天津工生所发布反应酶挖掘与评估平台
在代谢路径设计领域，寻找能够催化非天然反应的候选酶是具有挑战性的工作。虽然现有一些方法可以根据相似反应识别潜在酶，但在反应类型识别和后续酶筛选评估等方面存在不足，难以有效帮助实验科学家快速筛选候选酶进行实验验证。 近日，中国科学院天津工业生物技术研究所生物设计中心发布了集成的反应酶挖掘与评估平台——REME（https://reme.biodesign.ac.cn）。该平台结合底物原子到产物原子映射、原子类型变化识别和反应相似性计算，实现了相似反应的计算、快速排序和可视化。用户可以根据功能基团筛选相似反应，并进一步通过酶号或序列同源性筛选或扩展候选酶。REME平台结合多种人工智能方法对候选酶进行多角度评估，帮助科研人员迅速识别潜在酶。REME平台为非天然反应的酶挖掘和评估提供了新的解决方案。 相关研究成果发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。研究工作得到国家自然科学基金、中国科学院战略性先......阅读全文
反向聚合酶链反应技术
我们描述一种大聚合酶链反应(PCR)应用的方法，使在已知序列的核心区边侧的未知 DNA成几何级数扩增。用适当的限制性内切裂解含核心区的DNA，以产生适合于PCR扩 增大小的片段，然后片段的末端再连接形成环状分子。PCR的引物同源于环上核心区 的末端序列，但其方向性，使链的延长经过环上的未知区而不是
酶反应动力学的原理
酶反应动力学主要研究酶催化反应的过程与速率，以及各种影响酶催化速率的因素，定量时的观察对象是总单位时间内底物的减少或产物增加的量。影响酶作用的因素包括底物的浓度、酶反应的最适pH、最适温度、酶的抑制作用，另外还包括试剂中表面活性剂的作用等因素。1.底物浓度的影响在检测试剂中底物浓度、辅因子、活化剂、
核酸扩增—连接酶链反应
LCR由基因扩增技术和连接酶方法结合而成，是继PCR之后的快速DNA扩增方法。与PCR不同的是，LCR采用2对寡核苷酸探针，每对寡核苷酸探针与变性正负靶链杂交时处于相邻的位置，两者之间形成一个缺口，只有当它们与靶DNA碱基配对且3'与5'端相邻位置均正确时，DNA连接酶才能将其连
酶反应缓冲液怎么配
这上面的浓度都是终浓度。如果你配的量比较小，比如只有10ml，如果直接计算称量的话，可能误差很大。你可以将每一种单独配成浓缩液，如1M Tris-HCl，再加入十分之一（配10ml加入1ml）。DTT也可以配成1M的，加入两百分之一体积，最后用水补足体积。混匀就是。其他的几个也可以这样配。而且这种缓
酶促反应动力学（三）
五、抑制剂对反应速度的影响 凡能使酶的活性下降而不引起酶蛋白变性的物质称做酶的抑制剂(inhibitor)。使酶变性失活(称为酶的钝化)的因素如强酸、强碱等，不属于抑制剂。通常抑制作用分为可逆性抑制和不可逆性抑制两类。 (一)不可逆性抑制作用(irreversible inhibition
三磷酸腺苷酶的反应机制
ATP酶与ATP水解反应耦合的转运是一个严格的化学反应，即每分子ATP水解能够使一定数量的溶液分子被转运。例如，对于钠钾ATP酶，每分子ATP水解能够使3个钠离子被运出细胞，同时2个钾离子被运入。跨膜ATP酶需要ATP水解所产生的能量，因为这些酶需要做功：它们逆著热力学上更容易发生的方向来进行物质运
PCR反应中Taq酶的选择
随着分子生物学研究发展的不断广泛和深入，PCR已成为一门相当成熟的常规技术，而热聚合酶（即Taq酶）的合理选择是PCR成败与否的一个关键因素。目前市面上有多种Taq酶，能够满足多方面的实验需要。那么，如何选择最合适的Taq酶？根据用户经常考虑的指标，如特异性、保真性、耐热性、扩增速率、扩增片段长度、
酶促反应动力学（一）
酶促反应动力学(kinetics of enzyme-catalyzed reactions)是研究酶促反应速度及其影响因素的科学。这些因素主要包括酶的浓度、底物的浓度、pH、温度、抑制剂和激活剂等。在研究某一因素对酶促反应速度的影响时，应该维持反应中其它因素不变，而只改变要研究的因素。
酶促反应的影响因素介绍
在一定的温度和pH条件下，当底物浓度足以使酶饱和的图2情况下，酶的浓度与酶促反应速度呈正比关系。图2：pH对酶反应速度的影响pH对酶促反应速度的影响酶反应介质的pH可影响酶分子，特别是活性中心上必需基团的解离程度和催化基团中质子供体或质子受体所需的离子化状态，也可影响底物和辅酶的解离程度，从而影响酶
