中科院：海洋生物cDNA分析
造礁石珊瑚为珊瑚礁生态系统中的框架生物, 研究其重要功能基因对于理解造礁石珊瑚对环境变化的响应有重要指示意义，近期来自中国科学院南海海洋研究所的研究人员提取了澄黄滨珊瑚(Porites lutea)的总RNA, 通过RT-RCR得到 cDNA, 并以 cDNA为模板设计引物进行 test PCR, 获得大小为 254 bp的 ferritin基因cDNA序列，并由此展开了分析研究。 珊瑚礁生态系统具有极高的生物多样性, 且对环境变化的响应极其灵敏, 其主要框架生物造礁石珊瑚属于刺胞动物门。近年来, 随着基因组学和蛋白质组学在造礁石珊瑚研究中的应用, 越来越多的学者开始从基因的角度来研究造礁石珊瑚。 在生物有机体中, 铁是参与细胞代谢所必需的微量元素之一。铁蛋白(ferritin)是广泛存在于动物、植物和微生物体内的一种铁储存和生物矿化蛋白。铁蛋白的表达水平很高, 而且其表达调控在维持机体铁......阅读全文
墨西哥海洋生物恢复迅速
在卡波费国家公园，一群大眼金枪鱼正在产卵回游 加州大学圣地亚哥分校斯科利普斯海洋学研究所日前表示，经过十年努力，墨西哥卡波费国家公园的海洋生物数量增幅为460%，成为世界上最繁盛的海洋野生动物保护区。 该研究所从1999年至2009年对公园进行跟踪调研。当地居民曾
Differential－cDNA－Screening－Procedures
Differential cDNA Screening ProceduresThe protocols listed refer to cDNA library construction and preliminary differential screening procedures. They
cDNA的筛选2
（三）免疫筛选制备Sepharose偶联细菌裂解液1.各用一个E.coli温度敏感溶源菌株（BTA 282（λgt11amp3）或BNN 97）单菌落接种于2×7.5ml培养基并于32℃生长过夜。2.过夜培养物用LB培养基稀释100倍，于32℃生长至OD600值为0.5。3.于45℃温育15min诱
cDNA的筛选3
免疫学染色1.为了洗去顶层琼脂上的残余物和细胞碎片，将硝酸纤维素滤膜一次最多5张转移放在摇床上的盘子（10×10cm）内，用25ml TBS室温洗涤10 min 2次。2.然后滤膜用25ml封闭缓冲液（每张90mm直径的滤膜至少15ml）于室温温育 30min，以封闭滤膜上的非特异性结合位点。不断晃
cDNA克隆的定义
中文名称cDNA克隆英文名称cDNA cloning定 义从基因的转录产物(如mRNA)开始，逆转录合成互补DNA(cDNA)，然后重组入载体，经过复制，筛选得到单一种cDNA分子的技术。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
cDNA合成技术1
Promega公司的RibocloneR M-MLV(H- ) cDNA合成系统采用M-MLV反转录酶的RNase H缺失突变株取代AMV反转录酶，使合成的cDNA更长。该系统的第一链合成使用M-MLV反转录酶，cDNA第二链合成采用置换合成法，采用 RNaseH和DNA聚合酶Ⅰ进行置换合成
cDNA合成技术3
2. 电泳分析(1) 用50mM NaCl， 1mM EDTA制备1.4%的碱性琼脂糖电泳， 并置碱性电泳缓冲液中30分钟。(2) 取样品液， 用TE调整体积， 使第一链和第二链产率测定液的体积相同，加入等体积的2×样品缓冲液(20mmol/L NaOH， 20%甘油，0.025%溴粉兰）。(3)
cDNA的筛选1
（一）λgt11 cDNA文库铺平板宿主细菌制备1.用一个E.coli宿主菌株单菌落分别接种2×5ml LB培养基（Y1088用于噬菌斑杂交，Y1090用于免疫筛选），于37℃振荡培养过夜。2.将过夜培养物以3000×g离心5min。3.分别用2ml λ-dil（10 mmol/L tris-Cl,
cDNA能存放多久
不要反复冻融就没有太大影响，可以放在-70度长期保存。
cDNA合成技术2
3. 第一链产量测定第一链掺入率(%)= 掺入cpm/总cpm ×100%掺入dNTP(nmol)=2nmol dNTP/μl ×反应体积(μl)×(第一链掺入率)设330为每mol dNTP的平均分子量合成cDNA量(ng)=掺入dNTP (nmol)×330ng/nmolmRNA向cDNA转变率
cDNA克隆的方法
cDNA克隆( cDNA cloing)与RNA互补的双链DNA片段，而且它能携在克隆载体中。通常用于克隆真核生物mRNA的DNA拷贝。由于cDNA持贝是一个成熟的信息分子拷贝，因此，无内含子顺序。如果在其克隆的藏体中连上一个适当的活动子序，它可在任何宿主体内得以迅速表达 。
cDNA－文库的构建
实验材料 λ噬菌体臂 大肠杆菌菌株 用于λ噬菌体的包装抽提物 试剂、试剂盒 放线菌素 D
cDNA浓度的测定
理论上讲，等质量是必要的。但是就反转录结果而言，里面的成分太多，测量浓度的误差比较大。我们实验室一般都是测量RNA的浓度，然后取等量RNA、过量oligodT做充分反转录，再取等量反转录体系做PCR。另外，我看你用条带定量？这样很不准确，因为你也不知道PCR多少循环后达到饱和。比方说，组间差8倍，差
cDNA克隆的概念
cDNA克隆( cDNA cloing)与RNA互补的双链DNA片段，而且它能携在克隆载体中。通常用于克隆真核生物mRNA的DNA拷贝。由于cDNA持贝是一个成熟的信息分子拷贝，因此，无内含子顺序。如果在其克隆的藏体中连上一个适当的活动子序，它可在任何宿主体内得以迅速表达
