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清华大学Nature新文章挑战前论

来自清华大学生命科学学院、北京大学的研究人员,在新研究中解析了腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)保守调控元件的结构,相关论文“Conserved regulatory elements in AMPK”发表6月12日的《自然》(Nature)杂志上。 论文的通讯作者是清华大学生命科学学院的吴嘉炜(Jia-Wei Wu)教授,其长期从事生物大分子结构生物学研究,在蛋白质分子的微观结构基础上研究其调控机制,为药物研发提供坚实的理论基础,先后在 Nature,Cell等重要国际学术期刊上发表文章50多篇。2011年12月荣获第八届“中国青年女科学家奖”。 磷酸腺苷(AMP)激活的蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)是一种在细胞内行使能量代谢调节的蛋白激酶。它主要的特征是能与AMP结合,通过AMP感受细胞能量状态来维持真核细胞的ATP 生成和消耗的平衡,即能量稳态......阅读全文

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧             实验步骤 本节讨论盘

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验

虽然表观上简单,盘绕螺旋(coiled coil ) 模体是高度专一的,并在理解三级结构及其形成方面具有重要意义。最常观察到的盘绕螺旋形态——平行二聚态,其一般的结构类型仍有待全面的描述。尽管如此,其结构已呈现出在某些特定位置需要某些特定类型氨基酸的严格规则。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验(五)

3.2.4.1 螺旋长度一般来说,在盘绕螺旋链长度增加时,观察到稳定性的(线性)增加 [61] 。这是因为盘绕螺旋的序列将会起到额外的重要作用。例如,Lau 和 Hodges 构建了一个比原肌球蛋白( 284 残基盘绕螺旋)还稳定的 29 聚体(见 注 25;参考文献 [ 62] )。在

氨基酸结构和分类(六)

二、二级结构 (一)二级结构是肽链的空间走向 蛋白质的二级结构是指肽链主链的空间走向(折叠和盘绕方式),是有规则重复的构象。肽链主链具有重复结构,其中氨基是氢键供体,羰基是氢键受体。通过形成链内或链间氢键可以使肽链卷曲折叠形成各种二级结构单元。复杂的蛋白质分子结构,就由这些比较简单的二级结构单元进一

力学所在螺旋湍流研究中取得进展

  螺旋度的定义是速度与涡量的标量积,螺旋湍流指平均螺旋度或局部螺旋度不为0的湍流流动状态,广泛存在于龙卷风、台风等自然现象及航空发动机、离心泵等旋转机械流动中。螺旋度守恒性定理为系统研究三维湍流的时空演化提供新的研究方向。作为三维湍流仅有的两个二次无粘不变量之一(另一个为动能),Noether定理

盘绕螺旋结构的设计和优化技巧实验(一)

本节讨论盘绕螺旋特异性设计所涉及的几个不同方面。我们的目标是在核心处和边沿位置选择氨基酸以得到期望的寡聚态( 见 3. 2.1)、特异性(见 3. 2. 2 ) 和螺旋取向 ( 见 3.2.3 )。这里,我们也把针对特定稳定性的不同设计方案联系起来。第 4 小节(见 3. 2.4 ) 涉及整

中国科大仿盾皮鱼鱼鳞制备人造盔甲研究取得重要进展

  随着高技术领域对高性能防护材料需求的不断提高,现有防护材料(包括金属材料、陶瓷材料和纤维复合材料等)的局限性(如金属密度大、陶瓷脆性和纤维复合材料硬度低等)正逐渐显现。最近,加州大学伯克利分校Robert Ritchie教授研究组揭示了“巨骨舌鱼”(亚马逊流域一种淡水鱼)能够抵御“水虎鱼(食人鱼

揭开基因“侦察兵”的神秘面纱

  转基因食物、转基因动物、基因工程药物已经成为我们的生活中重要组成部分。而这些“转基因”的背后,首先需要人们找到特定的基因,才能对基因组进行“改造”。   但是,基因的数目实在太庞大的,人类身上就有3万多个基因,32亿个碱基对,面对这一天文数字,科学家该如何下手?如果有个“侦察兵”,手持“扫码器

直链淀粉测定仪分析米饭口感差异的内在原因

  天然淀粉(nativestarch)由直链淀粉(amylose,Am)和支链淀粉(amylopection,Ap)两大主要成分组成,直链淀粉和支链淀粉的分子结构、相对分子质量和理化特性等有很大差异。直链淀粉是D-葡萄糖残基以α-l,4-糖苷键连接形成的长链葡聚糖,通常由200~900个葡萄糖残基