酶促反应动力学（四）
很多药物都是酶的竞争性抑制剂。例如磺胺药与对氨基苯甲酸具有类似的结构(如图2-15)，而对氨基苯甲酸、二氢喋呤及谷氨酸是某些细菌合成二氢叶酸的原料，后者能转变为四氢叶酸，它是细菌合成核酸不可缺少的辅酶。由于磺胺药是二氢叶酸合成酶的竞争性抑制剂，进而减少菌体内四氢叶酸的合成，使核酸合成障碍，导致细
冰岛基因公司数据挖掘计划泡汤
图片来源：基因解码公司 因采集冰岛人DNA用于发现基因和疾病之间关系而著名的基因解码公司遇到了一个棘手问题。近日，《科学》杂志报道称，冰岛负责监督数据保密性的国家机构驳回了基因解码公司的请求——该公司希望可以使用计算机方法分析该国的宗系记录，以估算28万名并未同意参与该公司的研究，
生物塑料：中国尚未被挖掘的潜力
尽管中国是全球最大的塑料消费国，但其生物塑料潜力却令人遗憾地被忽略了，近日在荷兰阿姆斯特丹召开的可再生塑料会议上，一名演讲者这样认为。 德国Sus Tech Consult公司的总经理Bruno Rudnik表示，中国有太多的塑料加工企业不涉足生物塑料。该公司在新兴市场推广清洁技术解决
肠道菌群的秘密仍有待挖掘
“虽然国内外有关肠道菌群的研究如火如荼，但它仍有很多不为人知的秘密没有被发现。”近日，意大利ReGenera Res抗衰老研究中心主任、维元诊所首席专家马洛塔在接受《中国科学报》采访时表示，人体肠道菌群的细胞数量是整个人体的十倍，肠道神经细胞的数量仅次于大脑。庞大的菌群不仅仅会影响肠道的生态环
面向全球挖掘最具潜质的AI青年
近日，上海人工智能实验室、全球高校人工智能学术联盟（GAIAA）联合AI青年科学家联盟·梧桐汇，共同发起第四届“A班生”暨2022年世界人工智能大会（WAIC）云帆奖·明日之星选拔活动，并在线举行专家评审启动会，面向全球征选顶尖 AI 学术及创业新星。 上海人工智能实验室主任助理、全球高校人工
华大基因：挖掘基因测序的“超级金矿”
日前公布的2012年度深圳市科学技术奖拟奖名单上，奖金高达100万元的“市长奖”拟颁给一个37岁的年轻人;去年底，英国《自然》杂志评选出2012年科学界年度十大人物，他又是唯一入选的中国人。这个年轻人，就是华大基因研究院院长王俊。 他所在的深圳华大基因，没有享受到任何财政拨款，却坐上了《自
林国强：挖掘手性药物价值
9月2日，第十届中国医药企业家科学家投资家大会暨改革开放40年医药行业发展成就展继续火热进行。一场由中国医药生物技术协会理事长、中国科学院院士魏于全，中科院上海有机化学研究所原所长、中国科学院院士林国强，天津药物研究院名誉院长、中国工程院院士刘昌孝，天津市肿瘤研究所所长、中国工程院院士郝希山四位
挖掘法对水稻根系分析的研究
对农作物根系的研究，从古至今一直就在研究中，特别是最近二三十年发展起来的影像技术更是使得在田间定点观测根系的生长和形态成为可能，在国内的很多地方都在使用根系分析仪或者根系分析系统等精密仪器进行分析测定。今天主要是简单介绍一种对水稻根系研究的方法供大家参考阅读。水稻根系由于纤细并长期生长在淹水环境中，
酶促反应一级反应与二级反应是什么？
酶促反应进程一般包括3个阶段：延滞期、线性期和非线性期。反应经过延滞期后，进入了酶促反应速率基本保持恒定的线性期。此时相对底物而言，为反应速率与底物浓度的零级反应，即反应不受底物浓度的影响，而只与酶活性浓度成正比。非线性期若为单底物的反应，则此时反应速率与单底物浓度的一次方成正比，为一级反应。如果反
双酶切反应酶活性分析及双酶切建议缓冲液
同步双酶切是一种省时省力的常用方法。选择能让两种酶同时作用的最佳缓冲液是非常重要的一步。NEB每一种酶都随酶提供相应的最佳 NEBuffer，以保证100%的酶活性。NEBuffer的组成及内切酶在不同缓冲液中的活性见《内切酶在不同缓冲液里的活性表》及每支酶的说明书。能在最大程度上保证两种酶活性
聚合酶链式反应的反应控制相关介绍
①PCR反应的缓冲液 提供合适的酸碱度与某些离子②镁离子浓度 总量应比dNTPs的浓度高，常用1.5mmol/L ③底物浓度 dNTP以等摩尔浓度配制，20～200umol/L ④TaqDNA聚合酶 2.5U(100ul） ⑤引物 浓度一般为0.1 ～ 0.5umol/L ⑥反应温度和循