cDNA能存放多久
不要反复冻融就没有太大影响，可以放在-70度长期保存。
cDNA浓度的测定
理论上讲，等质量是必要的。但是就反转录结果而言，里面的成分太多，测量浓度的误差比较大。我们实验室一般都是测量RNA的浓度，然后取等量RNA、过量oligodT做充分反转录，再取等量反转录体系做PCR。另外，我看你用条带定量？这样很不准确，因为你也不知道PCR多少循环后达到饱和。比方说，组间差8倍，差
cDNA－文库的构建
此经典方案建立在 Gubler-Hoffman 法（Gulber-Hoffman 1983) 之上，分为六个阶段。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。实验材料λ噬菌体臂大肠杆菌菌株用于λ噬菌体的包装抽提物试剂、试剂盒放线菌素 D二硫苏糖醇EDTATris-ClMgCl2反转录酶
火山喷发阻碍海洋生物生长
据美国科学促进会（AAAS）科技新闻共享平台EurekAlert!近日报道，科学家已发出警告，即便是二氧化碳浓度保持在工业化前水平的西北太平洋海域，也面临着因火山爆发导致的排放浓度加剧、热浪和海洋酸化等重重危机，本被寄予希望向北增长的珊瑚礁和海藻森林，命运堪忧。 日本式根岛火山地处于温带和热
cDNA文库组标准流程五:cDNA双链和载体的连接
1.连接：根据载体和cDNA的电泳定量结果，每个样品设置3个比例的连接，即：insert/vector=1/3 incert/vector=1/1 insert/vector=3/1按以下体系依次加入： ddH2O xulT4 ligase
锚定酶消化cDNA实验
试剂、试剂盒 溶液与缓冲液 引物 仪器、耗材 试剂盒 MPC-E
Experimental－Protocol－for－cDNA－Library－Construction
Experimental Protocol for cDNA Library Construction Identify appropriate celltype over-expressing corresponding gene. Find out if transc
cDNA－文库的构建2
阶段 3:cDNA 的甲基化 材料 缓冲液和溶液 将贮存液稀释到合适浓度。 氯仿 10XEcoRⅠ 缓冲液 1XEcoRⅠ 甲基化酶缓冲液（选用) 如希望，可替代步骤 1 中的 Tris-HCl,NaCl 和 EDTA。 EDTA(0.5mol/L,pH8.0) 乙醇 MgCl2(
cDNA文库的构建3
接头-衔接子与cDNA的连接8.将下列试剂加入到已削成平末端的DNA中：10×T4噬菌体DNA聚合酶修复缓冲液 2μl800~1000 ng 的磷酸化接头或衔接子 2μlT4噬菌体DNA连接酶（105 Weiss单位/ml） 1μl10 mmol/L ATP 2μl混匀后，在16℃温育8~12h。9
锚定酶消化cDNA实验
试剂、试剂盒 溶液与缓冲液引物仪器、耗材 试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤 实验方案 A1.通过加入下列物质来消化双链 cDNA2.在 37°C 下消化 lh。3.65°C 孵育 20 min 热失活限制性酶。4.等体积 PCI 抽提后乙醇沉淀（实验方案 A, 第
cDNA文库的物化方法
基因工程初始阶段所用的方法，已不用。利用核酸双螺旋之间存在着碱基G C，A T配对特性，分离目的基因。 例如：海胆rDNA分子内其G C含量可以达63%（其稳定性高，溶解温度高），通过热变性和S1酶解处理可得到提纯50倍的rDNA，最后经氯化铯平衡梯度离心，得到相对分子量为1.9X107Dal
cDNA文库的构建2
10. Sephadex G-50用含有10 mmol/L NaCl的TE(pH7.6)溶液进行平衡，然后通过离子柱层析将未掺入的dNTP和 cDNA分开。11. 加入0.1倍体积的3mol/L乙酸钠（pH5.2）和2倍体积的乙醇，沉淀柱层析洗脱下来的cDNA，将样品置于冰上至少15分钟，然后在微量
cDNA文库的构建1
分为六个阶段：阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链阶段2：cDNA第二链的合成阶段3：cDNA的甲基化阶段4：接头或衔接子的连接阶段5：Sepharose CL-4B凝胶过滤法分离cDNA阶段6：cDNA与λ噬菌体臂的连接 [阶段1：反转录酶催化合成cDNA第一链] 1.在置于冰上的无菌微
cDNA－扩增和影印实验
实验方法原理 实验材料 保存于细菌中的克隆纯的、已测序确证的人 EST 序列试剂、试剂盒 LB 培养基超级肉汤培养基乙醇裂解液RNA 酶溶液缓冲液乙醇 乙酸溶液丁二酸酐1－甲基－2－吡咯烷酮硼酸钠仪器、耗材 离心机96 孔热循环仪水浴锅微量滴定板清洗仪实验步骤 实验所需「材料」、「试剂」、「耗材」具
cDNA－文库的构建3
阶段 5:SepharseCL-4B 凝胶过滤法分离 cDNA材料缓冲液和溶液乙醇乙酸钠（3 ml/L,pH5.2)TE(pH7.6)含 0.1mol/LNaCl 的 TE(pH7.6)Tris-HCl(1mol/L,pH8.0)凝胶琼脂糖凝胶（1%)见步骤 8。核酸和寡核苷酸cDNA阶段 4 中步
cDNA－扩增和影印实验
实验方法原理 实验材料 保存于细菌中的克隆纯的、已测序确证的人 EST 序列 试剂、试剂盒