卧螺离心机转鼓的三维有限元分析

卧式螺旋卸料沉降离心机,简称卧螺离心机,是国际上50年代出现的分离机械。由于具有连续操作、处理量大 、单位产量耗电量低 、适应性强等特点,现已广泛应用于石油、化工、冶金、医药、食品、轻工等领域, 并随着石油化学工业的迅猛发展和城市污水治理的迫切需要,卧螺离心机必将会有更广阔的发展前景。  1 有限元

PNAS:“根深柢固”背后的秘密

  在地球上绝大多数极端环境中,拥有顽强生命力的植物都能够在其中扎根生存。人们常说根深柢固,植物的根往往能够穿透坚硬的土层深入地下,那么这样的能力又从何而来呢?   近日,康奈尔大学和Boyce Thompson植物研究所的物理学家和植物学家们,通过先进的3D实时成像系统首次捕捉到了植物根部运

星系模拟产生对宇宙进化惊人见解

  研究人员不断发展宇宙模型,并借此发现新的宇宙理论。图片来源:TNG COLLABORATION 美国加州理工学院理论物理学家Philip Hopkins喜欢跟他的同事恶作剧。作为模拟星系形成的专家,Hopkins有时会在演讲中,把他的作品投射到真实星系照片旁边,让观众

分子生物学绪论(一)

  一、分子生物学的基本含义  分子生物学是从分子水平研究生命本质为目的的一门新兴边缘学科,它以核酸和蛋白质等生物大分子的结构及其在遗传信息和细胞信息传递中的作用为研究对象,是当前生命科学中发展最快并正与其它学科广泛交叉与渗透的重要前沿领域。分子生物学的发展为人类认识生命现象带来了前所未有

人γ-分泌酶识别淀粉样蛋白前体蛋白

阿尔茨海默病(AD)的标志是AD患者脑中存在淀粉样蛋白斑。淀粉样斑块的主要成分是源自淀粉样蛋白前体蛋白(APP)的β-淀粉样肽(Aβ)。I型跨膜蛋白APP首先被α-或β-分泌酶切割,分别产生83或99个残基的跨膜片段(APP-C83或APP-C99)。然后APP-C99通过其内肽酶活性被γ-分泌酶切

科学重器集体亮相科技周 包括暗物质粒子探测卫星等

  穿着白大褂的科学家正在解析埃博拉病毒的高分辨率图像……北京民族文化宫的一堵电视墙正直播他们忙碌的场景。“上海光源”螺旋状的原理模型旁,观众们正聆听上海的技术人员和中科院微生物专家讲解。  “科技周首日的直播,恰巧赶上‘上海光源’解析埃博拉病毒。”中科院科学传播局的徐雁龙告诉科技日报记者,尖端科学

4月24日《自然》杂志精选

耀变体的观测结果 活动星系核中辐射大爆发的原因是一个长期未能揭开的谜。现在,Marscher等人报告了耀变体BL Lacertae的高分辨率射电图像和光偏振测量结果。耀变体是最极端的活动星系核,具有从吸积增长的超大黑洞以接近光速的速度发射出的方向相反的等离子体喷射流。这些喷射流被模拟为是由

2016CMSS中国质谱学会质谱网络研讨会 大咖抢先看第二弹

  为进一步加强国内外质谱界学术交流,并采用更新颖的互联网形式组织交流活动,将质谱新技术和研究应用拓展和普及到更多的人,共同提高我国质谱研究及应用水平,中国质谱学会将在2016年11月1日-4日,组织“2016 CMSS中国质谱学会质谱网络研讨会”。会议邀请30位质谱大咖与您在线对话,报告内容涵盖质

Science:科学家成功解析人类剪接体关键结构

  看看任何一个真核细胞基因组内的蛋白编码基因,不管是动物,植物,真菌还是原生生物,我们都会发现由于内含子的存在,编码基因被隔断成几个片段。当一个基因发生转录,这些内含子会在蛋白质合成之前从mRNA前体中被移除,虽然关于这些内含子的移除过程已经得到了几十年的深入研究,但是在一些三维动态结构研究技术出

第五届金属组学国际研讨会大会报告(二)

  分析测试百科网讯 2015年9月9日-12日,第五届金属组学国际研讨会在北京西郊宾馆召开,会议由中国科学院科院高能物理研究所、清华大学共同主办,来自世界各地的近200位金属组学领域的专家学者汇聚一堂,探讨金属组学的最新进展及未来展望。  9月10日下午,大会报告精彩依旧,马萨