DNA的限制性内切酶酶切反应
[实验目的] 通过本实验学习DNA的限制性内切酶酶切反应的基本原理与实验技术。 [实验原理] 1.限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA 序列之内或其附近的特异位点上,并切割双链DNA。它可分为三类:Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰(甲基化)作
限制性内切酶酶切反应实验原理
限制性内切酶已有百余种，每种酶有其特定的核苷酸序列识别特异性，酶的活性需Mg2+来激活。不同的酶也有许多差别：有些酶除需Mg2+外，还需ATP等其他辅助因子的激活；切割位点和识别序列间的距离不同；某些内切酶同时具有甲基化作用。根据这些差别，可将限制性内切酶分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型。Ⅱ型限制性内切酶只需要
武汉植物园在挖掘异黄酮糖基转移酶研究中取得新进展
糖苷是天然药物的修饰基团，增强了小分子药物的水溶性与制剂成药的可操作性。野葛是一种豆科植物，其根富含多种异黄酮糖苷类化合物，具有降血脂、抗肿瘤、预防骨质疏松和女性更年期综合症等功效。挖掘野葛根中催化异黄酮糖苷形成的糖基转移酶，对于新药合成与老药糖基化改造具有重要的应用价值。 中国科学院武汉
聚合酶链反应的控制方式
PCR反应的缓冲液 提供合适的酸碱度与某些离子镁离子浓度 总量应比dNTPs的浓度高，常用1.5mmol/L底物浓度 dNTP以等摩尔浓度配制，20～200umol/LTaqDNA聚合酶 2.5U(100ul）引物 浓度一般为0.1 ～ 0.5umol/L反应温度和循环次数变性温度和时间 95℃，3
酶反应器流动状态的控制
在反应器中酶的催化效率和反应器的寿命都与反应器中流体流动状态有关。酶反应器在运行时，流动方式的改变会使酶与底物接触不良，造成反应器生产率降低，同时还会造成返混程度变化，为副反应的发生提供了机会。影响流动状态的因素主要有：载体填充不规则、底物上柱不均匀、载体自压缩、固体和胶体物质沉积造成壅塞等。解
腺苷三磷酸酶的反应机制
ATP酶与ATP水解反应耦合的转运是一个严格的化学反应，即每分子ATP水解能够使一定数量的溶液分子被转运。例如，对于钠钾ATP酶，每分子ATP水解能够使3个钠离子被运出细胞，同时2个钾离子被运入。跨膜ATP酶需要ATP水解所产生的能量，因为这些酶需要做功：它们逆著热力学上更容易发生的方向来进行物质运
逆转录聚合酶链反应
逆转录-聚合酶链反应 (Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction，RT-PCR)的原理是：提取组织或细胞中的总RNA，以其中的mRNA作为模板，采用Oligo（dT）或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增，而获得
关于聚合酶链反应的概述
PCR技术是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。 它具有特异、敏感、产率高、 快速、 简便、重复性好、易自动化等突出优点。 PCR技术最早由美国Cetus公司人类遗传研究室Kary Mullis及同事于1985年发现并研制成功的；最早的应用报道是Saiki等1985年将PCR技术应用于β-
聚合酶链反应构建重组DNA
实验材料 DNA试剂、试剂盒 TE无水乙醇DNA聚合酶CTP仪器、耗材 电泳仪离心机PCR仪实验步骤 1. 制备模板DNA，如DNA不是经氯化铯梯度纯化的，100℃煮沸10 min 以灭活核酸酶。 2. 制备寡核苷酸引物，若PCR产物要进行平端克隆，就应该对引物的5’端羟基进行磷酸化处理。 图一
反向聚合酶链反应的定义
中文名称反向聚合酶链反应英文名称inverse PCR;iPCR定 义用于扩增已知序列的DNA旁侧未知序列的方法。即先用在已知DNA序列上没有识别位点的限制内切酶，切出包含已知DNA、而两端带有未知序列的区段，将切出的DNA区段环化，然后再按已知的DNA序列设计一对引物进行扩增。应用学科细胞生物学