取不同个体的基因组DNA 后，用其切点能识别序列为4 个碱基而又不切割该重复片段的限制性内切酶在重复片段的两侧切割基因组DNA ，然后将样品进行
徐国良研究组Cell子刊发现DNA酶促氧化修饰的新调控作用
哺乳动物基因组DNA中5-甲基胞嘧啶(5mC)的动态平衡调节胚胎和成年哺乳动物的神经发生。这种表观遗传修饰不仅控制神经前体细胞的增殖和存活，还会影响新生神经元的轴突生长。近期研究发现5mC在体内可以被TET家族蛋白氧化成5-羟甲基化胞嘧啶(5hmC)等形式，而这些氧化修饰在早期胚胎和哺乳动物脑内
DNA－Immunoprecipitation－for－the－Determination－of－DNABinding－Specificity
Andrea J. Gossett and Jason D. Lieb1Department of Biology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27599, USA1Corresponding autho
DNA－Fingerprinting,－DNA－Barcoding,－and－Next－Generation－Sequencing－...
DNA fingerprinting of plants has become an invaluable tool in forensic, scientific, and industrial laboratories all over the world. PCR has become
“垃圾DNA”或是编码DNA的“卫士”
“垃圾DNA”的概念是在上世纪70年代提出来的，用来形容那些基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，而在学术上被称为非编码DNA序列。 由于当时的科学家普遍认为有生物学意义的蛋白质才是决定生物性状的关键，而且也没有一种好的理论和技术手段来解释这些“垃圾”存在的原因，于是“垃圾DNA”这一观念便形
“垃圾DNA”或是编码DNA的“保镖”
"垃圾DNA"的概念源自上世纪70年代，用来形容基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，在学术上被称为非编码DNA序列。 非编码DNA"开关说"究竟是个啥？ 科学家们发现，人类基因组中包含多达400万个基因开关和功能调节因子，它们的载体便是"垃圾DNA"。这强烈地冲击了"DNA序列=生物性
DNA重组（DNA－recombination）技术：工具酶
一、限制性内切酶限制性内切酶（restriction endonucleases，RE）是其中最重要的工具酶之一。它是一类核酸水解酶，能识别和切割双链DNA分子中的特定核苷酸序列。（一）命名原则限制性内切酶大多从细菌中发现，根据来源进行命名，限制酶的第一个字母（大写，斜体）为宿主菌的属名，第二、第三
DNA连接酶(DNA－ligase)介绍
DNA连接酶是1967年在三个实验室同时发现的。它是一种封闭DNA链上缺口酶，借助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA链的5'-PO4与另一DNA链的3'-OH生成磷酸二酯键。但这两条链必须是与同一条互补链配对结合的(T4DNA连接酶除外)，而且必须是两条紧邻DNA链才能被DNA
DNA提取方法洗涤－DNA（或－RNA）
当裂解物通过硅胶膜进行离心分离,现在所提取的 DNA 或 RNA 应该与柱子结合,杂质、细胞蛋白和多糖应该已经通过了。 但是,膜仍然被残留的细胞蛋白质和盐弄脏。如果样品来自植物,仍然会有多糖,也许一些色素留在膜上,或者如果样品是血液,膜可能会被染成棕色或黄色。洗涤步骤用于去除这些杂质。通常有两次洗涤
DNA提取方法DNA－提取后纯化：将－DNA－与色谱柱结合
离液盐对于裂解至关重要,而且对于将 DNA(或 RNA)与色谱柱结合也是如此。此外,为了增强和影响核酸与二氧化硅的结合,还添加了酒精。大多数情况下这是乙醇,但有时可能是异丙醇。乙醇百分比和体积有很大的影响。太多,你会带入大量降解的核酸和小物种,这会影响 A260 读数并降低你的一些产量。太少,可能难
DNA电泳
DNA电泳（主要内容如下） Preparation of Agarose Gel and Electrophoresis Extraction of DNA From Agarose Gel Extraction of DNA from Acrylamide Gels DNA Marker
DNA定量
Characterization of dnaLEVEL IMaterialsDNA sampleSSC bufferUV spectrophotometer 3 and quartz cuvettesProcedureDissolve a small quantity of your extrac
DNA转化
DNA转化Chemical Transformation· Transformation of Competent Cells (RbCl2 Method) (Goldberg Lab)Very nice protocol for E. Coli transformation inc
DNA克隆
DNA克隆（主要内容如下）· General Procedure· PCR Cloning· Subcloning· ET Cloning· Vector Preparation· Ligation Re