狙击MERS的“青年军团”

  正在韩国流行的MERS病毒(中东呼吸综合征),一度引发世界范围内的关注。   截至目前,韩国确诊病例已增至186人。作为SARS病毒的“近亲”,从2012年首次通报MERS病例以来,人类还未攻克这种病毒,其病源及传播渠道的未知性、高致死性引发民众持续关注。   近日,复旦大学医学分子病毒学教育部

调频模式高分辨详解

原子力显微镜是通过检测探针针尖与样品间的作用力获得表面信息。因此,提高对此作用力的检测精度就是提高AFM分辨率的核心问题。为此,探针针尖做得越来越细。    同时,为了避免尖锐针尖对样品的损伤,扩大对柔软样品的兼容性,动态力模式被广泛应用。    动态

浙江省特种设备科学研究院提供“匠心”监检

  7月下旬的一天,将近上午10点钟,在浙江省舟山市鱼山岛上渣油加氢装置现场,烈日炙烤着泛白的水泥路面,热浪已经升腾起来。人们置身其间,血液仿佛下一秒便要沸腾。在已经烫手的设备管道旁边,头戴安全帽、身着长袖上衣和长裤的浙江省特种设备科学研究院(以下简称“特科院”)的监检人员正手持工具,对焊缝做着细致

生物物理所等发现囊泡转运再循环过程中细胞膜重塑机理

  10月13日,最新一期的Developmental Cell 上发表了中国科学院生物物理研究所孙飞研究组与合作研究单位关于囊泡转运再循环过程中ACAP1分子重塑细胞膜机理的最新研究成果,论文的标题为A PH domain in ACAP1 possesses key features of th

李咏生团队揭示凝血酶原酶调控炎症消退的机制

  炎症是机体对致病因素及损伤因子产生的程序化防御反应,其理想转归是及时消退至机体恢复自稳,该过程由促消退脂类介质(Specialized Pro-resolving lipid Mediators, SPM;包括脂氧素lipoxins、消退素resolvins、保护素protectins、巨噬素m

物理所等发现高压诱导的磁性量子临界点和MnP超导电性

  近年来的大量研究表明,量子临界性是强关联电子体系中诸多反常物理现象的共通性特征。对于目前已知的很多非常规超导体系,包括重费米子、铜基和铁基超导体,它们的超导相图Tsc(δ=调控参量)都可以在反铁磁量子临界点的框架下得到统一的理解,即超导的出现往往伴随着反铁磁序的消失,而且圆拱状Tsc(δ)的最佳

研究获得长效透膜的肾脏缺血再灌注损伤保护剂

  中国科学院上海药物研究所龙亚秋研究组与复旦大学中山医院朱同玉教授团队合作,发现了一类高活性和代谢稳定环肽能显著改善肾脏缺血再灌注损伤,并首次揭示通过抑制mTORC1和活化mTORC2来诱导自噬从而发挥肾脏保护功能的新机制。该工作于今年9月在线发表于Biochimica et Bioph

人工合成生命的时代要来了?

  在我们生存的自然界里,除了单细胞生物、少数低等生物,绝大多数的生物从小到大都遵循着一个相同的规律——由一个受精卵发育形成。  就像是父母的精卵结合,产生了受精卵,受精卵开始快速的生长分裂,经历四细胞期、八细胞期后形成桑椹胚,直到胚胎干细胞有了明显的分化进而发育成囊胚,原肠胚,最后发育成一个各器官

蛋白质二级结构(protein secondary structure)预测软件

蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已

基质金属蛋白酶和胶原纳米药物传递系统介绍

基质金属蛋白酶(MMP)机理及其抑制剂研究胶原蛋白三螺旋体的解体涉及多种疾病,与体内各种组分的结构完整性受损有关(例如,关节炎和多发性硬化症)。胶原为细胞活动“区域化”提供了屏障,破坏此屏障与肿瘤细胞侵润和转移有关。基质金属蛋白酶(Matrix metalloproteinase , MMP

各种计算电磁学方法比较

微波EDA 仿真软件与电磁场的数值算法密切相关,在介绍微波EDA 软件之前先简要的介绍一下微波电磁场理论的数值算法。所有的数值算法都是建立在Maxwell方程组之上的,了解Maxwell方程是学习电磁场数值算法的基础。计算电磁学中有众多不同的演法,如时域有限差分法(FDTD)、时域有限积分法(FIT